UPF3B - UPF3B

UPF3B
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1UW4, 2XB2
Identifikátory
Aliasy	UPF3B, HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog B (kvasinky), UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog B, regulátor nesmyslů zprostředkovaných mR3 dekontaminovaný rozpad mRNA, MRX82
Externí ID	OMIM: 300298 MGI: 1915384 HomoloGene: 11307 Genové karty: UPF3B
Umístění genu (člověk)
Chr.	X chromozom (lidský)
Konec	119,852,998 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	X chromozom (myš)
Konec	37,110,322 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • mRNA vazba; • GO: 0005487 strukturní složka jaderných pórů; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• komplex spojení exon-exon; • nukleoplazma; • organizační centrum mikrotubulů; • jádro; • buněčné jádro; • cytoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • transport mRNA; • export mRNA z jádra; • pozitivní regulace překladu; • nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • Zpracování mRNA 3'-end; • Export RNA z jádra; • doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	65109
	68134
	ENSG00000125351
	ENSMUSG00000036572
	Q9BZI7
	n / a
	NM_023010; NM_080632
	NM_026573
	NP_075386; NP_542199
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Regulátor nesmyslných přepisů 3B je protein že u lidí je kódován UPF3B gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen kóduje protein, který je součástí post-sestřihového multiproteinového komplexu zapojeného jak do jaderného exportu mRNA, tak do sledování mRNA. Kódovaný protein je jedním ze dvou funkčních homologů s kvasinkami Upf3p. Sledování mRNA detekuje exportované mRNA pomocí zkrácených otevřených čtecích rámců a iniciuje nesmyslně zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD). Když translace končí upstream od posledního spojení exon-exon, spustí se tím NMD k degradaci mRNA obsahujících předčasné stop kodony. Tento protein se váže na mRNA a po nukleárním exportu zůstává vázán a působí jako nukleocytoplazmatický pendlovací protein. Vytváří s Y14 komplex, který se váže specificky 20 nt před spoji exon-exon. Tento gen je umístěn na dlouhém rameni chromozomu X. Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty sestřihu kódující různé izoformy.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že UPF3B komunikovat s UPF2^[6]^[8]^[9]^[10] a UPF1.^[6]^[9]^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000125351 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036572 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (leden 2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů k proteinu Upf2 Saccharomyces cerevisiae a proteinu Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.
^ ^A ^b ^C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (únor 2001). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.
^ ^A ^b "Entrez Gene: UPF3B UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog B (kvasinky)".
^ Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.
^ ^A ^b Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
^ Lykke-Andersen, Jens (prosinec 2002). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. PMC 134073. PMID 12417715.
^ Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (srpen 2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.

Další čtení

Cross SH, Charlton JA, Nan X, Bird AP (1994). "Čištění ostrovů CpG pomocí methylované DNA vazebné kolony". Nat. Genet. 6 (3): 236–44. doi:10.1038 / ng0394-236. PMID 8012384.
Wilson KF, Fortes P, Singh USA a kol. (1999). „Komplex vázající nukleární čepici je novým cílem transdukce signálu spojeného s receptorem růstového faktoru“. J. Biol. Chem. 274 (7): 4166–73. doi:10.1074 / jbc.274.7.4166. PMID 9933612.
Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Role nesmyslem zprostředkovaného faktoru rozpadu hUpf3 v sestupně závislém komplexu spojení exon-exon". Věda. 293 (5536): 1832–6. doi:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873.
Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2001). "Sdělení polohy spojení exon-exon do sledovacího zařízení mRNA proteinem RNPS1". Věda. 293 (5536): 1836–9. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874.
Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). „Komplex exonového spojení je detekován na mRNA vázané na CBP80, ale ne na eIF4E v savčích buňkách: dynamika remodelace mRNP“. EMBO J.. 21 (13): 3536–45. doi:10.1093 / emboj / cdf345. PMC 126094. PMID 12093754.
Lykke-Andersen J (2003). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC 134073. PMID 12417715.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). „Charakterizace lidského Smg5 / 7a: protein se podobností s Caenorhabditis elegans SMG5 a SMG7, který funguje v defosforylaci Upf1“. RNA. 9 (1): 77–87. doi:10,1261 / rna.2137903. PMC 1370372. PMID 12554878.
Gehring NH, Neu-Yilik G, Schell T a kol. (2003). "Y14 a hUpf3b tvoří komplex aktivující NMD". Mol. Buňka. 11 (4): 939–49. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00142-4. PMID 12718880.
Schell T, Köcher T, Wilm M a kol. (2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC 1223536. PMID 12723973.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Kadlec J, Izaurralde E, Cusack S (2004). "Strukturální základ pro interakci mezi nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA UPF2 a UPF3". Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (4): 330–7. doi:10.1038 / nsmb741. PMID 15004547.
Lehner B, Sanderson CM (2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Andersen JS, Lam YW, Leung AK a kol. (2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413.
Kim YK, Furic L, Desgroseillers L, Maquat LE (2005). "Savčí staufen1 rekrutuje Upf1 na specifické mRNA 3'UTR, aby se vyvolal rozpad mRNA". Buňka. 120 (2): 195–208. doi:10.1016 / j.cell.2004.11.050. PMID 15680326.
Gehring NH, Kunz JB, Neu-Yilik G a kol. (2005). "Komponenty komplexu Exon-Junction specifikují odlišné cesty rozpadu mRNA zprostředkovaného nesmysly s odlišnými požadavky na kofaktory". Mol. Buňka. 20 (1): 65–75. doi:10.1016 / j.molcel.2005.08.012. PMID 16209946.
Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW a kol. (2006). "Funkce hUpf3a a hUpf3b v nesmyslně zprostředkovaném rozpadu a překladu mRNA". RNA. 12 (6): 1015–22. doi:10,1261 / rna.12506. PMC 1464862. PMID 16601204.

Tento článek o gen na člověka X chromozom a / nebo související protein je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000125351 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036572 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11113196-5] Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (leden 2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů k proteinu Upf2 Saccharomyces cerevisiae a proteinu Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.

[pmid11163187-6] A ^b ^C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (únor 2001). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: UPF3B UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog B (kvasinky)".

[pmid15231747-8] Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.

[pmid14527413-9] A ^b Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.

[pmid12417715-10] Lykke-Andersen, Jens (prosinec 2002). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. PMC 134073. PMID 12417715.

[pmid12723973-11] Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (srpen 2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]