Algoritmus Shapiro – Senapathy - Shapiro–Senapathy algorithm

Různé typy sestřihových mutací v genech. Mutace v sestřihových oblastech genů mohou vést k defektnímu transkriptu a proteinu. V závislosti na tom, kde přesně mutace nastává a které „kryptické“ místo sestřihu poblíž původního místa je vybráno pro sestřih, se bude lišit specifická chyba v transkriptu a proteinu. Sestřihové mutace často povedou k přeskakování exonu, inkluzi intronu, exonovému prodloužení / zkrácení a předčasnému ukončení ve výsledném přepisu. Různé defekty v transkriptu zase povedou k různým druhům narušení v aminokyselinové sekvenci proteinu.

The Algoritmus Shapiro – Senapathy (S&S) je algoritmus pro předpovídání spojit weby, exony a geny u zvířat a rostlin.[1][2] Tento algoritmus má schopnost objevit mutace způsobující onemocnění spojovat spojení u rakovinných a nerakovinových onemocnění, která se používá ve významných výzkumných institucích po celém světě.

Algoritmus S&S byl citováno v ~ 3 000 publikacích v klinické genomice o hledání sestřihových mutací u tisíců nemocí, včetně mnoha různých forem rakovina a nerakovinová onemocnění. To bylo základem mnoha předních softwarových nástrojů, jako je Human Splicing Finder,[3] Nástroj pro analýzu spojovacích míst,[4] dbass (soubor),[5] Alamut[6] a SROOGLE,[7] které jsou citovány cca. 1 500 dalších citací. Algoritmus S&S tak významně ovlivnil oblast medicíny a stále více se používá v dnešním výzkumu nemocí, farmakogenomice a přesné medicíně, protože až 50% všech nemocí a nežádoucích účinků (Nežádoucí účinky) nyní se předpokládá, že jsou způsobeny mutacemi sestřihu RNA.[8][9][10][11][12][13][14]

Pomocí algoritmu S&S vědci identifikovali mutace a geny, které způsobují četné druhy rakoviny, dědičné poruchy, nemoci imunodeficience a neurologické poruchy. Kromě toho byly identifikovány mutace v různých genech metabolizujících léky, které způsobují ADR u různých léků používaných k léčbě různých onemocnění, včetně chemoterapeutických léků proti rakovině. S&S se také používá k detekci „kryptických“ spojovacích míst, která nejsou autentickými místy používanými při normálním sestřihu genových transkriptů, a mutací, které způsobují četná onemocnění. Podrobnosti jsou uvedeny v následujících částech.

Algoritmus

Algoritmus S&S je popsán v článku z roku 1987. Funguje to posuvná okna z osmi nukleotidů a vydává procento konsensu pro jeho možnost, že bude místem sestřihu.[1] Publikace z roku 1990 je založena na stejné celkové metodě.[2]

Objev genů pro rakovinu pomocí S&S

Použitím algoritmu S&S byly objeveny mutace a geny, které způsobují mnoho různých forem rakoviny. Například geny způsobující běžně se vyskytující rakoviny včetně rakovina prsu,[15][16][17] rakovina vaječníků,[18][19][20] kolorektální karcinom,[21][22][23] leukémie,[24][25] rakoviny hlavy a krku,[26][27] rakovina prostaty,[28][29] retinoblastom,[30][31] spinocelulární karcinom,[32][33][34] rakovina trávicího traktu,[35][36] melanom,[37][38] rakovina jater,[39][40] Lynchův syndrom,[41][42][22] rakovina kůže,[32][43][44] a neurofibromatóza[9][11] byl nalezen. Kromě toho sestřih mutací v genech způsobujících méně běžně známé druhy rakoviny, včetně rakoviny žaludku,[45][46][35] gangliogliomy,[47][48] Li-Fraumeniho syndrom, Loeys – Dietzův syndrom, Osteochondrómy (kostní nádor), Nevoidův syndrom bazálních buněk,[18] a feochromocytomy[20] byl identifikován.

Specifické mutace v různých místech sestřihu v různých genech způsobující rakovinu prsu (např. BRCA1, PALB2), rakovinu vaječníků (např. SLC9A3R1, COL7A1, HSD17B7), rakovinu tlustého střeva (např. APC, MLH1, DPYD), kolorektální rakovinu (např. COL3A1 , APC, HLA-A), rakovina kůže (např. COL17A1, XPA, POLH) a Fanconiho anémie (např. FANC, FANA) byly odkryty. Mutace v donorových a akceptorových spojovacích místech v různých genech způsobujících různé druhy rakoviny, které byly identifikovány S&S, jsou uvedeny v stůl 1.

