Blast2GO - Blast2GO

Blast2GO
Logo Blast2GO.png
Blast2GO
TypSoftware pro bioinformatiku
Počátek2011 (2011)
VýrobceBioBam Bioinformatika
Vyrobené modelyDemo, Basic, Trial, Pro, Plugin, Commandline
webová stránkahttps://www.blast2go.com

Blast2GO, poprvé publikováno v roce 2005,[1][2][3][4] je bioinformatika softwarový nástroj pro automatiku s vysokou propustností funkční anotace nových sekvenčních dat (geny bílkoviny ). Využívá VÝBUCH[5] algoritmus k identifikaci podobných sekvencí, který poté přenese stávající funkční anotaci z dosud charakterizovaných sekvencí do nové. Funkční informace jsou reprezentovány prostřednictvím Genová ontologie (GO), řízený slovník funkčních atributů. The Genová ontologienebo JÍT, je major bioinformatika iniciativa sjednotit zastoupení gen a genový produkt atributy napříč všemi druh.[6]

Viz také

Reference

  1. ^ Conesa, A; Götz, S; García-Gómez, JM; Terol, J; Talón, M; Robles, M (15. září 2005). „Blast2GO: univerzální nástroj pro anotaci, vizualizaci a analýzu ve výzkumu funkční genomiky“. Bioinformatika. 21 (18): 3674–6. doi:10.1093 / bioinformatika / bti610. PMID  16081474.
  2. ^ Götz, S; García-Gómez, JM; Terol, J; Williams, TD; Nagaraj, SH; Nueda, MJ; Robles, M; Talón, M; Dopazo, J; Conesa, A (červen 2008). „Vysoce výkonná funkční anotace a dolování dat pomocí sady Blast2GO“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (10): 3420–35. doi:10.1093 / nar / gkn176. PMC  2425479. PMID  18445632.
  3. ^ Conesa, A; Götz, S (2008). „Blast2GO: Komplexní sada pro funkční analýzu v genomice rostlin“. International Journal of Plant Genomics. 2008: 1–12. doi:10.1155/2008/619832. PMC  2375974. PMID  18483572.
  4. ^ Götz, S; Arnold, R; Sebastián-León, P; Martín-Rodríguez, S; Tischler, P; Jehl, MA; Dopazo, J; Rattei, T; Conesa, A (1. dubna 2011). „B2G-FAR, druhově zaměřené úložiště poznámek GO“. Bioinformatika. 27 (7): 919–24. doi:10.1093 / bioinformatika / btr059. PMC  3065692. PMID  21335611.
  5. ^ Altschul, SF; Gish, W; Miller, W; Myers, EW; Lipman, DJ (5. října 1990). Msgstr "Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání". Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403–10. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID  2231712.
  6. ^ Konsorcium pro genovou ontologii (leden 2008). „Projekt genové ontologie v roce 2008“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D440–4. doi:10.1093 / nar / gkm883. PMC  2238979. PMID  17984083.

externí odkazy

  • Oficiální webové stránky Blast2GO - Nástroj pro funkční anotaci (nových) sekvencí a analýzu dat anotací.
  • Společnost vyvíjející Blast2GO - BioBam Bioinformatics S.L., bioinformatická společnost zaměřená na vytváření uživatelsky přívětivého softwaru pro vědeckou komunitu, vyvíjí, udržuje a distribuuje Blast2GO.
  • Nástroje pro genovou ontologii - Poskytuje přístup k ontologiím, softwarovým nástrojům, anotovaným seznamům genových produktů a referenčním dokumentům popisujícím GO a jeho použití.
  • PlantRegMap —Anotace Plant GO pro 165 druhů a analýza obohacení GO