Tetratrikopeptidový opakovací protein 39B - Tetratricopeptide repeat protein 39B - Wikipedia
| TTC39B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TTC39B, C9orf52, tetratrikopeptidová repetiční doména 39B | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 613574 MGI: 1917113 HomoloGene: 25228 Genové karty: TTC39B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 9: 15,16 - 15,31 Mb | Chr 4: 83,22 - 83,32 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Tetratrikopeptidový opakovací protein 39B je protein že u lidí je kódován TTC39B gen. TTC39B je také známý jako C9orf52 nebo FLJ33868. Hlavním rysem tetratrikopeptidové repetice 39B je doména neznámé funkce 3808 (DUF3808), která pokrývá většinu proteinu.
Gen
Gen pro TTC39B je umístěn na krátkém rameni devátého chromozomu v 9p22.3. Genomová DNA je 136 517 bází dlouhá, skládá se z 39 introny a 20 exony a je na minusovém řetězci. MRNA má délku 3 276 bází. TTC39B je obklopen LOC100419056, chloridovým kanálem, citlivým na napětí 3 pseudogen.[5]
Funkce
Očekává se, že TTC39B bude mít molekulární vazebnou funkci i roli v regulaci lipidů; the fenotyp stejně jako funkce in vivo není známo.[6]
Homologie a evoluce
Paralogy
Jsou známy dva paralogy pro TTC39B: TTC39A a TTC39C. TTC39A má dvě izoformy sestřihu a TTC39C má tři izoformy sestřihu.
TTC39A byl testován na asociaci s nemocemi jako novotvary prsu a předpokládá se, že bude mít molekulární vazebnou funkci a bude lokalizován v různých kompartmentech (extracelulární prostor, membrána, jádro ).[7]
Očekává se, že TTC39C bude lokalizován v cytoplazma. Ne fenotyp byl objeven a gen in vivo funkce není známa.[8]
Ortology
| Rod a druh | Běžné jméno | RNA procento identity | Divergence |
|---|---|---|---|
| Pan paniscus | Bonobo | 99% | 6.3 MYA |
| Pan troglodyty | Šimpanz | 99% | 6.3 MYA |
| Gorila gorila gorila | Gorila | 99% | 8,8 MYA |
| Nomascus leucogenys | Gibbon | 98% | 20,4 MYA |
| Papio anubis | Pavián | 97% | 29,0 MYA |
| Pongo abelii | Orangutan | 97% | 15,7 MYA |
| Callithrix jacchus | Kočkodan | 96% | 42,6 MYA |
| Saimiri boliviensis boliviensis | Veverka opice | 94% | 42,6 MYA |
| Canis lupus familiaris | Pes | 91% | 94,2 MYA |
| Otolemur garnettii | Bushbaby | 90% | 74,0 MYA |
| Felis catus | Kočka | 89% | 94,2 MYA |
| Bos taurus | Kráva | 88% | 94,2 MYA |
| Cricetulus griseus | Křeček | 87% | 92,3 MYA |
| Ovis aries | Ovce | 85% | 94,2 MYA |
| Rattus norvegicus | Krysa | 85% | 92,3 MYA |
Vzdálené homology
| Rod a druh | Běžné jméno | RNA procento identity | Divergence |
|---|---|---|---|
| Sarcophilus harrisii | Tasmánský čert | 78% | 162,6 MYA |
| Gallus gallus | Kuře | 75% | 296,0 MYA |
| Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | 75% | 296,0 MYA |
| Anolis carolinensis | Ještěrka | 75% | 296,0 MYA |
| Xenopus laevis | Žába | 74% | 371,2 MYA |
Fylogeneze
TTC39B je v lidském organismu konzervován platyhelminthes a není konzervován v kvasinkách a houbách.