Typ nemociGenový symbolMísto mutacePůvodní sekvenceMutovaná sekvenceSestřihová aberace
Rakovina prsuBRCA1Exon 11AAGGTGTGTAAAGTGTGTPřeskočení exonu 12[49]
PALB2Exon 12CAGGCAAGTCAAGCAAGTPotenciální oslabení místa splétání kanonického dárce[50]
Rakovina vaječníkůSLC9A3R1Exon2GAGGTGATGGAGGCGATGVýznamný účinek při „sestřihu“[19]
Rakovina tlustého střeva a konečníkuMLH1Exon 9TCGGTATGTTCAGTATGTVynechání exonu 8 a zkrácení proteinu[21]
MSH2Intron 8CAGGTATGCCAGGCATGCRušivá sekvence, zpracování RNA, žádná změna aminokyselin[21]
MSH6Intron 9TTTTTAATTTTAAGGTTTTTAATTTTGAGGRušivá sekvence, zpracování RNA, žádná změna aminokyselin[21]
Rakovina kůžeTGFBR1Exon 5TTTTGATTCTTTAGGTTTTGATTCTTTCGGPřeskočení exonu 5[32]
ITGA6Intron 19TTATTTTCTAACAGGTTATTTTCTAACACGPřeskočení exonu 20 vedlo k vymazání v rámci[51]
Syndrom Birt – Hogg – Dubé (BHD)FLCNExon 9GAAGTAAGCGAAGGAAGCPřeskočení exonu 9 a slabá retence intronu 9 131 bp[52]
Nevoidní bazocelulární karcinomPTCH1Intron 4CAGGTATATCAGGTGTATPřeskočení Exonu 4 [18]
MezoteliomBAP1Exon 16AAGGTGAGGTAGGTGAGGVytvoří nové 5 'místo sestřihu, které má za následek 4 nukleotidovou deleci 3' konce exonu 16[53]
Tabulka 1. Mutace v donorových a akceptorových spojovacích místech v různých genech

Objev genů způsobujících dědičné poruchy pomocí S&S

Specifické mutace v různých místech sestřihu v různých genech, které způsobují dědičné poruchy, včetně například diabetu 1. typu (např. PTPN22, TCF1 (HCF-1A)), hypertenze (např. LDL, LDLR, LPL), marfanova syndromu (např. , FBN1, TGFBR2, FBN2), srdeční choroby (např. COL1A2, MYBPC3, ACTC1), oční poruchy (např. EVC, VSX1) nebyly odhaleny. Několik příkladů mutací v donorových a akceptorových spojovacích místech v různých genech způsobujících různé dědičné poruchy identifikované pomocí S&S je uvedeno v Tabulka 2.

Typ nemociGenový symbolMísto mutacePůvodní sekvenceMutovaná sekvenceSestřihová aberace
CukrovkaPTPN22Exon 18AAGGTAAAGAACGTAAAGPřeskočení exonu 18[54]
TCF1Intron 4TTTGTGCCCCTCAGGTTTGTGCCCCTCGGGPřeskočení exonu 5[55]
HypertenzeLDLIntron 10TGGGTGCGTTGGGTGCATNormolipidemický až klasický heterozygotní FH[56]
LDLRIntron 2GCTGTGAGTGCTGTGTGTMůže způsobit abnormality sestřihu prostřednictvím analýzy in-silico[57]
LPLIntron 2ACGGTAAGGACGATAAGGKryptická místa sestřihu se aktivují in vivo na těchto místech[58]
Marfanův syndromFBN1Intron 46CAAGTAAGACAAGTAAAAPřeskakování exonu / kryptické spojení[59]
TGFBR2Intron 1ATCCTGTTTTACAGAATCCTGTTTTACGGAAbnormální sestřih[60]
FBN2Intron45TGGGTAAGTTGGGGAAGTZměny místa spojení, které vedou k mutacím framehift,

způsobující zkrácený protein[60]

Srdeční onemocněníCOL1A2Intron 46GCTGTAAGTGCTGCAAGTPovoleno téměř výlučné použití kryptického dárce

místo 17 nt proti proudu v exonu[61]

MYBPC3Intron 5CTCCATGCACACAGGCTCCATGCACACCGGAbnormální přepis mRNA s předčasným

stop kodon bude produkovat zkrácený protein bez vazebných míst pro myosin a titin[62]

