UPF2 - UPF2

UPF2
Protein UPF2 PDB 1uw4.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyUPF2, HRENT2, smg-3, UPF2 regulátor nesmyslných transkriptů homolog (kvasinky), regulátor nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA, UPF2 regulátor nesmyslně zprostředkovaného rozpadu mRNA
Externí IDOMIM: 605529 MGI: 2449307 HomoloGene: 6101 Genové karty: UPF2
Umístění genu (člověk)
Chromozom 10 (lidský)
Chr.Chromozom 10 (lidský)[1]
Chromozom 10 (lidský)
Genomické umístění pro UPF2
Genomické umístění pro UPF2
Kapela10p14Start11,920,022 bp[1]
Konec12,043,170 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE UPF2 203519 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

26019

326622

Ensembl

ENSG00000151461

ENSMUSG00000043241

UniProt

Q9HAU5

A2AT37

RefSeq (mRNA)

NM_015542
NM_080599

NM_001081132

RefSeq (protein)

NP_056357
NP_542166

NP_001074601

Místo (UCSC)Chr 10: 11,92 - 12,04 MbChr 2: 5,95 - 6,06 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Regulátor nesmyslných přepisů 2 je protein že u lidí je kódován UPF2 gen.[5][6][7]

Funkce

Tento gen kóduje protein, který je součástí post-sestřihového multiproteinového komplexu, komplex exonových spojů, podílející se jak na jaderném exportu mRNA, tak na sledování mRNA. Sledování mRNA detekuje exportované mRNA pomocí zkrácených otevřených čtecích rámců a iniciuje nesmyslně zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD). Když translace končí upstream od posledního spojení exon-exon, spustí se tím NMD k degradaci mRNA obsahujících předčasné stop kodony. Tento protein se nachází v perinukleární oblasti. Interaguje s faktory uvolňování translace a proteiny, které jsou funkčními homology kvasinek Upf1p a Upf3p. Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty sestřihu; obě varianty kódují stejný protein.[7] Nedávno bylo prokázáno, že UPF2 mění chování dospělých prostřednictvím změn hustoty hipokampální synaptické páteře a pozdního dlouhodobého potenciace neuronů.[8]

Interakce

Bylo prokázáno, že UPF2 komunikovat s UPF1,[5][9][10][11][12] UPF3A[9][12] a UPF3B.[9][12][13][14]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000151461 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000043241 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (prosinec 2000). „Nové ortology Upf2p naznačují funkční spojení mezi iniciací překladu a nesmyslnými sledovacími komplexy“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (23): 8944–57. doi:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC  86549. PMID  11073994.
  6. ^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (leden 2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů k proteinu Upf2 Saccharomyces cerevisiae a proteinu Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC  88795. PMID  11113196.
  7. ^ A b "Entrez Gene: UPF2 UPF2 regulátor nesmyslných transkriptů homologů (kvasinek)".
  8. ^ Notaras, Michael; Allen, Megan; Longo, Francesco; Volk, Nicole; Toth, Miklos; Li Jeon, Noo; Klann, Eric; Colak, Dilek (21. 10. 2019). „UPF2 vede k degradaci dendriticky zaměřených mRNA k regulaci synaptické plasticity a kognitivních funkcí“. Molekulární psychiatrie: 1–20. doi:10.1038 / s41380-019-0547-5. ISSN  1476-5578. PMID  31636381. S2CID  204812259.
  9. ^ A b C Lejeune F, Li X, Maquat LE (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Molekulární buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID  14527413.
  10. ^ Schell T, Köcher T, Wilm M, Seraphin B, Kulozik AE, Hentze MW (srpen 2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". The Biochemical Journal. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC  1223536. PMID  12723973.
  11. ^ Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (září 2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami sledovacího komplexu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Geny a vývoj. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. PMC  312771. PMID  11544179.
  12. ^ A b C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (prosinec 2000). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID  11163187. S2CID  18417600.
  13. ^ Lehner B, Sanderson CM (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Výzkum genomu. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC  442147. PMID  15231747.
  14. ^ Lykke-Andersen J (prosinec 2002). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Molekulární a buněčná biologie. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC  134073. PMID  12417715.

Další čtení