Protein
Gen TTC39B má pět různých variant transkriptů, z nichž každá kóduje jiný protein. Tento článek se zaměřuje na tetratrikopeptidový opakující se protein 39B izoforma 1, nejdelší ze všech proteinů. Po překladu je protein TTC39B složen ze 682 aminokyselin a má molekulovou hmotnost 76 955,64 kDa. The izoelektrický bod bílkoviny je 7,16 pH.[9]
Zachování
Zavřít ortology:
| Rod a druh | Běžné jméno | Identita procento bílkovin | Divergence |
|---|---|---|---|
| Pan troglodyty | Šimpanz | 99% | 6.3 MYA |
| Pan paniscus | Bonobo | 99% | 6.3 MYA |
| Nomascus leucogenys | Gibbon | 98% | 20,4 MYA |
| Papio anubis | Pavián | 98% | 29,0 MYA |
| Callithrix jacchus | Kočkodan | 97% | 42,6 MYA |
| Saimiri boliviensis boliviensis | Veverka opice | 96% | 42,6 MYA |
| Heterocephalus glaber | Nahý krysa | 92% | 92,3 MYA |
| Canis lupus familiaris | Pes | 91% | 94,2 MYA |
| Cricetulus griseus | Křeček | 90% | 92,3 MYA |
| Ovis aries | Ovce | 89% | 94,2 MYA |
| Cavia porcellus | morče | 86% | 92,3 MYA |
Vzdálené ortology:
| Rod a druh | Běžné jméno | Identita procento bílkovin | Divergence |
|---|---|---|---|
| Sarcophilus harrisii | Tasmánský čert | 73% | 162,6 MYA |
| Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | 72% | 296,0 MYA |
| Pteropus alecto | Netopýr | 55% | 94,2 MYA |
| Bos taurus | Kráva | 54% | 94,2 MYA |
| Rattus norvegicus | Krysa | 54% | 92,3 MYA |
| Gallus gallus | Kuře | 54% | 296,0 MYA |
| Danio rerio | Zebrafish | 54% | 400,1 MYA |
| Crassostrea gigas | Ústřice | 50% | 782,7 MYA |
| Camponotus floridanus | Mravenec | 43% | 782,7 MYA |
| Nasonia vitripennis | Vosa | 42% | 782,7 MYA |
| Ciona intestinalis | Urochordata | 40% | 722,5 MYA |
| Clonorchis sinensis | Jaterní náhoda | 35% | 792,4 MYA |
Domény a motivy
Doména domény neznámé funkce 3808 (DUF3808) je konzervována z hub na člověka a v současné době má neznámou funkci. Nachází se od aminokyseliny 142 do 568 (délka 427 aminokyselin). Proteiny této rodiny také obsahují doménu TPR_2 C-konec, který má také neznámou funkci.[10]
Další konzervovanou doménou v proteinu TTC39B je tetratrikopeptidová repetice TPR_12. Nachází se od aminokyseliny 600 do 658 (délka 59 aminokyselin).[11] TPR domény se nacházejí v mnoha proteinech, které usnadňují specifické interakce s partnerským proteinem. Trojrozměrná strukturální data ukázala, že oblast TPR tvoří dvě antiparalelní alfa-šroubovice. TPR motivy, které jsou uspořádány jeden před druhým, vytvářejí pravostrannou spirálovou strukturu s amfipatický kanál, který by mohl pojmout komplementární oblast cílového proteinu. Většina proteinů obsahujících TPR je spojena s multiproteinovými komplexy a existují rozsáhlé důkazy naznačující, že TPR motivy jsou důležité pro fungování komplexů chaperon, buněčný cyklus, transkripce a transport proteinu.[12] V proteinu TTC39B se nacházejí dvě další domény TPR: TPR1, který zahrnuje aminokyseliny 393 až 426 (34 aminokyselin) a TPR2, který zahrnuje aminokyseliny 626 až 659 (také 34 aminokyselin).[13]
TTC39B obsahuje tři transmembránové oblasti, všechny umístěné v oblasti DUF3808.[14] Protože existují tři transmembránové oblasti, N-konec a C-konec proteinu bude na opačných stranách plazmatické membrány.
