Haploskupina E-M96 - Haplogroup E-M96

Haploskupina E.
Možná doba vzniku	65 ka, 69 ka, nebo asi 73 ka
Možné místo původu	východní Afrika nebo Západní Asie
Předek	DE
Potomci	E-P147, E-M75
Definování mutací	L339, L614, M40 / SRY4064 / SRY8299, M96, P29, P150, P152, P154, P155, P156, P162, P168, P169, P170, P171, P172, P173, P174, P175, P176

Haploskupina E-M96 je haploskupina lidského Y-chromozomu DNA. Je to jedna ze dvou hlavních větví starší a předkové haploskupina DE, další hlavní větev bytí haploskupina D. Clade E-M96 je rozdělen do dvou hlavních subclades: častější E-P147 a méně časté E-M75.

Počátky

Underhill (2001) navrhuje, aby v haploskupině E mohla vzniknout východní Afrika.^[9] Někteří autoři jako Chandrasekar (2007) přijímají dřívější pozici Hammera (1997), že Haploskupina E mohla vzniknout v Asie,^[10] vzhledem k tomu, že:

E je clade Haplogroup DE, s druhou hlavní clade, haploskupina D, jsou distribuovány výhradně v Asii.
DE je clade uvnitř M168 s dalšími dvěma hlavními subtypy, C a F, považovanými za a euroasijský původ.

Existuje však několik objevů, které se objevily od článků o kladivu, a činí tak asijský původ méně pravděpodobným:

Underhill a Kivisild (2007) prokázali, že C a F mají společného předka, což znamená, že DE má pouze jednoho sourozence, který není africký.^[11]
DE * se vyskytuje v Asii i v Africe, což znamená, že v Asii a Africe se vyskytuje nejen jeden, ale i několik sourozenců D.
Karafet (2008), jehož je Hammer spoluautorem, významně upravil časové odhady vedoucí k „novým interpretacím geografického původu starodávných sub-subů“.^[12] Tento článek mimo jiné navrhl mnohem vyšší věk haploskupiny E-M96, než se dříve uvažovalo, což jí dává podobný věk jako haploskupina D a DE samotné, což znamená, že již neexistuje žádný pádný důvod považovat ji za odnož DE, ke kterému muselo dojít dlouho poté, co DE vzniklo a vstoupilo do Asie.^[12]

V roce 2015 Poznik a Underhill tvrdily, že haploskupina E vznikla mimo Afriku a tvrdí, že „tento model geografické segregace v kladu CT vyžaduje pouze jednu kontinentální výměnu haploskupiny (E do Afriky), nikoli tři (D, C a F ven Načasování tohoto domnělého návratu do Afriky, mezi vznikem haploskupiny E a její diferenciací v Africe 58 kya, je v souladu s návrhy, založenými na datech jiných než Y chromozomů, na hojný tok genů mezi Afrikou a Arábií 50 –80 kya. “^[7]

V roce 2015 Trobetta et al. navrhl východoafrický původ pro haploskupinu E a uvedl: „Naše fylogeografická analýza založená na tisících vzorků po celém světě naznačuje, že záření haploskupiny E začalo asi 58 ka, někde v subsaharské Africe, s vyšší pravděpodobností vzadu (0,73) pro východoafrický původ. “^[6]

Cabrera et al. Vyslovili hypotézu o euroasijském středisku původu a rozptýlení haploskupiny E. (2018) založený na podobném věku mateřské haploskupiny kladu DE a haploskupiny mtDNA L3. Podle této hypotézy, po počáteční migraci mimo Afriku brzy anatomicky moderní lidé kolem 125 kya se tedy u mužů nesoucích E zpětně migrovalo z místa původu otcovské haploskupiny v Eurasii kolem 70 kya spolu se samicemi nesoucími mateřskou haploskupinu L3, což podle studie rovněž předpokládá, že pocházejí z Eurasie. Tyto nové euroasijské linie byly poté navrženy tak, aby do značné míry nahradily staré autochtonní mužské a ženské africké linie.^[8]

Studie Habera a kol. Z roku 2019 podporuje africký původ pro haploskupinu E (na základě analýzy Y-chromozomální fylogenetické struktury, dob divergence haploskupin a nedávno objevené haploskupiny D0 nalezené u tří Nigerijců, což je další větev linie DE odchylující se brzy od větve D.) Autoři podporují africký původ pro DE (mateřská haploskupina E) s E a D0 také pocházejícími z Afriky, spolu s migrací tří linií (C, D a FT) z Afriky, které nyní tvoří drtivou většinu Africké Y chromozomy. Počáteční data divergence zjištěná ve studii pro DE, E a D0 (všechna data pocházejí z přibližně 71–76 kya), která jsou předurčena k migraci předků Eurasijců mimo Afriku (datována přibližně do 50– 60 kya), jsou rovněž považovány autory za podporu afrického původu pro tyto haploskupiny.^[3]

Rozdělení

Většina členů haploskupiny E-M96 patří k jedné z jejích identifikovaných subkladů a E-M96 (xE-P147, E-M75) je vzácný. E1a a E-M75 se nacházejí téměř výlučně v Afrika. Při pohledu na hlavní frekvence subclade lze definovat pět širokých oblastí Afriky: východní, střední, severní, jižní a západní. Rozdělení lze rozlišit podle prevalence E-M2 ve východní, střední, jižní a západní Africe, E-M78 ve východní Africe a E-M81 v Severní Afrika. E-M2 je nejrozšířenější subclade E v Africe. Je pozorován při vysokých frekvencích ve všech afrických oblastech od mírných po vysoké. E-M243 (zejména jeho subclades M78 a M81) se nachází na vysokých frekvencích v Severovýchodní Afrika a Severní Afrika a je jedinou subclade, která se nachází v Evropa a Asie na významných frekvencích. E-M243 je běžný mezi Afroasijský reproduktory v Blízký východ a Severní Afrika stejně jako mezi některými Nilo-Saharan a Niger – Kongo reproduktory dovnitř Severovýchodní Afrika a Súdán. E-M243 je mnohem méně běžný v západní, střední a jižní Africe, i když u některých byl pozorován Khoisan Řečníci^[13] a mezi Niger – Kongo reproduktory dovnitř Senegambia,^[14] Guinea-Bissau,^[15] Burkina Faso,^[16] Ghana, Gabon,^[17] the Demokratická republika Kongo, Rwanda,^[18] Namibie, a Jižní Afrika.

