Centra zdrojů pro bioinformatiku - Bioinformatics Resource Centers

The Centra zdrojů pro bioinformatiku (BRC) jsou skupina pěti Založené na internetu výzkumná centra založená v roce 2004 a financovaná NIAID (dále jen "EU") Národní institut pro alergie a infekční nemoci.)^[1] BRC byly vytvořeny v reakci na hrozby, které představují vznikající a znovu se objevující patogeny, zejména Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) patogeny kategorie A, B a C,^[2] a jejich potenciální využití v bioterorismus. Záměr NIAID je financovat bioinformatika center je pomáhat výzkumným pracovníkům podílejícím se na experimentální charakterizaci těchto patogenů a tvorbě léky, vakcíny nebo diagnostické nástroje k boji proti nim.

Hlavní cíle BRC jsou následující:

1) Vytvořit komplexní databáze spolehlivých, aktuálních bioinformatických údajů (genetický, proteomický, biochemické nebo mikrobiologické ) související se sledovanými patogeny;
2) Poskytnout výzkumným pracovníkům snadný přístup k těmto údajům prostřednictvím internetového vyhledávání a vyhledávání dat uživatelská rozhraní;
3) Poskytnout výzkumným pracovníkům relevantní, nejmodernější výpočetní nástroje pro bioinformatickou analýzu těchto údajů.

Těchto pět BRC je podporováno různými institucemi, a to jak ve veřejném, tak v soukromém vlastnictví USA a Kanada. Každý BRC se zaměřuje na jinou skupinu patogenů. The Portál patogenů slouží jako společné úložiště a poskytuje souhrnné informace o BRC a odkazy na ně.

Centra zdrojů pro bioinformatiku
název	Název Acrono	Přispívající organizace	Počet zahrnutých organismů	Organismy, na které se vztahuje (kategorie CDC)
Zdroje databáze eukaryotického patogenu	EuPathDB	University of Pennsylvania University of Georgia	45 v 13 rodech	Crithidia (Jiný) Cryptosporidium (B) Encephalitozoon (Skupina I) Entamoeba (B) Enterocytozoon (Skupina I) Giardia (B) Leishmania (Jiný) Neospora (Jiný) Plasmodium (Jiný) Theileria (Jiný) Toxoplazma (B) Trichomonas (Jiný) Trypanosoma (Jiný)
Databáze výzkumu chřipky	IRD	Northrop Grumman Informační technologie Institut J. Craiga Ventera Vecna Technologies	1	Virus chřipky (chřipka) (C)
Centrum integrace zdrojů PathoSystems	PATRIC	Institut bioinformatiky ve Virginii University of Chicago Národní centrum pro těžbu textu	22 rodů	Bacil (A) Bartonella (Skupina I) Borrelia (Skupina I) Brucella (B) Burkholderia (B) Campylobacter (B) Chlamydophila (B) Clostridium (A) Coxiella (B) Ehrlichia (Skupina I) Escherichia (B) Francisella (A) Helicobacter (Skupina I) Listeria (B) Mycobacterium (C) Rickettsia (PŘED NAŠÍM LETOPOČTEM) Salmonella (B) Shigella (B) Staphylococcus (B) Vibrio (B) Yersinia (A, B) jiný Bakterie
Databáze virových patogenů a zdroje pro analýzu	ViPR	Northrop Grumman Informační technologie Institut J. Craiga Ventera Vecna Technologies	13 rodin	Arenaviridae (A) Bunyaviridae (A) Filoviridae (A) Flaviviridae (A) Poxviridae (A) Caliciviridae (B) Togaviridae (B) Žloutenka typu A virus (B) Coronaviridae (C) Paramyxoviridae (C) Lyssavirus (C) Hepatitida E. Herpesviridae Reoviridae
VectorBase	VB	University of Notre Dame Evropský bioinformatický institut Imperial College London	30	Anopheles gambiae (Jiný) Anopheles druh (x16) (jiný) Aedes aegypti (Jiný) Biomphalaria glabrata (Jiný) Culex quinquefasciatus (Jiný) Glossina druh (x5) (jiný) Ixodes scapularis (Jiný) Lutzomyia longipalpis (Jiný) Musca domestica (Jiný) Pediculus humanus (Jiný) Phlebotomus papatasi (Jiný)
Portál patogenů	žádný	Institut bioinformatiky ve Virginii	Údaje pro 13 druhů: Genový výraz, proteomika	Vaccinia (Jiný) Variola (A) Opičí neštovice (A) Koronavirus (C) Brucella abortus (B) Bacillus anthracis (A) Salmonella typhimurium (B) Yersinia pestis (A) Vibrio cholerae (B) Cryptosporidium parvum (B) Toxoplasma gondii (B) Homo sapiens (Jiný) Mus musculus (Jiný)

Viz také

Reference

^ Přehled, Centra zdrojů bioinformatiky Archivováno 15. května 2008, v Wayback Machine, Národní institut pro alergie a infekční nemoci (NIAID), 10. ledna 2008.
^ Agenti a nemoci bioterorismu CDC (podle kategorie) Archivováno 2014-07-22 na Wayback Machine „Centers for Disease Control and Prevention (Department of Health and Human Services), accessed 8. července 2008.

externí odkazy

Domovská stránka NIAID
Centra zdrojů pro bioinformatiku Stránka NIAID popisující cíle a aktivity BRC
Patogen Portál Centrum pro BRC; poskytuje souhrnné informace
EuPathDB Eukaryotické patogeny BRC
IRD Databáze pro výzkum chřipky BRC
ViPR Virová databáze a zdroj pro analýzu BRC
PATRIC Centrum integrace zdrojů PathoSystems
VectorBase VectorBase BRC

[Overview,_Bioinformatics_Resource_Centers-1] Přehled, Centra zdrojů bioinformatiky Archivováno 15. května 2008, v Wayback Machine, Národní institut pro alergie a infekční nemoci (NIAID), 10. ledna 2008.

[CDC_Bioterrorism_Agents-2] Agenti a nemoci bioterorismu CDC (podle kategorie) Archivováno 2014-07-22 na Wayback Machine „Centers for Disease Control and Prevention (Department of Health and Human Services), accessed 8. července 2008.

[1]

[2]