TMEM69 - TMEM69
| TMEM69 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TMEM69, C1orf154, transmembránový protein 69 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 3045357 HomoloGene: 9531 Genové karty: TMEM69 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 1: 45,69 - 45,69 Mb | Chr 4: 116,55 - 116,56 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM69, také známý jako Transmembránový protein 69, je protein že u lidí je kódován TMEM69 gen.[5] Pozoruhodným rysem proteinu kódovaného TMEM69 je přítomnost pěti transmembránových segmentů.[6]
Základní informace
| Přístupová čísla | Umístění | Identifikátory | M.W. | pI |
|---|---|---|---|---|
| mRNA: NM_016486.3 bílkoviny: NP_057570.2 [5] | 1p34.1 | HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 | 27,6 kDa | 10.3 |
Gen
Gen TMEM69, umístěný na chromozomu 1p34.1, pokrývá 7,24 kb.[7] Je na kladném řetězci v genomové sekvenci od 46152886 do 46160121 a kóduje primární mRNA přepis, který obsahuje 3 exony a je 6262 bp na délku. Předpokládá se, že tři alternativní transkripty kódují gen TMEM69.[8]
Genové sousedství
| Jméno genu | Umístění | Orientace | Funkce | |
| GPBP1L1 (promotor vážící protein bohatý na GC 1 podobný 1) | 1p34.1 | mínus | Funkce regulace transkripce[9] | |
| CCDC17 (doména coiled-coil obsahující 17) | 1p34.1 | mínus | Nebyly nalezeny žádné funkční informace | |
| MAST2 (serot / threonin kináza 2 spojená s mikrotubuly) | 1p34.1 | Plus | Funkce v multi-proteinu komplex ve zrání spermatidů. Reguluje lipopolysacharidem indukovanou syntézu IL-12 v makrofázích[10]|| | |
| IPP (Intracisternální částice podporovaný polypeptid) | 1p34-p32 | mínus | interaguje s aktinem[11] |
Funkce
Přesná funkce TMEM69 není vědeckou komunitou dosud známa. Předpokládá se však, že hraje roli jako protein lešení v komplexu receptoru proteinu spojeného s G v Xenopus tropicalis. Ukázalo se, že tvoří shluk s IPP genu xtGPR54-2 a GPBP1 v scaffold_41.[12] Tento komplex je součástí G-vázaného proteinového receptoru, který působí jako receptor pro vazebný ligand, kisspeptin v plazmatické membráně mozkových buněk.[12]
Protein
TMEM69 je 247 aminokyseliny v délce. Je přítomno pět transmembránových segmentů a také doména neznámé funkce, DUF3429, která zahrnuje aminokyseliny 91-232.[13]
Předpokládané funkce
Vlastnosti TMEM69, které byly předpovězeny pomocí Bioinformatika nástroje:
- Molekulová hmotnost: 27,6 KDa.[7]
- Izoelektrický bod: 10.3[14]
- Posttranslační modifikace: Z programu NetPhos je předpovězeno více fosforylačních webů EXPASY . NetPhos předpověděl 7 pro aminokyselinu serin v poloze 12, 27, 33, 85, 93, 183 a 234; 1 pro threonin v poloze 26; a 2 pro tyrosin v poloze 57 a 159.[15] NetGlyc zapnutý EXPASY předpovědělo 5 glykačních míst na pozicích 7, 60, 73, 156 a 239.
