Haploskupina E-P2 - Haplogroup E-P2

Haploskupina E-P2
Možná doba vzniku41 700–49 400 let BP[1]
Možné místo původuvýchodní Afrika
PředekE-P177
PotomciE-V38, E-M215
Definování mutacíDYS391p, L337, L339, L342, L487, L492, L613, P2 / PN2, P179, P180, P181

E-P2, také známý jako E1b1, je haploskupina lidského Y-chromozomu DNA. Tento otcovský clade měl v prastaré přítomnosti střední východ, a je nyní primárně distribuován v Afrika kde se předpokládá, že má původ, s nižší frekvencí na Středním východě a Evropa.

Původ

Trombetta a kol. 2011, navrhnout původ ve východní Africe:

Zde uvedená nová topologie má důležité důsledky, pokud jde o počátky haploskupiny E-P2. S využitím principu fylogeografické šetrnosti rozlišení trifurkace E-M215 ve prospěch společného předka E-M2 a E-M329 silně podporuje hypotézu, že haploskupina E-P2 vznikla ve východní Africe, jak již bylo naznačeno, a že chromozomy E-M2, tak často pozorované v subsaharské Africe, sledují jejich původ ke společnému předkovi přítomnému ve východní Africe.[2]

Rozdělení

Natufian Bylo zjištěno, že fosilie, které byly analyzovány na starou DNA, nesou otcovskou haploskupinu E1b1 (xE1b1a1, E1b1b1b1) (1/5; 20%).[3]

Tato haploskupina se nyní nachází hlavně v Afrika, hlavně v podobě jejích převládajících subclades E-M215 a E-V38. E-M215 je častější v Severní Afrika a Africký roh, a nachází se také při nižších frekvencích v střední východ, Evropa a Jižní Afrika. E-V38 je častější v západní Afrika, Střední Afrika, Jižní Afrika a Velká africká jezera a vyskytuje se v nízkých frekvencích v severní Africe a na Středním východě.

Paraclade, označovaný jako E-P2 *, včetně případů, které nejsou ani v E-V38, ani v E-M215, jsou buď vzácné, nebo neexistují. Zatím nebyly nalezeny žádné.[2]

Semino a kol. (2004) našel E-P2 (xM35, xM2) u 10,4% ze 48 etiopských Amhara, 12,8% ze 78 etiopských Oromo, 1,9% z 53 Jihoafričan Bantu a 2,9% z 139 Senegalský.[4]

Wood a kol. (2005) hlásili nález E-P2 (xP1, xM35) u 11% (1/9) vzorku Oromo z Etiopie, 11% (1/9) ze vzorku Iraqw z Tanzanie, 10% (2/20) ze smíšeného vzorku řečníků různých Jižní semitština jazyky z Etiopie, 6% (1/18) ze vzorku Amhara z Etiopie, 3% (1/30) ze vzorku Ovce z Ghany, 3% (1/32) ze vzorku Fante z Ghany a 3% (1/34) ze vzorku Wolof z Gambie / Senegalu.[5]

Stefflova a kol. (2009) hlásil jednoho jedince ze vzorku 199 afroamerických mužů z Filadelfie s E-P2 (xM35, xM2).[6]

Cruciani a kol. (2002) nalezeno E-P2 (xM35, xM2) v: 18% z 22 Etiopští Židé, 2% z 49 Mossi z Burkina Faso, 3% z 37 Rimaibe také z Burkiny Faso a 6% ze 17 Fulbe z Kamerun.[7]

Semino a kol. (2002) našel E-P2 (xM35, xM2) u 18,2% z 88 Etiopanů.[8][9]

Moran a kol. (2004) našel E-P2 (xM35, xM2) u etiopských sportovců a kontrolních skupin a uvedl následující výsledky; Obecná kontrola: 4% (4/95), kontrola Arsi: 8% (7/85), 5-10K: 22% (5/23) a atletika: 11% (2/11).

