ERICH2 - ERICH2

Protein bohatý na glutamát 2 je protein u lidí kódovaných genem ERICH2. Tento protein je silně exprimován v mužských tkáních, konkrétně v testy a proteiny se specificky nacházejí ve fibrilárním centru nukleol a v vezikuly těchto testikulárních buněk.^[1] Protein má více proteinových interakcí, což naznačuje, že může hrát roli při modifikaci histonu a správném fungování histonu.^[2]

Gen

Umístění genu ERICH2, jak je znázorněno Národním centrem pro biotechnologické informace (NCBI).

ERICH2 se nachází na člověku Chromozom 2, ve 2q31.1.^[3] Obsahuje 10 odlišných exony. Samotný gen je dlouhý 28 930 párů bází a je ohraničen geny EIF2S2P4 a GAD1.^[3] Nejsou známy žádné paralogy genu ERICH2.

mRNA

Transkripce ERICH2 produkuje tři ověřené odlišné varianty mRNA. Nejdelší varianta přepisu je 1388 základní páry na délku, z nichž 1 311 kóduje.^[3] Druhá varianta se liší od první 5 'UTR. Má také rozdíly v kódování sekvence a odlišný N-konec ve srovnání s variantou 1.^[3] Varianta 3 postrádá několik exonů, má zřetelnou 3 'UTR a C-koncovou oblast kódování. Tato varianta je také kratší než ostatní dva na 1 063 základních párech.^[3]

Karikatura proteinu ERICH2. Zelený rámeček představuje doménu PHA03247, oranžový rámeček představuje amidační místo, modrý rámeček představuje vazebné místo protein kinázy závislé na cAMP a cGMP. Štítky šedého rámečku P představují oblast bohatou na Proline, zatímco zachovaný štítek šedého rámečku je ten, ve kterém je zachován ve vzdálených ortologech. šedé značky představují fosforylační místa a červené vlajky představují místa glutamátových aminokyselin. Zelené čáry v horní části karikatury představují jaderné lokalizační signály Pat4, zatímco šedé závorky představují lokalizační signály Pat7.

Protein

Protein ERICH2 je 436 aminokyseliny na délku a má molekulární váha přibližně 48 000 kD,^[4] s izoelektrickým bodem přibližně 5.^[4] Protein je považován za bohatý na aminokyselinu prolin a nízký tyrosin a glycin.

Motivy a domény

Koncepční překlad ERICH2. Hranice intron-exon jsou zvýrazněny žlutě. Doména PHA03247 je zvýrazněna světle šedá. Stránka pro acetylaci je oranžovým písmem. Amidační stránka je světle modrým písmem. Místo fosforylace proteinkinázy závislé na c-AMP a c-GMP je zvýrazněno šedozeleně. Fosforylační stránky jsou v růžovém textu. Nejzachovalejší oblast ve vzdálených ortologech je zvýrazněna zeleně. Struktura řetězce beta je znázorněna černou šipkou. Struktura alfa šroubovice je znázorněna fialovou šipkou.

V lidském proteinu ERICH2 byly nalezeny dva známé motivy. Motiv KKNT funguje v proteinu závislém na cAMP a cGMP fosforylace, tento proteinový motiv byl nalezen pouze u primátů.^[5] U savců je také zachován motiv FGRR, který je definován jako amidace stránky.^[6] Nakonec protein ERICH2 obsahuje doménu PHA03247, která je dlouhá 32 aminokyselin.^[3] Tato doména není obecně konzervována pomocí ortologů a funkce není známa. Je přítomen v bílkovinách, které tvoří opar virion.^[7]

Struktura a lokalizace

Předpověď sekundární struktury ukazuje jeden alfa šroubovice a jeden beta řetězec formace. Alfa šroubovice zahrnuje celou konzervovanou část, jak je vidět na karikatuře proteinu ERICH2. Předpokládá se, že beta řetězec je o 12 aminokyselin níže od amidačního místa a zahrnuje 4 aminokyseliny.^[8] Čtyři jaderné lokalizační signály byly nalezeny v proteinu, dva signály pat4 a dva signály pat7, jejich umístění je zobrazeno na karikatuře.^[9] Předpovídá se v 78. procentu, že protein sídlí v jádro.^[9]

Výraz

A fluoroskopie lidských buněk z buněčné linie CACO-2 z kolorektální karcinom, ukazující přítomnost protilátky ERICH2, stejně jako zvýrazněné mikrotubuly a DNA. Obrázek ukazuje umístění proteinu ERICH2, hlavně ve fibrilárním centru nukleolů a vezikulách.^[10]

ERICH2 není všudypřítomně vyjádřen. Ukázalo se však, že je úzce vyjádřen v EU choroidalis plexus vyvíjejícího se plodu a v testy dospělých.^[11] Plíce přítomna byla také exprese v ženské tkáni, ale exprese byla výrazně snížena.^[12] Proteiny jsou specificky umístěny ve fibrilárním centru nukleol a vezikulách v buňkách.^[1][13]

Regulace projevu

Pro protein ERICH2 je předpovězeno mnoho fosforylačních míst. U tyrosinů se nepředpovídají pouze u serinů a threoninů.^[14][15] Existuje také předpokládané místo acetylace na N-konci proteinu, konkrétně se předpokládá na třetí aminokyselině.^[16] Mnoho SOX /SRY -sex / varlata a související transkripční faktory box faktoru HMG a estrogen Předpokládá se, že související transkripční faktory se vážou a regulují transkripci ERICH2.^[17]

Funkce

Interagující proteiny

ERICH2 interaguje s bílkovinami v Rodina H2A.^[2][13] Proteiny H2A konkrétně hrají roli v oktamerové struktuře histon. O ERICH2 je známo, že interaguje s H2AFY protein, který hraje ve stáji klíčovou roli Inaktivace chromozomu X a může fungovat tak, že v určitém případě nahradí normální H2A nukleosomy a tak potlačovat transkripci.^[18]

Je známo, že ERICH2 interaguje s proteinem SDCB1 který funguje při obchodování s vezikuly a regulaci růstu a proliferace určitých rakovinných buněk.^[19]

The IWS1 protein také interaguje s ERICH2. Tento protein funguje jako transkripční faktor a hraje klíčovou roli při definování složení elongačního komplexu RNA polymerázy II.^[20] Tento komplex pak hraje roli v histon modifikace a správné sestřih.

Dvouhybridní testy a další metody proteinové interakce prokázaly interakci s proteinem PSORS1C2, ale funkce tohoto proteinu zůstává neznámá.^[2]

Homologie

Nejsou známy žádné paralogy pro protein ERICH2. ERICH2 má 124 známých ortology překlenující více taxonů.^[3]

Reference