Adaptivní evoluce v lidském genomu - Adaptive evolution in the human genome - Wikipedia

Tento článek obsahuje a seznam doporučení, související čtení nebo externí odkazy, ale jeho zdroje zůstávají nejasné, protože mu chybí vložené citace. Prosím pomozte zlepšit tento článek představuji přesnější citace. (Prosinec 2010) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)

Adaptivní evoluce vyplývá z propagace výhodných mutace přes pozitivní výběr. Jedná se o moderní syntézu procesu, který Darwine a Wallace původně identifikován jako mechanismus evoluce. V posledním půlstoletí však proběhly značné debaty o tom, zda jsou evoluční změny na molekulární úrovni do značné míry ovlivňovány přirozeným výběrem nebo náhodným genetickým driftem. Není překvapením, že síly, které řídí evoluční změny v rodové linii našeho vlastního druhu, byly obzvláště zajímavé. Kvantifikace adaptivní evoluce v lidském genomu dává nahlédnout do naší vlastní evoluční historie a pomáhá to vyřešit debata neutrálně-selektivní. Identifikace konkrétních oblastí lidského genomu, které ukazují důkazy o adaptivní evoluci, nám pomáhá najít funkčně významné geny, včetně genů důležitých pro lidské zdraví, jako jsou geny spojené s nemocemi.

Metody

Metody používané k identifikaci adaptivní evoluce jsou obecně koncipovány tak, aby testovaly nulovou hypotézu neutrální vývoj, který, pokud bude odmítnut, poskytne důkaz adaptivního vývoje. Tyto testy lze obecně rozdělit do dvou kategorií.

Nejprve existují metody, které používají komparativní přístup k hledání důkazů mutací měnících funkci. The dN / dS rate-ratio test odhaduje ω, sazby, při kterých nesynonymní („dN“) a synonymní ('dS') nukleotidové substituce nastat („synonymní“ substituce nukleotidů nevedou ke změně kódujících aminokyselin, zatímco „nesynonymní“ ano). V tomto modelu neutrální vývoj je považován za nulová hypotéza, kde dN a dS přibližně vyvažují tak, že ω ≈ 1. Dva alternativní hypotézy plocha relativní absence nesynonymních substitucí (dN zdatnost („fitness efekt“ nebo „selekční tlak ') takových mutací je negativní (očistný výběr fungoval v průběhu času; nebo a relativní přebytek nesynonymních substitucí (dN> dS; ω> 1), což naznačuje pozitivní vliv na kondici, tj. diverzifikace výběru (Yang a Bielawski 2000).

Test McDonald-Kreitman (MK) kvantifikuje množství adaptivní evoluce, ke které dochází odhadem podílu nesynonymních substitucí, které jsou adaptivní, označované jako α (McDonald and Kreitman 1991, Eyre-Walker 2006). α se počítá jako: α = 1- (dspn / dnps), kde dn a ds jsou výše, a pn a ps jsou počet nesynonymních (fitness efekt předpokládá neutrální nebo škodlivý) a synonymních (fitness efekt předpokládá neutrální) polymorfismů (Eyre-Walker 2006).

Všimněte si, že oba tyto testy jsou zde prezentovány v základních formách a tyto testy jsou obvykle značně modifikovány, aby zohledňovaly další faktory, jako je účinek mírně škodlivých mutací.

Jiné metody detekce adaptivní evoluce používají přístupy v rámci genomu, často k hledání důkazů o selektivních výběrech. Důkazy o úplných selektivních zametáních se projevují snížením genetické rozmanitosti a lze je odvodit z porovnání vzorů Site Frequency Spectrum (SFS, tj. Distribuce frekvencí alel) získaných s SFS očekávaným podle neutrálního modelu (Willamson et al. 2007). Částečné selektivní zametání poskytují důkazy o nejnovější adaptační evoluci a metody identifikují adaptivní evoluci hledáním oblastí s vysokým podílem odvozených alel (Sabeti et al. 2006).