Posttranslační úpravy
Fosforylace Stránky:[15]
| Aminokyselina | Pozice |
|---|---|
| Serine (S) | 28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215, 217, 218, 221, 224, 229, 270, 279, 305, 313, 329, 344, 347, 350, 365, 393, 421, 454, 461, 464, 477, 500, 509, 524, 526, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681 |
| Threonin (T) | 89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651 |
| Tyrosin (Y) | 167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659 |
Pravděpodobnost Sumoylace Weby[16] (tučně):
| Ne. | Pozice | Skupina | Skóre |
|---|---|---|---|
| 1 | 619 | ESEKL LK.YD HYLVP | 0.91 |
| 2 | 262 | NMINF IK.GG LKIRT | 0.77 |
| 3 | 302 | EFEGG VK.LG SGAFN | 0.76 |
| 4 | 133 | STKVD LK.SG LEECA | 0.73 |
Existuje jeden možný N-glykosylace místo na aminokyselině 391, protože však protein TTC39B neobsahuje signální peptid, je nepravděpodobné, že k této glykosylaci skutečně dojde.
Sekundární struktura
Podle analýzy struktury sekundárního proteinu je TTC39B s největší pravděpodobností exprimován v endoplazmatické retikulum, mitochondrie, a Golgiho aparát.[14]
Terciární a kvartérní struktura
Protein TTC39B se složí do alfa-alfa superšroubovice. 40% jeho struktury odpovídá d1w3ba, superhelikální doméně o-vázané GlcNAc transferázy. O-GlcNAc spojuje metabolický stav s regulací široké škály buněčných signálních drah tím, že funguje jako senzor živin.[17]
Výraz
Úvodní stránka promotéra a transkripce
The promotér pro TTC39B začíná na základním páru 15 307 109 a končí na základním páru 15 307 858. Má délku 750 párů bází. The místo zahájení transkripce pro TTC39B proteinová izoforma 1 je lokalizována od párů bází 15 307 340 až 15 307 389 a má délku 50 bp.
Profil výrazu
TTC39B je dobře exprimován ve svalech, vnitřních orgánech, sekrečních orgánech, reprodukčních orgánech, imunitním systému a nervovém systému.[6] TTC39B je exprimován v mnoha tkáních: varle, plíce, ostrůvky langerhans, slinivka břišní, ledviny, sdružené zárodečná buňka nádory, karcinom prsu, atd.[6]
Varianty přepisu
Existuje pět různých variant transkriptu pro gen TTC39B. Isoform 1 je nejdelší přepis a kóduje nejdelší izoformu. Isoform 2 používá alternativní místo sestřihu v rámci v centrální kódující oblasti ve srovnání s variantou 1, což má za následek kratší protein. Isoforma 3 a 4 mají více rozdílů v centrální kódovací oblasti, ale udržují čtecí rámec ve srovnání s izoformou 1. Isoform 5 se liší v 5 'UTR a má více rozdílů v kódovací oblasti ve srovnání s variantou 1. Tyto rozdíly způsobují iniciaci translace v downstream v rámci SRPEN a vede k tomu, že izoforma 5 má kratší N-konec ve srovnání s izoformou 1.[18]
Interagující proteiny
Vazebné transkripční faktory
Stránky vázající transkripční faktory:[19]
| Matrix Family | Podrobné informace o rodině | Z | Na | Pramen | Podobnost | Pořadí (CAPITALS: základní sekvence) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| V $ PLAG | Pleomorfní adenom gen | 51 | 73 | (+) | 1.000 | taGGGGgaagtagaggagttcca |
| V $ TALE | PŘÍBĚH homeodomain třída rozpoznávající TG motivy | 157 | 173 | (+) | 1.000 | ggtggtgtGTCAgaggc |
| V $ ZF02 | C2H2 zinkový prst transkripční faktory 2 | 294 | 316 | (-) | 1.000 | cagcgCCCCacctggggtccgtg |