ACTC1Intron 1TTTTCTTCTCATAGGTTTTCTTCTTATAGGŽádný efekt [63]
Poruchy okaABCRIntron 30CAGGTACCTCAGTTACCTAutosomálně recesivní RP a CRD[64]
VSX1Intron 5TTTTTTTTTACAAGGTATTTTTTTACAAGGAberrantní sestřih[65]
Tabulka 2. Mutace v donorových a akceptorových spojovacích místech v různých genech způsobující dědičné poruchy

Geny způsobující poruchy imunitního systému

Více než 100 poruch imunitního systému postihuje člověka, včetně zánětlivých onemocnění střev, roztroušené sklerózy, systémového lupus erythematodes, Bloomova syndromu, familiárního syndromu studeného zánětu a dyskeratózy congenita. Algoritmus Shapiro – Senapathy byl použit k objevení genů a mutací podílejících se na mnoha onemocněních imunitních poruch, včetně Ataxia telangiectasia, defektů B-buněk, Epidermolysis bullosa a X-vázané agamaglobulinemie.

Xeroderma pigmentosum, autozomálně recesivní porucha, je způsobena vadnými proteiny vytvořenými v důsledku nového preferovaného donorového místa sestřihu identifikovaného pomocí algoritmu S&S a vedla k defektní opravě nukleotidové excize.[38]

Bartterův syndrom (BS) typu I je způsoben mutacemi v genu SLC12A1. Algoritmus S&S pomohl odhalit přítomnost dvou nových heterozygotních mutací c.724 + 4A> G v intronu 5 a c.2095delG v intronu 16, což vedlo k úplnému přeskočení exonu 5.[39]

Mutace v genu MYH, který je zodpovědný za odstranění oxidačně poškozené DNA léze, jsou u jedinců citlivé na rakovinu. IVS1 + 5C hraje příčinnou roli při aktivaci kryptického donorového místa sestřihu a alternativní sestřih v intronu 1, ukazuje algoritmus S&S, je guanin (G) v poloze IVS + 5 dobře konzervovaný (při frekvenci 84% ) mezi primáty. To také podpořilo skutečnost, že G / C SNP v konzervovaném spojovacím spojení genu MYH způsobuje alternativní sestřih intronu 1 transkriptu typu p.[40]

Skóre místa sestřihu byly vypočteny podle S&S pro zjištění EBV infekce u X-vázaného lymfoproliferativního onemocnění.[66] Identifikace familiární tumorové kalcinózy (FTC) je autozomálně recesivní porucha charakterizovaná ektopickými kalcifikacemi a zvýšenými hladinami fosfátů v séru a je to kvůli aberantnímu sestřihu.[67]

Aplikace S&S v nemocnicích pro klinickou praxi a výzkum

Uplatňování technologické platformy S&S v moderní klinické praxi genomika výzkum pokročila v diagnostice a léčbě lidských nemocí.

V moderní době technologie NGS (Next Generation Sequencing) se S&S v klinické praxi hojně uplatňuje. Kliničtí pracovníci a laboratoře molekulární diagnostiky používají S&S pomocí různých výpočetních nástrojů včetně HSF,[3] SSF,[4] a Alamut.[6] Pomáhá při objevování genů a mutací u pacientů, jejichž onemocnění je stratifikováno nebo pokud je nemoc u pacienta neznámá na základě klinických studií.

V této souvislosti se S&S aplikuje na kohorty pacientů různých etnických skupin s různými druhy rakoviny a dědičnými poruchami. Několik příkladů je uvedeno níže.

Rakoviny

Typ rakovinyNázev publikaceRokEtnický původPočet pacientů
1Rakovina prsuZemě zárodečných mutací BRCA1 a BRCA2 v Brazílii[68]2018Brazílie649 pacientů
2Dědičná nepolypózní kolorektální rakovinaPrevalence a charakteristiky syndromu dědičného nepolypózního kolorektálního karcinomu (HNPCC) u asijských pacientů s kolorektálním karcinomem[21]2017Asijský imigrant143 pacientů
3Syndrom bazocelulárního karcinomu NevoidSyndrom bazocelulárního karcinomu nevoidů způsobený sestřihovými mutacemi v genu PTCH1[18]2016japonský10 pacientů
4Rakovina prostatyIdentifikace dvou nových mutací germline HOXB13 u portugalských pacientů s rakovinou prostaty[69]2015portugalština462 pacientů, 132 kontrol
5Kolorektální adenomatózní polypózaIdentifikace nových příčinných genů pro kolorektální adenomatózní Polypóza2015Němec181 pacientů, 531 kontrol
6Rakovina ledvinových buněkGenetický screening genu FLCN identifikuje šest nových variant a dánskou mutaci zakladatele[70]2016dánština143 osob