Zkoumání vzorů vazby Disequilibrium (LD) může lokalizovat podpisy adaptivního vývoje (Hawks et al. 2007, Voight et al. 2006). Testy LD fungují na základním principu, že za předpokladu stejných rychlostí rekombinace bude LD s rostoucím růstem přírodní výběr. Tyto genomické metody lze také použít k hledání adaptivní evoluce v nekódující DNA, kde je obtížné identifikovat domněle neutrální místa (Ponting a Lunter 2006).

Další nedávná metoda používaná k detekci výběru v nekódujících sekvencích zkoumá vložení a vypuštění (indels), spíše než bodové mutace (Lunter et al. 2006), ačkoli tato metoda byla použita pouze ke zkoumání vzorů negativní selekce.

Množství adaptivního vývoje

Kódující DNA

Mnoho různých studií se pokusilo kvantifikovat množství adaptivního vývoje v lidský genom, převážná většina využívá srovnávací přístupy uvedené výše. Ačkoli mezi studiemi existují nesrovnalosti, obecně existuje relativně málo důkazů o adaptivní evoluci bílkovin kódující DNA, přičemž odhady adaptivního vývoje se často blíží 0% (viz tabulka 1). Nejviditelnější výjimkou je 35% odhad α (Fay et al. 2001). Tato poměrně raná studie použila relativně málo loci (méně než 200) pro jejich odhad a polymorfismus a použitá data divergence byla získána z různých genů, přičemž oba mohly vést k nadhodnocení α. Dalším nejvyšším odhadem je 20% hodnota α (Zhang a Li 2005). Test MK použitý v této studii byl však dostatečně slabý, aby autoři uvedli, že tato hodnota α se statisticky významně neliší od 0%. Nielsen a kol. Odhad (2005a), že 9,8% genů prošlo adaptivní evolucí, má s tím spojenou také velkou míru chyb a jejich odhad se dramaticky zmenší na 0,4%, když stanoví, že stupeň jistoty, že došlo k adaptivní evoluci, musí být 95% nebo více.

To vyvolává důležitý problém, kterým je, že mnoho z těchto testů adaptivní evoluce je velmi slabých. Skutečnost, že mnoho odhadů je na (nebo velmi blízkých) 0%, proto nevylučuje výskyt jakéhokoli adaptivního vývoje v lidském genomu, ale jednoduše ukazuje, že pozitivní selekce není dostatečně častá na to, aby byla detekována testy. Nejnovější zmíněná studie ve skutečnosti uvádí, že matoucí proměnné, jako jsou demografické změny, znamenají, že skutečná hodnota α může být až 40% (Eyre-Walker a Keightley 2009). Další nedávná studie, která využívá relativně robustní metodiku, odhaduje α na 10–20% Boyko et al. (2008). Je zřejmé, že debata o rozsahu adaptivní evoluce v lidské kódující DNA ještě není vyřešena.

I když jsou nízké odhady α přesné, malá část substitucí vyvíjejících se adaptivně se stále může rovnat značnému množství kódující DNA. Mnoho autorů, jejichž studie mají malé odhady množství adaptivní evoluce v kódující DNA, nicméně připouští, že v této DNA došlo k určité adaptivní evoluci, protože tyto studie identifikují specifické oblasti v lidském genomu, které se vyvíjejí adaptivně (např. Bakewell et (2007)). Více genů prošlo pozitivní selekcí ve vývoji šimpanzů než u lidí.