Jeden z různých Pre-Pottery Neolithic B Bylo zjištěno, že fosilie, které byly analyzovány na starou DNA, nesou otcovskou haploskupinu E (xE2, E1a, E1b1a1a1c2c3b1, E1b1b1b1a1, E1b1b1b2b) (1/7; ~ 14%).^[19]

Subclades

E-M96 *

Paragroup E-M96 * odkazuje na linie patřící do E kladu, které však nelze zařadit do žádné známé větve. E (xE1-P147, E2-M75) - tj. E, který byl negativně testován na P147 i M75 - byl hlášen u 2 Amharas z Etiopie,^[20] u 2 mužů z Saudská arábie,^[21] a v jednom Bantu - mluvící muž z Jižní Afrika.^[12] E (xE1a-M33, E1b1-P2, E2-M75) byl hlášen u několika jihoafrických populací a u egyptského muže;^[22] E (xE1a-M33, E1b1a1-M2, E1b1b-M215, E2-M75) byl pozorován mezi Pygmejové a Bantu z Kamerun a Gabon;^[17] a E (xE1a-M33, E1b1a1-M2, E1b1b1-M35, E2-M75) byl nalezen v několika libanonských,^[23] v Burkině Faso,^[24] a a Fulbe muž z Niger.^[25]

Nedávno bylo objeveno, že 3 východoafričtí muži dříve klasifikovaní pouze jako E * -M96 mohli být přiděleni do nové pobočky E-V44, která je sesterskou pobočkou E1-P147; E-P147 a E-V44 sdílejí mutaci V3725, takže E2-M75 a E-V3725 jsou dvě známé primární větve E.^[26] Není známo, zda některé (nebo všechny) jiné E * (xE1, E2) spadají také do V44.

E-P147

E-P147 (také známý jako E1) je zdaleka nejpočetnější a nejrozšířenější pobočkou E-M96. Má dvě primární větve: E-M132 (E1a) a E-P177 (E1b).

V rámci haploskupiny E-P177, Haploskupina E-P2 (E1b1) - subclade E-P177 - je nejen nejčastější variantou E-M96, ale je také nejčastější Y-DNA linie v Afrika. Je to také jediná subclade E-M96 nalezená ve významném počtu v Západní Asie a Evropa.

Plodná primární větev E-P2, Haploskupina E-M215 (E1b1b) je distribuován ve vysokých frekvencích od východní Afrika, přes Severní Afrika do Západní Asie a Jižní Evropa. Vyskytuje se také na významných úrovních mezi původními populacemi Jižní Afrika a po celou dobu západní Evropa.

E-M75

E-M75 je přítomen v celé subekvatoriální Africe, zejména v Velká africká jezera a Střední Afrika. Nejvyšší koncentrace haploskupiny byla nalezena mezi Alur (66.67%),^[22] Hema (38.89%),^[22] Rimaibe (27.03%),^[16] Mbuti (25.00%),^[16] Daba (22.22%),^[16] Eviya (20.83%),^[17] Zulu (20.69%),^[22] a keňský Bantus (17.24%).^[18]

Haploskupina E-M75 (xM41, M54) byla nalezena v 6% (1/18) z Dama z Namibie,^[22] 4% (1/26) z Ganda z Ugandy,^[22] 3% (1/39) z Mandinka z Gambie / Senegalu,^[22] a 2% (1/49) z Shona ze Zimbabwe.^[22]

Fylogenetika

Fylogenetická historie

Před rokem 2002 bylo v akademické literatuře alespoň sedm pojmenovacích systémů pro fylogenetický strom Y-chromozomu. To vedlo ke značnému zmatku. V roce 2002 se hlavní výzkumné skupiny spojily a vytvořily Y-Chromosome Consortium (YCC). Publikovali společný dokument, který vytvořil jediný nový strom, který všichni souhlasili s použitím. Později skupina občanských vědců se zájmem o populační genetiku a genetickou genealogii vytvořila pracovní skupinu, která vytvořila amatérský strom, jehož cílem je být především včasná. Níže uvedená tabulka shrnuje všechny tyto práce v bodě mezníkového stromu YCC 2002. To umožňuje výzkumníkovi, který recenzuje starší publikovanou literaturu, rychle se pohybovat mezi nomenklaturami.

