Kofaktor BRCA1 - Cofactor of BRCA1

NELFB
Identifikátory
Aliasy	NELFB, COBRA1, NELF-B, kofaktor BRCA1, člen komplexu negativního elongačního faktoru B
Externí ID	OMIM: 611180 MGI: 1931035 HomoloGene: 121600 Genové karty: NELFB
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	137,273,542 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	25,211,489 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • cytoplazma; • NELF komplex; • nukleoplazma;
Biologický proces	• prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • buněčná proliferace; • diferenciace kmenových buněk; • negativní regulace diferenciace kmenových buněk; • pozitivní regulace virové transkripce;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	25920
	58202
	ENSG00000188986
	ENSMUSG00000013465
	Q8WX92
	Q8C4Y3
	NM_015456
	NM_021393; NM_001310157
	NP_056271
	NP_001297086; NP_067368
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Kofaktor BRCA1, také známý jako COBRA1, je člověk gen^[5] který kóduje NELF-B.

Funkce

NELF-B je podjednotka negativní faktor prodloužení (NELF), který zahrnuje také NELF-A (WHSC2; MIM 606026), buď NELF-C nebo NELF-D (TH1L; MIM 605297), a NELF-E (RDBP; MIM 154040). NELF působí s faktorem indukujícím citlivost DRB (DSIF ), heterodimer SPT4 (SUPT4H1; MIM 603555) a SPT5 (SUPT5H; MIM 602102), aby způsobil pozastavení transkripce RNA polymeráza II (viz MIM 180660).^[6] COBRA1 byl původně identifikován na kvasinkovém dvouhybridním screeningu pomocí BRCT1 domény BRCA1 jako návnada.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že kofaktor BRCA1 komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000188986 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000013465 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: COBRA1 cofactor of BRCA1“.
^ Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto S, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T, Handa H (2003). „Faktor prodloužení lidského transkripce NELF: Identifikace nových podjednotek a rekonstituce funkčně aktivního komplexu“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (6): 1863–1873. doi:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. PMC 149481. PMID 12612062.
^ Ye Q, Hu YF, Zhong H, Nye AC, Belmont AS, Li R (2001). „Rozvíjení velkého rozsahu chromatinu vyvolané BRCA1 a alelické specifické účinky mutací predisponujících k rakovině“. The Journal of Cell Biology. 155 (6): 911–922. doi:10.1083 / jcb.20010804949. PMC 2150890. PMID 11739404.
^ Ye Q, Hu YF, Zhong H, Nye AC, Belmont AS, Li R (prosinec 2001). „Rozvíjení velkého rozsahu chromatinu vyvolané BRCA1 a alelické specifické účinky mutací náchylných k rakovině“. J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. doi:10.1083 / jcb.20010804949. PMC 2150890. PMID 11739404.
^ ^A ^b Zhong H, Zhu J, Zhang H, Ding L, Sun Y, Huang C, Ye Q (prosinec 2004). "COBRA1 inhibuje transkripční aktivitu AP-1 v transfekovaných buňkách". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (2): 568–573. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.
^ Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (září 2004). „Útlum transkripce zprostředkované alfa receptorem estrogenu prostřednictvím estrogenu stimulovaného náboru negativního elongačního faktoru“. Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. doi:10.1101 / gad.1214104. PMC 515291. PMID 15342491.
^ ^A ^b Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto S, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T, Handa H (březen 2003). "Lidský transkripční elongační faktor NELF: identifikace nových podjednotek a rekonstituce funkčně aktivního komplexu". Mol. Buňka. Biol. 23 (6): 1863–1873. doi:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. PMC 149481. PMID 12612062.
^ Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–167. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3: 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Další čtení

