Tapasin - Tapasin

TAPBP
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3F8U
Identifikátory
Aliasy	TAPBPNGS17, TAPA, TPN, TPSN, vazebný protein TAP (tapasin), vazebný protein TAP
Externí ID	OMIM: 601962 MGI: 1201689 HomoloGene: 2401 Genové karty: TAPBP
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 6 (lidský)
Konec	33,314,387 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	33,929,292 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba peptidového antigenu; • Vazba TAP2; • rozložená vazba na bílkoviny; • aktivita ATPázy přenášející peptidový antigen; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba na protein MHC I. třídy; • Vazba TAP1; • Vazba komplexu TAP;
Buněčná složka	• integrální součást membrány; • membrána endoplazmatického retikula; • membrána; • Golgiho membrána; • TAP komplex; • Komplex pro nakládání s peptidy MHC třídy I; • endoplazmatické retikulum; • integrální součást lumenální strany membrány endoplazmatického retikula; • membrána fagocytických vezikul; • endoplazmatické retikulum - Golgiho meziprostorová membrána;
Biologický proces	• retrográdní transport zprostředkovaný vezikuly, Golgi do ER; • zpracování antigenu a prezentace peptidového antigenu prostřednictvím MHC I. třídy; • zpracování antigenu a prezentace endogenního peptidového antigenu prostřednictvím MHC třídy I.; • regulace stability proteinového komplexu; • imunitní odpověď; • stabilizace peptidového antigenu; • regulace genové exprese; • zpracování antigenu a prezentace exogenního peptidového antigenu prostřednictvím MHC třídy I, TAP-dependentní; • fúze vezikul s membránou endoplazmatického retikula-Golgiho meziprostoru (ERGIC); • amidový transport; • sestava makromolekulárního komplexu; • Sestava proteinového komplexu Ib třídy MHC; • transport peptidů;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6892
	21356
ENSG00000231925; ENSG00000236490; ENSG00000206281; ENSG00000206208; ENSG00000112493;
	n / a
	ENSMUSG00000024308
	O15533
	Q9R233
	NM_003190; NM_172208; NM_172209
	NM_001025313; NM_009318
	NP_003181; NP_757345; NP_757346
	NP_001020484; NP_033344
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Glykoprotein spojený s TAP také známý jako tapasin nebo TAPBP je protein^[5]^[6] že u lidí je kódován TAPBP gen.^[7]

Funkce

Tento gen kóduje transmembránu glykoprotein který zprostředkovává interakci mezi nově sestaveným hlavním histokompatibilním komplexem (MHC ) třída I. molekuly a transportér spojený se zpracováním antigenu (TAP), který je nutný pro transport antigenních peptidů přes endoplazmatické retikulum membrána. Tato interakce usnadňuje optimální naložení peptidu na molekulu MHC třídy I. Na jednu molekulu TAP mohou být navázány až čtyři komplexy MHC třídy I a tapasinu. Tapasin obsahuje a C-terminál dvojitý lysinový motiv (KKKAE), o kterém je známo, že udržuje membránové proteiny v endoplazmatickém retikulu. U lidí leží tapasinový gen v hlavním histokompatibilním komplexu na chromozomu 6. Alternativní sestřih vede ke třem variantám transkriptu kódujícím různé izoformy.^[7]

Tapasin je MHC třída I antigen -zpracovává se molekula přítomný v lumen endoplazmatické retikulum. Hraje důležitou roli při zrání molekul MHC třídy I v lumen ER. Tapasin je jednou ze složek komplexu obsahujícího peptidy a lze jej nalézt v souvislosti s molekulami MHC třídy I poté, co je těžký řetězec MHC třídy I spojen s Beta₂ mikroglobulin. Komplex obsahující peptid se skládá z TAP, tapasinu, MHC třídy I, kalretikulin a ERp57. Tapasin rekrutuje molekuly MHC třídy I do transportéru peptidů TAP a také zvyšuje zátěž MHC třídy I s vysokou afinitou peptidy. Po naplnění MHC třídy I ligandem s vysokou afinitou interakce mezi tapasinem a MHC třídy I zmizí.^[8]

Interakce

Tapasin byl prokázán komunikovat s:

