Alfa-1-B glykoprotein - Alpha-1-B glycoprotein

A1BG
Identifikátory
AliasyA1BG, A1B, ABG, GAB, HYST2477, alfa-1-B glykoprotein
Externí IDOMIM: 138670 MGI: 2152878 HomoloGene: 11167 Genové karty: A1BG
Umístění genu (člověk)
Chromozom 19 (lidský)
Chr.Chromozom 19 (lidský)[1]
Chromozom 19 (lidský)
Genomické umístění pro A1BG
Genomické umístění pro A1BG
Kapela19q13.43Start58,345,178 bp[1]
Konec58,353,492 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

1

117586

Ensembl

ENSG00000121410

ENSMUSG00000022347

UniProt

P04217

Q19LI2

RefSeq (mRNA)

NM_130786

NM_001081067

RefSeq (protein)

NP_570602

NP_001074536

Místo (UCSC)Chr 19: 58,35 - 58,35 MbChr 15: 60,9 - 60,92 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Alfa-1-B glykoprotein je 54,3 kDa protein u lidí, který je kódován A1BG gen.[5] Protein kódovaný tímto genem je plazmatický glykoprotein neznámé funkce. Protein vykazuje sekvenční podobnost s variabilními oblastmi některých rodina supergenů imunoglobulinu členské proteiny. Pacienti, kteří mají duktální pankreatu adenokarcinom ukázat nadměrná exprese A1BG v pankreatická šťáva.[6]

Gen

Sousedství

A1BG se nachází na řetězci negativní DNA chromozom 19 od 58 858 172 do 58 864 865.[7] Navíc je A1BG umístěn přímo v sousedství genu ZSCAN22 (58 838 385 - 58 853 712) na pozitivním řetězci DNA, stejně jako ZNF837 (58 878 990 - 58 892 389, komplement) a geny ZNF497 (58865723 - 58 874 214, komplement) na negativním řetězci.[7]

Výraz

GEO profil tkáňového výrazu A1BG.jpg

A1BG je exprimován ve vysokých hladinách u dospělých a plodů játra.[8] Navíc prsní žláza vykazuje zhruba polovinu výrazu než játra.[8] Stopové množství výrazu A1BG najdete v souboru krev, mozek, plíce, lymfatická uzlina, vaječník, varle, slinivka břišní, a slinivka břišní.[8] Játra nádory vykazují zvýšené hladiny transkriptů A1BG.[8]

mRNA

Struktura mRNA

Gen obsahuje 20 odlišných introny.[9] Transkripce vyrábí 15 různých mRNA, 10 alternativně sestříhané varianty a 5 nevyřezaných formulářů.[9] Existují 4 pravděpodobné alternativy promotéři, 4 nepřekrývající se alternativa poslední exony a 7 ověřená alternativa polyadenylace stránky.[9] Zdá se, že mRNA se liší zkrácením 5 'konce, zkrácením 3' konce, přítomností nebo nepřítomností 4 kazetových exonů, překrývajícími se exony s různými hranicemi, sestřihem versus retencí 3 intronů.[9]

Protein

Vlastnosti

Program Statistická analýza proteinu v San Diegu (SAPS) stanovil, že alfa-1B glykoprotein má 495 aminokyselinových zbytků, izoelektrický bod 5,47 a molekulovou hmotnost 54,3 kDa. Dále to naznačuje, že v alfa-1B glykoproteinu neexistují žádné transmembránové domény.[10] Podle NCBI je aminokyselinová sekvence MLVVFLLLWGVTWGPVTEA signálním peptidem na N-konci proteinu, který může fungovat jako signál importu endoplazmatického retikula.[10]

Posttranslační úpravy

Program NetAcet 1.0 vypočítal, že prvních pět aminokyselinových zbytků slouží jako místo N-acetylace.[11] Program NetGlycate 1.0 předpověděl, že lysiny umístěné na zbytcích 78, 114 a 227 slouží jako glykační body.[12] Program NetNES 1.1 předpověděl, že leucin ve zbytku 47 bude signálem jaderného exportu.[13] Program NetNGlyc 1.0 předpovídal čtyři N-glykosylační místa - z nichž dvě jsou vysoce konzervované interně opakované sekvence.[14][15] Program NetCGlyc1.0 předpovídal, že žádný ze zbytků tryptofanu neslouží jako C-mannosylační stránky.[16]

