HSH2D - HSH2D
Hematopoetická doména SH2 Obsahující (HSH2D) protein je a protein kódováno hematopoetickou doménou SH2 obsahující (HSH2D) gen.
Gen
HSH2D se nachází na chromozom 19 v 19p13.11. Mezi běžné aliasy genu patří HSH2 (Hematopoetický protein SH2) a ALX (Adaptér v lymfocytech neznámé funkce X). The mRNA kóduje dva hlavní izoformy. Isoform 1, nejdelší izoforma, obsahuje sedm exony. Gen pokrývá období od 16134028 do 16158575.
mRNA
Existují dvě hlavní izoformy HSH2D. Isoform 1 má sedm exonů a je 2 403 bp v délce. Isoform 2 má šest exonů a je dlouhý 2 936 bp. I když má izoforma 2 delší mRNA, stále produkuje menší izoformu ve zralém proteinu. Isoform 2 má variantu 5 ’UTR a jinou spustit kodon, stejně jako kratší N-konec.[1] MRNA má krátký 5 ' UTR a dlouhý 3 'UTR.
Protein
Protein má molekulovou hmotnost 39,0 kilodaltonů (kD) a pí 6,678.[2] Hlavním rysem proteinu je SH2 (Src homologie ) doména, což je region, který má fosfotyrosin receptory a je důležitý v mnoha signální molekuly.[3] Tato doména je umístěna od zbytků 26-127.
The sekundární struktura proteinu obsahuje spirálovitý řez kolem zbytků 40-50, list mezi 60-70, helixy mezi 100-110, 135-145, 175-180, 200-225 a další listy mezi 235-240 a 295-300, zobrazené na obrázku v dolní části sekce (helixy jsou fialové šipky a listy jsou červené šipky). Protein má několik míst posttranslační úpravy, zejména fosforylace a GalNAc O-glykosylace, u nichž bylo prokázáno, že hrají roli při rakovině.[4]
The terciární struktura Výzkum bílkovin nebyl potvrzen pomocí výzkumu I-TASSER[5] software jsou užitečné při vizualizaci proteinu.
Výraz
Na základě NCBI GEO[6] profily exprese a analýzy EST se zdá, že protein je úzce exprimován v lidských tkáních. To je vysoce vyjádřeno v kostní dřeň, CD4 + a CD8 + T buňky, lymfatická uzlina, prsní žláza, slezina, žaludek, Štítná žláza, a tenké střevo tkáň. Exprese je zvýšena v případech časné akutní lymfoblastické leukémie prekurzorů T buněk[6] a sníženy v buňkách rakoviny prsu, které jsou léčeny estrogenem, což naznačuje interakci mezi proteinem a estrogenem.
Funkce
Funkce proteinu HSH2D stále není plně objasněna, nicméně bylo prokázáno, že hraje roli v různých buněčných funkcích, jako je apoptóza, hojení ran, vaskulární endoteliální růstové faktory, intracelulární přenos spojený s membránou, biogeneze lipidových kapiček a remodelace kolagenu .[7] Předpokládá se také, že hraje roli při aktivaci T-buněk.[8]
Interagující proteiny
HSH2D interaguje s několika protoonkogeny, včetně FES protoonkogenu (FES ) a protoonkogen CRK (CRK ). Má také podezření na interakce s jinými bílkovinami, jako je nereceptor tyrosinkinázy 2 (TRK2), PTEN indukovaná domnělá kináza (PINK1) a Interleukin 2 (IL2).[9] Souhrn těchto proteinů je uveden níže s jejich podezřelými funkcemi.
| název | NCBI přístupové číslo | Funkce |
|---|---|---|
| FES protoonkogen (FES) | NP_001996.1 | Hematopoéza, signalizace růstového faktoru a cytokinových receptorů. |
| CRK protoonkogen (CRK) | NP_058431.2 | Adaptér, který se váže na tyrosin-fosforylované proteiny. Má domény SH2 a SH3 |
| Tyrosinkináza nereceptor 2 (TNK2) | NP_005772.3 | Tyrosinkináza, která může být spojena s dráhami signální transdukce fosforylace tyrosinu.[10] |
| Puten kináza indukovaná PTEN (PINK1) | NP_115785.1 | Serin / threonin protein kináza |
| Interleukin 2 (IL2) | NP_000577.2 | Cytokin důležitý pro proliferaci T a B buněk[11] |
Klinický význam
Protein HSH2D byl studován podél dalších lidských genů, u nichž se předpokládá, že budou zahrnuty v člověku imunitní systém. Bylo zjištěno, že HSH2D je vysoce exprimován u pacientů s ulcerózní kolitida.[12] Protein je také spojován s aktivitou alfa-interferonu.[13]
Homologie
HSH2D má čtyři vzdálené paralogy a několik ortologů u jiných druhů, které mají vysokou úroveň ochrany.
