Databáze virových patogenů a zdroje pro analýzu - Virus Pathogen Database and Analysis Resource
 | tento článek potřebuje další citace pro ověření. (Říjen 2011) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
| VIPR BRC | |
|---|---|
 Logo VIPR | |
| webová stránka | www.viprbrc.org |
The Databáze virových patogenů a zdroj pro analýzu (ViPR) [1][2][3] je integrativní a komplexní veřejně dostupná databáze a analytický zdroj pro vyhledávání, analýzu, vizualizaci, ukládání a sdílení údajů o virových patogenech v USA Národní institut pro alergie a infekční nemoci (NIAID) Kategorie A-C Prioritní seznamy patogenů pro biodefense výzkum a další virové patogeny způsobující vznikající / znovu objevující se infekční nemoci. ViPR je jedním z pěti Centra zdrojů pro bioinformatiku (BRC) financováno z NIAID, součást Národní institut zdraví (NIH), což je agentura Ministerstvo zdravotnictví a sociálních služeb USA.
Virové rodiny pokryté ViPR
Databáze ViPR zahrnuje genomy z těchto virových rodin: Arenaviridae, Bunyaviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviviridae, Hepeviridae, Herpesviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae, Poxviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae, a Togaviridae.
Datové typy ve ViPR
- Genomy
- Genom anotace
- Geny a bílkoviny
- Předpokládané proteinové domény a motivy
- Imunní epitopy
- Funkce sekvence [4]
- Ortologické shluky proteinů
- 3D proteinová struktura
- Klinická metadata
- Data faktoru hostitele
Analytické a vizualizační nástroje ve ViPR
- BLAST: poskytuje řadu vlastních databází ViPR k identifikaci nejvíce souvisejících sekvencí
- Krátké vyhledávání peptidů: umožňuje uživatelům najít libovolnou sekvenci peptidů pomocí přesného, fuzzy nebo shody vzorů
- Analýza variací sekvence ([Single-nukleotide polymorphism] SNP): vypočítá variaci sekvence existující ve specifikovaných sekvencích
- Metadata-driven Comparative Analysis Tool for Sequences (Meta-CATS): an automated comparative statistics analysis to identify locations throughout a vícenásobné zarovnání sekvence které se významně liší mezi skupinami sekvencí majících specifické fenotypové vlastnosti
- Zarovnání více sekvencí: srovnává malé genomy, genové / proteinové sekvence nebo velké virové genomové sekvence pomocí jednoho z několika algoritmů nejvhodnějších pro konkrétní zadání úlohy
- Vizualizace zarovnání sekvence: používá JalView pro vizualizaci zarovnání sekvence
- Generování fylogenetického stromu: vypočítá strom pomocí jednoho z několika dostupných algoritmů a evolučních modelů
- Vizualizace fylogenetického stromu: umožňuje barevně kódované zobrazení metadat kmene na stromě pomocí prohlížeče Archeopteryx
- GBrowse: poskytuje schopnost procházení genomu pro velké virové genomy DNA (Herpesviridae a Poxviridae) s integrací funkcí sekvencí ViPR pro virus Vaccinia
- Typ varianty funkce sekvence (SFVT) analýza:[4] poskytuje centralizované úložiště funkčních oblastí a automaticky vypočítá všechny pozorované variace sekvence v každé definované oblasti
- Vizualizace 3D struktury proteinů: integruje soubory struktury proteinů PDB s funkcemi sekvence ViPR, pokud je to možné, a poskytuje interaktivní 3D prohlížeč struktury proteinů pomocí Jmol
- Genome Annotator (GATU): umožňuje uživatelům anotovat nové sekvence genomu poskytnuté uživatelem
- Stanovení genotypu a detekce rekombinace: předpovídá genotyp sekvencí zadaných uživatelem a identifikuje možná místa rekombinace virů v rodině Flaviviridae
- Návrh PCR primeru: umožňuje uživateli automaticky předvídat ideální primery na základě sekvence a specifikovaných parametrů
- ReadSeq: převádí mezi různými formáty sekvencí
- Nástroj pro odesílání sekvenčních prvků: umožňuje uživatelům definovat sekvenční prvek vyplněním webového formuláře
- Nástroje pro externí analýzu: zobrazí seznam a popis nástrojů třetích stran pro specializovanější analýzy
- Personal Workbench pro ukládání a sdílení dat a analýz
Reference
- ^ Databáze virových patogenů a zdroj pro analýzu (ViPR)
- ^ Pickett B.E., Sadat E.L., Zhang Y., et al. ViPR: nazývaný také bakterioghoages jako otevřená databáze bioinformatiky a analytický zdroj pro virologický výzkum. Výzkum nukleových kyselin 2011 doi: 10,1093 / nar / gkr859
- ^ Pickett B.E., Greer D.S., Zhang Y., et al. Databáze virových patogenů a zdroj pro analýzu (ViPR): Komplexní databáze a zdroj pro analýzu bioinformatiky pro výzkumnou komunitu koronavirů. Viry. 2012; 4 (11): 3209-3226 doi: 10,3390 / v4113209
- ^ A b Noronha, J.M., Liu, M, Squires, R.B., et al. Analýza typu varianty chřipky (Flu-SFVT): důkazy o roli NS1 při omezení rozsahu chřipkových hostitelů. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. doi: 10.1128 / JVI.06901-11
externí odkazy
- ViPR BRC
- Centra zdrojů pro bioinformatiku Stránka NIAID popisující cíle a aktivity BRC