Bakteriální, archaální a rostlinný plastidový kód - Bacterial, archaeal and plant plastid code - Wikipedia
The bakteriální, archaální a rostlinný plastidový kód (překladová tabulka 11) je kód DNA používaný společností bakterie, archaea, prokaryotický viry a chloroplastové proteiny. Je to v podstatě stejné jako standardní kód, existují však určité varianty alternativy spustit kodony.
Kód
| Aminokyselina biochemické vlastnosti | Nepolární | Polární | Základní | Kyselé | Ukončení: stop kodon |
| 1. místo základna | 2. základna | 3. místo základna | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U | C | A | G | ||||||
| U | UUU | (Phe / F) Fenylalanin | UCU | (Ser / S) Serine | UAU | (Tyr / Y) Tyrosin | UGU | (Cys / C) Cystein | U |
| UUC | UCC | UAC | UGC | C | |||||
| UUA | (Leu / L) Leucin | UCA | UAA | Stop (Okr)[B] | UGA | Stop (Opál)[B] | A | ||
| UUG[A] | UCG | UAG | Stop (Jantar)[B] | UGG | (Trp / W) Tryptofan | G | |||
| C | CUU | CCU | (Podpěra) Prolin | CAU | (His / H) Histidin | CGU | (Arg / R) Arginin | U | |
| CUC | CCC | CAC | CGC | C | |||||
| CUA | CCA | CAA | (Gln / Q) Glutamin | CGA | A | ||||
| CUG[A] | CCG | CAG | CGG | G | |||||
| A | AUU | (Ile / I) Isoleucin | ACU | (Thr / T) Threonin | AAU | (Asn / N) Asparagin | AGU | (Ser / S) Serine | U |
| AUC | ACC | AAC | AGC | C | |||||
| AUA | ACA | AAA | (Lys / K) Lysin | AGA | (Arg / R) Arginin | A | |||
| SRPEN[A] | (Met / M) Methionin | ACG | AAG | AGG | G | ||||
| G | GUU | (Val / V) Valine | GCU | (Ala / A) Alanin | GAU | (Asp / D) Kyselina asparagová | GGU | (Gly / G) Glycin | U |
| GUC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
| GUA | GCA | GAA | (Lepidlo) Kyselina glutamová | GGA | A | ||||
| GUG | GCG | GAG | GGG | G | |||||
- A Kodon AUG oba kóduje methionin a slouží jako iniciační místo: první AUG v mRNA v kódující oblasti začíná translace na protein.[1] Ostatní startovací kodony uvedené v GenBank jsou u eukaryot vzácné a obecně kódují Met / fMet.[2]
- B ^ ^ ^ Historický základ pro označení zastavte kodony jako jantar, okr a opál je popsán v autobiografii Sydney Brenner[3] a v historickém článku Boba Edgara.[4]
Stejně jako ve standardním kódu je zahájení nejúčinnější v AUG. Kromě toho jsou spouštění GUG a UUG dokumentovány v archaeách a bakteriích.[5][6][7][8][9][10][11] v Escherichia coli Odhaduje se, že UUG slouží jako iniciátor asi 3% proteinů bakterie.[12] Je známo, že CUG funguje jako iniciátor pro jeden plazmidem kódovaný protein (RepA) v E-coli.[13] Kromě iniciace NUG mohou bakterie ve vzácných případech iniciovat překlad z AUU kodon jako např. v případě poly (A) polymerázy PcnB a InfC gen, který kóduje faktor iniciace translace IF3.[14][15][9][16] Interní přiřazení jsou stejná jako ve standardním kódu, i když UGA kódy s nízkou účinností pro tryptofan v Bacillus subtilis a pravděpodobně v Escherichia coli.[17]
Viz také
Reference
Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.[18]
- ^ Nakamoto T (březen 2009). "Evoluce a univerzálnost mechanismu zahájení syntézy proteinů". Gen. 432 (1–2): 1–6. doi:10.1016 / j.gene.2008.11.001. PMID 19056476.
- ^ Blattner, F. R .; Plunkett g, G .; Bloch, C. A .; Perna, N. T .; Burland, V .; Riley, M .; Collado-Vides, J .; Glasner, J. D .; Rode, C. K .; Mayhew, G. F .; Gregor, J .; Davis, N. W .; Kirkpatrick, H. A .; Goeden, M. A .; Rose, D. J .; Mau, B .; Shao, Y. (1997). "Kompletní genomová sekvence Escherichia coli K-12". Věda. 277 (5331): 1453–1462. doi:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID 9278503.
- ^ Brenner S.A Life in Science (2001) Publikováno Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 viz strany 101-104
- ^ Edgar B (2004). „Genom bakteriofága T4: archeologický výkop“. Genetika. 168 (2): 575–82. PMC 1448817. PMID 15514035. viz strany 580-581
- ^ Kozak, M (březen 1983). „Srovnání zahájení syntézy bílkovin u prokaryot, eukaryot a organel“. Mikrobiologické recenze. 47 (1): 1–45. doi:10.1128 / MMBR.47.1.1-45.1983. PMC 281560. PMID 6343825.
