TMEM8A - TMEM8A - Wikipedia
Transmembránový protein 8A je protein že u lidí je kódován TMEM8A gen (16p13.3.). Evolučně se ortology TMEM8A nacházejí u primátů a savců a u několika vzdáleně příbuzných druhů. TMEM8A obsahuje pět transmembránových domén a jednu doménu podobnou EGF, které jsou všechny vysoce konzervované v ortologickém prostoru. Ačkoli neexistuje potvrzená funkce TMEM8A, prostřednictvím analýzy exprese a experimentálních dat se předpokládá, že TMEM8A je adhezní protein, který hraje roli při udržování T-buňky v klidovém stavu.
Gen
Místo
Lidský gen TMEM8A se nachází na chromozomu 16 v pásmu 16p13.3.[5]
Rozpětí tohoto genu chromozom 16 rozpětí od páru bází 420 773 do 437 113, což činí tento gen dlouhý 16 340 párů bazí. Tento gen se nachází na záporném řetězci chromozomu.[7] Nejsou známy žádné izoformy.
Aliasy
TMEM8A je také známý jako transmembránový protein 8A, transmembránový protein 6, pětipásmový transmembránový protein M83, TMEM6, TMEM8, transmembránový protein 8 a M83.[8]
Homologie
Paralogy
- U lidí se vyskytují dva paralogy pro TMEM8A, C9orf127 a TMEM8C. Oba tyto paralogy se nacházejí na chromozomu 9.[9]
Ortology
- Ortologický prostor TMEM8A je poměrně úzký, s většinou ortologů nalezených u savců a zejména primátů, až na několik výjimek.
| Rod a druh[9] | Běžné jméno | Třída | Přistoupení | Procento identity |
|---|---|---|---|---|
| Pan troglodyty | Šimpanz | Mammalia | XP_510709 | 99% |
| Pongo abelii | Orangutan | Mammalia | XP_002825960 | 97% |
| Macaca mulatta | Rhesus opice | Mammalia | XP_001118461 | 93% |
| Callithrix jacchus | Kočkodan | Mammalia | ABZ80344 | 93% |
| Rattus norvegicus | Krysa | Mammalia | XP_001070176 | 43% |
| Bos taurus | Kráva | Mammalia | NP_001092377 | 69% |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | Mammalia | EFB17134 | 78% |
| Canis familiaris | Pes | Mammalia | XP_003639163 | 74% |
| Equus caballus | Kůň | Mammalia | XP_001915452 | 78% |
| Felis catus | Kočka | Mammalia | XP_003999121 | 75% |
| Monodelphis domestica | Vačice | Mammalia | XP_001378110 | 44% |
| Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | Mammalia | XP_001512398 | 50% |
| Gallus gallus | Kuře | Aves | XP_003643243 | 56% |
| Anolis carolinensis | Ještěrka | Reptilia | XP_003230229 | 53% |
| Xenopus tropicalis | Žába | Obojživelníci | XP_002943473 | 43% |
| Takifugo rubripes | Pufferfish | Actinopterygii | XP_003975883 | 44% |
| Danio rerio | Zebrafish | Acrinoptergii | XP_00139040 | 44% |
| Strongylacentrotus putputatus | Mořský ježek | Echinoidea | XP_795452 | 29% |
| Drosophila melanogaster | Ovocný let | Insecta | NP_651350 | 36% |
Protein
Primární sekvence