Fylogenetika

Fylogenetická historie

Před rokem 2002 bylo v akademické literatuře alespoň sedm pojmenovacích systémů pro fylogenetický strom Y-chromozomu. To vedlo ke značnému zmatku. V roce 2002 se hlavní výzkumné skupiny spojily a vytvořily Y-Chromosome Consortium (YCC). Publikovali společný dokument, který vytvořil jediný nový strom, který všichni souhlasili s použitím. Později skupina občanských vědců se zájmem o populační genetiku a genetickou genealogii vytvořila pracovní skupinu, která vytvořila amatérský strom, jehož cílem je být především včasná. Níže uvedená tabulka shrnuje všechny tyto práce v bodě mezníku YCC Tree 2002. To umožňuje výzkumníkovi, který recenzuje starší publikovanou literaturu, rychle se pohybovat mezi nomenklaturami.

YCC 2002/2008 (zkratka)(α)(β)(γ)(δ)(ε)(ζ)(η)YCC 2002 (Longhand)YCC 2005 (Longhand)YCC 2008 (Longhand)YCC 2010r (Longhand)ISOGG 2006ISOGG 2007ISOGG 2008ISOGG 2009ISOGG 2010ISOGG 2011ISOGG 2012
E-P2921III3A13Eu3H2BE*EEEEEEEEEE
E-M3321III3A13Eu3H2BE1 *E1E1aE1aE1E1E1aE1aE1aE1aE1a
E-M4421III3A13Eu3H2BE1aE1aE1a1E1a1E1aE1aE1a1E1a1E1a1E1a1E1a1
E-M7521III3A13Eu3H2BE2aE2E2E2E2E2E2E2E2E2E2
E-M5421III3A13Eu3H2BE2bE2bE2bE2b1-------
E-P225III414Eu3H2BE3 *E3E1bE1b1E3E3E1b1E1b1E1b1E1b1E1b1
E-M28III515Eu2H2BE3a *E3aE1b1E1b1aE3aE3aE1b1aE1b1aE1b1aE1b1a1E1b1a1
E-M588III515Eu2H2BE3a1E3a1E1b1a1E1b1a1E3a1E3a1E1b1a1E1b1a1E1b1a1E1b1a1a1aE1b1a1a1a
E-M116.28III515Eu2H2BE3a2E3a2E1b1a2E1b1a2E3a2E3a2E1b1a2E1b1a2E1ba12odstraněnodstraněn
E-M1498III515Eu2H2BE3a3E3a3E1b1a3E1b1a3E3a3E3a3E1b1a3E1b1a3E1b1a3E1b1a1a1cE1b1a1a1c
E-M1548III515Eu2H2BE3a4E3a4E1b1a4E1b1a4E3a4E3a4E1b1a4E1b1a4E1b1a4E1b1a1a1g1cE1b1a1a1g1c
E-M1558III515Eu2H2BE3a5E3a5E1b1a5E1b1a5E3a5E3a5E1b1a5E1b1a5E1b1a5E1b1a1a1dE1b1a1a1d
E-M108III515Eu2H2BE3a6E3a6E1b1a6E1b1a6E3a6E3a6E1b1a6E1b1a6E1b1a6E1b1a1a1eE1b1a1a1e
E-M3525III414EU4H2BE3b *E3bE1b1b1E1b1b1E3b1E3b1E1b1b1E1b1b1E1b1b1odstraněnodstraněn
E-M7825III414EU4H2BE3b1 *E3b1E1b1b1aE1b1b1a1E3b1aE3b1aE1b1b1aE1b1b1aE1b1b1aE1b1b1a1E1b1b1a1
E-M14825III414EU4H2BE3b1aE3b1aE1b1b1a3aE1b1b1a1c1E3b1a3aE3b1a3aE1b1b1a3aE1b1b1a3aE1b1b1a3aE1b1b1a1c1E1b1b1a1c1
E-M8125III414EU4H2BE3b2 *E3b2E1b1b1bE1b1b1b1E3b1bE3b1bE1b1b1bE1b1b1bE1b1b1bE1b1b1b1E1b1b1b1a
E-M10725III414EU4H2BE3b2aE3b2aE1b1b1b1E1b1b1b1aE3b1b1E3b1b1E1b1b1b1E1b1b1b1E1b1b1b1E1b1b1b1aE1b1b1b1a1
E-M16525III414EU4H2BE3b2bE3b2bE1b1b1b2E1b1b1b1b1E3b1b2E3b1b2E1b1b1b2aE1b1b1b2aE1b1b1b2aE1b1b1b2aE1b1b1b1a2a
E-M12325III414EU4H2BE3b3 *E3b3E1b1b1cE1b1b1cE3b1cE3b1cE1b1b1cE1b1b1cE1b1b1cE1b1b1cE1b1b1b2a
E-M3425III414EU4H2BE3b3a *E3b3aE1b1b1c1E1b1b1c1E3b1c1E3b1c1E1b1b1c1E1b1b1c1E1b1b1c1E1b1b1c1E1b1b1b2a1
E-M13625III414EU4H2BE3ba1E3b3a1E1b1b1c1aE1b1b1c1a1E3b1c1aE3b1c1aE1b1b1c1a1E1b1b1c1a1E1b1b1c1a1E1b1b1c1a1E1b1b1b2a1a1

