49 - CXorf49 - Wikipedia

49 je protein, v kterém lidé je kódován gen otevřený čtecí rámec 49 chromozomu X (CXorf49).

Gen

Obrázek ukazuje přesnou polohu CXorf49 na záporném řetězci chromozomu X.

Gen CXorf49 má jeden alias CXorf49B.[1] Přezdívka A8MYA2 také označuje protein kódovaný CXorf49 nebo CXorf49B.[2]

CXorf49 se nachází na X chromozom v Xq13.1. Je to 3912 základní páry dlouhá a genová sekvence má 6 exony.[3] CXorf49 má jeden transkript kódující protein.[4]

Protein

Protein má 514 aminokyseliny a molekulová hmotnost 54,4 kDa.[5] The izoelektrický bod je 9,3. Ve srovnání s jinými lidskými proteiny je CXorf49 glycin - a prolin - bohatý, ale protein má nižší hladiny asparagin, isoleucin, tyrosin a threonin (Statistická analýza proteinových sekvencí, SAPS [6]).

Domény

Obrázek proteinu s doménou neznámé funkce.

The doména neznámé funkce DUF4641 je téměř celý protein. Je dlouhá 433 aminokyselin, od aminokyseliny 80 po aminokyselinu číslo 512.[7] DUF4641 je součástí pfam15483.[8] Doména je bohatá na prolin a arginin, ale DUF4641 má nižší hladiny isoleucinu, tyrosinu a threoninu ve srovnání s jinými bílkovinami u člověka (Analysis of Protein Sequences, SAPS [6]). DUF4641 má neobvyklé mezery mezi nimi lysin zbytky a kladně nabité aminokyseliny (Analýza proteinových sekvencí, SAPS [6]).

Post-překladové úpravy

Předpokládá se, že CXorf49 bude mít několik posttranslačních stránek. To zahrnuje stránky pro N-acetyltransferázu (NetAcet 1-[9]), glykace ε aminoskupin lysinů (NetGlycate 1.0[10]), O-glykosylace mucinového typu GalNAc (NetOglyc 4.0[11]), fosforylace (NetPhos 2.0[12]), sumoylace (SUMOplot Analysis Program[13]) a připojení O-ß-GlcNAc (YinOYang WWW[14]).

Subcelulární lokalizace

Předpokládá se, že protein CXorf49 bude umístěn v buněčné jádro (PSORT II [15]).

Výraz

Promotor region

The promotér oblast CXorf49 se nachází mezi párem bází 71718051 a 71718785 na minusovém řetězci chromozomu X a je dlouhá 735 bp (program Genomatix's ElDorado[16]). Jeden z nejčastějších transkripční faktor vazebná místa v promotorové oblasti jsou místy pro vazebný faktor Y-boxu.

Výraz

Ačkoli exprese CXorf49 je v lidských buňkách velmi nízká, je v ní o něco vyšší pojivové tkáně, varle a děloha (NCBI-Unigene [17]).

Interakce

Protein CXorf49 dosud nebyl prokázán v interakci s jinými proteiny (PSICQUIC[18]).

Ukázalo se, že CXorf49 je jednou ze složek malé skupiny HL-60 buňka proteom které byly nejvíce náchylné k tvorbě 4-Hydroxy-2-nonenal (HNE) adukty po expozici netoxickým (10 μM) koncentracím HNE spolu s tepelným šokem 60 kDa protein 1.[19]

Homologie

Pomocí BLAST[20] u jednobuněčných organismů, hub nebo rostlin, jejichž genomy byly sekvenovány, se nenacházejí žádné ortology pro CXorf49. U mnohobuněčných organismů se ortology vyskytují u savců. Níže uvedená tabulka ukazuje výběr ortologů savců. Jsou uvedeny po čase odchylky od člověka.