HLA-A,^[9] a
TAP1^[9]^[10]

Viz také

Transportér spojený se zpracováním antigenu („TAP“)

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000236490, ENSG00000206281, ENSG00000206208, ENSG00000112493 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000231925, ENSG00000236490, ENSG00000206281, ENSG00000206208, ENSG000001123 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024308 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Sadasivan B, Lehner PJ, Ortmann B, Spies T, Cresswell P (srpen 1996). "Role pro kalretikulin a nový glykoprotein, tapasin, v interakci molekul MHC třídy I s TAP". Imunita. 5 (2): 103–14. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80487-2. PMID 8769474.
^ Li S, Sjögren HO, Hellman U, Pettersson RF, Wang P (srpen 1997). "Klonování a funkční charakterizace podjednotky transportéru spojené se zpracováním antigenu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (16): 8708–13. Bibcode:1997PNAS ... 94.8708L. doi:10.1073 / pnas.94.16.8708. PMC 23091. PMID 9238042.
^ ^A ^b "Entrez Gene: TAPBP TAP binding protein (tapasin)".
^ Zhang Y, Williams DB (2006). "Sestavení molekul MHC třídy I v endoplazmatickém retikulu". Imunologický výzkum. 35 (1–2): 151–62. doi:10,1385 / IR: 35: 1: 151. PMID 17003517. S2CID 27816994.
^ ^A ^b Paulsson KM, Kleijmeer MJ, Griffith J, Jevon M, Chen S, Anderson PO, Sjogren HO, Li S, Wang P (květen 2002). „Sdružení tapasinu a COPI poskytuje mechanismus pro retrográdní transport hlavních molekul histokompatibilního komplexu (MHC) třídy I z komplexu Golgi do endoplazmatického retikula“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (21): 18266–71. doi:10,1074 / jbc.M201388200. PMID 11884415.
^ Raghuraman G, Lapinski PE, Raghavan M (listopad 2002). „Tapasin interaguje s membránou překlenujícími doménami obou podjednotek TAP a zvyšuje strukturální stabilitu komplexů TAP1 x TAP2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (44): 41786–94. doi:10,1074 / jbc.M207128200. PMID 12213826.