Gen kóduje protein nazývaný také TMEM8A. Tento protein má délku 771 aminokyselin, ale bylo prokázáno, že má signální peptid z aminokyseliny 1 až 34; zralá forma proteinu má délku pouze 737 aminokyselin. Prekurzorová forma s neporušeným signálním peptidem má molekulovou hmotnost 84 780 kilodaltonů a zralá forma s signální peptid štěpený má molekulovou hmotnost 81,624 kilodaltonů[10] TMEM8A má izoelektrický bod zralé formy pI = 7,3.[11]
Domény a motivy
TMEM8A je transmembránový protein s pěti transmembránovými doménami, což z něj činí jeden z pouhých tří proteinů nalezených v lidském těle s pěti doménami; další dva jsou CD47 a AC133. Protein také obsahuje Doména podobná EGF, což je sekvence asi třiceti až čtyřiceti aminokyselinových zbytků, nalezená v sekvenci epidermálního růstového faktoru (EGF), u které bylo prokázáno, že je přítomna ve více či méně konzervované formě u velkého počtu dalších, většinou zvířecích , bílkoviny. Funkční význam domén EGF v tom, co se jeví jako nesouvisející proteiny, dosud není jasný. Společným rysem však je, že se tyto repetice nacházejí v extracelulární doméně proteinů vázaných na membránu nebo v proteinech, o nichž je známo, že se vylučují. Doména EGF zahrnuje šest cysteinových zbytků, u nichž bylo prokázáno (v EGF), že se účastní disulfidových vazeb. Hlavní strukturou je dvouvláknový beta-list následovaný smyčkou k krátkému C-koncovému dvouvláknovému listu. Subdomény mezi konzervovanými cysteiny mají různou délku.[12]
Posttranslační úpravy
- Bylo prokázáno, že protein posttranslačně prochází glykosolací na aminokyselinách 144, 407 a 431.[13] Existují také tři disulfidové vazby mezi aminokyselinami 498 a 508, 502 a 521 a 523 a 532. Všechny tyto disulfidové vazby jsou charakteristické pro proteiny s doménou podobnou EGF.
Sekundární struktura
Výraz
Výraz
Bylo zjištěno, že TMEM8A je všudypřítomně exprimován v celém lidském těle; ukázalo se však, že během aktivace T-buněk CD4 + a CD8 + je downregulován.[14]
Varianty přepisu
Existují tři přirozené varianty transkriptu TMEM8A. Jeden je umístěn na aminokyselině 136, kde je threonin vyměněn za alanin. Další je přítomna v aminokyselině 310, kde je isoleucin zaměněn za valin a jeden v aminokyselině 567, kde je arginin zaměněn za tryptofan. Žádná z těchto variant nevede ke změně exprese ani ke ztrátě / zisku funkčních mutací.[15]
Funkce
![[ikona]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1c/Wiki_letter_w_cropped.svg/20px-Wiki_letter_w_cropped.svg.png){kind=small} | Tato část je prázdná. Můžete pomoci přidávat k tomu. (červen 2013) |
Interagující proteiny
Transkripční faktory
V promotoru TMEM8A existuje mnoho předpokládaných vazebných míst pro transkripční faktor. Níže je uvedena tabulka nejlepších možností, které mají vysoké hodnoty spolehlivosti, evoluční zachování a / nebo více možných vazebných míst v promotoru.
