Asd RNA motiv - Asd RNA motif

asd RNA motiv
Asd-RNA.svg
Konsensuální sekundární struktura asd RNA. Stonek označený jako „terminátor“ je předpovídán jako a Terminátor transkripce nezávislý na Rho.
Identifikátory
Symbolasd RNA
RfamRF01732
Další údaje
RNA typsRNA
DoményStreptococcaceae
TAK0000655
PDB strukturPDBe

The asd RNA motiv je konzervovaný RNA nalezená struktura je jistá bakterie mléčného kvašení. The asd motiv byl detekován bioinformatika[1] a jednotlivec asd RNA in Streptococcus pyogenes byl zjištěn uživatelem microarray a severní hybridizace experimentuje jako 170-nukleotidová molekula s názvem „SR914400“.[2] The místo zahájení transkripce určené pro SR914400 odpovídá 5'-konci molekuly zobrazené v konsensuálním diagramu.

Nějaký asd RNA jsou spojeny s geny, jako je např asd, které naznačují a cis-regulační funkce.[3] Několik linií důkazů však naznačuje, že se nejedná o biologickou roli asd RNA. Za prvé, v některých případech asd RNA není v 5 'nepřekládaná oblast všech anotovaných gen. Zadruhé, v Streptococcus mutans, existuje silná promotér[4] bezprostředně za terminátorem transkripce, který následuje za asd RNA a tento promotor předchází downstream gen. Toto uspořádání to naznačuje asd Transkripce RNA je ukončena a gen je transkribován z následného promotoru. Nakonec, i když asd gen kóduje enzym, aspartát-semialdehyd dehydrogenáza, který se podílí na syntéze methionin, lysin a threonin, úrovně transkripce asd Gen zůstává konstantní, i když se koncentrace těchto aminokyselin mění.[4]

Ukázalo se, že sRNA interaguje s 5'UTR z mga transkript (gen pro regulaci více genů virulence) a byl přejmenován Mars pro mag-Apovzbuzující rrovnostářský sRNA. V MarS delečních kmenech exprese mga a několik genů aktivovaných Mga je sníženo. Tato down-regulace virulenčních faktorů vede ke zvýšené citlivosti delečního kmene na fagocytóza, snížená přilnavost k člověku keratinocyty. Nedostatek MarS však zvýšil šíření bakterií a toleranci vůči oxidačnímu stresu.[5]

Reference

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biology. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Perez N, Treviño J, Liu Z, Ho SC, Babitzke P, Sumby P (listopad 2009). „Celá genomová analýza malých regulačních RNA ve skupině lidských patogenů A Streptococcus“. PLOS One. 4 (11): e7668. doi:10,1371 / journal.pone.0007668. PMC  2765633. PMID  19888332.
  3. ^ Rosinski-Chupin I, Sauvage E, Sismeiro O, Villain A, Da Cunha V, Caliot ME, Dillies MA, Trieu-Cuot P, Bouloc P, Lartigue MF, Glaser P (květen 2015). „Rozdělení jednoho nukleotidu RNA-seq odkrývá nové regulační mechanismy v oportunním patogenu Streptococcus agalactiae“. BMC Genomics. 16 (1): 419. doi:10.1186 / s12864-015-1583-4. PMC  4448216. PMID  26024923.
  4. ^ A b Cardineau GA, Curtiss R (březen 1987). "Nukleotidová sekvence asd genu Streptococcus mutans. Identifikace promotorové oblasti a důkaz sekvencí podobných atenuátoru předcházejících strukturnímu genu". The Journal of Biological Chemistry. 262 (7): 3344–3353. PMID  2434499.
  5. ^ Pappesch R, Warnke P, Mikkat S, Normann J, Wisniewska-Kucper A, Huschka F, Wittmann M, Khani A, Schwengers O, Oehmcke-Hecht S, Hain T, Kreikemeyer B, Patenge N (září 2017). „Regulační malá RNA MarS podporuje virulenci Streptococcus pyogenes“. Vědecké zprávy. 7 (1): 12241. doi:10.1038 / s41598-017-12507-z. PMC  5613026. PMID  28947755.

externí odkazy