Julian Parkhill - Julian Parkhill

Julian Parkhill
Dr. Julian Parkhill FMedSci FRS.jpg
Julian Parkhill v roce 2015
narozený
Julian Parkhill

(1964-09-23) 23. září 1964 (věk 56)[1]
Leigh-on-Sea[1]
Alma mater
Známý jakoARTEMIS[2][3][4]
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeRegulace transkripce rtuti rezistentního operonu Tn501  (1991)
webová stránkasanger.ac.Spojené království/lidé/adresář/ parkhill-julian

Julian Parkhill (narozen 1964)[1] FRS[7] je profesorem na katedře veterinárního lékařství[11] na Univerzita v Cambridge. Předtím byl vedoucím Patogenní genomika na Wellcome Trust Sanger Institute.[12][13][14][15][8][16][17]

Vzdělávání

Parkhill byl vzděláván v Westcliff High School pro chlapce,[1] the University of Birmingham a University of Bristol kde v roce 1991 získal titul PhD[18] pro výzkum regulace transkripce z odolnost vůči rtuti operon.[9][10][19]

Výzkum

Parkhill používá vysoce výkonné sekvenování a fenotypizace studovat patogen rozmanitost a variace, jak ovlivňují virulence a přenos a co nám říkají o vývoj z patogenita a interakce hostitel-patogen.[20][21][22][23][24][25][26][27][28][29][30][31][32] Výzkum v Parkillské laboratoři byl financován Wellcome Trust, Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd (BBSRC)[33] a Rada pro lékařský výzkum (MRC).[34]

Ocenění a vyznamenání

Parkhill byl zvolen Člen Akademie lékařských věd (FMedSci) v roce 2009,[5] a a Člen Americké mikrobiologické akademie (FAAM) v roce 2012.

Dr. Julian Parkhill je v současné době vedoucím patogenní genomiky ve Wellcome Trust Sanger Institute. Během posledního desetiletí analyzovala jeho skupina genomy mnoha bakterií zásadního významu pro lidské zdraví, včetně původců tuberkulóza, mor, tyfus horečka, Černý kašel, malomocenství, botulismus, záškrt a meningitida, stejně jako nozokomiální patogeny jako Clostridium difficile a MRSA a patogeny přenášené potravinami, jako jsou Campylobacter jejuni, Salmonella Typhimurium a Yersinia enterocolitica. Jejich současný výzkum se zaměřuje na aplikaci vysoce výkonných sekvenčních technik v mikrobiologii. V současné době sekvenují velmi velké sbírky bakteriálních izolátů se širokými geografickými a časovými spready, které spojují genomické variace s epidemiologie, získávání odolnost vůči lékům a nedávný vývoj. Kromě toho spolupracují s místními a národními klinickými mikrobiologickými skupinami na vybudování základů pro přenos mikrobiálního sekvenování na klinické a veřejné zdraví vyšetřování. Aplikují také technologie sekvenování na fenotypová vyšetření, zejména saturaci transposonová mutageneze, transkriptomika a vysoce výkonné fenotypování. Široce spolupracují, zejména se skupinami v rozvojových zemích, kde jsou infekční nemoci endemický.[6]

Parkhill byl zvolen Člen Královské společnosti (FRS) v roce 2014,[7] jeho volební osvědčení zní:

Julian Parkhill hrál hlavní roli při určování sekvencí referenčního genomu mnoha klíčů bakteriální patogeny, počítaje v to Mycobacterium tuberculosis, Yersinia pestis a Salmonella typhi. Kromě poskytnutí úplných katalogů arzenálu genů přenášených každou bakterií vedla práce společnosti Parkhill k důležitým poznatkům o tom, jak se vyvíjejí bakteriální genomy, a o účinku variace v údajně homogenních bakteriálních populacích. Souběžně s tím byly vyvinuty nástroje pro porozumění a vizualizaci genomových dat, které jsou volně šířeny po celém světě. Přes deset let byl Parkhill v čele bakteriální genomiky, naposledy používal nové technologie vysoce výkonného sekvenování k prozkoumání evoluce a přenosu v bakteriálních patogenech a umožnění klinického využití těchto přístupů.[7]