- ^ Fotheringham, IG; Dacey, SA; Taylor, PP; Smith, TJ; Hunter, MG; Finlay, ME; Primrose, SB; Parker, DM; Edwards, RM (15. března 1986). „Klonovací a sekvenční analýza genů aspC a tyrB z Escherichia coli K12. Srovnání primárních struktur aspartátaminotransferázy a aromatické aminotransferázy E. coli se strukturami izoenzymů prasečí aminotransferázy“. The Biochemical Journal. 234 (3): 593–604. doi:10.1042 / bj2340593. PMC 1146613. PMID 3521591.
- ^ Golderer, G; Dlaska, M; Gröbner, P; Piendl, W (říjen 1995). „TTG slouží jako iniciační kodon pro ribozomální protein MvaS7 z archaeonu Methanococcus vannielii“. Journal of Bacteriology. 177 (20): 5994–6. doi:10.1128 / jb.177.20.5994-5996.1995. PMC 177430. PMID 7592355.
- ^ Nölling, J; Pihl, TD; Vriesema, A; Reeve, JN (květen 1995). "Organizace a růstová fázově závislá transkripce metanových genů ve dvou oblastech genomu Methanobacterium thermoautotrophicum". Journal of Bacteriology. 177 (9): 2460–8. doi:10.1128 / jb.177.9.2460-2468.1995. PMC 176905. PMID 7730278.
- ^ A b Sazuka, T; Ohara, O (31. srpna 1996). „Sekvenční znaky obklopující iniciační místa translace přiřazená na genomové sekvenci kmene Synechocystis sp. PCC6803 amino-terminálním proteinovým sekvenováním“. Výzkum DNA. 3 (4): 225–32. doi:10.1093 / dnares / 3.4.225. PMID 8946162.
- ^ Genser, KF; Renner, G; Schwab, H (8. října 1998). „Molekulární klonování, sekvenování a exprese genů syntézy poly (3-hydroxyalkanoátu) v Escherichia coli z Alcaligenes latus DSM1124“. Journal of Biotechnology. 64 (2–3): 125–35. PMID 9821671.
- ^ Wang, G; Nie, L; Tan, H (2003). „Klonování a charakterizace sanO, genu podílejícího se na biosyntéze nikkomycinu u Streptomyces ansochromogenes“. Dopisy v aplikované mikrobiologii. 37 (6): 452–7. doi:10.1046 / j.1472-765x.2003.01426.x. PMID 14633098.
- ^ Blattner, FR; Plunkett G, 3. místo; Bloch, CA; Perna, NT; Burland, V; Riley, M; Collado-Vides, J; Glasner, JD; Rode, CK; Mayhew, GF; Gregor, J; Davis, NW; Kirkpatrick, HA; Goeden, MA; Rose, DJ; Mau, B; Shao, Y (5. září 1997). „Kompletní genomová sekvence Escherichia coli K-12“. Věda. 277 (5331): 1453–62. doi:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID 9278503.
- ^ Spires, AJ; Bergquist, PL (prosinec 1992). "Exprese a regulace proteinu RepA replikonu RepFIB z plazmidu P307". Journal of Bacteriology. 174 (23): 7533–41. doi:10.1128 / jb.174.23.7533-7541.1992. PMC 207463. PMID 1447126.
- ^ Polard, P; Prère, MF; Chandler, M; Fayet, O (5. prosince 1991). "Programované translační posunutí rámců a iniciace na kodonu AUU v genové expresi sekvence IS911 pro bakteriální inzerci". Journal of Molecular Biology. 222 (3): 465–77. doi:10.1016 / 0022-2836 (91) 90490-w. PMID 1660923.
- ^ Liveris, D; Schwartz, JJ; Geertman, R; Schwartz, I (1. září 1993). "Molekulární klonování a sekvenování infC, genu kódujícího faktor iniciace translace IF3, ze čtyř enterobakteriálních druhů". Mikrobiologické dopisy FEMS. 112 (2): 211–6. doi:10.1111 / j.1574-6968.1993.tb06450.x. PMID 8405963.
- ^ Binns, N; Masters, M (červen 2002). „Exprese genu pcnB pro Escherichia coli je translačně omezena použitím neúčinného počátečního kodonu: druhý chromozomální příklad translace zahájené na AUU“. Molekulární mikrobiologie. 44 (5): 1287–98. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.02945.x. PMID 12068810.
- ^ Hatfield, D; Diamond, A (březen 1993). "UGA: rozdělená osobnost v univerzálním genetickém kódu". Trendy v genetice. 9 (3): 69–70. doi:10.1016/0168-9525(93)90215-4. PMID 8488562.
- ^ Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. „Genetické kódy“. Prohlížeč taxonomie. National Center for Biotechnology Information (NCBI), USA National Library of Medicine. Citováno 19. března 2016.