ZNF837 - ZNF837

ZNF837 je protein, který je u lidí kódován genem ZNF837,[1] je umístěn na 19q13.431 s orientací řetězce minus.[2] Protein ZNF837 je charakterizován jako protein se zinkovým prstem typu C2H2.[3]

Homologie a evoluce

Nezakořeněný fylogenetický strom na základě srovnání proteinové sekvence homologů ZNF837.

Lidský ZNF837 má homology přítomné u mnoha savců a je vidět vzdáleněji. Všechny homology jsou strunatci. Všechny obsahují domény COG5048 i Zf-C2H2_2. Oblasti, ve kterých se tyto domény nacházejí, obsahují nejvyšší míru ochrany. U lidí 5 dvojitých domén Zf-H2C2[4] a 2 domény COG5048[5] jsou přítomny.

Proteinová sekvence se mezi těmito homology rychle vyvíjí.

ZNF837 homologa procento podobnosti s lidským proteinem vyneseno do grafu proti datu, kdy se lišilo od Homo sapiens. Také je znázorněn cytochrom C, pomalu se vyvíjející protein, a fibrinogen, rychle se vyvíjející protein, aby bylo možné určit rychlost vývoje proteinu ZNF837.

ZNF837 má u lidí řadu paralogů, z nichž všechny jsou proteiny se zinkovým prstem.

Lidské ZNF837

U lidí neexistují žádné další aliasy a jeho sousední geny jsou MIR4754, A1BG, a RPS5. ZNF837 mRNA, z níž je vytvořen funkční protein, obsahuje 1921 nukleotidů, z nichž 222-1817 je přeloženo na protein obsahující 3 exony. Protein se skládá z 531 aminokyselin[6] s hmotností 58 078 Da s an izoelektrický bod v 9,525.[7]

Genové varianty

K dispozici jsou 2 varianty přepisu. Varianta přepisu 1, délka 2050 párů bází, se nekóduje kvůli a nesmyslem zprostředkovaný rozpad mRNA.[8] Varianta transkriptu 2 je vyrobena do funkčního proteinu díky alternativnímu sestřihovému místu[9]

Post Translační

Předpovídá se, že díky vysoké konzervaci budou 4 fosforylační místa[10] na T386, T455, S460, Y503.[11] Vnitřní struktura obsahuje kombinaci alfa helixů, beta listů a hlavně náhodných cívek.[12]

Struktura části ZNF837 podle předpovědi Phyre2. Struktura odpovídá s 99,9% spolehlivostí 37% sekvence.

Výraz

ZNF837 byl pozorován v pankreatu, játrech, děloze a svalových buňkách. Ve všech případech je koncentrace nízká.[13] Je však vidět, že výraz ZNF837 má největší dopad při pohledu na normální vs. nemocný stav. Je možné vidět důslednou změnu.

Reference

  1. ^ Strausberg, RL; Feingold, EA; Grouse, LH; et al. (Prosinec 2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Sborník Národní akademie věd. 99 (26): 16899–16903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC  139241. PMID  12477932.
  2. ^ „ZNF837 protein se zinkovým prstem 837 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“.
  3. ^ Pieler, T .; Bellefroid, E. (1994). "Pohledy na funkci a vývoj bílkovin se zinkovým prstem - aktualizace". Zprávy o molekulární biologii. 20 (1): 1–8. doi:10.1007 / bf00999848. PMID  7531280.
  4. ^ Iuchi, S (2001). "Tři třídy proteinů se zinkovým prstem C2H2". Buněčné a molekulární biologické vědy. 58 (4): 625–635. doi:10.1007 / pl00000885. PMID  11361095.
  5. ^ „Vyhledávání chráněných domén NCBI“.
  6. ^ „Protein ZNF837 [Homo sapiens] - Protein - NCBI“.
  7. ^ „ZNF837 (člověk)“.
  8. ^ Maquat, Lynne E (2002). "Nesmysl zprostředkovaný rozpad mRNA". Aktuální biologie. 12 (6): R196 – R197. doi:10.1016 / S0960-9822 (02) 00747-9. PMID  11909543.
  9. ^ „ZNF837 (člověk)“.
  10. ^ Blom, Nikolaj; Gammeltoft, Steen; Brunak, Søren (1999). „Posloupnost a strukturní predikce míst fosforylace eukaryotických proteinů 1“. Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–1362. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  11. ^ Guo, Ailan a kol. Serosinová, threoninová a tyrosinová fosforylační místa. Patent US20110045603 A1. 20. dubna 2010. Tisk.
  12. ^ Kelley, LA; Sternberg, MJE (2009). "Predikce struktury proteinů na webu: případová studie využívající server Phyre". Přírodní protokoly. 4 (3): 363–371. doi:10.1038 / nprot.2009.2. hdl:10044/1/18157. PMID  19247286.
  13. ^ „Profil EST - Hs.222236“.