UPF3A - UPF3A

UPF3A
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2L08
Identifikátory
Aliasy	UPF3A, HRENT3A, UPF3, UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog A (kvasinky), regulátor nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA
Externí ID	OMIM: 605530 MGI: 1914281 HomoloGene: 23395 Genové karty: UPF3A
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	13,799,193 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba telomerické DNA; • Vazba RNA; • vazba nukleové kyseliny; • GO: 0005487 strukturní složka jaderných pórů;
Buněčná složka	• komplex spojení exon-exon; • intracelulární membránou vázaná organela; • buněčné jádro; • cytoplazma; • cytosol; • jádro;
Biologický proces	• transport mRNA; • nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • pozitivní regulace překladu; • nukleocytoplazmatický transport;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	65110
	67031
	ENSG00000169062
	ENSMUSG00000038398
	Q9H1J1
	Q3ULJ3
	NM_023011; NM_080687
	NM_025924
NP_075387; NP_542418; NP_001340573; NP_001340574; NP_001340575;
	NP_001340576; NP_001340577; NP_001340578; NP_001340579; NP_001340580; NP_001340581
	NP_080200
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Regulátor nesmyslných přepisů 3A je protein že u lidí je kódován UPF3A gen.^[4]^[5]^[6]

Tento gen kóduje protein, který je součástí post-sestřihového multiproteinového komplexu zapojeného jak do jaderného exportu mRNA, tak do sledování mRNA. Kódovaný protein je jedním ze dvou funkčních homologů s kvasinkami Upf3p. Sledování mRNA detekuje exportované mRNA pomocí zkrácených otevřených čtecích rámců a iniciuje nesmyslem zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD). Když translace končí upstream od posledního spojení exon-exon, spustí se tím NMD k degradaci mRNA obsahujících předčasné stop kodony. Tento protein se váže na mRNA a po nukleárním exportu zůstává vázán a působí jako nukleocytoplazmatický pendlovací protein. Vytváří s Y14 komplex, který se váže specificky 20 nt před spoji exon-exon. Tento gen je umístěn na dlouhém rameni chromozomu 13. Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty sestřihu kódující různé izoformy.^[6]

Interakce

Bylo prokázáno, že UPF3A komunikovat s RBM8A,^[7] UPF2^[5]^[8] a UPF1.^[5]^[9]^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038398 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (leden 2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů k proteinu Upf2 Saccharomyces cerevisiae a proteinu Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.
^ ^A ^b ^C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (únor 2001). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
^ ^A ^b "Entrez Gene: UPF3A UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog A (kvasinky)".
^ Kim, VN; Kataoka N; Dreyfuss G (září 2001). "Role nesmyslem zprostředkovaného faktoru rozpadu hUpf3 v sestupně závislém komplexu spojení exon-exon". Věda. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. ISSN 0036-8075. PMID 11546873. S2CID 12018200.
^ Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
^ Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (srpen 2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.
^ Yamashita, A; Ohnishi T; Kashima I; Taya Y; Ohno S (září 2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami sledovacího komplexu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Genes Dev. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. ISSN 0890-9369. PMC 312771. PMID 11544179.

Další čtení

Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I a kol. (2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami sledovacího komplexu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Genes Dev. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. PMC 312771. PMID 11544179.
Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Role nesmyslem zprostředkovaného faktoru rozpadu hUpf3 v sestupně závislém komplexu spojení exon-exon". Věda. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873. S2CID 12018200.
Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2001). "Sdělení polohy spojení exon-exon do sledovacího zařízení mRNA proteinem RNPS1". Věda. 293 (5536): 1836–9. Bibcode:2001Sci ... 293.1836L. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874. S2CID 389385.
Lykke-Andersen J (2003). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC 134073. PMID 12417715.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). „Charakterizace lidského Smg5 / 7a: protein se podobností s Caenorhabditis elegans SMG5 a SMG7, který funguje v defosforylaci Upf1“. RNA. 9 (1): 77–87. doi:10,1261 / rna.2137903. PMC 1370372. PMID 12554878.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
Ohnishi T, Yamashita A, Kashima I a kol. (2004). „Fosforylace hUPF1 indukuje tvorbu mRNA sledovacích komplexů obsahujících hSMG-5 a hSMG-7“. Mol. Buňka. 12 (5): 1187–200. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00443-X. PMID 14636577.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Kadlec J, Izaurralde E, Cusack S (2004). "Strukturální základ pro interakci mezi nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA UPF2 a UPF3". Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (4): 330–7. doi:10.1038 / nsmb741. PMID 15004547. S2CID 23042477.
Dunham A, Matthews LH, Burton J a kol. (2004). „Sekvence DNA a analýza lidského chromozomu 13“. Příroda. 428 (6982): 522–8. Bibcode:2004 Natur.428..522D. doi:10.1038 / nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
Lehner B, Sanderson CM (2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW a kol. (2006). "Funkce hUpf3a a hUpf3b v nesmyslně zprostředkovaném rozpadu a překladu mRNA". RNA. 12 (6): 1015–22. doi:10,1261 / rna.12506. PMC 1464862. PMID 16601204.
Tarpey PS, Raymond FL, Nguyen LS a kol. (2007). „Mutace v UPF3B, člen nesmyslně zprostředkovaného komplexu rozpadu mRNA, způsobují syndromickou a nesyndromickou mentální retardaci“. Nat. Genet. 39 (9): 1127–33. doi:10.1038 / ng2100. PMC 2872770. PMID 17704778.
Singh G, Jakob S, Kleedehn MG, Lykke-Andersen J (2007). „Komunikace s komplexem exon-Junction a aktivace nesmyslem zprostředkovaného rozpadu lidskými proteiny Upf se vyskytují v cytoplazmě“. Mol. Buňka. 27 (5): 780–92. doi:10.1016 / j.molcel.2007.06.030. PMID 17803942.

Tento článek o gen na lidský chromozom 13 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCm38Ensembl-1] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038398 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11113196-4] Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (leden 2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů k proteinu Upf2 Saccharomyces cerevisiae a proteinu Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.

[pmid11163187-5] A ^b ^C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (únor 2001). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: UPF3A UPF3 regulátor nesmyslných transkriptů homolog A (kvasinky)".

[pmid11546873-7] Kim, VN; Kataoka N; Dreyfuss G (září 2001). "Role nesmyslem zprostředkovaného faktoru rozpadu hUpf3 v sestupně závislém komplexu spojení exon-exon". Věda. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Sci ... 293.1832K. doi:10.1126 / science.1062829. ISSN 0036-8075. PMID 11546873. S2CID 12018200.

[pmid14527413-8] Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.

[pmid12723973-9] Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (srpen 2003). "Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a základními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.

[pmid11544179-10] Yamashita, A; Ohnishi T; Kashima I; Taya Y; Ohno S (září 2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami sledovacího komplexu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Genes Dev. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. ISSN 0890-9369. PMC 312771. PMID 11544179.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]