YCC 2002/2008 (zkratka)	(α)	(β)	(γ)	(δ)	(ε)	(ζ)	(η)	YCC 2002 (Longhand)	YCC 2005 (Longhand)	YCC 2008 (Longhand)	YCC 2010r (Longhand)	ISOGG 2006	ISOGG 2007	ISOGG 2008	ISOGG 2009	ISOGG 2010	ISOGG 2011	ISOGG 2012
E-P29	21	III	3A	13	Eu3	H2	B	E*	E	E	E	E	E	E	E	E	E	E
E-M33	21	III	3A	13	Eu3	H2	B	E1 *	E1	E1a	E1a	E1	E1	E1a	E1a	E1a	E1a	E1a
E-M44	21	III	3A	13	Eu3	H2	B	E1a	E1a	E1a1	E1a1	E1a	E1a	E1a1	E1a1	E1a1	E1a1	E1a1
E-M75	21	III	3A	13	Eu3	H2	B	E2a	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2	E2
E-M54	21	III	3A	13	Eu3	H2	B	E2b	E2b	E2b	E2b1	-	-	-	-	-	-	-
E-P2	25	III	4	14	Eu3	H2	B	E3 *	E3	E1b	E1b1	E3	E3	E1b1	E1b1	E1b1	E1b1	E1b1
E-M2	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a *	E3a	E1b1	E1b1a	E3a	E3a	E1b1a	E1b1a	E1b1a	E1b1a1	E1b1a1
E-M58	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a1	E3a1	E1b1a1	E1b1a1	E3a1	E3a1	E1b1a1	E1b1a1	E1b1a1	E1b1a1a1a	E1b1a1a1a
E-M116.2	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a2	E3a2	E1b1a2	E1b1a2	E3a2	E3a2	E1b1a2	E1b1a2	E1ba12	odstraněn	odstraněn
E-M149	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a3	E3a3	E1b1a3	E1b1a3	E3a3	E3a3	E1b1a3	E1b1a3	E1b1a3	E1b1a1a1c	E1b1a1a1c
E-M154	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a4	E3a4	E1b1a4	E1b1a4	E3a4	E3a4	E1b1a4	E1b1a4	E1b1a4	E1b1a1a1g1c	E1b1a1a1g1c
E-M155	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a5	E3a5	E1b1a5	E1b1a5	E3a5	E3a5	E1b1a5	E1b1a5	E1b1a5	E1b1a1a1d	E1b1a1a1d
E-M10	8	III	5	15	Eu2	H2	B	E3a6	E3a6	E1b1a6	E1b1a6	E3a6	E3a6	E1b1a6	E1b1a6	E1b1a6	E1b1a1a1e	E1b1a1a1e
E-M35	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b *	E3b	E1b1b1	E1b1b1	E3b1	E3b1	E1b1b1	E1b1b1	E1b1b1	odstraněn	odstraněn
E-M78	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b1 *	E3b1	E1b1b1a	E1b1b1a1	E3b1a	E3b1a	E1b1b1a	E1b1b1a	E1b1b1a	E1b1b1a1	E1b1b1a1
E-M148	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b1a	E3b1a	E1b1b1a3a	E1b1b1a1c1	E3b1a3a	E3b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a3a	E1b1b1a1c1	E1b1b1a1c1
E-M81	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b2 *	E3b2	E1b1b1b	E1b1b1b1	E3b1b	E3b1b	E1b1b1b	E1b1b1b	E1b1b1b	E1b1b1b1	E1b1b1b1a
E-M107	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b2a	E3b2a	E1b1b1b1	E1b1b1b1a	E3b1b1	E3b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1	E1b1b1b1a	E1b1b1b1a1
E-M165	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b2b	E3b2b	E1b1b1b2	E1b1b1b1b1	E3b1b2	E3b1b2	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b2a	E1b1b1b1a2a
E-M123	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b3 *	E3b3	E1b1b1c	E1b1b1c	E3b1c	E3b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1c	E1b1b1b2a
E-M34	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3b3a *	E3b3a	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E3b1c1	E3b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1c1	E1b1b1b2a1
E-M136	25	III	4	14	EU4	H2	B	E3ba1	E3b3a1	E1b1b1c1a	E1b1b1c1a1	E3b1c1a	E3b1c1a	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1c1a1	E1b1b1b2a1a1

Výzkumné publikace

Při vytváření stromu YCC byly zastoupeny následující výzkumné týmy.

α Jobling a Tyler-Smith 2000 a Kaladjieva 2001
β Underhill 2000
y Kladivo 2001
δ Karafet 2001
ε Semino 2000
ζ Ne 1999
η Capelli 2001

Fylogenetické stromy

Tento fylogenetický strom podskupin haploskupin je založen na stromu Y-Chromosome Consortium (YCC),^[27] strom haploskupiny ISOGG Y-DNA,^[28] a následný publikovaný výzkum.

E-M96 (L339, L614, M40 / SRY4064 / SRY8299, M96, P29, P150, P152, P154, P155, P156, P162, P168, P169, P170, P171, P172, P173, P174, P175, P176)
- E-P147 (P147)
  - E-M33 (M33, M132)
    - E-M44 (M44)
    - E-P110 (P110)
    - E-L94 (L94)
    - E-L133 (L133 / STRÁNKY 00074)
  - E-P177 (P177)
    - E-P2 (DYS391p, P2 / PN2, P179, P180, P181)
    - E-P75 (P75)
- E-M75 (M75, P68)
  - E-M41 (M41)
  - E-M54 (M54, M90, M98)
    - E-M85 (M85)

Viz také

Genetika

Y-DNA E subklady

Páteřní strom Y-DNA

Fylogenetický strom člověka Haploskupiny Y-chromozomové DNA ^{[χ 1]}^{[χ 2]}

"Y-chromozomální Adam "