Obecně nízké odhady adaptivního vývoje v lidské kódující DNA lze porovnat s jinými druhy. Bakewell a kol. (2007) našli více důkazů o adaptivní evoluci u šimpanzů než u lidí, přičemž 1,7% genů šimpanzů vykazovalo důkazy o adaptivní evoluci (ve srovnání s odhadem 1,1% u lidí; viz tabulka 1). Srovnání lidí se vzdáleněji příbuznými zvířaty, časný odhad pro α v Drosophila druh byl 45% (Smith a Eyre-Walker 2002) a pozdější odhady s tím do značné míry souhlasí (Eyre-Walker 2006). Bakterie a viry obecně vykazují ještě více důkazů o adaptivní evoluci; výzkum ukazuje hodnoty α v rozmezí 50-85%, v závislosti na zkoumaném druhu (Eyre-Walker 2006). Obecně se zdá, že existuje pozitivní korelace mezi (efektivní) velikost populace druhu a množství adaptivního vývoje, ke kterému dochází v kódujících oblastech DNA. Může to být proto, že náhodné genetický drift se při změně stává méně výkonným frekvence alel, ve srovnání s přirozeným výběrem, jak se zvyšuje velikost populace.

Nekódující DNA

Odhady množství adaptivního vývoje v roce 2006 nekódující DNA jsou obecně velmi nízké, i když bylo provedeno méně studií o nekódující DNA. Stejně jako u kódující DNA jsou však v současnosti používané metody relativně slabé. Ponting a Lunter (2006) spekulují, že podcenění může být u nekódující DNA ještě závažnější, protože nekódující DNA může podstoupit období funkčnosti (a adaptivního vývoje), po kterém následují období neutrality. Pokud je to pravda, současné metody pro detekci adaptivní evoluce jsou pro zohlednění těchto vzorců nedostatečné. Navíc, i když jsou nízké odhady množství adaptivní evoluce správné, může to stále znamenat velké množství adaptivně se vyvíjející nekódující DNA, protože nekódující DNA tvoří přibližně 98% DNA v lidském genomu. Například Ponting a Lunter (2006) detekují skromné ​​0,03% nekódující DNA vykazující známky adaptivního vývoje, ale stále se to rovná přibližně 1 Mb adaptivně se vyvíjející DNA. Tam, kde existují důkazy o adaptivní evoluci (z čehož vyplývá funkčnost) v nekódující DNA, se obecně předpokládá, že tyto oblasti se podílejí na regulaci sekvencí kódujících proteiny.

Stejně jako u lidí, méně studií hledalo adaptivní evoluci v nekódujících oblastech jiných organismů. Avšak tam, kde byl proveden výzkum na Drosophile, se zdá, že existuje velké množství adaptivně se vyvíjející nekódující DNA. Andolfatto (2005) odhaduje, že k adaptivní evoluci došlo u 60% nepřeložených zralých částí mRNA a u 20% intronových a intergenních oblastí. Pokud je to pravda, znamenalo by to, že mnohem nekódující DNA by mohla mít větší funkční význam než kódování DNA, což by dramaticky změnilo konsenzuální pohled. To by však stále zůstalo nezodpovězeno, jakou funkci celá tato nekódující DNA vykonává, protože dosud pozorovaná regulační aktivita je jen v malém podílu celkového množství nekódující DNA. Nakonec je třeba shromáždit podstatně více důkazů k doložení tohoto hlediska.

Rozdíly mezi lidskými populacemi

Několik nedávných studií porovnávalo množství adaptivního vývoje, ke kterému dochází mezi různými populacemi v rámci lidského druhu. Williamson a kol. (2007) našli více důkazů o adaptivním vývoji v evropské a asijské populaci než afroamerické populace. Za předpokladu, že Afroameričané jsou zástupci Afričanů, mají tyto výsledky smysl intuitivně, protože lidé se z Afriky rozšířili přibližně před 50 000 lety (podle konsensu mimo-africké hypotézy lidského původu (Klein 2009)), a tito lidé by se přizpůsobili do nových prostředí, se kterými se setkali. Naproti tomu africké populace zůstaly v podobném prostředí po následujících desítky tisíc let, a byly proto pravděpodobně blíže svému adaptivnímu vrcholu pro životní prostředí. Avšak Voight a kol. (2006) nalezli důkazy adaptivnějšího vývoje u Afričanů než u neafričanů (zkoumané populace ve východní Asii a Evropě) a Boyko et al. (2008) nezjistili žádný významný rozdíl v míře adaptivního vývoje mezi různými lidskými populacemi. Proto jsou dosud získané důkazy nepřesvědčivé o tom, do jaké míry různé lidské populace prošly různým množstvím adaptivního vývoje.

