YTHDC1 - YTHDC1

YTHDC1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2 ROK, 4R3H, 4R3I
Identifikátory
Aliasy	YTHDC1, YT521, YT521-B, doména YTH obsahující 1
Externí ID	OMIM: 617283 MGI: 2443713 HomoloGene: 15796 Genové karty: YTHDC1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	68,350,089 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 5 (myš)
Konec	86,836,659 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA; • Vazba RNA na N6-methyladenosin;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • jaderná skvrna; • buněčná membrána; • nukleoplazma;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • Výběr místa sestřihu mRNA; • Sestřih RNA; • regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • export mRNA z jádra; • kompenzace dávky inaktivací chromozomu X; • posttranskripční regulace genové exprese;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	91746
	231386
	ENSG00000275272; ENSG00000083896
	ENSMUSG00000035851
	Q96MU7
	E9Q5K9
	NM_001031732; NM_133370; NM_001330698
	NM_177680; NM_001347375; NM_001347376; NM_001359907; NM_001359908
	NP_001026902; NP_001317627; NP_588611
	NP_001334304; NP_001334305; NP_808348; NP_001346836; NP_001346837
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein obsahující YTH doménu 1 je protein že u lidí je kódován YTHDC1 gen.^[5]^[6]^[7] YTHDC1 je jaderný protein podílející se na výběru místa sestřihu, který se lokalizuje do YT těl; dynamické subjaderné kompartmenty, které se poprvé objevují na začátku S-fáze v buněčném cyklu a dispergují se během mitózy.^[8]

Interakce

YTHDC1 bylo prokázáno komunikovat s:

Role v nemoci

Alternativní sestřih je u řady nemocí změněn a je zvláště důležitý pro rakovinu.

Rakovina

Ukázalo se, že YTHDC1 spojuje transkripty mRNA, které mají onkologický význam, regulující nádorové funkce, jako je hypoxie vaskulární endoteliální růstový faktor (VEGF), Spojené s poškozením DNA rakovina prsu 1 (BRCA1) a ovladač hormonálního růstu; the receptor progesteronu (PGR).^[12]^[13]

U rakoviny prostaty bylo také prokázáno, že YTHDC1 interaguje s proteinem metadherin, kódovaný onkogenem MTDH působícím k ovlivnění alternativního sestřihu genů souvisejících s nádorem, jako je CD44.^[11]^[14]

Viz také

N⁶-Metyladenosin

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000083896 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000275272, ENSG00000083896 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000035851 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Stoilov P, Rafalska I, Stamm S (říjen 2002). „YTH: nová doména v jaderných proteinech“. Trends Biochem Sci. 27 (10): 495–7. doi:10.1016 / S0968-0004 (02) 02189-8. PMID 12368078.
^ ^A ^b Hartmann AM, Nayler O, Schwaiger FW, Obermeier A, Stamm S (prosinec 1999). „Interakce a kolokace Sam68 s faktorem spojeným se sestřihem YT521-B v jaderných tečkách je regulována kinázou p59 (fyn) rodiny Src“. Mol Biol Cell. 10 (11): 3909–26. doi:10,1091 / mbc. 10.11.3909. PMC 25688. PMID 10564280.
^ „Entrez Gene: YTHDC1 YTH doména obsahující 1“.
^ Nayler, O .; Hartmann, A. M .; Stamm, S. (04.09.2000). „ER repetiční protein YT521-B se lokalizuje do nového subnukleárního kompartmentu“. The Journal of Cell Biology. 150 (5): 949–962. doi:10.1083 / jcb.150.5.949. ISSN 0021-9525. PMC 2175241. PMID 10973987.
^ ^A ^b Rafalska I, Zhang Z, Benderska N, Wolff H, Hartmann AM, Brack-Werner R, Stamm S (srpen 2004). „Intranukleární lokalizace a funkce YT521-B je regulována fosforylací tyrosinu“. Hučení. Mol. Genet. 13 (15): 1535–49. doi:10,1093 / hmg / ddh167. PMID 15175272.
^ Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (červen 2003). „Emerin interaguje in vitro s faktorem spojeným se sestřihem, YT521-B“. Eur. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID 12755701.
^ ^A ^b Luxton, Hayley J .; Simpson, Benjamin S .; Mills, Ian G .; Brindle, Nicola R .; Ahmed, Zeba; Stavrinides, Vasilis; Heavey, Susan; Stamm, Stefan; Whitaker, Hayley C. (2019-08-23). „Onkogen Metadherin interaguje se známými spojovacími proteiny YTHDC1, Sam68 a T-STAR a hraje novou roli v alternativním spojování mRNA.“. Rakoviny. 11 (9): 1233. doi:10,3390 / rakoviny11091233. ISSN 2072-6694. PMC 6770463. PMID 31450747.
^ Hirschfeld, Marc; Zhang, Bo; Jaeger, Markus; Stamm, Stefan; Erbes, Thalia; Mayer, Sebastian; Tong, Xiaowen; Stickeler, Elmar (listopad 2014). „Hypoxie závislý mRNA expresní vzorec sestřihového faktoru YT521 a jeho dopad na expresi onkologicky důležitého cílového genu“. Molekulární karcinogeneze. 53 (11): 883–892. doi:10,1002 / mc.22045. ISSN 1098-2744. PMID 23765422. S2CID 35669580.
^ Zhang, Bo; Shao, Xiaowen; Zhou, Jianhong; Qiu, Jin; Wu, Yi; Cheng, Jiajing (2015-08-21). „YT521 podporuje metastázy rakoviny endometria diferenciálním sestřihem vaskulárního endoteliálního růstového faktoru A“. Biologie nádorů. 37 (12): 15543–15549. doi:10.1007 / s13277-015-3908-r. ISSN 1423-0380. PMID 26289848. S2CID 11257001.
^ Yoo, Byoung Kwon; Emdad, Luni; Su, Zao-zhong; Villanueva, Augusto; Chiang, Derek Y .; Mukhopadhyay, Nitai D .; Mills, Alan Scott; Waxman, Samuel; Fisher, Robert A .; Llovet, Josep M .; Fisher, Paul B. (březen 2009). „Astrocyty zvýšený gen-1 reguluje vývoj a progresi hepatocelulárního karcinomu“. The Journal of Clinical Investigation. 119 (3): 465–477. doi:10,1172 / JCI36460. ISSN 1558-8238. PMC 2648696. PMID 19221438.