A0-T ^{[χ 3]}

A1 ^{[χ 4]}

F2

F3

GHIJK

Já

J

LT ^{[χ 5]}

K2 ^{[χ 6]}

L

T

K2a ^{[χ 7]}

K2b ^{[χ 8]}

K2c

K2d

K2e ^{[χ 9]}

K-M2313 ^{[χ 10]}

K2b1 ^{[χ 11]}

P ^{[χ 12]}

NE

S ^{[χ 13]}

M ^{[χ 14]}

P1

P2

Poznámky pod čarou

^ Van Oven M, Van Geystelen A, Kayser M, Decorte R, Larmuseau HD (2014). „Vidět dřevo pro stromy: minimální referenční fylogeneze pro lidský chromozom Y“. Lidská mutace. 35 (2): 187–91. doi:10,1002 / humu.22468. PMID 24166809.
^ International Society of Genetic Genealogy (ISOGG; 2015), Y-DNA Haploskupina Tree 2015. (Datum přístupu: 1. února 2015.)
^ Haploskupina A0-T je také známá jako A-L1085 (a dříve jako A0'1'2'3'4).
^ Haploskupina A1 je také známá jako A1'2'3'4.
^ Haploskupina LT (L298 / P326) je také známá jako Haploskupina K1.
^ V letech 2002 až 2008 Haploskupina T-M184 byla známá jako „Haplogroup K2“. Od té doby bylo toto jméno znovu přiřazeno K-M526, sourozenec Haplogroup LT.
^ Haploskupina K2a (M2308) a její primární subklade K-M2313 byly v roce 2016 odděleny od Haploskupiny NO (F549). (Toto následovalo po vydání: Poznik GD, Xue Y, Mendez FL a kol. (2016). „Interpunkční výbuchy v lidské mužské demografii byly odvozeny z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomu“. Genetika přírody. 48 (6): 593–9. doi:10.1038 / ng.3559. PMC 4884158. PMID 27111036. V minulosti byly s názvem „K2a“ identifikovány také jiné haploskupiny, včetně NO (M214) a K2e.
^ Haploskupina K2b (M1221 / P331 / PF5911) je také známá jako Haplogroup MPS.
^ Haploskupina K2e (K-M147) byla dříve známá jako „Haploskupina X“ a „K2a“ (ale je sourozeneckou subklade současné K2a).
^ K-M2313 *, který dosud nemá fylogenetický název, byl dokumentován u dvou žijících jedinců, kteří mají etnické vazby na Indii a jihovýchodní Asii. Navíc, K-Y28299, který se jeví jako primární větev K-M2313, byl nalezen u tří žijících jedinců z Indie. Viz: Poznik op. cit.; YFull YTree v5.08, 2017, „K-M2335“, a; PhyloTree, 2017, „Podrobnosti o značkách Y-SNP zahrnutých do minimálního stromu Y“ (Datum přístupu na tyto stránky: 9. prosince 2017)
^ Haploskupina K2b1 (P397 / P399) je také známá jako Haploskupina MS, ale má širší a složitější vnitřní strukturu.
^ Haploskupina P (P295) je také známá jako K2b2.
^ Haploskupina S je od roku 2017 známá také jako K2b1a. (Dříve byl název Haplogroup S přiřazen K2b1a4.)
^ Haploskupina M je od roku 2017 známá také jako K2b1b. (Dříve byl název Haplogroup M přiřazen K2b1d.)

