FAM149A - FAM149A - Wikipedia
| FAM149A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | FAM149A, MSTP119, MST119, rodina se sekvenční podobností 149 členů A | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 2387177 HomoloGene: 27540 Genové karty: FAM149A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 4: 186,1 - 186,17 Mb | Chr 8: 45,34 - 45,38 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Rodina se sekvenční podobností 149, člen A je protein že u lidí je kódován FAM149A gen (také známý jako MSTP119, MST119 a DKFZP564J102).[5] Je dobře zachována v primáti, Pes, kráva, myš, krysa, a kuře. Má jednu paralog, FAM149B.
Přehled
FAM149A se nachází v normální srdeční tkáni Homo sapiens a byl předložen Centru molekulární medicíny pro kardiovaskulární choroby v roce 1999. To tedy naznačuje, že musí hrát důležitou roli při normální regulaci srdce. Pro tento gen však nebyly nalezeny žádné zprávy o změnách ani informace klinicky významné NCBI. Podle nástroje Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) je FAM149A podobný cDNA FLJ32604 (98% obal dotazu), který se nachází v žaludeční tkáni a nemá žádnou známou funkci. FAM149A je také podobný cDNA FLJ58677 (86% pokrytí dotazu), která se nachází ve tkáni ledvin plodu bez známé funkce.
Informace získané od:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Gen
FAM149A se skládá z 2721 párů bází a 482 aminokyselin a je umístěn na chromozomu 4q35.1. Běží na pozitivním řetězci chromozom 4. Další geny se také nacházejí poblíž na stejném chromozomu, včetně TLR3, CYP4V2, FLJ38576, ORAOV1P1 a SORBS2.[6]
Homologie / evoluce
Paralogy a ortology
FAM149A má jednu hlavní paralog, FAM149B. V současné době není o FAM149B známo mnoho, kromě jeho členství v celkové rodině genů FAM149.
Ortology FAM149A zahrnují BRTD a jeho čtyři izoformy, ECCHC11 a ALMS1. Všechny tyto geny se nacházejí u lidí a mají konzervované oblasti s FAM149A.
| Druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Délka | Proteinová identita | Podobnost bílkovin | Datum odchylky (miliony let) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NP_001073963.1 | 482aa | 100% | 100% | 0 | |
| Pongo abelii | Orangutan | XP_002815398.2 | 481aa | 93.2% | 95.0% | 15.7 | |
| Nomascus leucogenys | Gibbon severní s bílou tváří | XP_004093218.1 | 482aa | 92.7% | 95.0% | 20.4 | |
| Equus ferus caballus | Kůň | XP_001490414.3 | 480aa | 72.0% | 81.0% | 94.2 | |
| Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | XP_002193183 | 485aa | 46.0% | 62.0% | 296 | |
| Monodelphis domestica | Vačice | XP_001368447.2 | 1133aa | 19.5% | 61.0% | 162.6 | |
| Xenopus tropicalis | Západní drápá žába | XP_002934449 | 427aa | 22.0% | 65.0% | 371.2 |
Zachovaná doména
FAM149A má konzervovanou doménu neznámé funkce (DUF) 3719. DUF 3719 má velmi málo informací. Nachází se pouze v eukaryotických organismech a je vyroben ze 70 aminokyselin. V DUF 3719 se nachází konzervovaný motiv sekvence HLR. Níže je obrázek ukazující DUF3719 na FAM149A.
Následující obrázek ze Sangerova institutu ukazuje druhy, ve kterých tato rodina existuje. Fialová barva naznačuje, že DUF3719 existuje pouze v eukaryotických organismech. Barvy, například zelená, by naznačovaly, že DUF3719 existuje v bakteriích. Pokud je tento diagram používán interaktivně na webových stránkách, uvádí, že 23 druhů v Eukaryotě má doménu.[7]
Fylogeneze
FAM149A se lišil od obojživelníci před přibližně 400 miliony let, ptáci před 300 miliony let a savci, neobsahuje primáti, Před 94 miliony let. K odchylkám od primátů došlo naposledy před asi 5 miliony let.[8]
Protein
Primární sekvence
Jak již bylo uvedeno, FAM149A se skládá z 482 aminokyseliny. Aminokyseliny, které hrají roli při translaci genu FAM149A na protein FAM149A, jsou uvedeny níže spolu s odpovídajícími páry bází. Protein se nachází mezi bp 534 a bp 1982.