| Transkripční faktor | Start | Konec | Pramen | Sekvence |
|---|---|---|---|---|
| Faktory spojené s insulimomem | 1 | 13 | + | tggagGGGGtccg |
| Gen plemorfního adenomu 1 | 3 | 25 | + | gaGGGGgtccgggtggcagtgcg |
| Hypermethylovaný u rakoviny 1 | 11 | 23 | - | cacTGCCacccgg |
| Zinkový prst s doménami KRAB a SCAN 3 | 15 | 37 | - | gccatCCCCacccgcactgccac |
| Gliálním buňkám chybí homolog 1 | 18 | 32 | + | ccccaCCCGcactgc |
| Základní faktor podobný krueppelům (KLF3) | 19 | 35 | + | cagtgcGGGTggggatg |
| Protein se zinkovým prstem Spalt-2, sal-like 2, p150 (sal2) | 23 | 33 | + | gcgggtGGGGatg |
| Transkripční faktor související s proteinem zinkového prstu spojeným s MYC | 23 | 35 | + | gcgggtGGGGatg |
| Myeloidní protein se zinkovým prstem MZF1 | 27 | 37 | + | gtGGGGatggc |
| Hypermethylovaný u rakoviny 1 | 29 | 41 | - | gacTGCCatcccc |
| Aktivační stránky Yin a Yang 1 | 38 | 60 | - | gacactgCCATcgccactctgact |
| Y box vazebný protein 1, má přednost pro vazbu ssDNA | 41 | 53 | + | cagagTGGCgatg |
| Gliálním buňkám chybí homolog 1 | 54 | 68 | - | cgccaCCCGcactgc |
| Wilms Supresor nádorů | 71 | 84 | + | ggcagtgTGGGtggcga |
| Runt-související transkripční faktor 2 / CBFA1 (faktor vazby na jádro, runt doména, alfa podjednotka 1) | 73 | 87 | + | cagtGTGGgtggcga |
| Člen rodiny GLI-Kruppel GLI3 | 74 | 88 | - | atcgCCACccacact |
| Zinkový prst s doménami KRAB a SCAN 3 | 87 | 103 | - | gccatCCCCacccgcactgccat |
Interakce
Ukázalo se, že TMEM8A interaguje s následujícími proteiny
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129925 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024180 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Martin J, Han C, Gordon LA, Terry A, Prabhakar S, She X, Xie G, Hellsten U, Chan YM, Altherr M, Couronne O, Aerts A, Bajorek E, Black S, Blumer H, Branscomb E, Brown NC Bruno WJ, Buckingham JM, Callen DF a kol. (Prosinec 2004). „Sekvence a analýza lidského chromozomu 16 bohatého na duplikaci“ (PDF). Příroda. 432 (7020): 988–94. Bibcode:2004 Natur.432..988M. doi:10.1038 / nature03187. PMID 15616553. S2CID 4362044.
- ^ Dib C, Fauré S, Fizames C, Samson D, Drouot N, Vignal A, Millasseau P, Marc S, Hazan J, Seboun E, Lathrop M, Gyapay G, Morissette J, Weissenbach J (1996). "Komplexní genetická mapa lidského genomu založená na 5 264 mikrosatelitech". Příroda. 380 (6570): 152–4. Bibcode:1996 Natur.380..152D. doi:10.1038 / 380152a0. PMID 8600387. S2CID 28950185.
- ^ Daniels RJ, Peden JF, Lloyd C, Horsley SW, Clark K, Tufarelli C, Kearney L, Buckle VJ, Doggett NA, Flint J, Higgs DR (únor 2001). "Sekvence, struktura a patologie plně anotovaného terminálu 2 Mb krátkého ramene lidského chromozomu 16". Hučení. Mol. Genet. 10 (4): 339–52. doi:10,1093 / hmg / 10,4,339. PMID 11157797.
- ^ https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TMEM8A&ortholog=all#orthologs
- ^ A b Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (říjen 1990). Msgstr "Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID 2231712.
- ^ „Tmem8 transmembránový protein 8 [Mus musculus (domácí myš)] - gen - NCBI“.
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ Kansas GS, Saunders KB, Ley K, Zakrzewicz A, Gibson RM, Furie BC, Furie B, Tedder TF (únor 1994). „Role pro doménu P-selektinu podobnou epidermálnímu růstovému faktoru při rozpoznávání ligandu a adhezi buněk“. J. Cell Biol. 124 (4): 609–18. doi:10.1083 / jcb.124.4.609. PMC 2119911. PMID 7508943.
- ^ Predikce N-glykosylačních míst v lidských proteinech. R. Gupta, E. Jung a S. Brunak. V přípravě, 2004.
- ^ Motohashi T, Miyoshi S, Osawa M, Eyre HJ, Sutherland GR, Matsuda Y, Nakamura Y, Shibuya A, Iwama A, Nakauchi H (září 2000). „Molekulární klonování a chromozomální mapování nového genu transmembránového proteinu s pěti poli, M83“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 276 (1): 244–50. doi:10,1006 / bbrc.2000.3409. PMID 11006113.
- ^ Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (Leden 2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.