Inte: Ligand - Inte:Ligand - Wikipedia

Inte: Ligand GmbH
Soukromé
PrůmyslHumanitní vědy
Založený2003
Hlavní sídlo
Vídeň
,
Rakousko
Oblast sloužila
Celosvětově
Klíčoví lidé
Thierry Langer (zakladatel) Gerhard Wolber (zakladatel) Hermann Stuppner (zakladatel) Sharon D. Bryant (CEO)
produktyLigandScout Essential LigandScout Advanced LigandScout Expert KNIME iLib: Diverse PharmacophoreDB
SlužbySmluvní výzkum, design knihovny In-Silico,

Podpora optimalizace potenciálních zákazníků, virtuální screening, profilování aktivity, vývoj 3D-Pharmacophore,

Vědecký vývoj softwaru
webová stránkawww.liga.com

Inte: Ligand byla založena v roce Maria Enzersdorf, Dolní Rakousko (Niederösterreich) v roce 2003.[1] V roce založili sídlo společnosti na Mariahilferstrasse Vídeň, Rakousko ten stejný rok.

V roce 2007 společnost Inte: Ligand získala cenu NÖ Innovation Award (Innovationpreis) za vývoj simulačního softwaru LigandScout.[2][3][4][5] Od roku 2017 vyšlo více než 1 500 literatury, kapitol knih a recenzních článků týkajících se softwarové technologie InteLigand v oblastech virtuálního screeningu,[6][7][8] 3D farmakoforové modelování,[9][10][11][12] identifikace zásahu,[13][14][15][16][17][18] podpora rozhodování o léčivé chemii,[19][20][21] profilování činnosti,[22] dokování, složený design založený na fragmentech,[23] interakce protein-protein,[24] opětovné použití drog[25] a simulace molekulární dynamiky.[26][27][28]

Mezi další aplikace patří objevování nových Myeloperoxidáza ligandy,[29] HIV inhibitory reverzní transkriptázy,[30] aplikace v antivirovém profilování bioaktivity,[31] vývoj modelů pro předvídání HIV Aktivita proteázy,[32] Cytochrom P450 predikce aktivity,[33]a simulační modely pro aktivitu na Faktor Xa.[34]

Věda a technika

  • LigandScout Essential je vědecký softwarový program pro návrh molekul de novo, který umožňuje odvodit strukturní a ligandové 3D farmakofory, provádět molekulární 3D zarovnání, 3D modelování farmakoforů, virtuální screening, vytvářet multikonformační knihovny sloučenin pro virtuální screening, komentovat knihovny sloučenin a provádět filtrování a třídění a pokročilé úpravy farmakoforů a molekul.
  • LigandScout Advanced, je vědecký softwarový program, který má všechny funkce dokování LigandScout Essential plus, modelování farmakoforů na webu Apo, vyhledávání kapes, analýzu trajektorií molekulární dynamiky.
  • LigandScout Expert KNIME Extensions poskytují více než 45 inteligentních vědeckých algoritmů Inte: Ligand zabalených do rozšíření KNIME, které se používají k navrhování přizpůsobených pracovních postupů souvisejících s návrhem léků pomocí počítače pomocí platformy KNIME.

Viz také

Další společnosti a instituce poskytující software pro objevování drog:

