C1QL1 - C1QL1
The doplňte komponentu 1, q podobu subkomponentu 1 (nebo C1QL1) je kódován genem umístěným na chromozomu 17q21.31. Je to vylučovaný protein a má délku 258 aminokyselin.[5]Protein je široce exprimován, ale jeho exprese je nejvyšší v mozku a může se také podílet na regulaci motorické kontroly.[6]Pre-mRNA tohoto proteinu podléhá Úpravy RNA.[7]
Funkce bílkovin
Jeho fyziologická funkce není známa. Je členem proteinů domény C1Q, které mají důležité signální role při zánětu a adaptivní imunitě.[8]
Úpravy RNA
Typ úpravy
Pre-mRNA tohoto proteinu podléhá A až I Úpravy RNA, který je katalyzován rodinou adenosindeaminázy působící na RNA (ADAR), které specificky rozpoznávají adenosiny v dvouvláknových oblastech pre-mRNA a deaminovat je inosin. Inosiny jsou uznávány jako guanosin translačním aparátem buňky. Existují tři členové rodiny ADAR: ADARs 1-3, přičemž ADAR 1 a ADAR 2 jsou jedinými enzymaticky aktivními členy. ADAR 3 má regulační roli v mozku. ADAR 1 a ADAR 2 jsou široce exprimovány ve tkáních, zatímco ADAR 3 je omezen na mozek. Dvouvláknové oblasti RNA jsou tvořeny párováním bází mezi zbytky v oblasti komplementární k oblasti editačního místa. Tato doplňková oblast se obvykle nachází v sousední oblasti intron ale mohou být také lokalizovány v exonové sekvenci. Oblast, která se spáruje s oblastí úprav, se označuje jako Úpravy Komplementární Sekvence (ECS).
Úpravy webů
Kandidátská editační místa byla stanovena experimentálně porovnáním sekvencí cDNA a genomicky kódované DNA od stejného jedince, aby se zabránilo jednonukleotidovým polymorfismům (SNP). Dvě ze tří editačních stránek nalezených v myším genu byla nalezena v lidském přepisu.[7]Ve všech RNA však bylo detekováno pouze místo Q / R, přičemž místo T / A bylo detekováno pouze jednou. Obě místa se nacházejí v exonu 1.[7]
Q / R stránky
Tato stránka se nachází v exonu 1 na pozici 66. Úpravy vedou ke změně kodonu z a Glutamin kodon do Arginin kodon.
T / A stránky
Toto místo se také nachází v exonu 1 v poloze 63. Bylo detekováno pouze v jednom genomickém vzorku, což naznačuje, že upraveným zbytkem může být SNP. Předpokládá se však, že sekundární struktura RNA bude kolem místa úpravy vysoce konzervovaná u myší a lidí. To naznačuje, že místo T / A může být stále zobrazeno jako místo úpravy A až I RNA. Úpravy na tomto místě by vedly ke změně aminokyselin z a Threonin do Alanin.
Předpokládá se také, že ECS bude nalezen v exonu 1 v místě 5 'od editační oblasti.[7]
Úprava úpravy
Úpravy jsou odlišně vyjádřeny v souboru mozeček a kůra. Tato regulace je také přítomna u myší, což naznačuje zachování regulace úpravy. V lidské plicní, srdeční, ledvinové nebo slezinné tkáni nebyly zjištěny žádné úpravy.[7]
Evoluční ochrana
Sekvence exonu 1 je u savčích druhů vysoce konzervativní a k úpravě pre-mRNA tohoto proteinu pravděpodobně dojde u myší, potkanů, psů a krav iu lidí. I když ECS není konzervován u nesavců, byla u Zebrafish předpovězena alternativní ECS s podobnou strukturou, ale na jiném místě. Ecs se nachází po proudu od editačních webů.[7]
Účinky na strukturu bílkovin
Tyto predikované editační stránky vedou k translaci argininu místo glutaminu v místě Q / R a alaninu místo treoninu v místě T / A. Tyto změny kodonů jsou nesynomonické.[7] Vzhledem k tomu, že editační weby jsou umístěny těsně před doménou trimerizačního kolagenu, může editace ovlivnit oligomerizaci proteinu. Tento region také pravděpodobně bude proteáza doména. Není známo, zda by změny aminokyselin způsobené editací mohly mít na tyto domény účinek.[7]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000131094 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000045532 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ C1QL1 Gene - GeneCards | C1QRF protein | C1QRF protilátka
- ^ Bérubé NG, Swanson XH, Bertram MJ a kol. (Leden 1999). „Klonování a charakterizace CRF, nového faktoru souvisejícího s C1q, vyjádřeného v oblastech mozku zapojených do motorických funkcí“. Brain Res. Mol. Brain Res. 63 (2): 233–40. doi:10.1016 / S0169-328X (98) 00278-2. PMID 9878755.
- ^ A b C d E F G h Sie CP, Maas S (duben 2009). "Konzervované překódování RNA editace faktoru C1QL1 souvisejícího s obratlovcem C1q". FEBS Lett. 583 (7): 1171–4. doi:10.1016 / j.febslet.2009.02.044. PMID 19275900. S2CID 33286445.
- ^ Ghai R, Waters P, Roumenina LT a kol. (2007). "C1q a jeho rostoucí rodina". Imunobiologie. 212 (4–5): 253–66. doi:10.1016 / j.imbio.2006.11.001. PMID 17544811.
Další čtení
- Sie CP, Maas S (2009). "Konzervované překódování RNA editace faktoru C1QL1 souvisejícího s obratlovcem C1q". FEBS Lett. 583 (7): 1171–4. doi:10.1016 / j.febslet.2009.02.044. PMID 19275900. S2CID 33286445.
- Davila S, Froeling FE, Tan A a kol. (2010). „Nové genetické asociace zjištěné ve studii reakce hostitele na vakcínu proti hepatitidě B“. Genes Immun. 11 (3): 232–8. doi:10.1038 / gen.2010.1. PMID 20237496.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Bérubé NG, Swanson XH, Bertram MJ a kol. (1999). „Klonování a charakterizace CRF, nového faktoru souvisejícího s C1q, vyjádřeného v oblastech mozku zapojených do motorických funkcí“. Brain Res. Mol. Brain Res. 63 (2): 233–40. doi:10.1016 / S0169-328X (98) 00278-2. PMID 9878755.
externí odkazy
- DARNED (DAtabáze RNa EDiting u lidí)
- Člověk C1QL1 umístění genomu a C1QL1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.