Míra adaptivního vývoje

Rychlost adaptivního vývoje v lidském genomu se často považovala za konstantní v průběhu času. Například 35% odhad pro α vypočítaný Fay et al. (2001) je vedli k závěru, že v lidské linii existuje každých 200 let jedna adaptivní substituce od doby, kdy se lidská divergence od opice starého světa. I když je původní hodnota α přesná pro určité časové období, je tato extrapolace stále neplatná. Je to proto, že za posledních 40 000 let došlo k velkému zrychlení v množství pozitivní selekce v lidské linii, pokud jde o počet genů, které prošly adaptivní evolucí (Hawks et al. 2007). To souhlasí s jednoduchými teoretickými předpovědi, protože velikost lidské populace se za posledních 40 000 let dramaticky rozšířila as větším počtem lidí by mělo existovat více adaptivních substitucí. Hawks a kol. (2007) tvrdí, že demografické změny (zejména populační expanze) mohou velmi usnadnit adaptivní vývoj, což je argument, který do jisté míry potvrzuje pozitivní korelaci odvozenou mezi výše popsanou velikostí populace a množstvím adaptivního vývoje.

Bylo navrženo, že kulturní evoluce mohla nahradit genetickou evoluci, a tudíž za posledních 10 000 let zpomalila rychlost adaptivní evoluce. Je však možné, že kulturní evoluce by ve skutečnosti mohla zvýšit genetickou adaptaci. Kulturní evoluce výrazně zvýšila komunikaci a kontakt mezi různými populacemi, a to poskytuje mnohem větší příležitosti pro genetickou příměs mezi různými populacemi (Hawks et al. 2007). Nedávné kulturní jevy, jako je moderní medicína a menší rozdíly v moderních velikostech rodin, však mohou snížit genetickou adaptaci, protože přirozený výběr je uvolněný a převažuje nad zvýšeným potenciálem adaptace v důsledku větší genetické příměsi.

Síla pozitivního výběru

Studie se obecně nepokoušejí kvantifikovat průměrnou sílu selekce propagující výhodné mutace v lidském genomu. Mnoho modelů vytváří předpoklady o tom, jak silná je selekce, a některé rozdíly mezi odhady množství adaptivního vývoje, které se vyskytly, byly přičítány použití těchto odlišných předpokladů (Eyre-Walker 2006). Způsob, jak přesně odhadnout průměrnou sílu pozitivní selekce působící na lidský genom, je odvodit distribuci efektů fitness (DFE) nových výhodných mutací v lidském genomu, ale tento DFE je těžké odvodit, protože nové výhodné mutace jsou velmi vzácné (Boyko et al. 2008). DFE může mít exponenciální tvar v adaptované populaci (Eyre-Walker a Keightley 2007). Je však zapotřebí více výzkumu, aby se dosáhlo přesnějších odhadů průměrné síly pozitivní selekce u lidí, což zase zlepší odhady množství adaptivní evoluce vyskytující se v lidském genomu (Boyko et al. 2008).

Oblasti genomu, které vykazují důkaz adaptivní evoluce

Značná část studií použila genomické metody k identifikaci konkrétních lidských genů, které vykazují důkaz adaptivní evoluce. Tabulka 2 uvádí vybrané příklady takových genů pro každý diskutovaný typ genu, ale nikde neposkytuje vyčerpávající seznam lidských genů, které svědčí o adaptivní evoluci. Níže jsou uvedeny některé typy genů, které vykazují silné důkazy o adaptivní evoluci v lidském genomu.