Další čtení

Bailey A, Dalchau N, Carter R, Emmott S, Phillips A, Werner JM, Elliott T (říjen 2015). „Selektorová funkce molekul MHC I je dána plasticitou proteinů“. Vědecké zprávy. 5: 14928. Bibcode:2015NatSR ... 514928B. doi:10.1038 / srep14928. PMC 5224517. PMID 26482009.
Williams AP, Peh CA, Purcell AW, McCluskey J, Elliott T (duben 2002). „Optimalizace nákladu peptidů MHC třídy I závisí na tapasinu“. Imunita. 16 (4): 509–20. doi:10.1016 / s1074-7613 (02) 00304-7. PMID 11970875.
Howarth M, Williams A, Tolstrup AB, Elliott T (srpen 2004). „Tapasin zvyšuje prezentaci peptidů MHC třídy I podle poločasu peptidu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (32): 11737–42. Bibcode:2004PNAS..10111737H. doi:10.1073 / pnas.0306294101. PMC 511045. PMID 15286279.
Schneeweiss C, Garstka M, Smith J, Hütt MT, Springer S (červen 2009). „Mechanismus působení tapasinu při výměně peptidů na molekulách MHC třídy I stanovený ze simulačních studií kinetiky“. Molekulární imunologie. 46 (10): 2054–63. doi:10.1016 / j.molimm.2009.02.032. PMID 19362740.
Turnquist HR, Vargas SE, Schenk EL, McIlhaney MM, Reber AJ, Solheim JC (2002). „Rozhraní mezi tapasinem a MHC třídy I: identifikace aminokyselinových zbytků v obou proteinech, které ovlivňují jejich interakci“. Imunologický výzkum. 25 (3): 261–9. doi:10,1385 / IR: 25: 3: 261. PMID 12018464. S2CID 42534968.
Momburg F, Tan P (říjen 2002). „Tapasin - základní kámen zaváděcího komplexu optimalizujícího vazbu peptidů molekulami MHC třídy I v endoplazmatickém retikulu“. Molekulární imunologie. 39 (3–4): 217–33. doi:10.1016 / S0161-5890 (02) 00103-7. PMID 12200052.
Dissemond J, Kothen T, Mörs J, Weimann TK, Lindeke A, Goos M, Wagner SN (červen 2003). "Downregulace tapasinové exprese v progresivním lidském maligním melanomu". Archiv dermatologického výzkumu. 295 (2): 43–9. doi:10.1007 / s00403-003-0393-8. PMID 12682852. S2CID 6496902.
Paulsson K, Wang P (červen 2003). "Chaperony a skládání molekul MHC třídy I v endoplazmatickém retikulu". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1641 (1): 1–12. doi:10.1016 / S0167-4889 (03) 00048-X. PMID 12788224.
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
Sadasivan B, Lehner PJ, Ortmann B, Spies T, Cresswell P (srpen 1996). "Role pro kalretikulin a nový glykoprotein, tapasin, v interakci molekul MHC třídy I s TAP". Imunita. 5 (2): 103–14. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80487-2. PMID 8769474.
Lewis JW, Neisig A, Neefjes J, Elliott T (červenec 1996). „Bodové mutace v alfa 2 doméně HLA-A2.1 definují funkčně relevantní interakci s TAP“. Aktuální biologie. 6 (7): 873–83. doi:10.1016 / S0960-9822 (02) 00611-5. PMID 8805302.
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (duben 1997). "Sekvenování cDNA ve velkém měřítku". Výzkum genomu. 7 (4): 353–8. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Li S, Sjögren HO, Hellman U, Pettersson RF, Wang P (srpen 1997). "Klonování a funkční charakterizace podjednotky transportéru spojené se zpracováním antigenu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (16): 8708–13. Bibcode:1997PNAS ... 94.8708L. doi:10.1073 / pnas.94.16.8708. PMC 23091. PMID 9238042.
Ortmann B, Copeman J, Lehner PJ, Sadasivan B, Herberg JA, Grandea AG, Riddell SR, Tampé R, Spies T, Trowsdale J, Cresswell P (srpen 1997). „Kritická role tapasinu při sestavování a fungování multimerních komplexů MHC třídy I-TAP“. Věda. 277 (5330): 1306–9. doi:10.1126 / science.277.5330.1306. PMID 9271576.
Herberg JA, Sgouros J, Jones T, Copeman J, Humphray SJ, Sheer D, Cresswell P, Beck S, Trowsdale J (únor 1998). "Genomická analýza genu pro tapasin, který se nachází v blízkosti lokusů TAP v MHC". European Journal of Immunology. 28 (2): 459–67. doi:10.1002 / (SICI) 1521-4141 (199802) 28:02 <459 :: AID-IMMU459> 3.0.CO; 2-Z. PMID 9521053.
Lindquist JA, Jensen ON, Mann M, Hämmerling GJ (duben 1998). „ER-60, chaperon s aktivitou reduktázy závislou na thiolu zapojený do montáže MHC třídy I“. Časopis EMBO. 17 (8): 2186–95. doi:10.1093 / emboj / 17.8.2186. PMC 1170563. PMID 9545232.
Herberg JA, Beck S, Trowsdale J (duben 1998). „TAPASIN, DAXX, RGL2, HKE2 a čtyři nové geny (BING 1, 3 až 5) tvoří hustou shluk na centromerickém konci MHC“. Journal of Molecular Biology. 277 (4): 839–57. doi:10.1006 / jmbi.1998.1637. PMID 9545376.
Furukawa H, Kashiwase K, Yabe T, Ishikawa Y, Akaza T, Tadokoro K, Tohma S, Inoue T, Tokunaga K, Yamamoto K, Juji T (září 1998). „Polymorfismus TAPASINU a jeho vazebná nerovnováha s geny HLA třídy II v japonské populaci“. Tkáňové antigeny. 52 (3): 279–81. doi:10.1111 / j.1399-0039.1998.tb03044.x. PMID 9802609.
El Ouakfaoui S, Heitz D, Paquin R, Beaulieu AD (únor 1999). „Faktor stimulující kolonie granulocytů a makrofágů moduluje expresi tapasinu v lidských neutrofilech“. Journal of Leukocyte Biology. 65 (2): 205–10. doi:10.1002 / jlb.65.2.205. PMID 10088603. S2CID 31764268.
Bangia N, Lehner PJ, Hughes EA, Surman M, Cresswell P (červen 1999). „N-koncová oblast tapasinu je nutná ke stabilizaci nakládacího komplexu MHC třídy I“. European Journal of Immunology. 29 (6): 1858–70. doi:10.1002 / (SICI) 1521-4141 (199906) 29:06 <1858 :: AID-IMMU1858> 3.0.CO; 2-C. PMID 10382748.
Knittler MR, Alberts P, Deverson EV, Howard JC (září 1999). „Vazba nukleotidů pomocí TAP zprostředkovává asociaci s peptidem a uvolňování sestavených molekul MHC třídy I“. Aktuální biologie. 9 (18): 999–1008. doi:10.1016 / S0960-9822 (99) 80448-5. PMID 10508608. S2CID 18539813.
Li S, Paulsson KM, Chen S, Sjögren HO, Wang P (leden 2000). „Tapasin je nezbytný pro efektivní vazbu peptidu na transportér spojený se zpracováním antigenu“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (3): 1581–6. doi:10.1074 / jbc.275.3.1581. PMID 10636848.
Tan P, Kropshofer H, Mandelboim O, Bulbuc N, Hämmerling GJ, Momburg F (únor 2002). „Nábor molekul MHC třídy I tapasinem do transportéru spojeného s komplexem spojeným se zpracováním antigenu je nezbytný pro optimální nakládání peptidů“. Journal of Immunology. 168 (4): 1950–60. doi:10,4049 / jimmunol.168.4.1950. PMID 11823531.
Mayer WE, Klein J (prosinec 2001). „Je tapasin upravená molekula Mhc třídy I?“. Imunogenetika. 53 (9): 719–23. doi:10.1007 / s00251-001-0403-r. PMID 11862402. S2CID 43163810.