Další čtení

Imai Y, Matsuo N, Ogawa S, Tohyama M, Takagi T (1998). „Klonování genu, YT521, pro nový protein spojený s RNA sestřihem indukovaný hypoxií / reoxygenací“. Brain Res. Mol. Brain Res. 53 (1–2): 33–40. doi:10.1016 / S0169-328X (97) 00262-3. PMID 9473574.
Nayler O, Hartmann AM, Stamm S (2000). „ER repetiční protein YT521-B se lokalizuje do nového subnukleárního kompartmentu“. J. Cell Biol. 150 (5): 949–62. doi:10.1083 / jcb.150.5.949. PMC 2175241. PMID 10973987.
Stoss O, Olbrich M, Hartmann AM, Konig H, Memmott J, Andreadis A, Stamm S (2001). „Protein rodiny STAR / GSG rSLM-2 reguluje výběr alternativních spojovacích míst“. J. Biol. Chem. 276 (12): 8665–73. doi:10,1074 / jbc.M006851200. PMID 11118435.
Nagase T, Kikuno R, Ohara O (2002). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XXII. Kompletní sekvence 50 nových klonů cDNA, které kódují velké proteiny“. DNA Res. 8 (6): 319–27. doi:10.1093 / dnares / 8.6.319. PMID 11853319.
Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (2003). „Emerin interaguje in vitro s faktorem spojeným se sestřihem, YT521-B“. Eur. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID 12755701.
Rafalska I, Zhang Z, Benderska N, Wolff H, Hartmann AM, Brack-Werner R, Stamm S (2005). „Intranukleární lokalizace a funkce YT521-B je regulována fosforylací tyrosinu“. Hučení. Mol. Genet. 13 (15): 1535–49. doi:10,1093 / hmg / ddh167. PMID 15175272.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, Elias JE, Villén J, Li J, Cohn MA, Cantley LC, Gygi SP (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Stoss O, Novoyatleva T, Gencheva M, Olbrich M, Benderska N, Stamm S (2005). „fosforylace zprostředkovaná p59 (fyn) reguluje aktivitu tkáňově specifického sestřihového faktoru rSLM-1“. Mol. Buňka. Neurosci. 27 (1): 8–21. doi:10.1016 / j.mcn.2004.04.011. PMID 15345239. S2CID 31339890.
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikawa T, Yamashita R, Yamamoto J, Sekine M, Tsuritani K, Wakaguri H, Ishii S, Sugiyama T, Saito K, Isono Y, Irie R, Kushida N, Yoneyama T , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (2006) . „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G, Nigg EA, Körner R (2006). „Fosfoproteomová analýza lidského mitotického vřetena“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (14): 5391–6. Bibcode:2006PNAS..103.5391N. doi:10.1073 / pnas.0507066103. PMC 1459365. PMID 16565220.
Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, Rush J, Gygi SP (2006). „Přístup založený na pravděpodobnosti pro vysoce výkonnou analýzu fosforylace proteinů a lokalizaci místa“. Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038 / nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.

