TM6SF2 - TM6SF2
| TM6SF2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TM6SF2, transmembrána 6 člen superrodiny 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 606563 MGI: 1933210 HomoloGene: 77694 Genové karty: TM6SF2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 19: 19,26 - 19,27 Mb | Chr 8: 70,07 - 70,08 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TM6SF2 je lidský gen Transmembrane 6 nadčeleď 2, který kóduje a protein stejným jménem. Tento gen se jinak nazývá KIAA1926.[5] Jeho přesná funkce není v současné době známa.
Umístění
TM6SF2 je umístěn na chromozom 19 přesně na místě 19p13.3-p12. Je lemován SUGP1 (protein obsahující SURP a G-Patch doménu, o kterém se předpokládá, že hraje roli při sestřihu pre-mRNA [5]) a HAPLN4 (hyaluronan a proteoglykanový vazebný protein 4, který se váže na kyselinu hyaluronovou a může se podílet na tvorbě extracelulární matrice [5]) geny upstream a downstream.[6]
Evoluční aspekty
Ortology
TM6SF2 je mírně konzervovaný gen. U několika kmenů existují ortology, které se lišily jako bezobratlí. Bylo identifikováno 82 organismů ortology tohoto genu. Nejvzdálenější ortology TM6SF2 jsou u zebrových ryb (Danio rerio) a klíště jelena (Ixodes scapularis).[6] Níže je uvedena souhrnná tabulka některých genových ortologů získaných z databáze NCBI.
| Odborný název | Běžné jméno | Datum odchylky (MYA) | NCBI [6] přístupové číslo | Délka sekvence | Procento identity | Procento podobnosti |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | 0 | NP_001001524.2 | 377 | 100 | 100 |
| Pan troglodyty | Šimpanz | 6.3 | XP_001140342.2 | 377 | 99 | 99 |
| Mus musculus | Myš | 92.3 | XP_003125904 | 378 | 79 | 87 |
| Ceratotherium simum simum | Jižní bílý nosorožec | 94.2 | XP_004422975.1 | 376 | 89 | 92 |
| Capra hircus | Koza | 94.2 | XP_005682141.1 | 343 | 89 | 86 |
| Myotis davidii | Netopýr ušatý | 94.2 | XP_006778388.1 | 338 | 86 | 91 |
| Mustela putorius furo | Domácí fretka | 94.2 | XP_004760922.1 | 376 | 84 | 89 |
| Vicugna pacos | Alpaka | 94.2 | XP_006199087.1 | 376 | 84 | 89 |
| Canis lupus familiaris | Pes | 94.2 | XP_852125.1 | 376 | 83 | 89 |
| Orcinus orca | Zabijácká velryba | 94.2 | XP_004277546.1 | 376 | 82 | 88 |
| Bos taurus | Kráva | 94.2 | XP_005208509.1 | 376 | 74 | 80 |
| Loxodonta africana | Slon africké savany | 98.7 | XP_003413566.1 | 377 | 90 | 93 |
| Aligátor mississipiens | Americký aligátor | 296 | XP_006271093.1 | 346 | 67 | 79 |
| Ophiophagus hannah | Král kobra | 296 | ETE70999 | 292 | 25.3 | ? |
| Gallus gallus | Kuře | 296 | XP_423447.3 | 374 | 62 | 74 |
| Falco peregrinus | Sokol stěhovavý | 296 | XP_005244205.1 | 376 | 59 | 73 |
| Xenopus tropicalis | Žába se západními drápy | 371.2 | XP_004760922.1 | 375 | 58 | 74 |
| Danio rerio | Zebrafish | 400.1 | NP_001074130 | 374 | 44.3 | ? |
| Latimeria chalumnae | Coelocanth | 414.9 | XP_005989673.1 | 327 | 63 | 75 |
| Ixodes scapularis | Jelení klíště | 782.7 | XP_002406440.1 | 113 | 45.1 | ? |
Paralogy
TM6SF1 byl identifikován jako paralog TM6SF2 u lidí [6] o čem je málo známo.