externí odkazy

tapasin v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro Human Tapasin

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000236490, ENSG00000206281, ENSG00000206208, ENSG00000112493 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000231925, ENSG00000236490, ENSG00000206281, ENSG00000206208, ENSG000001123 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024308 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8769474-5] Sadasivan B, Lehner PJ, Ortmann B, Spies T, Cresswell P (srpen 1996). "Role pro kalretikulin a nový glykoprotein, tapasin, v interakci molekul MHC třídy I s TAP". Imunita. 5 (2): 103–14. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80487-2. PMID 8769474.

[pmid9238042-6] Li S, Sjögren HO, Hellman U, Pettersson RF, Wang P (srpen 1997). "Klonování a funkční charakterizace podjednotky transportéru spojené se zpracováním antigenu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (16): 8708–13. Bibcode:1997PNAS ... 94.8708L. doi:10.1073 / pnas.94.16.8708. PMC 23091. PMID 9238042.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: TAPBP TAP binding protein (tapasin)".

[pmid17003517-8] Zhang Y, Williams DB (2006). "Sestavení molekul MHC třídy I v endoplazmatickém retikulu". Imunologický výzkum. 35 (1–2): 151–62. doi:10,1385 / IR: 35: 1: 151. PMID 17003517. S2CID 27816994.

[pmid11884415-9] A ^b Paulsson KM, Kleijmeer MJ, Griffith J, Jevon M, Chen S, Anderson PO, Sjogren HO, Li S, Wang P (květen 2002). „Sdružení tapasinu a COPI poskytuje mechanismus pro retrográdní transport hlavních molekul histokompatibilního komplexu (MHC) třídy I z komplexu Golgi do endoplazmatického retikula“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (21): 18266–71. doi:10,1074 / jbc.M201388200. PMID 11884415.

[pmid12213826-10] Raghuraman G, Lapinski PE, Raghavan M (listopad 2002). „Tapasin interaguje s membránou překlenujícími doménami obou podjednotek TAP a zvyšuje strukturální stabilitu komplexů TAP1 x TAP2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (44): 41786–94. doi:10,1074 / jbc.M207128200. PMID 12213826.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]