- Transmembránové segmenty: TMEM69 obsahuje 5 transmembránových oblastí vyskytujících se na pozicích 97-117, 122-142, 159-179, 185-205 a 216-236.[16]
Výraz
TMEM69 je exprimován všudypřítomně v nízkých hladinách v celém lidském těle, ačkoli údaje z profilu EST ukazují, že TMEM69 je exprimován zvláště vysoko v neuroendokrinních tkáních, jako je játra, amygdala, hipokampus, a hypotalamus.[17] Bylo zjištěno, že TMEM69 je u pacientů trpících nižší než normální hodnotou ateroskleróza.[18]
Homologie
Ortology
Gen TMEM69 je hluboce konzervován v několika formách života. I když vykazuje nejvyšší ochranu mezi savčími ortology, spolu s dalšími strunatci jako jsou ryby, ptáci a obojživelníci, existuje určitá ochrana rostlin, hmyzu, hub a bakterií.[13]
| Rod / druh | Společný název organismu | Přístupové číslo | Sekvenční identita | Délka (AA) | |
| Macaca fascicularis | Krabí jíst makak | EHH61428.1 | 89% | 246 | |
| Callithrix jacchus | Opice | XP_002750811.1 | 83% | 249 | |
| Mus musculus | House Mouse | AAI06179.1 | 69% | 245 | |
| Xenopus tropicalis | Žába | NP_001016103.1 | 49% | 253 | |
| Rattus norvegicus | Krysa | EDL90276.1 | 70% | 247 | |
| Oryctolagus cuniculus | Králičí | XP_002715715 | 74% | 250 | |
| Anolis carolinensis | Ještěrka | XP_003220264.1 | 50% | 257 | |
| Danio rerio | Zebrafish | XP_685684.1 | 49% | 249 | |
| Salmo salar | Losos | NP_001134056.1 | 50% | 259 | |
| Daphia pulex | Vodní blecha | EFX84634.1 | 35% | 208 | |
| Ostreococcus tauri | Zelené řasy | XP_003081614.1 | 34% | 166 | |
| Pseudomonas putida W619 | Půdní bakterie | YP_001748891.1 | 32% | 152 | |
| Komuna Schizophyllum | Houba | XP_003035659.1 | 27% | 363 |
Paralogy
Pro TMEM69 nebyly nalezeny žádné paralogy.
Zachování
TMEM69 je dobře konzervován v různých organismech. Ačkoli většina ortologů se vyskytuje u placentárních savců, některé ortology se nacházejí v bakteriích a houbách. Nejvzdálenější ortolog, u kterého bylo zjištěno, že má sekvenční podobnost s TMEM69, je Pseudomonas putida W619, což je druh půdní bakterie.[19] Obzvláště dobře konzervované i v těch nejvzdálenějších ortologech, včetně Pseudomonas putida W619, je většina druhého transmembránového segmentu TMEM69. V přísných ortologech je všech pět transmembránových domén konzervováno.[20] Konzervované domény nalezené v TMEM69 jsou součástí DUF3429, což je rodina necharakterizovaných proteinů nalezených v bakteriích a eukaryotech.[13]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000159596 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000055900 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: TMEM69 Transmembrane Protein 69“. Citováno 22. dubna 2012.
- ^ „Expasy: SOSUI“. Archivovány od originál dne 15. května 2012. Citováno 15. dubna 2012.
- ^ A b „TMEM69“. Citováno 2. února 2012.
- ^ „Varianty přepisu TMEM69“. Citováno 13. února 2012.
- ^ „NCBI: Gene“. Citováno 13. dubna 2012.
- ^ „NCBI: Gene“. Citováno 13. dubna 2012.
- ^ „NCBI: Gene“. Citováno 13. dubna 2012.
- ^ A b "Molekulární evoluce více forem kisspeptinů a receptorů GPR54 u obratlovců". Citováno 22. dubna 2012.
- ^ A b C "VÝBUCH". Citováno 16. února 2012.
- ^ "Počítač pI / Mw". Citováno 11. dubna 2012.
- ^ „NetPhos“. Citováno 13. dubna 2012.
- ^ „UniProtKB“. Citováno 22. února 2012.
- ^ „Genové karty“. Citováno 18. dubna 2012.
- ^ „GEOProfily“. Citováno 22. února 2012.
- ^ „Prohlížeč genomu Ensembl: TMEM69“. Citováno 22. dubna 2012.
- ^ „Biology Workbench: CLUSTALW“. Citováno 22. dubna 2012.[trvalý mrtvý odkaz ]
Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.