HM13 - HM13

HM13
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1INQ, 1 JUF
Identifikátory
Aliasy	HM13, H13, IMP1, IMPAS, IMPAS-1, MSTP086, PSENL3, PSL3, SPP, SPPL1, dJ324O17.1, histocompatibility (minor) 13, histocompatibility minor 13
Externí ID	OMIM: 607106 MGI: 95886 HomoloGene: 7749 Genové karty: HM13
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 20 (lidský)
Konec	31,577,923 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	152,708,670 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita homodimerizace proteinu; • aktivita endopeptidázy aspartátového typu; • aktivita aspartové endopeptidázy, intramembránové štěpení; • aktivita peptidázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita hydrolázy; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy;
Buněčná složka	• integrální součást membrány; • hrubé endoplazmatické retikulum; • membrána endoplazmatického retikula; • membrána; • integrální součást cytoplazmatické strany membrány endoplazmatického retikula; • buněčná membrána; • Komplex retrotranslokace Derlin-1; • integrální součást lumenální strany membrány endoplazmatického retikula; • Golgiho membrána vezikul; • lysozomální membrána; • endoplazmatické retikulum; • povrch buňky;
Biologický proces	• proteolýza membránových proteinů; • proteolýza; • membránová proteolýza proteinu zapojená do retrográdního transportu proteinu, ER do cytosolu; • membránový protein intracelulární doména proteolýza; • proteolýza ektodomény membránového proteinu; • homotetramerizace bílkovin; • zpracování signálního peptidu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	81502
	14950
	ENSG00000101294
	ENSMUSG00000019188
	Q8TCT9
	Q9D8V0
	NM_030789; NM_178580; NM_178581; NM_178582
	NM_001159551; NM_001159552; NM_001159553; NM_010376
	NP_110416; NP_848695; NP_848696; NP_848697
	NP_001153023; NP_001153024; NP_001153025; NP_034506
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Drobný histokompatibilní antigen H13 je protein že u lidí je kódován HM13 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Menším histokompatibilním antigenem 13 je neamerní peptid, který pochází z proteinu kódovaného H13 gen.^[8]^[9] Peptid je generován cytosol podle proteazom, vstupuje do endoplazmatické retikulum (ER) lumen podle transportér spojený se zpracováním antigenu (TAP) a je prezentován na povrchu buňky na H2-D^b hlavní histokompatibilní antigen I (MHC I. ) molekuly. Aloreaktivita, která vede k odmítnutí transplantátu u myší se uděluje Val / Ile polymorfismus v peptidu „SSV (V / I) GVWYL“.^[10] Gen ortologu u lidí se nazývá HM13. Pokud existuje související polymorfismus a pokud HM13 slouží jako Drobný histokompatibilní antigen je však ještě třeba se zabývat.

Protein kódovaný genem M13 / HM13 je signální peptid peptidáza (SPP), rezident ER intramembránová proteáza.^[5]SPP lokalizuje do endoplazmatické retikulum, katalyzuje intramembránovou proteolýzu některých signálních peptidů poté, co byly odštěpeny z preproteinu. Tato aktivita je nutná pro generování epitopů lidského lymfocytového antigenu E odvozených od signální sekvence, které jsou rozpoznávány imunitním systémem, a pro zpracování jádrového proteinu viru hepatitidy C. Kódovaný protein je integrální membránový protein se sekvenčními motivy charakteristickými pro aspartátové proteázy presenilinového typu. Pro tento gen bylo nalezeno několik variant transkriptu kódujících několik různých izoforem.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101294 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019188 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b Weihofen A, Binns K, Lemberg MK, Ashman K, Martoglio B (červen 2002). "Identifikace signálního peptidu peptidázy, aspartátové proteázy presenilinového typu". Věda. 296 (5576): 2215–8. doi:10.1126 / science.1070925. PMID 12077416. S2CID 45633906.
^ Nyborg AC, Kornilova AY, Jansen K, Ladd TB, Wolfe MS, Golde TE (duben 2004). „Signální peptidová peptidáza tvoří homodimer, který je označen aktivním místně řízeným inhibitorem gama-sekretázy“. J Biol Chem. 279 (15): 15153–60. doi:10,1074 / jbc.M309305200. PMID 14704149.
^ ^A ^b "Entrez Gene: HM13 histocompatibility (minor) 13".
^ „Entrez Gene: H13 histocompatibility (minor) 13“.
^ Snell GD, Cudkowicz G, Bunker HP (červen 1967). "Histokompatibilní geny myší. VII. H-13, nový histokompatibilní lokus v páté vazebné skupině". Transplantace. 5 (3): 492–503. doi:10.1097/00007890-196705000-00011. PMID 5340356. S2CID 31345625.
^ Mendoza LM, Paz P, Zuberi A, Christianson G, Roopenian D, Shastri N (říjen 1997). „Nezletilí drženi velkými společnostmi: menší lokus histokompatibility H13 definovaný jako komplex peptid / MHC I. třídy“. Imunita. 7 (4): 461–72. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80368-4. PMID 9354467.