• Geny nemoci

Bakewell a kol. (2007) zjistili, že relativně velká část (9,7%) pozitivně vybraných genů byla spojena s chorobami. Může to být proto, že nemoci mohou být v některých kontextech adaptivní. Například schizofrenie byla spojena se zvýšenou kreativitou (Crespi et al. 2007), což je snad užitečná vlastnost pro získávání potravy nebo přitahování partnerů Paleografický krát. Alternativně mohou být adaptivními mutacemi mutace, které snižují pravděpodobnost vzniku nemoci v důsledku jiných mutací. Toto druhé vysvětlení se však zdá nepravděpodobné, protože rychlost mutací v lidském genomu je poměrně nízká, takže selekce by byla relativně slabá.

• Imunitní geny

417 genů zapojených do imunitního systému vykazovalo silné důkazy o adaptivní evoluci ve studii Nielsen et al. (2005a). Je to pravděpodobně proto, že se imunitní geny mohou zapojit do evoluční závod ve zbrojení s bakteriemi a viry (Daugherty a Malik 2012; Van der Lee et al. 2017). Tyto patogeny se vyvíjejí velmi rychle, takže selekční tlaky se rychle mění, což dává více příležitostí k adaptivní evoluci.

• Geny varlat

247 genů ve varlatech prokázalo adaptivní evoluci ve studii Nielsen et al. (2005a). To by mohlo být částečně způsobeno sexuálním antagonismem. Soutěž mužů a žen by mohla usnadnit závod ve zbrojení s adaptivní evolucí. V této situaci byste však očekávali, že najdete důkazy o adaptivním vývoji i v ženských pohlavních orgánech, ale důkazů o tom je méně. Spermie soutěž je další možné vysvětlení. Konkurence spermií je silná a spermie mohou zlepšit jejich šance na oplodnění ženského vajíčka různými způsoby, včetně zvýšení jejich rychlosti, výdrže nebo reakce na chemoatraktanty (Swanson a Vacquier 2002).

• Čichové geny

Geny podílející se na detekci vůně vykazují silné důkazy o adaptivní evoluci (Voight et al. 2006), pravděpodobně kvůli skutečnosti, že pachy, s nimiž se setkávají lidé, se v poslední době změnily v jejich evoluční historii (Williamson et al. 2007). Čich u lidí hrál důležitou roli při určování bezpečnosti potravinových zdrojů.

• Geny výživy

Geny podílející se na metabolismu laktózy vykazují obzvláště silné důkazy adaptivního vývoje mezi geny podílejícími se na výživě. Mutace spojená s persistence laktázy vykazuje velmi silné důkazy o adaptivním vývoji evropských a amerických populací (Williamson et al. 2007), populací, kde je pastevní chov mléka historicky důležitý.

• Pigmentační geny

Pigmentační geny vykazují obzvláště silné důkazy adaptivního vývoje v neafrických populacích (Williamson et al. 2007). Je to pravděpodobně proto, že lidé, kteří opustili Afriku přibližně před 50 000 lety, vstoupili do méně slunečného podnebí, a tak byli pod novými selekčními tlaky, aby získali dostatek vitaminu D ze oslabeného slunečního světla.

• Geny mozku?

Existují určité důkazy o adaptivní evoluci genů souvisejících s vývojem mozku, ale některé z těchto genů jsou často spojovány s nemocemi, např. mikrocefalie (viz tabulka 2). Navzdory etickým problémům kolem takového výzkumu však existuje zvláštní zájem o hledání adaptivní evoluce v mozkových genech. Pokud byla v mozkových genech v jedné lidské populaci objevena více adaptivní evoluce, pak by tyto informace mohly být interpretovány jako ukazující větší inteligenci ve více adaptivně vyvinuté populaci.