Zděděné poruchy

Jméno nemociNázev publikaceRokEtinicitaPočet pacientů
1Familiární hypercholesterolemieGenetická studie genu lipoproteinového receptoru s nízkou hustotou a genu Apolipoprotein B-100 u malajských pacientů s familiární hypercholesterolemií[71]2016Malajský74 pacientů (50 Malajců a 24 Číňanů) a 77 kontrol
2Bardet-Biedlův syndromPrvní celonárodní průzkum a genetické analýzy Bardet-Biedlova syndromu v Japonsku[72]2015Japonsko38 pacientů (onemocnění identifikováno u 9 pacientů)
3Nemoci odontogenezeGenetické důkazy podporující úlohu vápníkového kanálu, CACNA1S, ve vzorcích zubů a kořenů[73]2018Thajské rodiny11 pacientů, 18 kontrol
4Nedostatek beta-ketothiolázyKlinické a mutační charakterizace deseti indických pacientů s nedostatkem beta-ketothiolázy[74]2016indický10 pacientů
5Nejasné vývojové zpoždění řečiProgresivní SCAR14 s nejasnou řečí, vývojovým zpožděním, třesem a poruchami chování způsobenými homozygotní delecí domény homologie SPTBN2 pleckstrin[75]2017Pákistánská rodina9 pacientů, 12 kontrol
6Nemoc zubůOnemocnění zubů u dětí: diagnostické a terapeutické úvahy[76]2015Polsko10 pacientů
7Atypický hemolytický uremický syndromGenetika Atypický hemolyticko-uremický syndrom[77]2015Kohorta v Newcastlu28 rodin, 7 sporadických pacientů
8Makulární degenerace související s věkem a Stargardtova chorobaGenetika věkem podmíněné makulární degenerace a Stargardtovy choroby v jihoafrických populacích[78]2015Africké populace32 pacientů


S&S - první algoritmus pro identifikaci spojovacích míst, exonů a split genů

Původním cílem Dr. Senapathy při vývoji metody identifikace spojovacích míst bylo najít kompletní geny v surové necharakterizované genomové sekvenci, které by mohly být použity v projektu lidského genomu.[79][2] V mezníkovém dokumentu s tímto cílem[79] popsal základní metodu pro identifikaci spojovacích míst v dané sekvenci na základě Position Weight Matrix (PWM)[1] poprvé sestřih sekvencí v různých skupinách eukaryontních organismů. Vytvořil také první metodu detekce exonu definováním základních charakteristik exonu jako sekvence ohraničené akceptorem a donorovými spojovacími místy, které měly skóre S&S nad prahovou hodnotou, a ORF, který byl pro exon povinný. Algoritmus pro nalezení úplných genů na základě identifikovaných exonů poprvé popsal také Dr. Senapathy.[79][2]

Dr. Senapathy prokázal, že pouze škodlivé mutace v místech sestřihu dárce nebo akceptoru, které by drasticky způsobily defekt proteinu, sníží skóre místa sestřihu (později známé jako skóre Shapiro – Senapathy) a další nepříznivé variace by skóre nesnížily . Metoda S&S byla upravena pro výzkum kryptických spojovacích míst způsobených mutacemi vedoucími k nemocem. Tato metoda pro detekci škodlivých sestřihových mutací v eukaryotických genech byla v posledních třech desetiletích, jak je popsáno výše, značně používána při výzkumu nemocí u lidí, zvířat a rostlin.

Základní metodu pro identifikaci místa sestřihu a pro definování exonů a genů vědci následně použili při hledání míst sestřihu, exonů a eukaryotických genů v různých organismech. Tyto metody také tvořily základ všech následných vývojových nástrojů pro objevování genů v necharakterizovaných genomových sekvencích. Rovněž byl použit v různých výpočetních přístupech včetně strojového učení a neuronových sítí a v alternativním výzkumu spojování.

Objevování mechanismů aberantního sestřihu u nemocí

Algoritmus Shapiro – Senapathy byl použit k určení různých aberantních mechanismů sestřihu v genech způsobených škodlivými mutacemi v místech sestřihu, které způsobují četná onemocnění. Škodlivé mutace místa sestřihu zhoršují normální sestřih genových transkriptů, a tím způsobují defekt kódovaného proteinu. Místo mutovaného sestřihu se může stát „slabým“ ve srovnání s původním místem, díky čemuž se mutované spojení sestřihu stane nerozpoznatelné pomocí spliceosomálního aparátu. To může vést k přeskočení exonu při sestřihové reakci, což má za následek ztrátu tohoto exonu ve sestřihové mRNA (přeskočení exonu). Na druhou stranu, částečný nebo úplný intron by mohl být zahrnut do mRNA kvůli mutaci místa sestřihu, díky které je nerozpoznatelný (inkluze intronu). Částečné přeskakování exonu nebo inkluze intronu může vést k předčasnému ukončení proteinu z mRNA, které se stane defektním, což povede k onemocněním. S&S tak připravila cestu k určení mechanismů, kterými by škodlivá mutace mohla vést k defektnímu proteinu, což by vedlo k různým onemocněním podle toho, který gen je ovlivněn.