Homologní domény
Doména neznámé funkce DUF2781 je mezi homology vysoce konzervovaná. DUF2781 patří do pfam10914 rodina, která zahrnuje necharakterizované eukaryotické proteiny, z nichž některé jsou membránové proteiny [6]
mRNA
Produkt RNA je dlouhý 1483 párů bází a alternativně je sestříhán, čímž se získá sedm různých izoformy (alternativní mRNA a - f s formou a jsou nejhojnější) s různými kombinacemi 10 identifikovaných exonů.[7] MicroRNA miR-1343 se váže na 3 'UTR místo zvané 7mer-m8 (jak předpovídal TargetScan[8]).
Skládací vzory
5 'a 3' UTR oblasti mRNA ukazují některé kmenová smyčka stabilita. Zdá se, že velká část této chemie probíhá v 5 'oblasti, která má tři kmenové smyčky ve srovnání s 3' oblastí pouze s jednou.[9]
Exony a introny
Existuje deset různých exony a ty vyjádřené závisí na tom, jak probíhá alternativní sestřih. Existují čtyři alternativy polyadenylace přítomné stránky.[7]
Promotor region
Promotor tohoto genu je proti proudu a pokrývá základny 19383923 až 19384700 (dlouhé 778 bp) na minusovém řetězci chromozomu 19. Existuje několik transkripční faktory schopné vázat se na tuto promotorovou oblast včetně tábor responzivní protein vázající prvek, SMAD3, KLF3, EGR1, SOX /SRY, PAX2 /PAX5[10] a byly identifikovány také dvě oblasti SNP.[11] Předpokládané transkripční faktory, které se váží na promotor TM6SF2, naznačují, že tento protein funguje v menší míře při růstu a regulaci nádoru, stejně jako při určování pohlaví.
Protein
Protein TM6SF2 obsahuje 377 aminokyselin a je velký 42 554 Da s izoelektrickým bodem přibližně 7,7.[12]
Domény a motivy
Na C-konci proteinu existuje doména neznámé funkce, DUF2781 (rodina pfam10914) zahrnující aminokyseliny 218 až 359.[6]Je jich devět transmembránový oblasti v tomto proteinu. První obsahuje signální peptid, který se nakonec štěpí po lokalizaci proteinu do ER. Terminální KHHQ sekvence je signál retence endoplazmatického retikula.[13]
Sekundární struktura
Několik alfa helixy a beta vlákna jsou tvořena zralým proteinem s až třinácti helixy (včetně transmembránových helixů) a patnácti beta listy předpovídal.[14]
Struktura 3 ° a 4 °
Boční proteinové skupiny v tomto proteinu neinteragují nutně způsobem, aby vytvořily terciární a kvartérní struktury. Předpokládá se, že přítomné cysteiny nebudou stabilní disulfidové vazby.[15]
Posttranslační úpravy
Vyskytují se dvě hlavní posttranslační úpravy; fosforylace na tyrosinových, serinových a tryptofanových místech a na dvou sumoylačních místech s nízkou pravděpodobností.[16]
Vzory výrazů
U lidí byla exprese TM6SF2 dokumentována v dospělém stádiu pouze konkrétně ve střevech a játrech v mírném množství a také v embryonálních tkáních a vaječnících v nízkých hladinách. Jiné zdroje označují expresi v mozku, plicích, varlatech, žaludku, srdci, tlustém střevě, ledvinách a tukové tkáni.[17]
Studie lokalizace proteinů v subcelulární oblasti s konfokální mikroskopií prokázaly, že TM6SF2 je lokalizován v endoplazmatickém retikulu a mezilehlém kompartmentu ER-Golgi lidských jaterních buněk.[18]
Interakce proteinů
Dosud nebyly stanoveny žádné známé interakce protein-protein.[19][20][21]
Klinický význam
Ve studii, která používala předem připravené soupravy k předpovědi odmítnutí srdečního aloštěpu pouze s použitím periferní krve, bylo odmítnutí štěpu spojeno se snížením hladiny exprese TM6SF2 vedle dalších genů.[22]
A varianta Gen TM6SF2 způsobuje náchylnost k nealkoholické ztučnění jater kvůli snížené produkci lipoproteinů s velmi nízkou hustotou (VLDL) 14.[23]
TM6SF2 inhibice byla spojena se sníženou sekrecí lipoproteinů bohatých na TG (TRL) a zvýšenou koncentrací buněčných TG a obsahem kapiček lipidů, zatímco TM6SF2 nadměrná exprese snížila steatózu jaterních buněk. TM6SF2 je regulátor metabolismu jaterních tuků s protichůdnými účinky na sekreci TRL a obsah kapiček jaterních lipidů.[18]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000213996 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036151 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C Web GeneCards® The Human Database Compendium https://www.genecards.org/
- ^ A b C d E F National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine website https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- ^ A b National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine website. Program AceView.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/
- ^ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (srpen 2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. PMC 4532895. PMID 26267216.