Reference

  1. ^ A b C d „PARKHILL, Dr. Julian“. Kdo je kdo. ukwhoswho.com. 2015 (online Oxford University Press vyd.). A & C Black, otisk Bloomsbury Publishing plc. (předplatné nebo Členství ve veřejné knihovně ve Velké Británii Požadované) (vyžadováno předplatné)
  2. ^ Rutherford, K .; Parkhill, J .; Crook, J .; Horsnell, T .; Rice, P .; Rajandream, M.-A .; Barrell, B. (2000). „Artemis: Vizualizace sekvence a anotace“. Bioinformatika. 16 (10): 944–5. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.10.944. PMID  11120685.
  3. ^ Carver, T; Berriman, M; Tivey, A; Patel, C; Böhme, U; Barrell, B. G .; Parkhill, J; Rajandream, M. A. (2008). „Artemis a ACT: Prohlížení, anotace a porovnávání sekvencí uložených v relační databázi“. Bioinformatika. 24 (23): 2672–6. doi:10.1093 / bioinformatika / btn529. PMC  2606163. PMID  18845581.
  4. ^ Carver, T .; Harris, S. R .; Berriman, M .; Parkhill, J .; McQuillan, J. A. (2011). „Artemis: Integrovaná platforma pro vizualizaci a analýzu vysoce výkonných sekvenčních experimentálních dat“. Bioinformatika. 28 (4): 464–469. doi:10.1093 / bioinformatika / btr703. PMC  3278759. PMID  22199388.
  5. ^ A b "Fellow | Akademie lékařských věd". Acmedsci.ac.uk. Archivovány od originál dne 18. listopadu 2016. Citováno 18. listopadu 2016.
  6. ^ A b „Julian Parkhill“. Academy.asm.org. Citováno 18. listopadu 2016.
  7. ^ A b C d Anon (2014). „Profesor Julian Parkhill FMedSci FRS“. Londýn: královská společnost. Archivovány od originál dne 17. listopadu 2015. Jedna nebo více z předchozích vět obsahuje text z webu royalsociety.org, kde:

    "Veškerý text publikovaný pod nadpisem" Životopis "na stránkách profilu Fellow je k dispozici pod Mezinárodní licence Creative Commons Attribution 4.0." --„Podmínky a zásady společnosti Royal Society“. Archivovány od originálu dne 25. září 2015. Citováno 9. března 2016.CS1 maint: BOT: stav původní adresy URL neznámý (odkaz)