Další čtení

Lemberg MK, Bland FA, Weihofen A, et al. (2002). „Intramembránová proteolýza signálních peptidů: zásadní krok při generování epitopů HLA-E“. J. Immunol. 167 (11): 6441–6. doi:10,4049 / jimmunol.167.11.6441. PMID 11714810.
Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J a kol. (2002). „Sekvence DNA a komparativní analýza lidského chromozomu 20“. Příroda. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038 / 414865a. PMID 11780052.
Grigorenko AP, Moliaka YK, Korovaitseva GI, Rogaev EI (2002). "Nová třída polytopických proteinů s doménami spojenými s domnělou aktivitou proteázy". Biochemistry Mosc. 67 (7): 826–35. doi:10.1023 / A: 1016365227942. PMID 12139484. S2CID 11785597.
McLauchlan J, Lemberg MK, Hope G, Martoglio B (2002). „Intramembránová proteolýza podporuje přenos jádrového proteinu viru hepatitidy C do lipidových kapiček“. EMBO J.. 21 (15): 3980–8. doi:10.1093 / emboj / cdf414. PMC 126158. PMID 12145199.
Lemberg MK, Martoglio B (2002). "Požadavky na intramembránovou proteolýzu katalyzovanou signálním peptidem peptidázou". Mol. Buňka. 10 (4): 735–44. doi:10.1016 / S1097-2765 (02) 00655-X. PMID 12419218.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Urny J, Hermans-Borgmeyer I, Gercken G, Schaller HC (2004). "Exprese presenilinu podobného signálního peptidu peptidázy (SPP) v mozku dospělého myši a během vývoje". Gene Expr. Vzory. 3 (5): 685–91. doi:10.1016 / S1567-133X (03) 00094-2. PMID 12972007.
Lehner B, Semple JI, Brown SE a kol. (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Moliaka YK, Grigorenko A, Madera D, Rogaev EI (2004). „Impas 1 má endoproteolytickou aktivitu proti víceprůchodovému membránovému proteinovému substrátu štěpícímu presenilin 1 holoprotein“. FEBS Lett. 557 (1–3): 185–92. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 01489-3. PMID 14741365. S2CID 21770115.
Soares MR, Bisch PM, Campos de Carvalho AC a kol. (2004). „Korelace mezi konformací a vazbou protilátky: NMR struktura křížově reaktivních peptidů z T. cruzi, human a L. braziliensis“. FEBS Lett. 560 (1–3): 134–40. doi:10.1016 / S0014-5793 (04) 00088-2. PMID 14988012. S2CID 21812894.
Friedmann E, Lemberg MK, Weihofen A, et al. (2005). „Konsenzuální analýza signální peptidové peptidázy a homologních lidských aspartátových proteáz odhaluje opačnou topologii katalytických domén ve srovnání s preseniliny“. J. Biol. Chem. 279 (49): 50790–8. doi:10,1074 / jbc.M407898200. PMID 15385547.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Otsuki T, Ota T, Nishikawa T a kol. (2007). „Signální sekvence a lapač klíčových slov in silico pro výběr lidských cDNA plné délky kódujících sekreci nebo membránové proteiny z knihoven cDNA s oligopohraničením“. DNA Res. 12 (2): 117–26. doi:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID 16303743.
Urny J, Hermans-Borgmeyer I, Schaller HC (2006). "Exprese buněčného povrchu nové sestřihové varianty myší signální peptidové peptidázy". Biochim. Biophys. Acta. 1759 (3–4): 159–65. doi:10.1016 / j.bbaexp.2006.02.007. PMID 16730383.
Loureiro J, Lilley BN, Spooner E a kol. (2006). "Signální peptidová peptidáza je nutná pro dislokaci z endoplazmatického retikula." Příroda. 441 (7095): 894–7. doi:10.1038 / nature04830. PMID 16738546. S2CID 4346807.
Sato T, Nyborg AC, Iwata N a kol. (2006). „Signální peptidová peptidáza: biochemické vlastnosti a modulace nesteroidními protizánětlivými léky“. Biochemie. 45 (28): 8649–56. doi:10,1021 / bi060597g. PMID 16834339.

Tento článek o gen na lidský chromozom 20 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101294 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019188 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid12077416-5] A ^b Weihofen A, Binns K, Lemberg MK, Ashman K, Martoglio B (červen 2002). "Identifikace signálního peptidu peptidázy, aspartátové proteázy presenilinového typu". Věda. 296 (5576): 2215–8. doi:10.1126 / science.1070925. PMID 12077416. S2CID 45633906.

[pmid14704149-6] Nyborg AC, Kornilova AY, Jansen K, Ladd TB, Wolfe MS, Golde TE (duben 2004). „Signální peptidová peptidáza tvoří homodimer, který je označen aktivním místně řízeným inhibitorem gama-sekretázy“. J Biol Chem. 279 (15): 15153–60. doi:10,1074 / jbc.M309305200. PMID 14704149.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: HM13 histocompatibility (minor) 13".

[entrez2-8] „Entrez Gene: H13 histocompatibility (minor) 13“.

[pmid5340356-9] Snell GD, Cudkowicz G, Bunker HP (červen 1967). "Histokompatibilní geny myší. VII. H-13, nový histokompatibilní lokus v páté vazebné skupině". Transplantace. 5 (3): 492–503. doi:10.1097/00007890-196705000-00011. PMID 5340356. S2CID 31345625.

[pmid9354467-10] Mendoza LM, Paz P, Zuberi A, Christianson G, Roopenian D, Shastri N (říjen 1997). „Nezletilí drženi velkými společnostmi: menší lokus histokompatibility H13 definovaný jako komplex peptid / MHC I. třídy“. Imunita. 7 (4): 461–72. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80368-4. PMID 9354467.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]