TMCO6 - TMCO6

TMCO6
Identifikátory
AliasyTMCO6, PRO1580, transmembránové a coiled-coil domény 6
Externí IDMGI: 1919233 HomoloGene: 12431 Genové karty: TMCO6
Umístění genu (člověk)
Chromozom 5 (lidský)
Chr.Chromozom 5 (lidský)[1]
Chromozom 5 (lidský)
Genomické umístění pro TMCO6
Genomické umístění pro TMCO6
Kapela5q31.3Start140,639,427 bp[1]
Konec140,645,408 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

55374

71983

Ensembl

ENSG00000113119

ENSMUSG00000006850

UniProt

Q96DC7

Q8BQX5

RefSeq (mRNA)

NM_001300980
NM_001300982
NM_018502

NM_028036

RefSeq (protein)

NP_001287909
NP_001287911
NP_060972

NP_082312

Místo (UCSC)Chr 5: 140,64 - 140,65 MbChr 18: 36,74 - 36,74 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Transmembránová doména a doména coiled-coil 6TMCO6 je protein, který je u lidí kódován TMCO6 gen s aliasy PRO1580, HQ1580 nebo FLJ39769.1.[5]

Gen

Lidský TMCO6 se nachází na chromozom 5 (pozice 5q31.3).[6] Celý gen pokrývá 5568 párů bází na pozitivním řetězci chromozomu 5 (140019113-140024689bp), ale je střídavě spojen do různých variant. Jsou známy tři varianty pro TMCO6. Varianta 1 je nejdelší a varianta 2 a 3 jsou spojeny do kratších řetězců mRNA.[7] Existuje také předpokládaná varianta X1-X7.

Výraz

TMCO6 je exprimován v jaterní tkáni a nachází se ve fázi vývoje plodu u lidí.[7][8]

Homologie

Ortology proteinu TMCO6 byly nalezeny mezi sekvenovanými organismy s výjimkou bezobratlých, hub, rostlin a bakterií.[5] Tmco6 (transmembránové a spirálovitě vinuté domény 6) - databáze genomu krysy.[9] To zahrnuje blízké primáty pro některé vzdálené ryby. Grafy ukazují vývojovou rychlost TMCO6 s ohledem na různé druhy a ve srovnání s jinými proteiny. Byl vyvozen závěr, že TMCO6 je poměrně rychle se vyvíjející protein, podobný proteinu fibrinogen.

Evoluční historie TMCO6 je ukázána s ohledem na různé organismy.
Evoluční rychlost TMCO6 (modrá) je srovnávána s relativně rychle se vyvíjejícím proteinem fibrinogenu (zelená) a cytochromem c (červená), která se vyvíjí relativně pomalu.

Transkripce

Jsou známy čtyři izoformy spojené s tímto genem / proteinem (1, 2, 3 a X2).[7] Nejdelší variantou TMCO6 je varianta 1, kódovaná sekvencí mRNA o délce 12 exonů, 1 925 párů bází. Varianta 2 je druhá nejdelší s délkou 1907 párů bází a skládá se také z 12 exonů. Tato varianta transkriptu má alternativní místo sestřihu v centrální kódovací oblasti, které nemění čtecí rámec. Varianta 3 má celkovou délku 1 614 párů bází a liší se od varianty 1, protože jí chybí dva po sobě jdoucí exony. Má alternativní spojovací místo v 5 'oblasti, které způsobí iniciaci translace po směru toku v rámci AUG. Varianta X2 je předpovězena pomocí výpočetní analýzy a má délku 1892 párů bází.[7]

Protein

Protein TMCO6 se nachází v membráně a je považován za víceprůchodový membránový protein.[5] Existují důkazy o jeho přítomnosti v jádru, cytosolu, ER, mitochondriích a plazmatické membráně.[5] Předpokládaná molekulová hmotnost izoformy 1 u lidí je 55 kDa, ale je zachována.[6] Varianta 1 je přeložena do izoformy 499 aminokyselinové sekvence.[6][7] Isoforma 2, kódovaná transkriptovou variantou 2, má délku 493 aminokyselin a předpokládanou molekulovou hmotnost 54 kDa. Varianta transkriptu 3 kóduje izoformu 3, což je nejkratší protein kvůli jeho sestřihnutému N-konci. Isoforma 3 má délku 253 aminokyselin s molekulovou hmotností 28 kDa.

Domény a motivy

Důkazy o dvou vyhrazených doménách nadrodiny ARM jsou uvedeny v proteinu TMCO6.[6] ARM doména, Armadillo / beta-catenin-like-repeat, je asi 40 aminokyselinová dlouhá tandemová repetice, která tvoří superhelix šroubovic. Další vlastností je, že TMCO6 má oblast bohatou na arginin, která je v oblasti svinuté.[10] To naznačuje, že oblast bohatá na Arg může být důležitým strukturálním rysem oblasti svinuté cívky. Existuje 17 oblastí pro vazbu na protein, 2 transmembránové domény a přidání poly-A ocasu k mRNA.[10] SRP1 se také nachází z 23 až 399 aminokyselin. Doménou SRP1 je karyofherin (importin) alfa.[10] To se podílí na výměně molekul z jádra a cytoplazmy. Výměna zahrnuje aktivní transport nosným proteinem zvaným karyoferiny.[10] Motiv di-leucin je také hojný v TMCO6. O tomto motivu je obecně známo, že jde o motiv zaměřený na lysozomy.[11] A sekvence nukleární lokalizace 5 pozitivních aminokyselin se nachází poblíž 5 'konce, což naznačuje jeho transport do jádra.

