Wattersonův odhad - Watterson estimator
tento článek poskytuje nedostatečný kontext pro ty, kteří danému tématu nejsou obeznámeni.Říjen 2009) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) ( |
v populační genetika, Wattersonův odhad je metoda pro popis genetická rozmanitost v populaci. Byl vyvinut společností Margaret Wu a G. A. Watterson v 70. letech.[1] Odhaduje se to počítáním počtu polymorfních míst. Je to míra „rychlosti populační mutace“ (produkt efektivní velikosti populace a rychlosti neutrální mutace) z pozorované nukleotidové rozmanitosti populace. , [2] kde je efektivní velikost populace a je generace rychlost mutace populace zájmu (Watterson (1975) ). Předpokládá se, že existuje vzorek haploidní jednotlivci ze zájmové populace, že existuje nekonečně mnoho stránek, které se mohou měnit (tak, aby se mutace nikdy nepřekrývaly nebo neobracely), a že Protože počet počítaných segregujících míst se bude zvyšovat s počtem sledovaných sekvencí, korekční faktor se používá.
Odhad , často označován jako , je
kde je počet oddělovacích míst (příkladem oddělovacího místa by byl a jedno-nukleotidový polymorfismus ) ve vzorku a
je th harmonické číslo.
Tento odhad je založen na koalescenční teorie. Wattersonův odhad se běžně používá pro svou jednoduchost. Když jsou jeho předpoklady splněny, odhadce je objektivní a rozptyl odhadu klesá s rostoucí velikostí vzorku nebo rychlostí rekombinace. Odhad však může být ovlivněn strukturou populace. Například, je v systému exponenciálně roste počet obyvatel. Může to být také ovlivněno porušením mutačního modelu nekonečných míst; pokud se navzájem mohou přepsat více mutací, bude Wattersonův odhad zkreslený směrem dolů.
Při srovnání hodnoty Wattersonova odhadu je základem Tajimovy D diverzita nukleotidů, která umožňuje odvodit evoluční režim daného lokusu.
Viz také
Reference
- ^ Yong, Ed (11.02.2019). „Ženy, které přispěly k vědě, ale byly pohřbeny v poznámkách pod čarou“. Atlantik. Citováno 2019-02-13.
- ^ Luca Ferretti, Luca (2015). „Zobecněný Wattersonův odhad pro sekvenování příští generace: Od tria k autopolyploidům“. Teoretická populační biologie. 100: 79–87. doi:10.1016 / j.tpb.2015.01.001. PMID 25595553.
- Watterson, G.A. (1975), „O počtu segregujících míst v genetických modelech bez rekombinace.“, Teoretická populační biologie, 7 (2): 256–276, doi:10.1016/0040-5809(75)90020-9, PMID 1145509
- McVean, Gil; Awadalla, Philip; Fearnhead, Paul (2002) „Metoda detekce a odhadu rekombinace z genových sekvencí založená na koalescenci“, Genetika, 160, 1231–1241.