Bioinformatický kombajn - Bioinformatic Harvester - Wikipedia

Bioinformatický kombajn
VývojářiUrban Liebel, Björn Kindler
Stabilní uvolnění
4 / 24. května 2011; Před 9 lety (2011-05-24)
Operační systémWebový
TypBioinformatický nástroj
webová stránkakombajn.kit.edu[trvalý mrtvý odkaz ]

The Bioinformatický kombajn byla bioinformatická meta vyhledávač vytvořil Evropská laboratoř molekulární biologie[1] a následně hostil a dále rozvíjel KIT Technologický institut v Karlsruhe pro geny a informace spojené s bílkovinami. Harvester v současné době pracuje pro člověk, myš, krysa, zebrafish, drosophila a arabidopsis thaliana založené informace. Harvester cross-links> 50 populárních bioinformatických zdrojů a umožňuje křížové vyhledávání. Harvester denně poskytuje desítky tisíc stránek vědcům a lékařům. Od roku 2014 je služba nefunkční.

Jak Harvester funguje

Harvester shromažďuje informace od protein a genové databáze spolu s informacemi z takzvaných „predikčních serverů“. Predikční server např. poskytují online sekvenční analýzu pro jeden protein. Index vyhledávání kombajnů je založen na IPI a UniProt sběr informací o bílkovinách. Kolekce se skládá z:

  • ~ 72 000 lidí, ~ 57 000 myší, ~ 41 000 potkanů, ~ 51 000 zebrafish, ~ 35 000 arabidopsis proteinových stránek, které zesíťují ~ 50 hlavních bioinformatických zdrojů.


Harvester propojuje několik typů informací

Textové informace

Z následujících databází:

Databáze bohaté na grafické prvky

Tyto databáze se neshromažďují, jsou vzájemně propojené a zobrazují se prostřednictvím iframe. Iframe je okno v rámci HTML stránka pro vložené zobrazení a interaktivní přístup k propojené databázi. Několik takových iframe je kombinováno na jedné stránce s proteiny Harvester. To umožňuje současné pohodlné porovnání informací z několika databází.

Přístup z externí aplikace

Co lze najít

Harvester umožňuje kombinaci různých hledaných výrazů a jednotlivých slov.

Příklady hledání:

  • Jméno genu: "golga3"
  • Genový alias: „ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS“ (stačí jeden název genu)
  • Gene-Ontologies: "Enzyme linked receptor protein protein signaling pathway"
  • Unigene -Cluster: „Hs.449360“
  • Go-annotation: "intra-Golgi transport"
  • Molekulární funkce: "vazba protein kinázy"
  • Bílkoviny: "Q9NPD3"
  • Proteinová doména: "SH2 sar"
  • Lokalizace proteinů: „endoplazmatické retikulum“
  • Chromozom: „2q31“
  • Nemoc relevantní: použijte slovo „diseaselink“
  • Kombinace: „golgi diseaselink“ (najde všechny golgiho proteiny spojené s onemocněním)
  • mRNA: "AL136897"
  • Slovo: "Cancer"
  • Komentář: „vysoce vyjádřeno v srdci“
  • Autor: "Merkelová, Schmidt"
  • Publikace nebo projekt: "cDNA sekvenční projekt "

Viz také

Literatura

  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (srpen 2004). "'Harvester ': rychlý meta vyhledávač lidských proteinových zdrojů “. Bioinformatika. 20 (12): 1962–3. doi:10.1093 / bioinformatika / bth146. PMID  14988114.
  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). „Bioinformatický„ Harvester “: vyhledávač zdrojů genomu pro lidské, myší a krysí proteiny“. Pervitin Enzymol. Metody v enzymologii. 404: 19–26. doi:10.1016 / S0076-6879 (05) 04003-6. ISBN  9780121828097. PMID  16413254.

Poznámky a odkazy

  1. ^ Manoj, M; Elizabeth, Jacob (říjen 2008). „Získávání informací na internetu pomocí meta-vyhledávačů: recenze“ (PDF). Journal of Scientific & Industrial Research. 67 (10): 739–746. ISSN  0022-4456.

externí odkazy