Poznámky

^ vytvořeno: 68,3–62,1 ka (CI 95%), TMRCA: 55,3–49,5 ybp (CI 95%)YFull YTree v6.02
^ Kamin M, Saag L, Vincente M a kol. (Duben 2015). „Nedávné zúžení rozmanitosti chromozomů Y se shoduje s globální změnou kultury“. Výzkum genomu. 25 (4): 459–466. doi:10.1101 / gr.186684.114. PMC 4381518. PMID 25770088.
^ ^A ^b ^C Haber M, Jones AL, Connel BA, Asan, Arciero E, Huanming Y, Thomas MG, Xue Y, Tyler-Smith C (červen 2019). „Vzácná hluboce zakořeněná africká Y-chromozomální haploskupina D0 a její důsledky pro expanzi moderních lidí z Afriky“. Genetika. 212 (4): 1421–1428. doi:10.1534 / genetika.119.302368. PMC 6707464. PMID 31196864.
^ Semino, Ornella; Magri, Chiara; Benuzzi, Giorgia; Lin, Alice A .; Al-Zahery, Nadia; Battaglia, Vincenza; MacCioni, Liliana; Triantaphyllidis, Costas; et al. (2004). „Původ, difúze a diferenciace Y-chromozomových haploskupin E a J: závěry o neolitizaci Evropy a pozdějších migračních událostech ve středomořské oblasti“. American Journal of Human Genetics. 74 (5): 1023–34. doi:10.1086/386295. PMC 1181965. PMID 15069642.
^ Chiaroni, J .; Underhill, P. A .; Cavalli-Sforza, L. L. (2009). „Y chromozomová rozmanitost, lidská expanze, drift a kulturní evoluce“. Sborník Národní akademie věd. 106 (48): 20174–9. Bibcode:2009PNAS..10620174C. doi:10.1073 / pnas.0910803106. PMC 2787129. PMID 19920170.
^ ^A ^b Trombetta a kol. 2015, Fylogeografická rafinace a genotypizace humánní chromozomové haploskupiny E ve velkém měřítku poskytují nový pohled na rozptýlení raných pastevců na africkém kontinentu
^ ^A ^b Poznik, G David; et al. (2016). „Interpunkční výbuchy v lidské mužské demografii byly odvozeny z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomu“. Genetika přírody. 48 (6): 593–599. doi:10.1038 / ng.3559. PMC 4884158. PMID 27111036.
^ ^A ^b Cabrera VM (2017). „Nosiče základních linií makrohaploskupiny L3 mitochondriální DNA migrovaly zpět do Afriky z Asie před asi 70 000 lety“. bioRxiv 10.1101/233502.
^ Underhill, P. A .; Passarino, G .; Lin, A. A .; Shen, P .; Mirazon Lahr, M .; Foley, R. A .; Oefner, P. J .; Cavalli-Sforza, L. L. (2001). „Fylogeografie binárních haplotypů chromozomu Y a počátky moderní lidské populace“. Annals of Human Genetics. 65 (Pt 1): 43–62. doi:10.1046 / j.1469-1809.2001.6510043.x. PMID 11415522. S2CID 9441236.
^ Chandrasekar; Saheb, S. Y .; Gangopadyaya, P .; Gangopadyaya, S .; Mukherjee, A .; Basu, D .; Lakshmi, G. R .; Sahani, A. K .; Das, B .; Battacharya, S .; Kumar, S .; Xaviour, D .; Sun, D .; Rao, V. R .; et al. (Září – říjen 2007). "Podpis vložení YAP v jižní Asii". Annals of Human Biology. 34 (5): 582–6. doi:10.1080/03014460701556262. PMID 17786594. S2CID 11860142.
^ Underhill, Peter A .; Kivisild, Toomas (2007). „Využití struktury populace chromozomu Y a mitochondriální DNA při sledování lidských migrací“. Výroční přehled genetiky. 41: 539–64. doi:10.1146 / annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332.
^ ^A ^b ^C Karafet, T. M .; Mendez, F.L .; Meilerman, M. B .; Underhill, P. A .; Zegura, S.L .; Hammer, M. F. (2008). „Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení lidského stromu Y chromozomálních haploskupin“. Výzkum genomu. 18 (5): 830–8. doi:10,1101 / gr. 7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.
^ Cruciani, Fulvio; La Fratta, Roberta; Santolamazza, Piero; Sellitto, Daniele; Pascone, Roberto; Moral, Pedro; Watson, Elizabeth; Guida, Valentina; et al. (2004). „Fylogeografická analýza haploskupiny E3b (E-M215) Y chromozomů odhaluje více migračních událostí v Africe i mimo ni“. American Journal of Human Genetics. 74 (5): 1014–22. doi:10.1086/386294. PMC 1181964. PMID 15042509.
^ Wood, Elizabeth T; Stover, Daryn A; Ehret, Christopher; Destro-Bisol, Giovanni; Spedini, Gabriella; McLeod, Howard; Louie, Leslie; Bamshad, Mike; et al. (2005). „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: Důkazy o demografických procesech ovlivňujících pohlaví“. European Journal of Human Genetics. 13 (7): 867–76. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408. PMID 15856073. (viz Příloha A: Frekvence haplotypu chromozomu Y)
^ Rosa, Alexandra; Ornelas, Carolina; Jobling, Mark A; Brehm, António; Villems, Richard (2007). „Y-chromozomální rozmanitost v populaci Guineje-Bissau: multietnická perspektiva“. BMC Evoluční biologie. 7: 124. doi:10.1186/1471-2148-7-124. PMC 1976131. PMID 17662131.
^ ^A ^b ^C ^d Cruciani, Fulvio; Santolamazza, Piero; Shen, Peidong; MacAulay, Vincent; Moral, Pedro; Olckers, Antonel; Modiano, David; Holmes, Susan; et al. (2002). „Zpětná migrace z Asie do subsaharské Afriky je podporována analýzou lidských haplotypů Y-chromozomu s vysokým rozlišením“. American Journal of Human Genetics. 70 (5): 1197–214. doi:10.1086/340257. PMC 447595. PMID 11910562.
^ ^A ^b ^C Berniell-Lee, G .; Calafell, F .; Bosch, E .; Heyer, E .; Sica, L .; Mouguiama-Daouda, P .; Van Der Veen, L .; Hombert, J.-M .; et al. (2009). „Genetické a demografické důsledky expanze Bantu: Pohledy z lidských otcovských linií“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (7): 1581–9. doi:10,1093 / molbev / msp069. PMID 19369595.
^ ^A ^b Luis, J; Rowold, D; Regueiro, M; Caeiro, B; Cinnioglu, C; Roseman, C; Underhill, P; Cavallisforza, L; Herrera, R (2004). „Levant versus roh Afriky: Důkazy pro obousměrné chodby lidských migrací“. American Journal of Human Genetics. 74 (3): 532–44. doi:10.1086/382286. PMC 1182266. PMID 14973781.
^ Lazaridis, Iosif; et al. (17. června 2016). „Genetická struktura prvních zemědělců na světě“. bioRxiv 10.1101/059311. -- Tabulka S6.1 - Y-chromozomové haploskupiny
^ Abu-Amero, Khaled K; Hellani, Ali; González, Ana M; Larruga, Jose M; Cabrera, Vicente M; Underhill, Peter A (2011). „Variace v chromozomu Y, mitochondriální DNA a označení identity v Etiopii“. UCL Discovery. 10: 59. doi:10.1186/1471-2156-10-59. PMC 2759955. PMID 19772609.
^ Abu-Amero, Khaled K; Hellani, Ali; González, Ana M; Larruga, Jose M; Cabrera, Vicente M; Underhill, Peter A (2009). „Rozmanitost saúdskoarabských Y-chromozomů a její vztah k okolním regionům. Genetika BMC. 10: 59. doi:10.1186/1471-2156-10-59. PMC 2759955. PMID 19772609.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h Wood (2005). „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: důkazy o demografických procesech ovlivněných sexem“. Eur J Hum Genet. 13 (7): 867–76. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408. PMID 15856073.
^ Zalloua (2008). „Y-chromozomální rozmanitost v Libanonu je strukturována nedávnými historickými událostmi“. Jsem J Hum Genet. 82 (4): 873–82. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.01.020. PMC 2427286. PMID 18374297.
^ de Filippo (2011). „Y-chromozomální variace v subsaharské Africe: pohledy do historie skupin Niger-Kongo“. Mol Biol Evol. 28 (3): 1255–1269. doi:10.1093 / molbev / msq312. PMC 3561512. PMID 21109585.
^ Bučkova (2013). „Několikanásobné a diferencované příspěvky do mužského genofondu pastoračních a farmářských populací afrického Sahelu“. Am J Phys Anthropol. 151 (1): 10–21. doi:10.1002 / ajpa.22236. PMID 23460272.
^ Trombetta (2015). „Fylogeografické vylepšení a genotypizace humánní chromozomové haploskupiny E ve velkém měřítku poskytují nový pohled na rozptýlení raných pastevců na africkém kontinentu.“. Genome Biol Evol. 7 (7): 1940–50. doi:10.1093 / gbe / evv118. PMC 4524485. PMID 26108492.
^ Krahn, Thomas. "YCC Tree". Houston, Texas: FTDNA. Archivovány od originál dne 26. července 2011. Citováno 16. května 2011.
^ International Society of Genetic Genealogy. „Strom haploskupiny Y-DNA“. Citováno 2012. Zkontrolujte hodnoty data v: | accessdate = (Pomoc)