Stevens M, De Clercq E, Balzarini J (2007). „Regulace transkripce HIV-1: molekulární cíle pro chemoterapeutickou intervenci“. Med Res Rev. 26 (5): 595–625. doi:10.1002 / med.20081. PMC 7168390. PMID 16838299.
Yamaguchi Y, Takagi T, Wada T, Yano K, Furuya A, Sugimoto S, Hasegawa J, Handa H (1999). „NELF, multisubunitový komplex obsahující RD, spolupracuje s DSIF na potlačování prodloužení RNA polymerázy II“. Buňka. 97 (1): 41–51. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8. PMID 10199401. S2CID 16855257.
Hirosawa M, Nagase T, Ishikawa K, Kikuno R, Nomura N, Ohara O (2000). „Charakterizace cDNA klonů vybraných analýzou GeneMark z knihoven cDNA s frakcionací podle velikosti z lidského mozku“. DNA Res. 6 (5): 329–336. doi:10.1093 / dnares / 6.5.329. PMID 10574461.
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonování DNA pomocí in vitro specifické specifické rekombinace“. Genome Res. 10 (11): 1788–1795. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Ping YH, Rana TM (2001). „DSIF a NELF interagují s komplexem pro prodloužení RNA polymerázy II a HIV-1 Tat stimuluje P-TEFb zprostředkovanou fosforylaci RNA polymerázy II a DSIF během prodloužení transkripce“. J. Biol. Chem. 276 (16): 12951–12958. doi:10,1074 / jbc.M006130200. PMID 11112772.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–435. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (2001). „Systematická subcelulární lokalizace nových proteinů identifikovaných sekvenováním cDNA ve velkém měřítku“. EMBO Rep. 1 (3): 287–292. doi:10.1093 / embo-reports / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Ye Q, Hu YF, Zhong H, Nye AC, Belmont AS, Li R (2002). „Rozvíjení velkého rozsahu chromatinu vyvolané BRCA1 a alelické specifické účinky mutací náchylných k rakovině“. J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. doi:10.1083 / jcb.20010804949. PMC 2150890. PMID 11739404.
Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto S, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T, Handa H (2003). „Faktor prodloužení lidského transkripce NELF: Identifikace nových podjednotek a rekonstituce funkčně aktivního komplexu“. Mol. Buňka. Biol. 23 (6): 1863–1873. doi:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. PMC 149481. PMID 12612062.
Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–167. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Zhu J, Song S, Jiang Z, Yan J, Lu Q, Huang C, Ye Q (2005). "Charakterizace COBRA1 v lidských buněčných liniích rakoviny prsu pomocí nové polyklonální protilátky proti COBRA1". IUBMB Life. 56 (3): 161–166. doi:10.1080/15216540410001699826. PMID 15185750. S2CID 31137609.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–12135. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (2004). „Útlum transkripce zprostředkované estrogenovým receptorem α prostřednictvím estrogenu stimulovaného náboru negativního elongačního faktoru“. Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. doi:10.1101 / gad.1214104. PMC 515291. PMID 15342491.
Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (2004). „Od ORFeome k biologii: potrubí funkční genomiky“. Genome Res. 14 (10B): 2136–2144. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Zhong H, Zhu J, Zhang H, Ding L, Sun Y, Huang C, Ye Q (2005). "COBRA1 inhibuje transkripční aktivitu AP-1 v transfekovaných buňkách". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (2): 568–573. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D415–8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
McChesney PA, Aiyar SE, Lee OJ, Zaika A, Moskaluk C, Li R, El-Rifai W (2006). „Kofaktor BRCA1: nový regulátor transkripčního faktoru v adenokarcinomech horní části gastrointestinálního traktu“. Cancer Res. 66 (3): 1346–1353. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-3593. PMID 16452188.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000188986 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000013465 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] „Entrez Gene: COBRA1 cofactor of BRCA1“.

[Narita2003-6] Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto S, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T, Handa H (2003). „Faktor prodloužení lidského transkripce NELF: Identifikace nových podjednotek a rekonstituce funkčně aktivního komplexu“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (6): 1863–1873. doi:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. PMC 149481. PMID 12612062.

[Ye2001-7] Ye Q, Hu YF, Zhong H, Nye AC, Belmont AS, Li R (2001). „Rozvíjení velkého rozsahu chromatinu vyvolané BRCA1 a alelické specifické účinky mutací predisponujících k rakovině“. The Journal of Cell Biology. 155 (6): 911–922. doi:10.1083 / jcb.20010804949. PMC 2150890. PMID 11739404.

[pmid11739404-8] Ye Q, Hu YF, Zhong H, Nye AC, Belmont AS, Li R (prosinec 2001). „Rozvíjení velkého rozsahu chromatinu vyvolané BRCA1 a alelické specifické účinky mutací náchylných k rakovině“. J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. doi:10.1083 / jcb.20010804949. PMC 2150890. PMID 11739404.

[pmid15530430-9] A ^b Zhong H, Zhu J, Zhang H, Ding L, Sun Y, Huang C, Ye Q (prosinec 2004). "COBRA1 inhibuje transkripční aktivitu AP-1 v transfekovaných buňkách". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (2): 568–573. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.

[pmid15342491-10] Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (září 2004). „Útlum transkripce zprostředkované alfa receptorem estrogenu prostřednictvím estrogenu stimulovaného náboru negativního elongačního faktoru“. Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. doi:10.1101 / gad.1214104. PMC 515291. PMID 15342491.

[pmid12612062-11] A ^b Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto S, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T, Handa H (březen 2003). "Lidský transkripční elongační faktor NELF: identifikace nových podjednotek a rekonstituce funkčně aktivního komplexu". Mol. Buňka. Biol. 23 (6): 1863–1873. doi:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. PMC 149481. PMID 12612062.

[pmid14667819-12] Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–167. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.

[pmid17353931-13] Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3: 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]