Posttranslační úpravy
Ve FAM149A se používají některé programy ke stanovení posttranslačních modifikací.[9] Níže jsou uvedeny testy a výsledky jednotlivých testů.
NetPhos: To poskytne předpokládaná fosforylační místa ve vašem proteinu, vyskytující se na serinech, tyrosinech a threoninech. K dispozici jsou skóre, která označují kvalitu předpokládaného webu. „Dobré“ skóre je blíže 1,0, zatímco nízké skóre je blíží nule. Výsledky: Předpovězené fosforylační stránky: Ser: 20 Thr: 16 Tyr: 2 Všechny tyto předpovězené stránky měly skóre nad 0,514, nejvíce mezi 0,8-0,9. Generovaný obrázek:
Sulfinátor: Používá se k předpovědi míst sulfatace tyrosinu, která se tvoří, když proteiny procházejí sekreční cestou. Pro FAM149A nebyly nalezeny žádné výsledky. Proto neexistují žádná místa pro sulfataci tyrosinu.
NetAcet: Předpovídá stránky acetylace N-terminálu.
Zde jsou výsledky:
Podle NetAcet neexistují pro FAM149A žádná místa pro acetylaci N-terminálu.
SUMOplot / SUMOsp: Používá se k předpovědi potenciálních sumoylačních stránek. To může vysvětlovat větší molekulové hmotnosti, než se očekávalo na SDS gelech, kvůli připojení proteinů SUMO.
Výsledky jsou uvedeny níže:
Sekundární struktura
Sekundární struktura proteinu FAM149A je založena na lokální trojrozměrné struktuře. Analyzované struktury zahrnují a-šroubovice, β-vlákno, β-otáčky a náhodnou cívku. Výsledky byly získány pomocí GOR4 a PELE[10] z Biology WorkBench. GOR4 je zjednodušená verze a PELE porovnává předpokládané struktury z jiných programů.
 |  FAM149A sekundární struktura z PELE přes Biology WorkBench 1. |  FAM149A sekundární struktura z PELE přes Biology WorkBench 2. |
Výraz
Promotér
Zde je promotor pro gen FAM149A poskytovaný společností ElDorado[11] a sekvence extrahovaná z informací.
| Segment | Počáteční umístění | Zastavit polohu | Pramen | Délka | Referenční číslo | Informace |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Promotor region | 187065495 | 187066181 | + | 687 bp | GXP_210035 | Pořadatel pro GXT_23739713, GXT_23739714, GXT_2803949 Lokalizace: FAM149A / GXL_175098 |
| Primární přepis | 187065995 | 187093817 | + | 27283 bp | GXT_2803949, GXL_175098 | FAM149A Homo sapiens rodina se sekvenční podobností 149, člen A (FAM149A), varianta transkriptu 1, mRNA.GeneID: 25854 / NM_015398 |
Toto je verze promotoru FAM149A naformátovaná na FASTA.
Zachování genové struktury napříč druhy
Prostřednictvím webových stránek NCBI bylo do vybrané oblasti na chromozomu 4 obsahujícím FAM149A přidáno dalších 1000 párů bází. Jakmile byly stanoveny počáteční a koncové polohy, byly pozice přeneseny do prohlížeče ECR, aby se vytvořilo vyrovnání mezi jinými druhy.