| V $ MIZ1 | Moje C - interakční protein Zn prstu 1 | 417 | 427 | (-) | 1.000 | cacgcCCTCtg |
| O $ TF2B | RNA polymeráza II transkripční faktor II B | 517 | 523 | (-) | 1.000 | ccgCGCC |
Buněčné proteiny
TTC39B interaguje s ubikvitin C. (UBC), prekurzor polyubiquitinu. Konjugace ubikvitinu monomery nebo polymery vede k různým účinkům v buňce. Ubikvitinace byl spojen s degradace bílkovin, Oprava DNA, buněčný cyklus nařízení, kináza modifikace, endocytóza a regulace dalších signálních drah buněk.[20]
Klinický význam
Sdružení nemocí
Na lokusu na chromozomu 9p22 bylo zjištěno, že je spojen s lipoprotein s vysokou hustotou (HDL-C), TTC39B byl jediný z několika genů v lokusu, který měl eQTL v játrech, alela spojená se sníženou expresí koreluje se zvýšeným HDL-C. Vyřazení myšího ortologu TTC39B pomocí virového vektoru (50% vyřazení) vedlo k významně vyšším hladinám HDL-C v plazmě po 4 dnech a 7 dnech. Data naznačují, že TTC39B jako kauzální geny pro regulaci lipidů.[21]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000155158 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038172 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „LOC100419056 chloridový kanál, napěťově citlivý 3 pseudogen“. NCBI. Citováno 13. května 2013.
- ^ A b C „TTC39B, komplexní anotace lidských, myších a červových genů s mRNA nebo ESTsAceView“. AceView. Citováno 13. května 2013.
- ^ „TTC39A, komplexní anotace lidských, myších a červových genů s mRNA nebo ESTsAceView“. AceView. Citováno 13. května 2013.
- ^ „TTC39C, komplexní anotace lidských, myších a červových genů s mRNA nebo ESTsAceView“. AceView. Citováno 13. května 2013.
- ^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_689787.2
- ^ „NCBI“. Citováno 9. května 2013.
- ^ „NCBI“. Citováno 9. května 2013.
- ^ Blatch GL, Lässle M (listopad 1999). „Tetratrikopeptidová repetice: strukturální motiv zprostředkující interakce protein-protein“. BioEssays. 21 (11): 932–9. doi:10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199911) 21:11 <932 :: AID-BIES5> 3.0.CO; 2-N. PMID 10517866.
- ^ „NP_689787.2: genový produkt TTC39B [Homo sapiens]“. NCBI. Citováno 13. května 2013.
- ^ A b „Biology Workbench“. SDSC Biology Workbench. Citováno 13. května 2013.
- ^ „Server NetPhos 2.0“. Centrum pro analýzu biologické sekvence. Citováno 13. května 2013.
- ^ „SUMOsp 2.0 - SUMOylation predikce webu“. Pracovní skupina CUCKOO. Citováno 13. května 2013.
- ^ Lazarus MB, Nam Y, Jiang J, Sliz P, Walker S (leden 2011). "Struktura lidské O-GlcNAc transferázy a její komplex s peptidovým substrátem". Příroda. 469 (7331): 564–7. Bibcode:2011Natur.469..564L. doi:10.1038 / nature09638. PMC 3064491. PMID 21240259.
- ^ "TTC39B tetratrikopeptidová repetiční doména 39B [Homo sapiens (člověk)]" ". NCBI. Citováno 13. května 2013.
- ^ "GEMS Launcher: Matlnspector: Hledat vazebná místa pro transkripční faktory". Softwarová sada Genomatix. Citováno 13. května 2013.
- ^ „UBC Gene - GeneCards“. Genové karty. Citováno 13. května 2013.
- ^ Teslovich TM, Musunuru K, Smith AV a kol. (Srpen 2010). „Biologický, klinický a populační význam 95 lokusů pro lipidy v krvi“. Příroda. 466 (7307): 707–13. Bibcode:2010Natur.466..707T. doi:10.1038 / nature09270. PMC 3039276. PMID 20686565.