Interakce proteinů

Studie od Udby et al. prokázali, že sekreční protein 3 bohatý na cystein je ligandem alfa-1 B glykoproteinu v lidské plazmě, a naznačují, že komplex A1BG-CRISP-3 vykazuje podobnou funkci při ochraně oběhu před potenciálně škodlivým účinkem volného CRISP-3.[17]

Homologie

Ortology

Kromě níže uvedené tabulky je alfa-1B glykoprotein také konzervován v gibbon s bílou tváří, pavián, bolivijská veverka opice, ovce, Pes, divočák, Čínská rejska, Čínský křeček, černá létající liška, králičí, morče, obrovská Panda, kráva, krysa a nahý krysa.[18] Navíc je velmi pravděpodobné, že A1BG je dále konzervován u savců clade.

Rod druhObecný název organismuDivergence od lidí (MYA) [19]NCBI proteinové přístupové čísloSekvenční identitaDélka bílkovinSpolečný název genu
Homo sapiens[20]Lidé--NP_570602100%495A1BG
Pan troglodyty[21]Obyčejný šimpanz6.2XP_00114666997.0%501PŘEDPOKLÁDANÉ: Izoforma alfa-1B-glykoproteinu 4
Pan paniscus[22]Bonobo6.3XP_00381667797.0%499A1BG
Gorila gorila gorila [23]Gorila8.8XP_00406165295.0%275PŘEDPOKLÁDANÉ: alfa-1B-glykoprotein
Pongo abelii[24]Sumatran Organutan15.7XP_00282995395.0%495isoforma alfa-1 B-glykoproteinu 1
Macaca mulatta[25]Rhesus opice29.0XM_00110182188.0%351hypotetický protein EGK_11172, částečný
Callithrix jacchus[26]Kočkodan42.6XP_00276261983.0%500A1BG
Mus musculus [27]Myš91.0NP_00107453644.0%512prekurzor alfa-1B-glykoproteinu
Felis catus[28]Kočka94.2XP_00399739962.0%481PŘEDPOKLÁDANÉ: alfa-1B-glykoprotein
Equus caballus[29]Kůň97.4XP_00149534458.0%568PŘEDPOKLÁDANÉ: podobné alfa-1B-glykoproteinu
Loxodonta africana [30]Slon africký104.7XP_00340672261.0%520PŘEDPOVĚĎ: podobný alfa-1B-glykoproteinu

Paralogy

Ne paralogy byly nalezeny pro alfa-1B glykoprotein.[31]

Homologní domény

Počáteční srovnání NCBI Blast alfa-1B glykoproteinu ukazuje, že protein se skládá hlavně ze tří imunoglobulin domén.[32] Existuje velký segment aminokyselin od pozice 297 do 400, který není prokázán jako imunoglobulinová doména. Avšak srovnání NCBI BLAST pouze s aminokyselinami z 297-400 ilustruje, že druhá sekvence je skutečně čtvrtou imunoglobulinovou doménou.[33] Nakonec se zdá, že alfa-1B glykoprotein je primárně složen ze čtyř imunoglobulinových domén.