Reference

  1. ^ „Inte: Ligand Software-Entwicklungs- und Consulting GmbH - Wien - Telefon - Kontakt - Information und Consulting - Firmen A-Z“. firmen.wko.at (v němčině). Citováno 2017-07-02.
  2. ^ Wolber, Gerhard; Dornhofer, Alois A .; Langer, Thierry (01.12.2006). "Efektivní překrytí malých organických molekul pomocí 3D lékopisů". Journal of Computer-Aided Molecular Design. 20 (12): 773–788. doi:10.1007 / s10822-006-9078-7. ISSN  0920-654X. PMID  17051340.
  3. ^ „Land Niederösterreich und Wirtschaftskammer NÖ verleihen NÖ Innovationspreis 2007“. OTS.at. Citováno 2017-07-02.
  4. ^ „Waldviertelnews.at“. www.waldviertelnews.at. Citováno 2017-07-02.
  5. ^ Wolber, Gerhard; Langer, Thierry (01.01.2005). „LigandScout: 3-D farmakofory odvozené od ligandů vázaných na proteiny a jejich použití jako filtry pro virtuální screening“. Journal of Chemical Information and Modeling. 45 (1): 160–169. doi:10.1021 / ci049885e. ISSN  1549-9596. PMID  15667141.
  6. ^ Karaboga, Arnaud S .; Planesas, Jesús M .; Petronin, Florent; Teixidó, Jordi; Souchet, Michel; Pérez-Nueno, Violeta I. (2013-05-24). „Vysoce specifický a citlivý model farmakoforu pro identifikaci antagonistů CXCR4. Srovnání s výkonem virtuálního screeningu při dokování a přizpůsobení tvaru“. Journal of Chemical Information and Modeling. 53 (5): 1043–1056. doi:10.1021 / ci400037y. ISSN  1549-9596. PMID  23577723.
  7. ^ Sanders, Marijn P. A .; Barbosa, Arménio J. M .; Zarzycka, Barbara; Nicolaes, Gerry A.F .; Klomp, Jan P.G .; de Vlieg, Jacob; Del Rio, Alberto (2012-06-25). "Srovnávací analýza nástrojů pro skríning farmakoforů". Journal of Chemical Information and Modeling. 52 (6): 1607–1620. doi:10.1021 / ci2005274. ISSN  1549-9596. PMID  22646988.
  8. ^ Kaserer, T .; Obermoser, V .; Weninger, A .; Gust, R .; Schuster, D. (2016-11-29). „Hodnocení vybraných 3D virtuálních screeningových nástrojů pro prospektivní identifikaci parciálních agonistů γ parciálních agonistů peroxizomového proliferátoru (PPAR)“. European Journal of Medicinal Chemistry. 124: 49–62. doi:10.1016 / j.ejmech.2016.07.072. PMID  27560282.
  9. ^ Seidel, Thomas; Bryant, Sharon D .; Ibis, Gökhan; Poli, Giulio; Langer, Thierry (2017). Varnek, Alexandre (ed.). Cvičení z chemoinformatiky. John Wiley & Sons, Ltd. str. 279–309. doi:10.1002 / 9781119161110.ch20. ISBN  9781119161110.
  10. ^ Lagarde, Nathalie; Delahaye, Solenne; Zagury, Jean-François; Montes, Matthieu (06.09.2016). „Rozlišující ligandy agonistů a antagonistů jaderných receptorů pomocí 3D-pharmacoforů“. Journal of Cheminformatics. 8 (1): 43. doi:10.1186 / s13321-016-0154-2. ISSN  1758-2946. PMC  5011875. PMID  27602059.
  11. ^ Liu, Jiyuan; Tian, ​​Zhen; Zhang, Yalin (06.10.2016). "Strukturální objev potenciálně aktivních semiochemikálií pro Cydia pomonella (L.)". Vědecké zprávy. 6 (1): 34600. doi:10.1038 / srep34600. ISSN  2045-2322. PMC  5052595. PMID  27708370.
  12. ^ Wolber, Gerhard; Kosara, Robert (2006). Langer, Thierry; Hoffmann, Rémy D. (eds.). Pharmacophores a Pharmacophore vyhledávání. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. str.131 –150. doi:10.1002 / 3527609164.ch6. ISBN  9783527609161.
  13. ^ Langer, Thierry; Hoffmann, Rémy; Bryant, Sharon; Lesur, Brigitte (2009). „Hledání nálezů: směrem k„ chytřejším “přístupům. Současný názor na farmakologii. 9 (5): 589–593. doi:10.1016 / j.coph.2009.06.001. PMID  19576852.
