OpenEye Scientific Software - OpenEye Scientific Software
 | Téma tohoto článku nemusí splňovat požadavky Wikipedie pokyny k pozoruhodnosti pro společnosti a organizace. (srpen 2013) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
 | |
| Soukromě, vlastněný zaměstnancem, C Corporation | |
| Průmysl | Počítačový software Výzkum a vývoj Biotechnologie Cheminformatika |
| Založený | 1997 |
| Hlavní sídlo | , Spojené státy |
Počet zaměstnanců | 100-200 |
| webová stránka | www |
OpenEye Scientific Software je americká softwarová společnost, která vyvíjí ve velkém molekulární modelování aplikace a sady nástrojů.
Rozsah
Primárně zaměřeno na objev drog a design, oblasti použití zahrnují generování konformací, dokování, porovnání tvarů, nabít /elektrostatika, cheminformatika a vizualizace. Tento software je navržen pro vědeckou přísnost, stejně jako rychlost, škálovatelnost a nezávislost platformy.
OpenEye zpřístupňuje většinu své technologie jako sady nástrojů vhodné pro zakázkový vývoj. Sady nástrojů jsou k dispozici ve více jazycích: C ++, Krajta, Jáva a C#.[Citace je zapotřebí ]
Aplikační software
- AFITT - Krystalografické upřesnění a analýza.
- BROOD - Bioisostere identifikace pomocí tvaru, chemie a elektrostatická podobnost.
- EON - Chemikálie analýza podobnosti prostřednictvím srovnání elektrostatické překrytí.
- FastROCS - 3D vyhledávání molekulárních tvarů v reálném čase pomocí technologie GPU.
- FILTR - Molekulární screening a výběr na základě fyzických vlastností nebo funkční skupiny.
- OEDocking - Molekulární dokovací nástroje včetně FRED (rychlé dokování), HYBRIDU (dokování s ligandem) a POSIT (predikce pozice s ligandem).
- OMEGA - rychlý, přesný generace konformátorů, pro lineární a makrocyklické molekuly.
- pKa Prospector - databáze vysoce kvalitních měření pKa.
- QUACPAC - Tautomery, protonační stavy a poplatky za malé molekuly a bílkoviny.
- ROCS - Chemická podobnost analýza pomocí rychlých 3D vyhledávání molekulárních tvarů.
- SZMAP - Určete místa s vodou ve vazebném místě pro proteiny pro zlepšení účinnosti ligandu.
- SZYBKI - Rychlá optimalizace silového pole ligandy v plynná fáze, řešení, nebo v rámci aktivní místo proteinu.
- VIDA - Grafické uživatelské rozhraní, které vizualizuje, analyzuje a spravuje podnikové sbírky molekulární struktury a informace.
Sady nástrojů
Programování knihoven poskytujících ostatním aplikacím objektově orientovaný přístup k dané sadě funkcí.
- OEChem TK - Cheminformatika a 3D zpracování molekulárních dat.
- OEDepict TK - Elegantní 2D vykreslování struktur sloučenin.
- OEDocking TK - dokování a skórování.
- Grapheme TK - Pokročilé vykreslování struktur sloučenin.
- GraphSim TK - 2D molekulární otisky prstů a výpočty podobnosti.
- Lexichem TK - nejmodernější vzájemná konverze názvu a struktury s podporou více jazyků.
- MolProp TK - 2D výpočet a filtrování molekulárních vlastností.
- QuacPac TK - generace tautomerů.
- Omega TK - generace transformátorů.
- Tvar TK - Porovnání molekulárních tvarů na základě 3D překrytí.
- Spicoli TK - rychlé vytváření a manipulace s molekulárním povrchem.
- Szmap TK - Interakce vody ve vazebném místě.
- Szykbi TK - Zobecněná optimalizace funkcí, např. optimalizace molekulární struktury.
- Zap TK - efektivní Poisson-Boltzmann elektrostatika řešitel.
Viz také
Reference
 | Tento článek obsahuje a seznam doporučení, související čtení nebo externí odkazy, ale její zdroje zůstávají nejasné, protože jí chybí vložené citace. (Ledna 2015) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
- „Stahování a upgrady: AFITT 2.3, GenBank 197.0 a Proteinová databáze“. BioInform. Genomeweb LLC. 16. srpna 2013. Citováno 28. srpna 2013.
- „Přehled společnosti OpenEye Scientific Software, Inc“. Bloomberg Businessweek. Bloomberg L.P.. Citováno 28. srpna 2013.
- Yang, Jeremy J. (podzim 2011). „Vývoj softwaru pro cheminformatiku: případové studie“ (PDF). Indiana University School of Informatics and Computing. Citováno 28. srpna 2013.