Rodové a druhové jménoBěžné jménoPřístupové čísloSekvenční délkaIdentita s lidským proteinem
Pan troglodytyŠimpanzXP_001137982514 aa98 %
Callithrix jacchusSpolečný kosmanXP_008987719487 aa65 %
Galeopterus variegatusMalajský létající lemurXP_008574823525 aa54 %
Tupaia chinensisČínská rejskaXP_006168003527 aa35 %
Chinchilla lanigeraČinčila dlouhosrstáXP_013358263307 aa49 %
Mus musculusDomácí myšNP_081944513 aa36 %
Canis lupus familiarisPesXP_850392526 aa54 %
Odobenus rosmarus divergensPacifik mrožXP_012422579530 aa51 %
Mustela putorius furoFretkaXP_004777306544 aa50 %
Lipotes vexilliferČínský říční delfínXP_007452050529 aa45 %
Ovis areisOvceXP_004022229536 aa45 %
Capra hircusKozaXP_005700711538 aa44 %
Myotis lucifugusMalý hnědý netopýrXP_006083036500 aa42 %
Myotis davidiiDavidova myotisXP_006759573495 aa42 %
Bos taurusDobytekNP_001092664534 aa42 %
Equus asinusAsinusXP_014707878723 aa42 %
Trichechus manatus latirostrisFlorida manateeXP_012415455505 aa44 %
Dasypus novemcinctusPásovec devítipásýXP_004475873497 aa44 %
Orycteropus afer aferAardvarkXP_007957133477 aa38 %

Fylogeneze

CXorf49 se vyvinul z aardvarks, na lidský protein po dobu 105,0 milionů let.

Tento fylogenetický strom vyrobený pomocí CRUSTALW na SDSC Biology Workbench[6] ukazuje, jak CXorf49 v lidech (Hsa), šimpanzích (Ptro), malajských létajících lemurech (Gava), ovcích (Ovari), tichomořských mrožech (Ord), Aardvark (Oafaf), čínských rejsků (Tuchi) a domácích myší (Mmus) se časem rozcházely.

Reference

  1. ^ „Homo sapiens chromozom X otevřený čtecí rámec 49 (CXorf49), mRNA - nukleotid - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Citováno 2016-04-28.
  2. ^ "RecName: Full = necharakterizovaný protein CXorf49 - protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Citováno 2016-04-28.
  3. ^ "CXorf49 chromozom X otevřený čtecí rámec 49 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-28.
  4. ^ "Shrnutí genů a bílkovin: cxorf49". Ebi.ac.uk. Citováno 2016-04-28.
  5. ^ „CXorf49 Gene (Protein Coding) Chromosome X Open Reading Frame 49“. Genové karty. Citováno 2016-04-28.
  6. ^ A b C d „SDSC Biology Workbench“. seqtool.sdsc.edu. Archivovány od originál dne 11. 8. 2003. Citováno 2016-05-06.
  7. ^ "necharakterizovaný protein CXorf49 [Homo sapiens] - protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Citováno 2016-04-28.
  8. ^ „NCBI CDD konzervovaná proteinová doména DUF4641“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-05-06.
  9. ^ „Server NetAcet 1.0“. Cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-28.
  10. ^ „Server NetGlycate 1.0“. Cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-28.
  11. ^ „Server NetOGlyc 4.0“. Cbs.dtu.dk. 15. 5. 2013. Citováno 2016-04-28.
  12. ^ „Server NetPhos 2.0“. Cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-28.
  13. ^ „Program analýzy SUMOplot“. Naléhavé. Citováno 2016-04-28.
  14. ^ „Server YinOYang 1.2“. Cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-28.
  15. ^ http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[trvalý mrtvý odkaz ]
  16. ^ Genomatix's ElDorado
  17. ^ „Profil EST - Hs.632817“. Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-28.
  18. ^ „PSIQUIC“. Archivováno od originálu dne 2014-12-17.
  19. ^ Arcaro, Alessia; Daga, Martina; Cetrangolo, Giovanni Paolo; Ciamporcero, Eric Stefano; Lepore, Alessio; Pizzimenti, Stefania; Petrella, Claudia; Graf, Maria; Uchida, Koji; Mamone, Gianfranco; Ferranti, Pasquale; Ames, Paul R. J .; Palumbo, Giuseppe; Barrera, Giuseppina; Gentile, Fabrizio (2015). „Generování aduktů 4-hydroxy-2-nonenalu s tepelným šokem 60 kDa protein 1 v lidských promyelocytárních HL-60 a monocytických buněčných liniích THP-1“. Oxidační medicína a buněčná dlouhověkost. 2015: 296146. doi:10.1155/2015/296146. PMC  4452872. PMID  26078803.
  20. ^ Protein BLAST