Podle výsledků je ve FAM149A 14 exonů, které jsou konzervovány u opic, psů, myší a vačice. Kuře, žába a ryby nevykazují téměř žádnou ochranu. U prvních 1000 párů bází před začátkem transkripce se zdá, že mezi druhy není žádná významná ochrana. Pouze pes obsahuje to, co je považováno za Evolučně chráněnou oblast (ECR).[12]
Výraz
Na základě grafů vpravo nejvyšší úrovně výraz vyskytují se v trigeminu ganglion, vynikající cervikální ganglion, atrioventrikulární uzel (srdce) a ledviny. Zdá se však, že alespoň malé množství je vyjádřeno téměř ve všech tkáních v lidském těle. Pomocí stejných mikropolí poskytovaných společností Bio GPS,[13] Bylo zjištěno, že exprese FAM149A se mění během vylučování endometria během menstruace. Tím se otevírá nová cesta pro možné zkoumání funkce genu.
 Výraz FAM149A 1 |  Výraz FAM149A 2 |  Výraz FAM149A 3 |
Hledání bylo provedeno na Allen Brain Atlas pomocí FAM149A. Podle úrovní exprese poskytovaných Atlasem není FAM149A exprimován v pozoruhodných úrovních v myším mozku. Avšak při vizuálním pozorování obrázku byl FAM149A nalezen ve ventrálním zadním komplexu thalamus. To lze vidět jako tmavá svislá čára ve středu sagitálního řezu mozku na obrázku níže. Pro srovnání, exprese proteinu, aktin, se používá k demonstraci toho, jak vypadá mozek myši s vysokou úrovní exprese.[14]
 Exprese proteinu FAM149A v myším mozku. |  Příklad exprese proteinu beta aktinu v myším mozku. |  Hladiny exprese proteinu FAM149A v myším mozku. |  Příklad úrovní exprese aktinového beta proteinu v myším mozku. |
EST profil
Data z níže uvedeného obrázku ukazují, že FAM149A je vysoce exprimován v mozku, nervech, slinivce břišní, nadledvinách a ledvinách. V srdci není žádný výraz. Z informací v druhé tabulce běžné komplikace zahrnující expresi FAM149A zahrnují nádory nadledvin, nádory pankreatu, nádory kolorektálního karcinomu a nádory vaječníků.[15]
Varianty transkripce
FAM149A má dvě transkripční varianty, transkriptovou variantu 1 a transkriptovou variantu 2. Oba kódují stejný protein FAM149A. Rozdíly zahrnují další páry bází v 5 'nepřekládané oblasti a 3' nepřekládané oblasti. Jedním ze dvou rozdílů ve skutečné translatované oblasti proteinu je G místo A při bp 1590 ve variantě 1 a bp 1337 ve variantě 2. Další rozdíl spočívá v C místo A při bp 2214 v TV1 a bp 1961 v TV2.
Složení
Jak je uvedeno výše, FAM149A je tvořen 482 aminokyselinami. Nejběžnější aminokyselina je serin který tvoří 9,8% genu. Nejméně běžné aminokyseliny jsou tryptofan a cystein z nichž každý tvoří pouze 1,2% genu. Jedinou opakující se kombinací aminokyselin v proteinu je SLAS, který se vyskytuje z aminokyselin 234-237 a z 324–327. Kromě toho Isoelektrický bod z FAM149A je 9,891999[16]
Interagující proteiny
Vazebná místa pro transkripční faktor
Následuje analýza promotér oblast pro FAM149A. Ukazuje řadu transkripce místa vázající faktor, která mohou mít silný příspěvek k regulaci genetické exprese. Obrázek níže ukazuje umístění vazebných míst. Vazebná místa byla analyzována, aby se zjistily všechny možné jedinečné funkce.