Tento článek o gen na lidský chromozom 4 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000083896 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000275272, ENSG00000083896 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000035851 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid12368078-5] Stoilov P, Rafalska I, Stamm S (říjen 2002). „YTH: nová doména v jaderných proteinech“. Trends Biochem Sci. 27 (10): 495–7. doi:10.1016 / S0968-0004 (02) 02189-8. PMID 12368078.

[pmid10564280-6] A ^b Hartmann AM, Nayler O, Schwaiger FW, Obermeier A, Stamm S (prosinec 1999). „Interakce a kolokace Sam68 s faktorem spojeným se sestřihem YT521-B v jaderných tečkách je regulována kinázou p59 (fyn) rodiny Src“. Mol Biol Cell. 10 (11): 3909–26. doi:10,1091 / mbc. 10.11.3909. PMC 25688. PMID 10564280.

[entrez-7] „Entrez Gene: YTHDC1 YTH doména obsahující 1“.

[8] Nayler, O .; Hartmann, A. M .; Stamm, S. (04.09.2000). „ER repetiční protein YT521-B se lokalizuje do nového subnukleárního kompartmentu“. The Journal of Cell Biology. 150 (5): 949–962. doi:10.1083 / jcb.150.5.949. ISSN 0021-9525. PMC 2175241. PMID 10973987.

[pmid15175272-9] A ^b Rafalska I, Zhang Z, Benderska N, Wolff H, Hartmann AM, Brack-Werner R, Stamm S (srpen 2004). „Intranukleární lokalizace a funkce YT521-B je regulována fosforylací tyrosinu“. Hučení. Mol. Genet. 13 (15): 1535–49. doi:10,1093 / hmg / ddh167. PMID 15175272.

[pmid12755701-10] Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (červen 2003). „Emerin interaguje in vitro s faktorem spojeným se sestřihem, YT521-B“. Eur. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID 12755701.

[Luxton-11] A ^b Luxton, Hayley J .; Simpson, Benjamin S .; Mills, Ian G .; Brindle, Nicola R .; Ahmed, Zeba; Stavrinides, Vasilis; Heavey, Susan; Stamm, Stefan; Whitaker, Hayley C. (2019-08-23). „Onkogen Metadherin interaguje se známými spojovacími proteiny YTHDC1, Sam68 a T-STAR a hraje novou roli v alternativním spojování mRNA.“. Rakoviny. 11 (9): 1233. doi:10,3390 / rakoviny11091233. ISSN 2072-6694. PMC 6770463. PMID 31450747.

[12] Hirschfeld, Marc; Zhang, Bo; Jaeger, Markus; Stamm, Stefan; Erbes, Thalia; Mayer, Sebastian; Tong, Xiaowen; Stickeler, Elmar (listopad 2014). „Hypoxie závislý mRNA expresní vzorec sestřihového faktoru YT521 a jeho dopad na expresi onkologicky důležitého cílového genu“. Molekulární karcinogeneze. 53 (11): 883–892. doi:10,1002 / mc.22045. ISSN 1098-2744. PMID 23765422. S2CID 35669580.

[13] Zhang, Bo; Shao, Xiaowen; Zhou, Jianhong; Qiu, Jin; Wu, Yi; Cheng, Jiajing (2015-08-21). „YT521 podporuje metastázy rakoviny endometria diferenciálním sestřihem vaskulárního endoteliálního růstového faktoru A“. Biologie nádorů. 37 (12): 15543–15549. doi:10.1007 / s13277-015-3908-r. ISSN 1423-0380. PMID 26289848. S2CID 11257001.

[14] Yoo, Byoung Kwon; Emdad, Luni; Su, Zao-zhong; Villanueva, Augusto; Chiang, Derek Y .; Mukhopadhyay, Nitai D .; Mills, Alan Scott; Waxman, Samuel; Fisher, Robert A .; Llovet, Josep M .; Fisher, Paul B. (březen 2009). „Astrocyty zvýšený gen-1 reguluje vývoj a progresi hepatocelulárního karcinomu“. The Journal of Clinical Investigation. 119 (3): 465–477. doi:10,1172 / JCI36460. ISSN 1558-8238. PMC 2648696. PMID 19221438.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]