• jiný

Jiné typy genů vykazující značné důkazy o adaptivní evoluci (ale obecně méně důkazů než diskutované typy) zahrnují: geny na X chromozom geny nervového systému, geny zapojené do apoptóza, geny kódující vlastnosti skeletu a případně geny spojené s řečí (Nielsen et al. 2005a, Williamson et al. 2007, Voight et al. 2006, Krause et al. 2007).

Potíže při identifikaci pozitivního výběru

Jak již bylo uvedeno dříve, mnoho testů používaných k detekci adaptivní evoluce má kolem svých odhadů velmi vysokou míru nejistoty. I když existuje mnoho různých modifikací aplikovaných na jednotlivé testy k překonání souvisejících problémů, dva typy matoucích proměnných jsou obzvláště důležité při bránění přesné detekci adaptivního vývoje: demografické změny a zkreslená genová konverze.

Demografické změny jsou obzvláště problematické a mohou vážně ovlivnit odhady adaptivního vývoje. Lidská linie prošla během své evoluční historie jak rychlými populačními kontrakcemi, tak expanzemi, a tyto události změní mnoho podpisů považovaných za charakteristické pro adaptivní evoluci (Nielsen et al. 2007). Některé genomické metody se pomocí simulací ukázaly jako relativně robustní vůči demografickým změnám (např. Willamson et al. 2007). Žádné testy však nejsou zcela robustní vůči demografickým změnám a nedávno byly objeveny nové genetické jevy spojené s demografickými změnami. To zahrnuje koncept „surfovacích mutací“, kde lze nové mutace propagovat s populační expanzí (Klopfstein et al. 2006).

Fenomén, který by mohl vážně změnit způsob, jakým hledáme podpisy adaptivní evoluce, je zkreslená genová konverze (BGC) (Galtier a Duret 2007). Meiotická rekombinace mezi homologní chromozomy které jsou na určitém místě heterozygotní, mohou způsobit nesoulad DNA. Oprava DNA mechanismy jsou zaujaté směrem k opravě nesouladu s párem bází CG. To povede ke změně frekvencí alel a zanechá podpis neutrálního vývoje (Galtier et al. 2001). Přebytek mutací AT na GC v lidských genomových oblastech s vysokou mírou substituce (lidské akcelerované oblasti, HAR) znamená, že BGC se v lidském genomu vyskytoval často (Pollard et al. 2006, Galtier a Duret 2007). Zpočátku se předpokládalo, že BGC mohla být adaptivní (Galtier et al. 2001), ale novější pozorování způsobila, že se to zdálo nepravděpodobné. Za prvé, některé HAR nevykazují žádné podstatné známky selektivního zametání kolem nich. Zadruhé, HAR mají tendenci být přítomny v regionech s vysokou mírou rekombinace (Pollard et al. 2006). Ve skutečnosti by BGC mohlo vést k HAR obsahující vysokou frekvenci škodlivých mutací (Galtier a Duret 2007). Je však nepravděpodobné, že HAR jsou obecně maladaptivní, protože samotné mechanismy opravy DNA by podléhaly silné selekci, pokud by šířily škodlivé mutace. Ať tak či onak, BGC by měl být dále zkoumán, protože může vynutit radikální změnu metod, které testují přítomnost adaptivního vývoje.

Tabulka 1: Odhady množství adaptivní evoluce v lidském genomu

(formát tabulky a některá data zobrazená jako v tabulce 1 v Eyre-Walker (2006))

Tabulka 2: Příklady lidských genů, které vykazují důkaz adaptivní evoluce

Viz také

• Přizpůsobování
• Adaptivní záření
• Společná adaptace
• Neutrální teorie molekulární evoluce