Další čtení

Arredi, B; Poloni, E; Paracchini, S; Zerjal, T; Fathallah, D; Makrelouf, M; Pascali, V; Novelletto, A; Tylersmith, C (2004). „Převážně neolitický původ pro variaci Y-chromozomální DNA v severní Africe“. American Journal of Human Genetics. 75 (2): 338–45. doi:10.1086/423147. PMC 1216069. PMID 15202071.
Cruciani, Fulvio; Santolamazza, Piero; Shen, Peidong; MacAulay, Vincent; Moral, Pedro; Olckers, Antonel; Modiano, David; Holmes, Susan; et al. (2002). „Zpětná migrace z Asie do subsaharské Afriky je podporována analýzou lidských haplotypů Y-chromozomu s vysokým rozlišením“. American Journal of Human Genetics. 70 (5): 1197–214. doi:10.1086/340257. PMC 447595. PMID 11910562.
Cruciani, F; La Fratta, R .; Trombetta, B; Santolamazza, P; Sellitto, D; Colomb, EB; Dugoujon, JM; Crivellaro, F; et al. (2007). „Sledování minulých lidských pohybů mužů v severní / východní Africe a západní Eurasii: nové stopy z Y-chromozomálních haploskupin E-M78 a J-M12“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (6): 1300–11. doi:10,1093 / molbev / msm049. PMID 17351267. Viz také Doplňkové údaje.
Hammer, MF; Blackmer, F; Garrigan, D; Nachman, MW; Wilder, JA (2003). "Struktura lidské populace a její vliv na vzorkování variací chromozomů Y". Genetika. 164 (4): 1495–1509. PMC 1462677. PMID 12930755.
Karafet, TM; Mendez, FL; Meilerman, MB; Underhill, PA; Zegura, SL; Hammer, MF (květen 2008). „Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení lidského stromu Y chromozomálních haploskupin“. Výzkum genomu. 18 (5): 830–8. doi:10,1101 / gr. 7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.. Publikováno online 2. dubna 2008. Viz také Doplňkový materiál.
Pontikos D. "Fylogeografická rafinace haploskupiny E" http://dienekes.blogspot.ru/2015/07/phylogeographic-refinement-of.html
Sanchez, JJ; Hallenberg, C; Børsting, C; Hernandez, A; Morling, N (2005). „Vysoké frekvence linií chromozomů Y charakterizované E3b1, DYS19-11, DYS392-12 u somálských mužů“. European Journal of Human Genetics. 13 (7): 856–866. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201390. PMID 15756297.. Publikováno online 9. března 2005
Trombetta B. „Fylogeografická rafinace a genotypizace lidského chromozomu Y haploskupiny E ve velkém měřítku poskytují nový pohled na šíření raných pastevců na africkém kontinentu“ http://gbe.oxfordjournals.org/content/7/7/1940.long
Wood ET (2005). „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: důkazy o demografických procesech ovlivněných sexem“. European Journal of Human Genetics. 13 (7): 867–876. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408. PMID 15856073.

externí odkazy

Fylogenetický strom a distribuční mapy haploskupiny Y-DNA E.

Projekty

[vanOven2014-29] Van Oven M, Van Geystelen A, Kayser M, Decorte R, Larmuseau HD (2014). „Vidět dřevo pro stromy: minimální referenční fylogeneze pro lidský chromozom Y“. Lidská mutace. 35 (2): 187–91. doi:10,1002 / humu.22468. PMID 24166809.

[ISOGG2015-30] International Society of Genetic Genealogy (ISOGG; 2015), Y-DNA Haploskupina Tree 2015. (Datum přístupu: 1. února 2015.)

[A0-T-31] Haploskupina A0-T je také známá jako A-L1085 (a dříve jako A0'1'2'3'4).

[A1-32] Haploskupina A1 je také známá jako A1'2'3'4.

[LT-33] Haploskupina LT (L298 / P326) je také známá jako Haploskupina K1.

[K2-34] V letech 2002 až 2008 Haploskupina T-M184 byla známá jako „Haplogroup K2“. Od té doby bylo toto jméno znovu přiřazeno K-M526, sourozenec Haplogroup LT.

[K2a-35] Haploskupina K2a (M2308) a její primární subklade K-M2313 byly v roce 2016 odděleny od Haploskupiny NO (F549). (Toto následovalo po vydání: Poznik GD, Xue Y, Mendez FL a kol. (2016). „Interpunkční výbuchy v lidské mužské demografii byly odvozeny z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomu“. Genetika přírody. 48 (6): 593–9. doi:10.1038 / ng.3559. PMC 4884158. PMID 27111036. V minulosti byly s názvem „K2a“ identifikovány také jiné haploskupiny, včetně NO (M214) a K2e.

[K2b-36] Haploskupina K2b (M1221 / P331 / PF5911) je také známá jako Haplogroup MPS.

[K2e-37] Haploskupina K2e (K-M147) byla dříve známá jako „Haploskupina X“ a „K2a“ (ale je sourozeneckou subklade současné K2a).

[K-M2313-38] K-M2313 *, který dosud nemá fylogenetický název, byl dokumentován u dvou žijících jedinců, kteří mají etnické vazby na Indii a jihovýchodní Asii. Navíc, K-Y28299, který se jeví jako primární větev K-M2313, byl nalezen u tří žijících jedinců z Indie. Viz: Poznik op. cit.; YFull YTree v5.08, 2017, „K-M2335“, a; PhyloTree, 2017, „Podrobnosti o značkách Y-SNP zahrnutých do minimálního stromu Y“ (Datum přístupu na tyto stránky: 9. prosince 2017)

[K2b1-39] Haploskupina K2b1 (P397 / P399) je také známá jako Haploskupina MS, ale má širší a složitější vnitřní strukturu.