Paralogy
Čtyři paralogy HSH2D u lidí jsou další proteiny obsahující SH2 domény. Nemají vysokou úroveň ochrany kromě této oblasti. Byly nalezeny všechny paralogy genové karty[14]
| název | NCBI přístupové číslo | Sekvenční délka (aminokyseliny) | Sekvenční podobnost | Identita sekvence |
|---|---|---|---|---|
| SH2D2A | NP_001154913.1 | 399 | 29% | 21.7% |
| SH2D7 | NP_001094874.1 | 451 | 33.1% | 25.9% |
| SH2D4A | NP_001167630.1 | 454 | 12% | 17.4% |
| SH2D4B | NP_997255.2 | 357 | 33.7% | 18.1% |
Ortology
HSH2D má několik ortologních proteinů, které pokrývají několik řádů druhů. Protein byl dobře konzervován u savců i u několika plazů, obojživelníků a bezobratlých. Následující seznam není vyčerpávající, spíše ukazuje širokou škálu organismů, ve kterých se protein nachází. Všechny ortologické proteiny byly nalezeny VÝBUCH[15] nebo BLAT[16] programy.[kým? ]
| Odborný název | Běžné jméno | Objednat | NCBI přístupové číslo | Sekvenční délka (aminokyseliny) | Identita sekvence | Sekvenční podobnost |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Pan troglodyty | Šimpanz | Primáti | NP_001229302.1 | 352 | 99% | 99.70% |
| Heterocephalus glaber | Nahý krtek krysa | Rodentia | EHB15865.1 | 324 | 54% | 63.40% |
| Hipposideros armiger | Velký kulatý list netopýr | Chiroptera | XP_019497370.1 | 360 | 67% | 76.10% |
| Condylura cristata | Krtek s nosem | Soricomorpha | XP_004688256.1 | 355 | 62% | 72.10% |
| Camelus dromedarius | Velbloud jednohrbý | Cetariodactyla | XP_010993355.1 | 360 | 66% | 75.70% |
| Panthera pardus | Leopard | Carnivora | XP_019271712.1 | 360 | 62% | 71.40% |
| Meleagris gallopavo | Divoký krocan | Pták | XP_010723595.1 | 326 | 23% | 28.80% |
| Anolis carolinensis | Carolina Anole | Plaz | XP_016854511.1 | 567 | 22% | 31.50% |
| Xenopus tropicalis | Západní drápá žába | Obojživelník | XP_012809627.1 | 363 | 31% | 42.80% |
| Callorhinchus milii | Australský přízrak | Ryba | XP_007899329.1 | 500 | 26% | 33.10% |
| Lingula anatina | Lingula | Bezobratlý | XP_013404014.1 | 187 | 18% | 23.40% |
| Biomphalaria glabrata | N / A | Bezobratlý | XP_013080865.1 | 818 | 12% | 10.10% |
| Salpingoeca rosetta | N / A | Protista | XP_004995081.1 | 481 | 17.70% | 10.90% |
Reference
- ^ "hematopoetická doména SH2 obsahující [Homo sapiens (člověk)]" ". Národní centrum pro biotechnologické informace. 2017-04-22.
- ^ Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, I.R., Blaisdell, B.E. & Karlin, S. (1992) „Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí“ Proc. Natl. Sci. USA 89, 2009-2006
- ^ Filippakopoulos, Panagis (prosinec 2009). „Domény SH2: modulátory aktivity nereceptorové tyrosinkinázy“. Aktuální názor na strukturní biologii. 19 (6): 643–649. doi:10.1016 / j.sbi.2009.10.001. PMC 2791838. PMID 19926274.
- ^ Gill, D. J. (březen 2011). „Umístění, umístění, umístění: Nové poznatky o proteinu O-GalNAc glykosylace ". Trendy v buněčné biologii. 21 (3): 149–158. doi:10.1016 / j.tcb.2010.11.004. PMID 21145746.
- ^ „I-TASSER“.
- ^ A b „NCBI GEO“.
- ^ Mackintosh, C.G (2016). „Sekvenování SOLiD SAGE ukazuje diferenciální genovou expresi ve vzorcích jejunálních lymfatických uzlin rezistentního a vnímavého jelena (Cervus elaphus) vystaveného působení Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis.“ Veterinární imunologie a imunopatologie. 169: 102–110. doi:10.1016 / j.vetimm.2015.10.009. PMID 26620077.
- ^ Tatebe, Ken (2010). „Síťová analýza reakce diferenciální genové exprese v lidských epiteliálních plicních buňkách během influenzy ptáků“. BMC bioinformatika. 11: 170. doi:10.1186/1471-2105-11-170. PMC 2868837. PMID 20370926.
- ^ „STRING: Síť interakce proteinů a proteinů“.
- ^ „TNK2 tyrosinkináza nereceptor 2“.
- ^ „IL2 interleukin 2“.
- ^ Clark, Peter (2012). „Bioinformatická analýza odhaluje transkriptomové a mikroRNA podpisy a cíle repozice léků pro IBD a další autoimunitní onemocnění“. Zánětlivá onemocnění střev. 18 (12): 2315–33. doi:10.1002 / ibd.22958. PMID 22488912. S2CID 4629313.
- ^ Schmeisser, H (2010). „Identifikace genů indukovaných alfa interferony spojená s antivirovou aktivitou v buňkách Daudi a charakterizace IFIT3 jako nového antivirového genu“. Journal of Virology. 84 (20): 10671–0680. doi:10.1128 / jvi.00818-10. PMC 2950578. PMID 20686046.
- ^ "HSH2D Gene".
- ^ "NCBI BLAST".
- ^ „UCSC BLAT Genome Search“.