Výzkumné publikace

Při vytváření stromu YCC byly zastoupeny následující výzkumné týmy.

  • α Jobling a Tyler-Smith 2000 a Kaladjieva 2001
  • β Underhill 2000
  • y Kladivo 2001
  • δ Karafet 2001
  • ε Semino 2000
  • ζ Ne 1999
  • η Capelli 2001

Fylogenetické stromy

Tento fylogenetický strom haploskupinových subclades je založen na stromu YCC 2008 Karafet2008[10] a následný publikovaný výzkum.

  • E-P2 (DYS391p, L337, L339, L487, L492, L613, P2 / PN2, P179, P180, P181)
    • E-V38 (L222.1, V38, V100)
      • E-M2 (DYS271 / M2 / SY81, P1 / PN1, P189, P293, V43, V95)
      • E-M329 (M329)
    • E-M215 (M215 / STRÁNKY 00040)
      • E-M35 (L336, M35.1, M243)
      • E-M281 (M281, V16)

Viz také

Genetika

Y-DNA E subklady

Páteřní strom Y-DNA

Fylogenetický strom člověka Haploskupiny Y-chromozomové DNA [χ 1][χ 2]
"Y-chromozomální Adam "
A00A0-T  [χ 3]
A0A1  [χ 4]
A1aA1b
A1b1BT
BCT
DECF
DECF
F1 F2 F3 GHIJK
GHIJK
IJKH
IJK.
  J     LT  [χ 5]      K2 [χ 6]
L     T    K2a  [χ 7]       K2b [χ 8]    K2c    K2dK2e  [χ 9]  
K-M2313 [χ 10]    K2b1 [χ 11]P  [χ 12]
NE  S  [χ 13] M  [χ 14]   P1    P2
NÓQR