[P-40] Haploskupina P (P295) je také známá jako K2b2.

[S-41] Haploskupina S je od roku 2017 známá také jako K2b1a. (Dříve byl název Haplogroup S přiřazen K2b1a4.)

[M-42] Haploskupina M je od roku 2017 známá také jako K2b1b. (Dříve byl název Haplogroup M přiřazen K2b1d.)

[1] vytvořeno: 68,3–62,1 ka (CI 95%), TMRCA: 55,3–49,5 ybp (CI 95%)YFull YTree v6.02

[2] Kamin M, Saag L, Vincente M a kol. (Duben 2015). „Nedávné zúžení rozmanitosti chromozomů Y se shoduje s globální změnou kultury“. Výzkum genomu. 25 (4): 459–466. doi:10.1101 / gr.186684.114. PMC 4381518. PMID 25770088.

[ReferenceC-3] A ^b ^C Haber M, Jones AL, Connel BA, Asan, Arciero E, Huanming Y, Thomas MG, Xue Y, Tyler-Smith C (červen 2019). „Vzácná hluboce zakořeněná africká Y-chromozomální haploskupina D0 a její důsledky pro expanzi moderních lidí z Afriky“. Genetika. 212 (4): 1421–1428. doi:10.1534 / genetika.119.302368. PMC 6707464. PMID 31196864.

[semino2004-4] Semino, Ornella; Magri, Chiara; Benuzzi, Giorgia; Lin, Alice A .; Al-Zahery, Nadia; Battaglia, Vincenza; MacCioni, Liliana; Triantaphyllidis, Costas; et al. (2004). „Původ, difúze a diferenciace Y-chromozomových haploskupin E a J: závěry o neolitizaci Evropy a pozdějších migračních událostech ve středomořské oblasti“. American Journal of Human Genetics. 74 (5): 1023–34. doi:10.1086/386295. PMC 1181965. PMID 15069642.

[Chiaroni2009-5] Chiaroni, J .; Underhill, P. A .; Cavalli-Sforza, L. L. (2009). „Y chromozomová rozmanitost, lidská expanze, drift a kulturní evoluce“. Sborník Národní akademie věd. 106 (48): 20174–9. Bibcode:2009PNAS..10620174C. doi:10.1073 / pnas.0910803106. PMC 2787129. PMID 19920170.

[gbe.oxfordjournals.org-6] A ^b Trombetta a kol. 2015, Fylogeografická rafinace a genotypizace humánní chromozomové haploskupiny E ve velkém měřítku poskytují nový pohled na rozptýlení raných pastevců na africkém kontinentu

[Punctuated_bursts_in_human_male_dem-7] A ^b Poznik, G David; et al. (2016). „Interpunkční výbuchy v lidské mužské demografii byly odvozeny z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomu“. Genetika přírody. 48 (6): 593–599. doi:10.1038 / ng.3559. PMC 4884158. PMID 27111036.

[Cabrera2017-8] A ^b Cabrera VM (2017). „Nosiče základních linií makrohaploskupiny L3 mitochondriální DNA migrovaly zpět do Afriky z Asie před asi 70 000 lety“. bioRxiv 10.1101/233502.

[underhill2001-9] Underhill, P. A .; Passarino, G .; Lin, A. A .; Shen, P .; Mirazon Lahr, M .; Foley, R. A .; Oefner, P. J .; Cavalli-Sforza, L. L. (2001). „Fylogeografie binárních haplotypů chromozomu Y a počátky moderní lidské populace“. Annals of Human Genetics. 65 (Pt 1): 43–62. doi:10.1046 / j.1469-1809.2001.6510043.x. PMID 11415522. S2CID 9441236.

[Chandrasekar2007-10] Chandrasekar; Saheb, S. Y .; Gangopadyaya, P .; Gangopadyaya, S .; Mukherjee, A .; Basu, D .; Lakshmi, G. R .; Sahani, A. K .; Das, B .; Battacharya, S .; Kumar, S .; Xaviour, D .; Sun, D .; Rao, V. R .; et al. (Září – říjen 2007). "Podpis vložení YAP v jižní Asii". Annals of Human Biology. 34 (5): 582–6. doi:10.1080/03014460701556262. PMID 17786594. S2CID 11860142.

[underhill2007-11] Underhill, Peter A .; Kivisild, Toomas (2007). „Využití struktury populace chromozomu Y a mitochondriální DNA při sledování lidských migrací“. Výroční přehled genetiky. 41: 539–64. doi:10.1146 / annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332.

[karafet2008-12] A ^b ^C Karafet, T. M .; Mendez, F.L .; Meilerman, M. B .; Underhill, P. A .; Zegura, S.L .; Hammer, M. F. (2008). „Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení lidského stromu Y chromozomálních haploskupin“. Výzkum genomu. 18 (5): 830–8. doi:10,1101 / gr. 7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.

[cruciani2004-13] Cruciani, Fulvio; La Fratta, Roberta; Santolamazza, Piero; Sellitto, Daniele; Pascone, Roberto; Moral, Pedro; Watson, Elizabeth; Guida, Valentina; et al. (2004). „Fylogeografická analýza haploskupiny E3b (E-M215) Y chromozomů odhaluje více migračních událostí v Africe i mimo ni“. American Journal of Human Genetics. 74 (5): 1014–22. doi:10.1086/386294. PMC 1181964. PMID 15042509.

