VHS proteinová doména - VHS protein domain - Wikipedia
| VHS | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 krystalová struktura vhs a fyve tandemových domén hodin, protein zapojený do přenosu membrány a signální transdukce | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | VHS | ||||||||
| Pfam | PF00790 | ||||||||
| Pfam klan | CL0009 | ||||||||
| InterPro | IPR002014 | ||||||||
| CHYTRÝ | VHS | ||||||||
| SCOP2 | 1lk / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
V molekulární biologii se VHS proteinová doména je přibližně 140 zbytky dlouho. Jmenuje se akronym odvozeno od jeho výskytu v roce 2006 PROTIPS-27, Hrs a STAM. Je to doména běžně se vyskytující v doméně N-konec mnoha bílkovin.[1]
Funkce
Domény VHS se považují za velmi důležité při vezikulárním obchodování, zejména při podpoře cílení na membránu a rozpoznávání nákladu.[1]
Struktura
Rozlišení krystalu struktura domény VHS z Drosophila Hrs a člověk Tom1 odhalili, že se skládá z osmi šroubovice uspořádány ve dvouvrstvém superhelixu.[2] Existence konzervovaný záplaty zbytky na povrchu domény naznačuje, že VHS domén může být zapojen do protein-protein uznání a dokování. Celkově, sekvence podobnost je nízká (přibližně 25%) mezi členy rodiny domén.
Klasifikace
Na základě oblastí obklopujících doménu lze proteiny VHS rozdělit do 4 skupin:[1]
- STAM / EAST / Hbp, které všechny sdílejí doménové složení VHS-SH3-ITAM a nesou jeden nebo dva motivy interagující s ubikvitinem
- Proteiny s a Doména FYVE (INTERPRO ) C-terminál k VHS, který také nese jeden nebo dva motivy interagující s ubikvitinem
- GGA proteiny s doménovým složením VHS-GAT (GGA a Tom1) homologie doména
- VHS doména samotná nebo v kombinaci s jinými doménami, než které jsou uvedeny výše. VHS doména se vždy nachází na N-konci proteinů, což naznačuje, že taková topologie je pro funkci důležitá. Doména se považuje za obecnou membrána role cílení / rozpoznávání nákladu v EU vezikulární obchodování.[3]
Reference
- ^ A b C Lohi O, Poussu A, Mao Y, Quiocho F, Lehto VP (2002). "Doména VHS - přístavní dělník váčkových linií". FEBS Lett. 513 (1): 19–23. doi:10.1016 / s0014-5793 (01) 03287-2. PMID 11911875. S2CID 10894998.
- ^ Mao Y, Nickitenko A, Duan X, Lloyd TE, Wu MN, Bellen H, Quiocho FA (únor 2000). „Krystalová struktura tandemových domén VHS a FYVE Hrs, proteinu podílejícího se na přenosu membrány a signální transdukci“. Buňka. 100 (4): 447–56. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80680-7. PMID 10693761. S2CID 4979735.
- ^ Misra S, Beach BM, Hurley JH (září 2000). „Struktura VHS domény lidského Tom1 (cíl myb 1): poznatky o interakcích s proteiny a membránami“. Biochemie. 39 (37): 11282–90. doi:10.1021 / bi0013546. PMID 10985773.