  14. ^ Takimoto, Seisuke; Sugiura, Airi; Minami, Saki; Tasaka, Tomohiko; Nakagawa, Yoshiaki; Miyagawa, Hisashi (2016-04-01). "In silico exploration for agonists / antagonists of brassinolid". Dopisy o bioorganické a léčivé chemii. 26 (7): 1709–1714. doi:10.1016 / j.bmcl.2016.02.054. PMID  26935445.
  15. ^ Vuorinen, Anna; Engeli, Roger; Meyer, Arne; Bachmann, Fabio; Griesser, Ulrich J .; Schuster, Daniela; Odermatt, Alex (2014-07-24). „Modelování farmakoforů na bázi ligandů a virtuální screening pro objev nových inhibitorů 17β-hydroxysteroid dehydrogenázy 2“. Journal of Medicinal Chemistry. 57 (14): 5995–6007. doi:10.1021 / jm5004914. ISSN  0022-2623. PMC  4111740. PMID  24960438.
  16. ^ Perdih, Andrej; Kovač, Andreja; Wolber, Gerhard; Blanot, Didier; Gobec, Stanislav; Solmajer, Tom (2009-05-15). „Objev nových inhibitorů benzen-1,3-dikarboxylové kyseliny bakteriálních MurD a MurE ligáz strukturně založeným virtuálním screeningovým přístupem“. Dopisy o bioorganické a léčivé chemii. 19 (10): 2668–2673. doi:10.1016 / j.bmcl.2009.03.141. PMID  19369074.
  17. ^ Waltenberger, Birgit; Garscha, Ulrike; Temml, Veronika; Liers, Josephine; Werz, Oliver; Schuster, Daniela; Stuppner, Hermann (2016-04-25). „Objev silných inhibitorů rozpustné epoxidhydrolázy (sEH) pomocí virtuálního screeningu založeného na farmakoforech“. Journal of Chemical Information and Modeling. 56 (4): 747–762. doi:10.1021 / acs.jcim.5b00592. ISSN  1549-9596. PMID  26882208.
  18. ^ Voet, Arnout R. D .; Kumar, Ashutosh; Berenger, Francois; Zhang, Kam Y. J. (2014-04-01). "Kombinace in silico a cerebro přístupů pro virtuální screening a predikci představ v SAMPL4". Journal of Computer-Aided Molecular Design. 28 (4): 363–373. doi:10.1007 / s10822-013-9702-2. ISSN  0920-654X. PMID  24446075.
  19. ^ DeBonis, Salvatore; Skoufias, Dimitrios A .; Indorato, Rose-Laure; Liger, François; Marquet, Bernard; Laggner, Christian; Joseph, Benoît; Kozielski, Frank (01.03.2008). „Vztah struktura-aktivita analogů S-trityl-l-cysteinu jako inhibitorů lidského mitotického kinezinu Eg5“. Journal of Medicinal Chemistry. 51 (5): 1115–1125. doi:10.1021 / jm070606z. ISSN  0022-2623. PMID  18266314.
  20. ^ Polishchuk, Pavel G .; Samoylenko, Georgiy V .; Khristova, Tetiana M .; Krysko, Olga L .; Kabanova, Tatyana A .; Kabanov, Vladimir M .; Kornylov, Alexander Yu .; Klimchuk, Olga; Langer, Thierry (10.10.2015). "Návrh, virtuální screening a syntéza antagonistů αIIbβ3 jako protidoštičkových látek". Journal of Medicinal Chemistry. 58 (19): 7681–7694. doi:10.1021 / acs.jmedchem.5b00865. ISSN  0022-2623. PMID  26367138.
  21. ^ Barreca, Maria Letizia; De Luca, Laura; Iraci, Nunzio; Rao, Angela; Ferro, Stefania; Maga, Giovanni; Chimirri, Alba (01.03.2007). „Strukturovaná farmakoforická identifikace nových chemických skeletů jako nenukleosidových inhibitorů reverzní transkriptázy“. Journal of Chemical Information and Modeling. 47 (2): 557–562. doi:10.1021 / ci600320q. ISSN  1549-9596. PMID  17274611.
  22. ^ Langer, Thierry; Bryant, Sharon D (01.10.2013). "Výpočetní metody pro profilování cílů léků a polyfarmakologie". In Silico Drug Discovery and Design. Budoucí vědecká kniha. Future Science Ltd. str. 178–188. doi:10,4155 / ebo.13.417. ISBN  978-1-909453-01-2.
  23. ^ Deyon-Jung, Laurence; Morice, Christophe; Chéry, Florencie; Gay, Julie; Langer, Thierry; Frantz, Marie-Céline; Rozot, Roger; Dalko-Csiba, Maria (2016-03-16). „Fragmentování založené na farmakoforech při screeningu silico: silný přístup k efektivnímu objevování olova“. Med. Chem. Commun. 7 (3): 506–511. doi:10.1039 / c5md00444f. ISSN  2040-2511.