Struktura

Předpokládá se, že 5 'a 3' konec TMCO6 bude umístěn na cytoplazmatické straně membrány. V necytoplazmatické straně je malá část.

Jediný protein
TMCO6 protein
Homodimer
Možná tvorba homodimeru navinutím N-konců
Sekundární struktura TMCO6. Karikatura proteinu TMCO6 se dvěma transmembránovými doménami, jednou beta fólií a jednou alfa šroubovicí. Existuje také glykosylační místo a cystinový zbytek. Terminály N i C se nacházejí v oblasti cytosolu.

Funkce

Funkce konzervovaných ARM doména a SRP1 domény jsou známy.[6] Domény ARM hrají roli při zprostředkování interakce beta-kateninu s jeho ligandem. Jsou odpovědné za transdukci signálu Wnt, intracelulární signalizaci a cytoskeletální regulaci. Doména SRP1 kóduje alfa-karyofherin (importin) a je známá pro intracelulární přenos a sekreci na membráně. Předpokládá se, že TMCO6 se účastní transportu molekul přes jadernou membránu.

Interakce

Dva hybridní experimentální důkazy naznačují UBQLN1 nebo ubichilin 1 má vysoký potenciál interakce s TMCO6.[5][12]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000113119 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000006850 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b C d E „Transmembránová a svinutá cívka doména 6“. Genové karty.
  6. ^ A b C d E "transmembránový a spirálovitě vinutý protein obsahující doménu 6 izoforma 1 H - protein". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).
  7. ^ A b C d E „Homo sapiens transmembrane and coiled-coil domains 6 (TMCO6), transcript - Nucleotide“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).
  8. ^ „GDS596 / 221096_s_at / TMCO6“. NCBI nukleotid.
  9. ^ "Tmco6 (transmembránové a coiled-coil domény 6) - databáze genomu krys".
  10. ^ A b C d "RecName: Full = protein obsahující transmembránu a doménu coiled-coil". Protein - NCBI.
  11. ^ Behnke J, Eskelinen EL, Saftig P, Schröder B (březen 2011). „Dva dileucinové motivy zprostředkovávají pozdní endozomální / lysozomální cílení transmembránového proteinu 192 (TMEM192) a C-koncový cysteinový zbytek je zodpovědný za tvorbu disulfidové vazby v homodimerech TMEM192“. The Biochemical Journal. 434 (2): 219–31. doi:10.1042 / BJ20101396. PMID  21143193. S2CID  29830676.
  12. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Ghiassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P , Brehme M, Broly MP, Carvunis AR, Convery-Zupan D, Corominas R, Coulombe-Huntington J, Dann E, Dreze M, Dricot A, Fan C, Franzosa E, Gebreab F, Gutierrez BJ, Hardy MF, Jin M, Kang S, Kiros R, Lin GN, Luck K, MacWilliams A, Menche J, Murray RR, Palagi A, Poulin MM, Rambout X, Rasla J, Reichert P, Romero V, Ruyssinck E, Sahalie JM, Scholz A, Shah AA , Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Walsh J, Cusick ME, Xia Y, Barabási AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J , Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M (listopad 2014). "Mapa proteomové sítě lidské interakční sítě". Buňka. 159 (5): 1212–26. doi:10.1016 / j.cell.2014.10.050. PMC  4266588. PMID  25416956.

Další čtení

Matarin M, Brown WM, Dena H, Britton A, De Vrieze FW, Brott TG, Brown RD, Worrall BB, Case LD, Chanock SJ, Metter EJ, Ferruci L, Gamble D, Hardy JA, Rich SS, Singleton A, Meschia JF (listopad 2009). "Polymorfismy kandidátních genů pro ischemickou mozkovou příhodu". Mrtvice: Žurnál mozkové cirkulace. 40 (11): 3436–42. doi:10.1161 / STROKEAHA.109.558015. PMC  2784015. PMID  19729601.Rajaraman P, Brenner AV, Neta G, Pfeiffer R, Wang SS, Yeager M, Thomas G, Fine HA, Linet MS, Rothman N, Chanock SJ, Inskip PD (květen 2010). "Riziko meningiomu a běžné rozdíly v genech souvisejících s vrozenou imunitou". Epidemiologie rakoviny, biomarkery a prevence. 19 (5): 1356–61. doi:10.1158 / 1055-9965.EPI-09-1151. PMC  3169167. PMID  20406964.Rajaraman P, Brenner AV, Butler MA, Wang SS, Pfeiffer RM, Ruder AM, Linet MS, Yeager M, Wang Z, Orr N, Fine HA, Kwon D, Thomas G, Rothman N, Inskip PD, Chanock SJ (květen 2009 ). „Běžná variace genů souvisejících s vrozenou imunitou a rizikem dospělého gliomu“. Epidemiologie rakoviny, biomarkery a prevence. 18 (5): 1651–8. doi:10.1158 / 1055-9965.EPI-08-1041. PMC  2771723. PMID  19423540.