[14] Wood, Elizabeth T; Stover, Daryn A; Ehret, Christopher; Destro-Bisol, Giovanni; Spedini, Gabriella; McLeod, Howard; Louie, Leslie; Bamshad, Mike; et al. (2005). „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: Důkazy o demografických procesech ovlivňujících pohlaví“. European Journal of Human Genetics. 13 (7): 867–76. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408. PMID 15856073. (viz Příloha A: Frekvence haplotypu chromozomu Y)

[Rosa2007-15] Rosa, Alexandra; Ornelas, Carolina; Jobling, Mark A; Brehm, António; Villems, Richard (2007). „Y-chromozomální rozmanitost v populaci Guineje-Bissau: multietnická perspektiva“. BMC Evoluční biologie. 7: 124. doi:10.1186/1471-2148-7-124. PMC 1976131. PMID 17662131.

[Cruciani2002-16] A ^b ^C ^d Cruciani, Fulvio; Santolamazza, Piero; Shen, Peidong; MacAulay, Vincent; Moral, Pedro; Olckers, Antonel; Modiano, David; Holmes, Susan; et al. (2002). „Zpětná migrace z Asie do subsaharské Afriky je podporována analýzou lidských haplotypů Y-chromozomu s vysokým rozlišením“. American Journal of Human Genetics. 70 (5): 1197–214. doi:10.1086/340257. PMC 447595. PMID 11910562.

[BerniellLee2009-17] A ^b ^C Berniell-Lee, G .; Calafell, F .; Bosch, E .; Heyer, E .; Sica, L .; Mouguiama-Daouda, P .; Van Der Veen, L .; Hombert, J.-M .; et al. (2009). „Genetické a demografické důsledky expanze Bantu: Pohledy z lidských otcovských linií“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (7): 1581–9. doi:10,1093 / molbev / msp069. PMID 19369595.

[Luis2004-18] A ^b Luis, J; Rowold, D; Regueiro, M; Caeiro, B; Cinnioglu, C; Roseman, C; Underhill, P; Cavallisforza, L; Herrera, R (2004). „Levant versus roh Afriky: Důkazy pro obousměrné chodby lidských migrací“. American Journal of Human Genetics. 74 (3): 532–44. doi:10.1086/382286. PMC 1182266. PMID 14973781.

[19] Lazaridis, Iosif; et al. (17. června 2016). „Genetická struktura prvních zemědělců na světě“. bioRxiv 10.1101/059311. -- Tabulka S6.1 - Y-chromozomové haploskupiny

[Plaster2011-20] Abu-Amero, Khaled K; Hellani, Ali; González, Ana M; Larruga, Jose M; Cabrera, Vicente M; Underhill, Peter A (2011). „Variace v chromozomu Y, mitochondriální DNA a označení identity v Etiopii“. UCL Discovery. 10: 59. doi:10.1186/1471-2156-10-59. PMC 2759955. PMID 19772609.

[Abu2009-21] Abu-Amero, Khaled K; Hellani, Ali; González, Ana M; Larruga, Jose M; Cabrera, Vicente M; Underhill, Peter A (2009). „Rozmanitost saúdskoarabských Y-chromozomů a její vztah k okolním regionům. Genetika BMC. 10: 59. doi:10.1186/1471-2156-10-59. PMC 2759955. PMID 19772609.

[Wood2005-22] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h Wood (2005). „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: důkazy o demografických procesech ovlivněných sexem“. Eur J Hum Genet. 13 (7): 867–76. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408. PMID 15856073.

[Zalloua2008-23] Zalloua (2008). „Y-chromozomální rozmanitost v Libanonu je strukturována nedávnými historickými událostmi“. Jsem J Hum Genet. 82 (4): 873–82. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.01.020. PMC 2427286. PMID 18374297.

[Filippo2011-24] Filippo (2011). „Y-chromozomální variace v subsaharské Africe: pohledy do historie skupin Niger-Kongo“. Mol Biol Evol. 28 (3): 1255–1269. doi:10.1093 / molbev / msq312. PMC 3561512. PMID 21109585.

[Bučkova2013-25] Bučkova (2013). „Několikanásobné a diferencované příspěvky do mužského genofondu pastoračních a farmářských populací afrického Sahelu“. Am J Phys Anthropol. 151 (1): 10–21. doi:10.1002 / ajpa.22236. PMID 23460272.

[Trombetta2015-26] Trombetta (2015). „Fylogeografické vylepšení a genotypizace humánní chromozomové haploskupiny E ve velkém měřítku poskytují nový pohled na rozptýlení raných pastevců na africkém kontinentu.“. Genome Biol Evol. 7 (7): 1940–50. doi:10.1093 / gbe / evv118. PMC 4524485. PMID 26108492.

[27] Krahn, Thomas. "YCC Tree". Houston, Texas: FTDNA. Archivovány od originál dne 26. července 2011. Citováno 16. května 2011.

[International_Society_of_Genetic_Genealogy-28] International Society of Genetic Genealogy. „Strom haploskupiny Y-DNA“. Citováno 2012. Zkontrolujte hodnoty data v: | accessdate = (Pomoc)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

[27]

[28]

[χ 1]

[χ 2]

[χ 3]

[χ 4]

[χ 5]

[χ 6]

[χ 7]

[χ 8]

[χ 9]

[χ 10]

[χ 11]

[χ 12]

[χ 13]

[χ 14]

Haploskupina E.
Možná doba vzniku	65 ka,^[1] 69 ka,^[2] nebo asi 73 ka^[3]
Možné místo původu	východní Afrika^[4]^[5]^[6]^[3] nebo Západní Asie^[7]^[8]
Předek	DE
Potomci	E-P147, E-M75
Definování mutací	L339, L614, M40 / SRY4064 / SRY8299, M96, P29, P150, P152, P154, P155, P156, P162, P168, P169, P170, P171, P172, P173, P174, P175, P176