  8. ^ A b Julian Parkhill publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  9. ^ A b Parkhill, J; Brown, N.L. (1990). „Lokálně specifické inzerční a deleční mutanty v oblasti mer promotor-operátor Tn501; devatenáct spacerů bázových párů je nezbytný pro normální indukci promotoru MerR“. Výzkum nukleových kyselin. 18 (17): 5157–62. doi:10.1093 / nar / 18.17.5157. PMC  332137. PMID  2169606.
  10. ^ A b Brown, N.L .; Camakaris, J; Lee, B. T .; Williams, T; Morby, A. P .; Parkhill, J; Rouch, D. A. (1991). "Bakteriální odolnost vůči rtuti a mědi". Journal of Cellular Biochemistry. 46 (2): 106–14. doi:10.1002 / jcb.240460204. PMID  1717500.
  11. ^ „Profesor Julian Parkhill - výzkum na katedře veterinárního lékařství“. www.research.vet.cam.ac.uk. Citováno 7. srpna 2019.
  12. ^ „Profesor Julian Parkhill, FRS, FMedSci, vedoucí skupiny“. Archivovány od originál dne 15. března 2016.
  13. ^ Parkhill, J. (2013). „Co pro nás někdy udělalo vysoce výkonné sekvenování?“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 11 (10): 664–5. doi:10.1038 / nrmicro3112. PMID  23979431.
  14. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic
  15. ^ Julian Parkhill na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  16. ^ Publikace Juliana Parkhilla indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  17. ^ Profesor Julian Parkhill navštíví Wellcome Collection v Londýně, aby odhalil vědu za genomem na Youtube
  18. ^ Parkhill, Julian (1991). Regulace transkripce rtuti rezistentního operonu Tn501 (Disertační práce). University of Bristol. OCLC  931563576. ProQuest  301408708.(vyžadováno předplatné)
  19. ^ Holden, M. T. G .; Feil, E .; Lindsay, J .; Peacock, S .; Den, N .; Enright, M .; Foster, T .; Moore, C .; Hurst, L.; Atkin, R .; Barron, A .; Bason, N .; Bentley, S. D .; Chillingworth, C .; Chillingworth, T .; Churcher, C .; Clark, L .; Corton, C .; Cronin, A .; Doggett, J .; Dowd, L .; Feltwell, T .; Hance, Z .; Harris, B .; Hauser, H .; Holroyd, S .; Jagels, K .; James, K. D .; Lennard, N .; Line, A. (2004). „Kompletní genomy dvou klinických Zlatý stafylokok kmeny: Důkazy o rychlém vývoji virulence a rezistence na léky “. Sborník Národní akademie věd. 101 (26): 9786–9791. doi:10.1073 / pnas.0402521101. PMC  470752. PMID  15213324. otevřený přístup
  20. ^ Parkhill, J; Birney, E.; Kersey, P (2010). „Genomická informační infrastruktura po povodni“. Genome Biology. 11 (7): 402. doi:10.1186 / gb-2010-11-7-402. PMC  2926780. PMID  20670392.
  21. ^ Cole, S. T .; Brosch, R .; Parkhill, J .; Garnier, T .; Churcher, C .; Harris, D .; Gordon, S.V .; Eiglmeier, K .; Plyn.; Barry, C.E .; Tekaia, F .; Badcock, K .; Basham, D .; Brown, D .; Chillingworth, T .; Connor, R .; Davies, R .; Devlin, K .; Feltwell, T .; Gentles, S .; Hamlin, N .; Holroyd, S .; Hornsby, T .; Jagels, K .; Krogh, A .; McLean, J .; Moule, S .; Murphy, L .; Oliver, K .; et al. (1998). "Dešifrování biologie Mycobacterium tuberculosis z úplné sekvence genomu ". Příroda. 393 (6685): 537–44. doi:10.1038/31159. PMID  9634230.