Reference

Další zdroje

  • Cruciani, Fulvio; Santolamazza, Piero; Shen, Peidong; MacAulay, Vincent; Moral, Pedro; Olckers, Antonel; Modiano, David; Holmes, Susan; Destro-Bisol, Giovanni; Coia, Valentina; Wallace, Douglas C .; Oefner, Peter J .; Torroni, Antonio; Cavalli-Sforza, L. Luca; Scozzari, Rosaria; Underhill, Peter A. (2002), „Zpětná migrace z Asie do subsaharské Afriky je podporována analýzou lidských haplotypů Y-chromozomu s vysokým rozlišením“, American Journal of Human Genetics, 70 (5): 1197–214, doi:10.1086/340257, PMC  447595, PMID  11910562
  • Cruciani, Fulvio; La Fratta, Roberta; Santolamazza, Piero; Sellitto, Daniele; Pascone, Roberto; Moral, Pedro; Watson, Elizabeth; Guida, Valentina; Colomb, Eliane Beraud; Zaharova, Boriana; Lavinha, João; Vona, Giuseppe; Aman, Rashid; Calì, Francesco; Akar, Nejat; Richards, Martin; Torroni, Antonio; Novelletto, Andrea; Scozzari, Rosaria (2004), „Fylogeografická analýza haploskupiny E3b (E-M215) Y chromozomů odhaluje více migračních událostí v Africe i mimo ni“, American Journal of Human Genetics, 74 (5): 1014–22, doi:10.1086/386294, PMC  1181964, PMID  15042509
  • Karafet, T. M .; Mendez, F.L .; Meilerman, M. B .; Underhill, P. A .; Zegura, S.L .; Hammer, M. F. (2008), „Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení humánního Y chromozomálního haploskupinového stromu“, Výzkum genomu, 18 (5): 830–8, doi:10,1101 / gr. 7172008, PMC  2336805, PMID  18385274
  • Moran, Colin N .; Scott, Robert A .; Adams, Susan M .; Warrington, Samantha J .; Jobling, Mark A .; Wilson, Richard H .; Goodwin, William H .; Georgiades, Evelina; Wolde, Bezabhe; Pitsiladis, Yannis P. (2004), „Y chromozomové haploskupiny elitních etiopských vytrvalostních běžců“, Genetika člověka, 115 (6): 492–7, doi:10.1007 / s00439-004-1202-r, PMID  15503146, S2CID  13960753
  • Semino, Ornella; Santachiara-Benerecetti, A. Silvana; Falaschi, Francesco; Cavalli-Sforza, L. Luca; Underhill, Peter A. (2002), „Ethiopians and Khoisan Share the Deepest Clades of the Human Y-Chromosome Phylogeny“, American Journal of Human Genetics, 70 (1): 265–268, doi:10.1086/338306, PMC  384897, PMID  11719903
  • Semino, Ornella; Magri, Chiara; Benuzzi, Giorgia; Lin, Alice A .; Al-Zahery, Nadia; Battaglia, Vincenza; MacCioni, Liliana; Triantaphyllidis, Costas; Shen, Peidong; Oefner, Peter J .; Zhivotovsky, Lev A .; King, Roy; Torroni, Antonio; Cavalli-Sforza, L. Luca; Underhill, Peter A .; Santachiara-Benerecetti, A. Silvana (2004), „Původ, difúze a diferenciace Y-chromozomových haploskupin E a J: závěry o neolitizaci Evropy a pozdějších migračních událostech ve středomořské oblasti“, American Journal of Human Genetics, 74 (5): 1023–34, doi:10.1086/386295, PMC  1181965, PMID  15069642
  • Stefflova, Klára; Dulik, Matthew C .; Pai, Athma A .; Walker, Amy H .; Zeigler-Johnson, Charnita M .; Gueye, Serigne M .; Schurr, Theodore G .; Rebbeck, Timothy R. (2009), Relethford, John (ed.), „Hodnocení skupinového genetického původu populací z Filadelfie a Dakaru v kontextu příměsi sexu v Americe“, PLOS ONE, 4 (11): e7842, Bibcode:2009PLoSO ... 4.7842S, doi:10.1371 / journal.pone.0007842, PMC  2776971, PMID  19946364
  • Trombetta, Beniamino; Cruciani, Fulvio; Sellitto, Daniele; Scozzari, Rosaria (2011), MacAulay, Vincent (ed.), „Nová topologie lidského chromozomu Y haploskupiny E1b1 (E-P2) odhalená pomocí nově charakterizovaných binárních polymorfismů“, PLOS ONE, 6 (1): e16073, Bibcode:2011PLoSO ... 616073T, doi:10.1371 / journal.pone.0016073, PMC  3017091, PMID  21253605
  • Underhill, Peter A .; Shen, Peidong; Lin, Alice A .; Jin, Li; Passarino, Giuseppe; Yang, Wei H .; Kauffman, Erin; Bonné-Tamir, Batsheva; Bertranpetit, Jaume; Francalacci, Paolo; Ibrahim, Muntaser; Jenkins, Trefor; Kidd, Judith R .; Mehdi, S. Qasim; Seielstad, Mark T .; Wells, R. Spencer; Piazza, Alberto; Davis, Ronald W .; Feldman, Marcus W .; Cavalli-Sforza, L. Luca; Oefner, Peter. J. (2000), „Variace sekvence chromozomů Y a historie lidských populací“, Genetika přírody, 26 (3): 358–61, doi:10.1038/81685, PMID  11062480, S2CID  12893406
  • Wood, Elizabeth T; Stover, Daryn A; Ehret, Christopher; Destro-Bisol, Giovanni; Spedini, Gabriella; McLeod, Howard; Louie, Leslie; Bamshad, Mike; Strassmann, Beverly I; Soodyall, Himla; Hammer, Michael F (2005), „Kontrastní vzorce variace chromozomu Y a mtDNA v Africe: Důkazy pro demografické procesy závislé na pohlaví“, European Journal of Human Genetics, 13 (7): 867–76, doi:10.1038 / sj.ejhg.5201408, PMID  15856073

externí odkazy