Databáze výzkumu chřipky - Influenza Research Database
 Databáze výzkumu chřipky | |
| Dosah | |
|---|---|
| Disciplíny | Veřejná databáze a nástroje |
| Odkazy | |
| webová stránka | http://www.fludb.org/ |
The Databáze výzkumu chřipky (IRD)[1][2][3] je integrativní a komplexní veřejně dostupná databáze a analytický zdroj pro vyhledávání, analýzu, vizualizaci, ukládání a sdílení dat pro výzkum viru chřipky. IRD je jedním z pěti Centra zdrojů pro bioinformatiku (BRC) financovaný Národní institut pro alergie a infekční nemoci (NIAID), součást Národní institut zdraví (NIH), což je agentura Ministerstvo zdravotnictví a sociálních služeb USA.
Datové typy v IRD
- Segment, protein a namáhat data
- Údaje ze sledování zvířat
- Klinické údaje u člověka
- Experimentálně stanoveno a předpovězeno imunitní epitopy
- Funkce sekvence[4]
- Předpokládané proteinové domény a motivy
- Anotace genové ontologie
- Vypočítané skóre zachování sekvence
- Klasifikace kladu pro vysoce patogenní HA sekvence ptačí chřipky H5N1
- 3D proteinové struktury
- Data primerů PCR získaná z literatury
- Data experimentů z laboratorních experimentů a klinických studií
- Fenotypové charakteristické údaje získané z literatury
- Sérologická data
- Data faktoru hostitele
Analytické a vizualizační nástroje v IRD
- BLAST: poskytuje vlastní databáze IRD k identifikaci nejvíce souvisejících sekvencí
- Krátké vyhledávání peptidů: umožňuje uživatelům najít peptidové sekvence v cílových proteinech
- Identifikovat bodové mutace: identifikuje chřipkové proteiny s konkrétními aminokyselinami v pozicích specifikovaných uživatelem
- Zarovnání více sekvencí: umožňuje uživatelům zarovnat sekvence segmentu / proteinu pomocí MUSCLE
- Vizualizace zarovnání sekvence: používá JalView pro vizualizaci zarovnání sekvence
- Fylogenetický strom konstrukce: vypočítá strom pomocí různých algoritmů a evolučních modelů
- Vizualizace fylogenetického stromu: umožňuje barevně kódované zobrazení kmenových metadat na stromě generovaném jedním z několika dostupných algoritmů nebo evolučních modelů a prohlížených pomocí Archeopteryx
- Vizualizace 3D struktury proteinů: integruje soubory struktury proteinů PDB se skóre zachování sekvence a funkcemi IRD Sequence a poskytuje interaktivní 3D prohlížeč struktury proteinů pomocí Jmol
- Typ varianty funkce sekvence (SFVT) analýza:[4] poskytuje centralizované úložiště funkčních oblastí a automaticky vypočítá všechny pozorované variace sekvence v každé definované oblasti
- Nástroj pro srovnávací analýzu založenou na metadatech (Meta-CATS): automatická srovnávací statistická analýza k identifikaci pozic, které se významně liší mezi uživatelem definovanými skupinami sekvencí
- Analýza variace sekvence (SNP): předpočítaná analýza variace sekvence ve všech sekvencích IRD; také umožňuje uživatelům vypočítat rozsah variací sekvence v uživatelem zadaných sekvencích
- PCR primery / sondy: poskytuje úložiště běžně používaných primerů pro identifikaci chřipkového viru a vypočítává polymorfismy všech souvisejících sekvencí IRD v pozicích primerů
- Návrh PCR primeru: umožňuje návrh PCR primeru pro IRD a uživatelem poskytnuté sekvence
- Anotace sekvence: určuje typ chřipky, číslo a podtyp segmentu nukleotidové sekvence poskytnuté uživatelem (pro segmenty 4 a 6) a překládá nukleotidovou sekvenci
- Klasifikace kladu HPAI H5N1: předpovídá klade vysoce patogenních H5 HA sekvencí
- ReadSeq: převádí mezi různými formáty sekvencí
- Nástroj pro zadávání dat: umožňuje uživatelům odesílat chřipkové sekvence, sekvenční funkce a experimentální data online
- Nástroje pro externí analýzu: zobrazí seznam a popis nástrojů třetích stran pro specializovanější analýzy
- Personal Workbench pro ukládání a sdílení dat a analýz
Reference
- ^ IRD Databáze pro výzkum chřipky BRC
- ^ Squires, R. B., Noronha, J., Hunt, V., et al. Databáze pro výzkum chřipky: integrovaný zdroj bioinformatiky pro výzkum a sledování chřipky. Chřipka Další viry Respi. (2012) 6 (6): 404–416. doi: 10.1111 / j.1750-2659.2011.00331.x
- ^ Squires B., Macken C., Garcia-Sastre A. a kol. BioHealthBase: podpora informatiky při objasňování interakcí mezi hostitelem a patogenem viru chřipky a virulence. Nucleic Acids Res. (2008) 36 (dodatek 1): D497-D503. doi: 10,1093 / nar / gkm905
- ^ A b Noronha, J.M., Liu, M, Squires, R.B., et al. Analýza typu varianty chřipky (Flu-SFVT): důkazy o roli NS1 při omezení rozsahu chřipkových hostitelů. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. doi: 10.1128 / JVI.06901-11
externí odkazy
- Oficiální webové stránky
- Centra zdrojů pro bioinformatiku Stránka NIAID popisující cíle a aktivity BRC