  22. ^ Bentley, S. D .; Chater, K. F .; Cerdeño-Tárraga, A. -M .; Challis, G. L .; Thomson, N.R .; James, K. D .; Harris, D. E.; Quail, M. A .; Kieser, H .; Harper, D .; Bateman, A .; Brown, S .; Chandra, G .; Chen, C. W .; Collins, M .; Cronin, A .; Fraser, A .; Goble, A .; Hidalgo, J .; Hornsby, T .; Howarth, S .; Huang, C. -H .; Kieser, T .; Larke, L .; Murphy, L .; Oliver, K .; O'Neil, S .; Rabbinowitsch, E .; Rajandream, M. -A .; et al. (2002). "Kompletní sekvence genomu modelu aktinomycete." Streptomyces coelicolor A3 (2) ". Příroda. 417 (6885): 141–7. doi:10.1038 / 417141a. PMID  12000953.
  23. ^ Qin, J .; Li, R .; Raes, J .; Arumugam, M .; Burgdorf, K. S .; Manichanh, C .; Nielsen, T .; Pons, N .; Levenez, F .; Yamada, T .; Mende, D. R.; Li, J .; Xu, J .; Li, S .; Li, D .; Cao, J .; Wang, B .; Liang, H .; Zheng, H .; Xie, Y .; Tap, J .; Lepage, P .; Bertalan, M .; Batto, J. M .; Hansen, T .; Le Paslier, D .; Linneberg, A .; Nielsen, H. B. R .; Pelletier, E .; Renault, P. (2010). „Katalog lidského střevního mikrobiálního genu vytvořený metagenomickým sekvenováním“. Příroda. 464 (7285): 59–65. doi:10.1038 / nature08821. PMC  3779803. PMID  20203603.
  24. ^ Parkhill, J .; Wren, B. W .; Mungall, K .; Ketley, J. M .; Churcher, C .; Basham, D .; Chillingworth, T .; Davies, R. M .; Feltwell, T .; Holroyd, S .; Jagels, K .; Karlyshev, A. V .; Moule, S .; Pallen, M. J .; Penn, C. W .; Quail, M. A .; Rajandream, M. A .; Rutherford, K. M .; Van Vliet, A. H. M .; Whitehead, S .; Barrell, B. G. (2000). „Sekvence genomu patogenu přenášeného potravinami Campylobacter jejuni odhaluje hypervariabilní sekvence ". Příroda. 403 (6770): 665–8. doi:10.1038/35001088. PMID  10688204.
  25. ^ Cole, S. T .; Eiglmeier, K .; Parkhill, J .; James, K. D .; Thomson, N.R .; Wheeler, P. R .; Honoré, N .; Garnier, T .; Churcher, C .; Harris, D .; Mungall, K .; Basham, D .; Brown, D .; Chillingworth, T .; Connor, R .; Davies, R. M .; Devlin, K .; Duthoy, S .; Feltwell, T .; Fraser, A .; Hamlin, N .; Holroyd, S .; Hornsby, T .; Jagels, K .; Lacroix, C .; MacLean, J .; Moule, S .; Murphy, L .; Oliver, K .; Quail, M. A. (2001). "Masivní genový rozpad v malomocenství bacilů". Příroda. 409 (6823): 1007–1011. doi:10.1038/35059006. PMID  11234002.
  26. ^ Parkhill, J.; Wren, B. W .; Thomson, N.R .; Titball, R. W .; Holden, M. T. G .; Prentice, M. B .; Sebaihia, M .; James, K. D .; Churcher, C .; Mungall, K. L .; Baker, S .; Basham, D .; Bentley, S. D .; Brooks, K .; Cerdeño-Tárraga, A. M .; Chillingworth, T .; Cronin, A .; Davies, R. M .; Davis, P .; Dougan, G .; Feltwell, T .; Hamlin, N .; Holroyd, S .; Jagels, K .; Karlyshev, A. V .; Leather, S .; Moule, S .; Oyston, P. C. F .; Quail, M .; et al. (2001). "Sekvence genomu z Yersinia pestispůvodce moru ". Příroda. 413 (6855): 523–7. doi:10.1038/35097083. PMID  11586360.
