TSR3 - TSR3
TSR3 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | TSR3, C16orf42, faktor zrání ribozomu acp transferázy, faktor zrání ribozomu TSR3 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | OMIM: 617058 MGI: 1915577 HomoloGene: 6922 Genové karty: TSR3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 16: 1,35 - 1,35 Mb | Chr 17: 25,24 - 25,24 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
TSR3nebo Faktor zrání TSR3 ribozomu, je hypotetický člověk protein nalezeno na chromozomu 16.[5] Jeho bílkovina je 312 aminokyseliny dlouho.[6] a jeho cDNA má 1214 párů bází[7] To bylo dříve označeno C16orf42.
Funkce
Funkce C16orf42 není známa. Předpokládá se, že bude transmembránový protein buněčná nebo subcelulární membrána, ve které se nachází, je však také neznámá.[8]
Homologie
C16orf42 lze také nalézt v mnoha jiných organismech, včetně savců, a některých houbách a rostlinách.[9] Není nalezen v bakterie.[9] C16orf42 je v mnoha z nich vysoce konzervovaný ortology, zejména jeho savčí ortology, až 95% identita v opice rhesus.[9] Má také poměrně vysokou konzervaci ve svých vzdálenějších homologech, například 53% identitu v kukuřici.[9] Má jeden potenciální lidský paralog, protein EGFL6.[10]
Ortologická analýza:
Rod a druh | Běžné jméno | Přistoupení k NCBI | Délka | Identita | Podobnost |
Macaca mulatta | Rhesus opice | XP_001088384 | 312 aa | 95% | 96% |
Bos taurus | Dobytek | NP_001092381 | 315 aa | 82% | 87% |
Canis familiaris | Pes | XP_537015 | 312 aa | 79% | 85% |
Equus caballus | Kůň | XP_001915599 | 324 aa | 78% | 83% |
Rattus norvegicus | Krysa | EMD03916 | 324 aa | 73% | 80% |
Mus musculus | Myš | NP_080952 | 323 aa | 73% | 80% |
Gallus gallus | Kuře | XP_414890 | 311 aa | 63% | 76% |
Danio rerio | Zebra ryby | NP_001002370 | 297 aa | 62% | 75% |
Tetraodon nigroviridis | Zelený puntíkovaný puffer | CAG04371 | 247 aa | 62% | 74% |
Trichoplax adhaerens | Trichoplax | XP_002118089 | 284 aa | 46% | 64% |
Ciona intestinalis | Mořské stříkání | XP_002129931 | 265 aa | 52% | 68% |
Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | XP_001517034 | 285 aa | 74% | 85% |
Hydra magnipapillata | Hydra | XP_002161680 | 232 aa | 55% | 71% |
Aedes aegypti | Komár žluté zimnice | XP_001654463 | 269 aa | 52% | 70% |
Drosophila melanogaster | Ovocný let | NP_650441 | 274 aa | 54% | 70% |
Apis mellifera | Západní včela | XP_625167 | 258 aa | 50% | 69% |
Debaryomyces hansenii | Mořské droždí | XP_461733 | 333 aa | 49% | 64% |
Aspergillus oryzae | Plíseň | XP_001818982 | 374 aa | 50% | 69% |
Saccharomyces cerevisiae | Droždí | NP_014648 | 313 aa | 52% | 68% |
Zea mays | Kukuřice | ACG47566 | 271 aa | 53% | 69% |
Caenorhabditis elegans | C. elegans | NP_741332 | 261 aa | 47% | 65% |
Výraz
C16orf42 není u lidí exprimován všudypřítomně. To je nejvíce vyjádřeno v vaječník, ale není vůbec vyjádřen v krvi a velmi málo v mozku.[11] Jeden microarray experiment to naznačoval malárie způsobí jeho expresi v krvi,[11] ale na podporu tohoto tvrzení je zapotřebí dalšího experimentování. Jeho exprese v tkáních má tendenci zůstat konstantní, když je tkáň nemocná.[11] Stručná analýza jeho ortologů však ukazuje nesrovnalosti v expresi tkáně. Může to být způsobeno nedostatečným výzkumem tohoto proteinu u jiných druhů.
Struktura
Struktura C16orf42 není známa. Předpokládá se, že bude mít více oblastí alfa-šroubovice a několik krátkých úseků beta-prameny.[8] Obsahuje potenciální doménu vázající kov mezi aminokyselinami 60–90.[6] Má předpokládanou molekulovou hmotnost 33,6 kdal a izoelektrický bod 6,496 000, což je mírně kyselé.[8] Ve srovnání s jinými lidskými proteiny má C16orf42 vysoký obsah aminokyselin argininu a alaninu a nízký obsah aminokyselin threoninu.[8] Krátká analýza jeho přísných ortologů ukazuje, že i ony mají obecně vysoký obsah argininu a nízký obsah threoninu a také srovnání s typickým proteinem u jejich příslušných druhů.[8]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000007520 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000015126 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (Prosinec 2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- ^ A b Protein NCBI
- ^ NCBI nukleotid.
- ^ A b C d E Pracovní stůl biologie
- ^ A b C d NCBI BLink
- ^ NCBI BLAST
- ^ A b C UniGene
externí odkazy
- Člověk TSR3 umístění genomu a TSR3 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Další čtení
- Protein NCBI. „Hypotetický protein LOC115939 [Homo sapiens]“ 26. června 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/47777330
- NCBI nukleotid. „Homo sapiens chromozom 16 otevřený čtecí rámec 42 (C16orf42), mRNA“ 26. června 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/48762675
- NCBI BLink. „Hypotetický protein LOC115939 [Homo sapiens]“ https://www.ncbi.nlm.
- NCBI BLAST. „NP_001001410 Hypotetický protein LOC115939 [Homo sapiens]“ http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- Profil UniGene EST. "C16orf42: Chromozom 16 otevřený čtecí rámec 42, mRNA" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.134846
- Pracovní stůl biologie. http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[trvalý mrtvý odkaz ]!]