Reference

• Andolfatto, P. (2005), Adaptivní evoluce v nekódující DNA v Drosophila, Nature, sv. 437 s. 1149–1152
• Bakewell, M., Shi, P. a Zhang, J. (2007), více genů prošlo pozitivní selekcí v evoluci šimpanze než v evoluci člověka, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, sv. 104 s. 7489–7494
• Boyko, AR, Williamson, SH, Indap, AR, Degenhardt, JD, Hernandez, RD, Lohmueller, KE, Adams, MD, Schmidt, S., Sninsky, JJ, Sunyaev, SR, White, TJ, Nielsen, R., Clark, AG a Bustamante, CD (2008), Assessing the evolutionary impact of amino acid mutations in the human genome, PLoS Genetics, Vol. 4 s. 1–13
• Bustamante, C., Fledel-Alon, A., Williamson, S., Nielsen, R., Hubisz, MT, Glanowski, S., Tenenbaum, DM, White, TJ, Sninsky, JJ, Hernandez, RD, Civello, D Adams, MD, Cargill, M. a Clark, AG (2005), Přírodní výběr genů kódujících proteiny v lidském genomu, Nature, sv. 437 s. 1153–1156
• Konsorcium pro sekvenování a analýzu šimpanzů (2005), Počáteční sekvence genomu šimpanze a srovnání s lidským genomem, Nature, sv. 437 s. 69–87
• Crespi, B., Summers, K., Dorus, S. (2007), Adaptive evolution in the genes základní schizofrenie, Proceedings of the Royal Society B, Vol. 274 s. 2801–2810
• Daugherty, M.D., a Malik, H.S. (2012), Rules of Engagement: Molecular Insights from Host-Virus Arms Races, Annual Review of Genetics, Vol. 46 s. 677–700
• Eyre-Walker, A. (2006), Genomická rychlost adaptivní evoluce, Trends in Ecology and Evolution, sv. 21 s. 569–575
• Eyre-Walker, A. a Keightley, P.D. (2009), Odhad rychlosti adaptivního molekulárního vývoje za přítomnosti mírně škodlivých mutací a změny velikosti populace, Molecular Biology and Evolution, sv. 26 s. 2097–2 108
• Eyre-Walker, A. a Keightley, P.D. (2007), The distribution of fitness effects of new mutations, Nature Reviews Genetics, Vol. 8 s. 610–618
• Fay, J.C., Wyckoff, G.J. a Wu, C. (2001), Pozitivní a negativní selekce na lidský genom, Genetics, sv. 158 s. 1227–1234
• Galtier, N. a Duret, L. (2007), Adaption or bias gen conversion? Rozšíření nulové hypotézy molekulární evoluce, Trends in Genetics, sv. 23 s. 273–277
• Galtier, N., Piganeau, G., Mouchiroud, D. a Duret, L. (2001), evoluce obsahu GC v genomech savců: hypotéza zkreslení genové konverze, Genetics, sv. 159 s. 907–911
• Hawks, J., Wang, E. T., Cochran, G. M., Harpending, H. C. a Moyzsis, R. K. (2007), Nedávné zrychlení adaptivní evoluce člověka, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, sv. 104 s. 20753–20758
• Keightley, P.D., Lercher, M.J., Eyre-Walker, A. (2005), Evidence for a wide degradation of gen control areas in hominid genomes, PloS Biology, Vol. 282-288
• Klein, R.G. (2009), Darwin a nedávný africký původ moderních lidí, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, sv. 106 s. 16007–16009
• Klopfstein, S., Currat, M. a Excoffier, L. (2006), Osud mutací surfujících na vlně rozšíření rozsahu, Molecular Biology and Evolution, sv. 23 s. 482–490
• Krause, J., Lalueza-Fox, C., Orlando, L., Enard, W., Green, RE, Burbano, HA, Hublin, J., Hanni, C., Fortea, J., de la Rasilla, M ., Bertranpetit, J., Rosas, A. a Paabo S. (2007), Odvozená varianta FOXp2 moderního člověka byla sdílena s Neanderthals, Current Biology, sv. 17 s. 1908–1912