- ^ webový server mfold: 1995-2014, Michael Zuker & Nick Markham, © Rensselaer Polytechnic Institute. Hostitelem The RNA Institute, College of Arts and Sciences, State University of New York at Albany.http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
- ^ Program Genomatix Gene2Promoter. http://www.genomatix.de/
- ^ National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine website. SNP: program GeneView.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
- ^ San Diego Super Computer (SDSC) Biology Workbench online program. Program hodnocení proteinů SAPS.http://workbench.sdsc.edu/
- ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (září 2011). "SignalP 4.0: rozlišování signálních peptidů z transmembránových oblastí". Přírodní metody. 8 (10): 785–6. doi:10.1038 / nmeth.1701. PMID 21959131. S2CID 16509924.
- ^ San Diego Super Computer (SDSC) Biology Workbench online program. Program CHOFAS.
- ^ Program DISULFIND: Ceroni, A. Passerini, A. Vullo a P. Frasconi. DISULFIND: Disulfid Bonding State a Cysteine Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (vydání webového serveru): W177 - W181, 2006.http://disulfind.dsi.unifi.it/
- ^ Portál zdrojů o bioinformatice ExPASy. Proteomický nástroj. http://expasy.org/proteomics
- ^ National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine website. Profily GEO.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles
- ^ A b Mahdessian H, Taxiarchis A, Popov S, Silveira A, Franco-Cereceda A, Hamsten A, Eriksson P, van't Hooft F (červen 2014). „TM6SF2 je regulátor metabolismu jaterních tuků, který ovlivňuje sekreci triglyceridů a obsah kapiček jaterních lipidů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 111 (24): 8913–8. doi:10.1073 / pnas.1323785111. PMC 4066487. PMID 24927523.
- ^ Program MINT „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2006-05-06. Citováno 2011-05-09.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
- ^ Program IntAct http://www.ebi.ac.uk/intact/
- ^ Program STRING http://string.embl.de/
- ^ Americký patentový úřad. Prediktory odmítnutí transplantátu určené profilováním genové exprese periferní krve. Číslo publikace; US8053182 B2. Typ publikace; Grant. Číslo žádosti; USA 10/587 569. Číslo PCT; PCT / US2005 / 002697. Datum publikace; 8. listopadu 2011. Vynálezci; Thomas Cappola, Jonathan A. Epstein.
- ^ Kozlitina J, Smagris E, Stender S, Nordestgaard BG, Zhou HH, Tybjærg-Hansen A, Vogt TF, Hobbs HH, Cohen JC (duben 2014). „Exome-wide asociační studie identifikuje variantu TM6SF2, která uděluje náchylnost k nealkoholickému tukovému onemocnění jater“. Genetika přírody. 46 (4): 352–6. doi:10,1038 / ng.2901. PMC 3969786. PMID 24531328.