  24. ^ Golestanian, Sahand; Sharifi, Amirhossein; Popowicz, Grzegorz M .; Azizian, Homa; Foroumadi, Alireza; Szwagierczak, Aleksandra; Holak, Tad A .; Amanlou, Massoud (2016-01-15). „Objev nových duálních inhibitorů proti proteinům Mdm2 a Mdmx in silico přístupy a vazebným testem“. Humanitní vědy. 145: 240–246. doi:10.1016 / j.lfs.2015.12.047. PMID  26746660.
  25. ^ Wei, Yinxiang; Ma, Yuanfang; Zhao, Qing; Ren, Zhiguang; Li, Yan; Hou, Tingjun; Peng, Hui (01.08.2012). „Nové použití pro starou drogu: inhibice ABCG2 se sorafenibem“. Molecular Cancer Therapeutics. 11 (8): 1693–1702. doi:10.1158 / 1535-7163.MCT-12-0215. ISSN  1535-7163. PMID  22593228.
  26. ^ Shirgahi Talari, Faezeh; Bagherzadeh, Kowsar; Golestanian, Sahand; Jarstfer, Michael; Amanlou, Massoud (2015-12-28). „Silní inhibitory lidské telomerázy: molekulární dynamické simulace, virtuální screening na základě více farmakofórů a biochemické testy“. Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (12): 2596–2610. doi:10.1021 / acs.jcim.5b00336. ISSN  1549-9596. PMID  26529120.
  27. ^ Rakers, Christin; Schumacher, Fabian; Meinl, Walter; Glatt, Hansruedi; Kleuser, Burkhard; Wolber, Gerhard (01.01.2016). „In Silico Prediction of Human Sulfotransferase 1E1 Activity Guided by Pharmacophores from Molecular Dynamics Simulation“. Journal of Biological Chemistry. 291 (1): 58–71. doi:10,1074 / jbc.M115,685610. ISSN  0021-9258. PMC  4697188. PMID  26542807.
  28. ^ Wieder, Marcus; Perricone, Ugo; Boresch, Stefan; Seidel, Thomas; Langer, Thierry (2016-02-12). "Hodnocení stability vlastností farmakoforů pomocí simulací molekulární dynamiky". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 470 (3): 685–689. doi:10.1016 / j.bbrc.2016.01.081. PMID  26785387.
  29. ^ Malle, E .; Furtmüller, P. G .; Sattler, W .; Obinger, C. (2007). „Myeloperoxidáza: cíl pro vývoj nových léků?“. British Journal of Pharmacology. 152: 838–854. doi:10.1038 / sj.bjp.0707358. PMC  2078229.
  30. ^ Barreca, M. L .; De Luca, L .; Iraci, N .; Rao, A .; Ferro, S .; Maga, G .; Chimirri, A (2007). „Strukturovaná farmakoforická identifikace nových chemických skeletů jako nenukleosidových inhibitorů reverzní transkriptázy“. J. Chem. Inf. Modelka. 47 (2): 557–562. doi:10.1021 / ci600320q. PMID  17274611.
  31. ^ Steindl, T. M; Schuster, D .; Wolber, G .; Laggner, C .; Langer, T. (2007). „Vysoce výkonné modelování farmakoforů založené na struktuře jako základ pro úspěšný paralelní virtuální screening“. J. Comput. -Aided Mol. Des. 20 (12): 703–715. doi:10.1007 / s10822-006-9066-r.
  32. ^ Steindl, T. M; Schuster, Laggner; Chuang, K .; Hoffmann, R .; Langer, T. (2007). „Paralelní screening a profilování aktivity s farmakoforovými modely s inhibitory HIV proteázy“. J. Chem. Inf. Modelka. 47 (2): 563–571. doi:10,1021 / ci600321m.
  33. ^ Schuster, D .; Laggner, C .; Steindl, T. M .; Langer, T. (2006). "Vývoj a ověření profilu in incoco P450 na základě farmakoforových modelů". Curr. Drug Discov. Technol. 3 (1): 1–48. doi:10.2174/157016306776637609.
  34. ^ Krovat, E. M .; Fruhwirth, K. H .; Langer, T. (2005). „Pharmacophore Identification, in Silico Screening, and Virtual Library Design for Inhibitors of the Human Factor Xa“. J. Chem. Inf. Modelka. 45 (1): 146–159. doi:10.1021 / ci049778k.