• Lunter, G., Ponting, C., Hein, J. (2006), Identifikace lidské funkční DNA v celém genomu pomocí modelu neutrálního indelu, PLoS Computational Biology, sv. 2 s. 2–12
• McDonald, J.H. a Kreitman, M. (1991), Adaptivní evoluce proteinů v lokusu Adh v Drosophila, Nature, sv. 351 s. 652–654
• Mekel-Bobrov, N., Gilbert, S.L., Evans, P.D., Vallender, E.J., Anderson, J.R., Hudson, R.R., Tishkoff, S.A., Lahn, B.T. (2009), Probíhající adaptivní vývoj ASPM, determinant velikosti mozku v Homo sapiens, Science, Vol. 209 s. 1720–1722
• Nielsen, R., Bustamante, C., Clark, AG, Glanoski, S., Sackton, TB, Hubisz, MJ, Fledel-Alon, A., Tanenbaum, DM, Civello, D., White, TJ, Sninsky, JJ Adams, MD, Cargill, M. (2005a), Skenování pozitivně vybraných genů v genomech lidí a šimpanzů, PloS Biology, sv. 3 str. 976–985
• Nielsen, R., Williamson, S. a Kim, Y., Hubisz, M.J., Clark, A.G. a Bustamante, C. (2005b), Genomické skenování pro selektivní rozmítání pomocí dat SNP, Genome Research, sv. 15 s. 1566–1575
• Nielsen, R., Hellmann, I., Hubisz, M., Bustamante, C. a Clark, A.G. (2007), Nedávná a probíhající selekce v lidském genomu, Nature Reviews Genetics, sv. 8 s. 857–868
• Pollard, KS, Salama, SR, Kings, B., Kern, AD, Dreszer, T., Katzman, S., Siepel, A., Pedersen, JS, Bejerano, G., Baertsch, R., Rosenbloom, KR, Kent, J. a Haussler, D. (2006), Síly formující nejrychleji se rozvíjející oblasti lidského genomu, PLoS Genetics, sv. 2 str. 1599–1611
• Ponting, C.P. a Lunter G. (2006), Signatures of adaptive evolution within human non-coding sequence, Human Molecular Genetics, Vol. 15 s. 170–175
• Sabeti, P.C., Schaffner, S.F., Fry, B., Lohmueller, J., Varilly, P., Shamovsky, O., Palma, A., Mikkelsen, T.S., Altshuler, D. a Lander, E.S. (2006), Pozitivní přirozený výběr v lidské linii, Science, Vol. 312 s. 1614–1620
• Suzuki, Y. a Gojobori, T. (1999), Metoda pro detekci pozitivní selekce na jednotlivých aminokyselinových místech, Molecular Biology and Evolution, sv. 16 s. 1315–1328
• Swanson, W. J. a Vacquier, V.D. (2002), Rychlý vývoj reprodukčních proteinů, Nature Reviews Genetics, sv. 3 s. 137–144
• Van der Lee, R., Wiel, L., Van Dam, T.J.P. a Huynen, M.A. (2017), detekce pozitivní selekce u devíti primátů v měřítku genomu předpovídá evoluční konflikty mezi lidmi a viry, Nucleic Acids Research, gkx704
• Voight, B.F., Kudaravalli, S., Wen, X. a Pritchard J.K. (2006), Mapa nedávné pozitivní selekce v lidském genomu, PLoS Biology, sv. 4 str. 446–458
• Williamson, S.H., Hubisz, M.J., Clark, A.G., Payseur, B.A., Bustamante, C.D. a Nielsen, R. (2007), Localizing recent adaptive evolution in the human genome, PLoS Genetics, Vol. 3 str. 901–915
• Yang, Z. a Bielawski, J.P. (2000), Statistické metody pro detekci molekulární evoluce, Trends in Ecology and Evolution, sv. 15 s. 496–503
• Zhang, L. a Li, W. (2005), Lidské SNP neodhalily žádné důkazy o časté pozitivní selekci, Molecular Biology and Evolution, Vol. 22 s. 2504–2507