  27. ^ Parkhill, J.; Dougan, G.; James, K. D .; Thomson, N.R .; Pickard, D .; Wain, J .; Churcher, C .; Mungall, K. L .; Bentley, S. D .; Holden, M. T. G .; Sebaihia, M .; Baker, S .; Basham, D .; Brooks, K .; Chillingworth, T .; Connerton, P .; Cronin, A .; Davis, P .; Davies, R. M .; Dowd, L .; White, N .; Farrar, J .; Feltwell, T .; Hamlin, N .; Haque, A .; Hien, T. T .; Holroyd, S .; Jagels, K .; Krogh, A .; et al. (2001). "Kompletní sekvence genomu rezistentního vůči více léčivům Salmonella enterica serovar Typhi CT18 ". Příroda. 413 (6858): 848–52. doi:10.1038/35101607. PMID  11677608.
  28. ^ Parkhill, J.; Achtman, M.; James, K. D .; Bentley, S. D .; Churcher, C .; Klee, S. R .; Morelli, G .; Basham, D .; Brown, D .; Chillingworth, T .; Davies, R. M .; Davis, P .; Devlin, K .; Feltwell, T .; Hamlin, N .; Holroyd, S .; Jagels, K .; Leather, S .; Moule, S .; Mungall, K .; Quail, M. A .; Rajandream, M. -A .; Rutherford, K. M .; Simmonds, M .; Skelton, J .; Whitehead, S .; Spratt, B.G .; Barrell, B. G. (2000). "Kompletní sekvence DNA séroskupiny kmene Neisseria meningitidis Z2491 ". Příroda. 404 (6777): 502–6. doi:10.1038/35006655. PMID  10761919.
  29. ^ Parkhill, J .; Wren, B. W. (2011). „Bakteriální epidemiologie a biologie - lekce ze sekvenování genomu“. Genome Biology. 12 (10): 230. doi:10.1186 / gb-2011-12-10-230. PMC  3333767. PMID  22027015.
  30. ^ Garnier, T .; Eiglmeier, K .; Camus, J. -C .; Medina, N .; Mansoor, H .; Pryor, M .; Duthoy, S .; Grondin, S .; Lacroix, C .; Monsempe, C .; Simon, S .; Harris, B .; Atkin, R .; Doggett, J .; Mayes, R .; Keating, L .; Wheeler, P. R .; Parkhill, J .; Barrell, B. G .; Cole, S. T .; Gordon, S.V .; Hewinson, R. G. (2003). "Kompletní sekvence genomu Mycobacterium bovis". Sborník Národní akademie věd. 100 (13): 7877–82. doi:10.1073 / pnas.1130426100. PMC  164681. PMID  12788972.
  31. ^ Parkhill, J.; Sebaihia, M .; Preston, A .; Murphy, L. D .; Thomson, N .; Harris, D. E.; Holden, M. T. G .; Churcher, C. M .; Bentley, S. D .; Mungall, K. L .; Cerdeño-Tárraga, A. M .; Temple, L .; James, K .; Harris, B .; Quail, M. A .; Achtman, M.; Atkin, R .; Baker, S .; Basham, D .; Bason, N .; Cherevach, I .; Chillingworth, T .; Collins, M .; Cronin, A .; Davis, P .; Doggett, J .; Feltwell, T .; Goble, A .; Hamlin, N .; et al. (2003). "Srovnávací analýza genomových sekvencí Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis a Bordetella bronchiseptica". Genetika přírody. 35 (1): 32–40. doi:10.1038 / ng1227. PMID  12910271.
  32. ^ Field, D .; Garrity, G .; Gray, T .; Morrison, N .; Selengut, J .; Sterk, P .; Tatusová, T .; Thomson, N .; Allen, M. J .; Angiuoli, S. V .; Ashburner, M .; Axelrod, N .; Baldauf, S .; Ballard, S .; Boore, J .; Cochrane, G .; Cole, J .; Dawyndt, P .; De Vos, P .; Depamphilis, C .; Edwards, R .; Faruque, N .; Feldman, R .; Gilbert, J .; Gilna, P .; Glöckner, F. O .; Goldstein, P .; Guralnick, R .; Haft, D .; et al. (2008). „Minimální informace o specifikaci sekvence genomu (MIGS)“. Přírodní biotechnologie. 26 (5): 541–7. doi:10.1038 / nbt1360. PMC  2409278. PMID  18464787.
  33. ^ Anon (2014). „Granty udělené Julianovi Parkhillovi BBSRC“. BBSRC. Archivovány od originál dne 4. března 2016.
  34. ^ Anon (2014). „Britské vládní granty uděleny Julianovi Parhillovi“. Swindon: Research Councils UK. Archivovány od originál dne 21. dubna 2015.