Bylo mnoho výsledků, ale byly vybrány ty s nejvyšší podobností a nejvyšší četností, protože jsou s největší pravděpodobností přítomny na skutečném genu. Mezi zájmové rodiny matic patří Huntingtonova choroba genová regulační oblast, nervový růstový faktor, nukleární respirační faktor, pleomorfní adenomový gen, transkripční faktory se zinkovým prstem a aktivátor E2F-myc / regulátor buněčného cyklu. Mnoho z nich mělo interakce otáčející komplex zinkových prstů, což naznačuje, že to může být pro FAM149A důležité.[17]
Interakce proteinů
FAM149A má potenciální interakce s ZNF385D, C10orf10, PNMAL1, CPN2, C10orf72, VPS13D a RBMS3.[18] Na základě předchozího výzkumu vazebných míst se mnoho z nich často účastnilo proteinů se zinkovým prstem. Podle výsledků STRING je druhým nejsilnějším asociačním proteinem protein zinkového prstu 385D. Nelze však dojít k závěru, že se jedná o jediné interagující proteiny, protože se zdá, že existuje jen málo výzkumu, který by nezahrnoval interakce FAM149A. Jako další zdroj pro proteinové interakce byla použita databáze molekulárních interakcí (MINT). FAM149A však nebyl v databázi. Na základě seznamu funkčních partnerů od STRINGu se top 5 také nenachází v databázi MINT. Další databáze interakcí, I2D Protein-Protein Interaction[19] ukázaly možnou interakci s proteinem PRKAG1, nicméně interakce byla slabá.
Níže je uveden seznam proteinů, které potenciálně interagují s FAM149A.
Klinický význam
Sdružení nemocí
I když není přesvědčivě spojen, bylo zjištěno, že FAM149A je jedním z 15 kandidátských genů pro příspěvek k rozvoji rakoviny a dysplastických lézí.[20] Stejný článek také zaznamenal snížení regulace genu během rakoviny ústní dutiny, což poskytuje možnou cestu studia.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109794 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000070044 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Xu X, Tsumagari K, Sowden J, Tawil R, Boyle AP, Song L, Furey TS, Crawford GE, Ehrlich M (prosinec 2009). „Hypersenzitivita na DNaseI při genově chudém, FSH vázaném na dystrofii 4q35.2“. Nucleic Acids Res. 37 (22): 7381–93. doi:10.1093 / nar / gkp833. PMC 2794184. PMID 19820107.
- ^ "FAM149A, rodina se sekvenční podobností 149, člen A [Homo sapiens (člověk)]" ". Gene - NCBI.
- ^ „DUF3719“. Distribuce druhů od Sanger Institute. Archivovány od originál dne 06.05.2011.
- ^ „Clustal W“. San Diego Super Computer Center. Citováno 5. března 2013.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Kategorie“. SIB Švýcarský institut pro bioinformatiku.
- ^ "Sekundární struktura FAM149A". GOR4 a PELE - Biology WorkBench.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „ElDorado“. Genomatix. Citováno 30. dubna 2013.
- ^ Ovcharenko I, Nobrega MA, Loots GG, Stubbs L (červenec 2004). „ECR Browser: nástroj pro vizualizaci a přístup k datům ze srovnání více genomů obratlovců“. Nucleic Acids Res. 32 (Problém s webovým serverem): W280–6. doi:10.1093 / nar / gkh355. PMC 441493. PMID 15215395.
- ^ „BioGPS“. Citováno 2013-05-14.
- ^ „Výraz FAM149A“. Atlas mozku Allen.
- ^ „Profil FAM149A EST“. EST profil od UniGene přes NCBI.
- ^ "PI". Pracovní stůl biologie. San Diego Superpočítačové centrum.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „Spouštěč GEMS: MatInspector: Hledání vazebných míst transkripčních faktorů pomocí softwaru Genomatix“. Software Genomatix.
- ^ „Protein FAM149A (Homo sapiens) - STRING síťový pohled“.
- ^ „Interakce I2D proteinů“. Citováno 30. dubna 2013.
- ^ Sumino J, Uzawa N, Okada N, Miyaguchi K, Mogushi K, Takahashi K, Sato H, Michikawa C, Nakata Y, Tanaka H, Amagasa T (únor 2013). "Změny genové exprese v iniciaci a progresi orálních spinocelulárních karcinomů odhalené laserovou mikrodisekcí a analýzou oligonukleotidové microarray". Int. J. Cancer. 132 (3): 540–8. doi:10.1002 / ijc.27702. PMID 22740306. S2CID 8895382.