Klinický význam

Steroidní rezistentní nefrotický syndrom

Alfa-1-glykoprotein je 11krát zvýšen moč pacientů, kteří mají steroid rezistentní nefrotický syndrom.[34] A1BG byl přítomen u 7/19 pacientů se SRNS a chyběl u všech pacientů se steroidně citlivým nefrotickým syndromem.[34] Fragment A1BG 13,8 kDa měl vysokou diskriminační schopnost pro rezistenci na steroidy u dětského nefrotického syndromu, ale je přítomen pouze u podskupiny pacientů.[34]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000121410 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022347 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ „Entrezův gen: alfa-1-B glykoprotein“. Citováno 2012-11-09.
  6. ^ Tian M, Cui YZ, Song GH, Zong MJ, Zhou XY, Chen Y, Han JX (2008). „Proteomická analýza identifikuje MMP-9, DJ-1 a A1BG jako nadměrně exprimované proteiny v pankreatické šťávě pacientů s duktálním adenokarcinomem pankreatu“. Rakovina BMC. 8: 241. doi:10.1186/1471-2407-8-241. PMC  2528014. PMID  18706098.
  7. ^ A b „A1BG alfa-1-B glykoprotein“. Citováno 10. května 2013.
  8. ^ A b C d „Profil EST - Hs.529161“. UniGene. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna. Citováno 2013-05-11.
  9. ^ A b C d "AceView: A1BG". Citováno 11. května 2013.
  10. ^ A b Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  11. ^ Kiemer L, Bendtsen JD, Blom N (duben 2005). „NetAcet: předpověď N-terminálních acetylačních stránek“. Bioinformatika. 21 (7): 1269–70. doi:10.1093 / bioinformatika / bti130. PMID  15539450.
  12. ^ Johansen MB, Kiemer L, Brunak S (září 2006). „Analýza a predikce glykace proteinů savců“. Glykobiologie. 16 (9): 844–53. CiteSeerX  10.1.1.128.831. doi:10.1093 / glycob / cwl009. PMID  16762979.
  13. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (červen 2004). „Analýza a předpověď jaderných exportních signálů bohatých na leucin“. Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. doi:10,1093 / protein / gzh062. PMID  15314210. Citováno 10. května 2013.
  14. ^ Gupta, R. „Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech“. Citováno 10. května 2013.
  15. ^ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R (duben 1992). "CLUSTAL V: vylepšený software pro vícenásobné seřazení sekvencí". Comput. Appl. Biosci. 8 (2): 189–91. doi:10.1093 / bioinformatika / 8.2.189. PMID  1591615.
  16. ^ Julenius, Karin (2007). „NetCGlyc1.0: Predikce savčích C-mannosylačních stránek“. Glykobiologie. 17 (8): 868–876. doi:10.1093 / glycob / cwm050. PMID  17494086. Citováno 10. května 2013.
  17. ^ Udby L, Sørensen OE, Pass J, Johnsen AH, Behrendt N, Borregaard N, Kjeldsen L (říjen 2004). „Sekreční protein 3 bohatý na cystein je ligand alfa1B-glykoproteinu v lidské plazmě“. Biochemie. 43 (40): 12877–86. doi:10.1021 / bi048823e. PMID  15461460.
  18. ^ "Výsledky NCBI Blast pro proteinovou sekvenci A1BG". Citováno 11. května 2013.
  19. ^ "Time Tree".
  20. ^ „alfa-1-B glykoprotein [Homo sapiens]“. Citováno 11. května 2013.
  21. ^ "PŘEDPOKLÁDANÉ: izoforma alfa-1B-glykoproteinu 4 [pan troglodyty]". NCBI. Citováno 10. května 2013.
  22. ^ „PŘEDPOKLÁDANÉ: alfa-1B-glykoprotein [Pan paniscus]“. Citováno 11. května 2013.
  23. ^ "PŘEDPOVĚĎ: alfa-1B-glykoprotein". Citováno 10. května 2013.
  24. ^ „Odeslat: PREDIKOVÁNO: isoforma alfa-1B-glykoproteinu 1 [Pongo abelii]“. Citováno 11. května 2013.
  25. ^ "hypotetický protein EGK_11172, částečný [Macaca mulatta]". Citováno 11. května 2013.
  26. ^ "PŘEDPOVĚĎ: alfa-1B-glykoprotein [Callithrix jacchus]". Citováno 11. května 2013.
  27. ^ "prekurzor alfa-1B-glykoproteinu [Mus musculus]". Citováno 11. května 2013.
  28. ^ "PŘEDPOVĚĎ: alfa-1B-glykoprotein [Felis catus]". Citováno 11. května 2013.
  29. ^ "PŘEDPOVĚĎ: podobný alfa-1B-glykoproteinu". Citováno 11. května 2013.
  30. ^ "PŘEDPOVĚĎ: podobný alfa-1B-glykoproteinu [Loxodonta africana]".
  31. ^ "A1BG gen". Weissman Institute of Science. Citováno 10. května 2013.
  32. ^ „Hledání konzervovaných domén NCBI“. Citováno 10. května 2013.
  33. ^ „NCBI Blast: Protein Sequence“. Citováno 10. května 2013.
  34. ^ A b C Piyaphanee N, Ma Q, Kremen O, český K, Greis K, Mitsnefes M, Devarajan P, Bennett MR (červen 2011). „Objev a počáteční ověření fragmentace glykoproteinu α 1-B jako diferenciálního biomarkeru v moči u pediatrického nefrotického syndromu rezistentního na steroidy“. Proteomika: Klinické aplikace. 5 (5–6): 334–42. doi:10.1002 / prca.201000110. PMC  7039306. PMID  21591266.

externí odkazy