Příklady sestřihových aberací

Typ nemociGenový symbolMísto mutacePůvodní dárce / příjemceMutovaný dárce / akceptorEfekt aberace
Rakovina tlustého střevaAPCIntron 2AAGGTAGATAAGGAAGATPřeskočení Exonu 3[80]
Kolorektální karcinomMSH2Exon 15GAGGTTTGTGAGGTTTCTPřeskočení Exonu 15[81]
RetinoblastomRB1Intron 23TCTTAACTTGACAGATCTTAACGTGACAGANový akceptor sestřihu, začlenění intronu[30]
Trofická benigní epidermolysis bullosaCOL17A1Intron 51AGCGTAAGTAGCATAAGTvést k přeskakování exonu, inkluzi intronu nebo použití místa kryptického sestřihu, což má za následek buď zkrácený protein, nebo protein postrádající malou oblast kódující sekvence[82]
ChoroideremieCHMIntron 3CAGGTAAAGCAGATAAAGKodon předčasného ukončení[83]
Cowdenův syndromPTENIntron 4GAGGTAGGTGAGATAGGTKodon předčasného ukončení v exonu 5[58]

Níže je uveden příklad sestřihové aberace (přeskakování exonu) způsobené mutací v místě sestřihu dárce v exonu 8 genu MLH1, která vedla ke kolorektální rakovině. Tento příklad ukazuje, že mutace v místě sestřihu v genu může vést k hlubokému účinku na sekvenci a strukturu mRNA a sekvenci, strukturu a funkci kódovaného proteinu, což vede k onemocnění.

PříkladColorectalCancer
Vynechání exonu způsobené mutací dárce v genu MLH1 vedoucí k kolorektální karcinom. Generování mRNA ze štěpeného genu zahrnuje transkripci genu do primárního RNA transkriptu a přesné odstranění intronů a spojení exonů z primárního RNA transkriptu. Škodlivá mutace uvnitř spojovacích signálů (místa sestřihu dárce nebo akceptoru) může ovlivnit rozpoznání správného spojení sestřihu a vést k aberaci ve spojení autentických exonů. V závislosti na tom, zda se mutace vyskytuje v donorovém nebo akceptorovém místě, a konkrétní bázi, která je mutována v sestřihové sekvenci, může aberace vést k přeskočení úplného nebo částečného exonu nebo k zahrnutí částečného intronu nebo kryptické exon v mRNA produkované procesem sestřihu. Každá z těchto situací obvykle povede k předčasnému stop kodonu v mRNA a bude mít za následek zcela defektní protein. Algoritmus S&S pomáhá při určování, které místo sestřihu a exon v genu jsou mutovány, a skóre S&S mutovaného místa sestřihu pomáhá při určování typu sestřihové aberace a výsledné struktury a sekvence mRNA. Ukázkový gen MLH1 ovlivněný u kolorektálního karcinomu je uveden na obrázku. Pomocí algoritmu S&S bylo zjištěno, že mutace v místě sestřihu dárce v exonu 8 vedla k přeskočení exonu 8. V mRNA tak chybí sekvence odpovídající exonu 8 (pozice sekvence jsou uvedeny na obrázku). To způsobí posun rámce v sekvenci kódující mRNA v poloze aminokyseliny 226, což vede k předčasnému zkrácení proteinu v poloze aminokyseliny 233. Tento mutovaný protein je zcela defektní, což vedlo k kolorektální karcinom u pacienta.

S&S ve výzkumu záhadných spojovacích míst a lékařských aplikacích

Správná identifikace spojovacích míst musí být vysoce přesná, protože konsensuální sestřihové sekvence jsou velmi krátké a v genových sekvencích existuje mnoho dalších sekvencí podobných autentickým sestřihovým místům, která jsou známá jako kryptická, nekanonická nebo pseudo sestřihová místa. Když je autentické nebo skutečné místo sestřihu mutováno, mohla by být jakákoli záhadná místa sestřihu přítomná v blízkosti původního místa skutečného sestřihu chybně použita jako autentické místo, což by vedlo k aberantní mRNA. Chybná mRNA může zahrnovat částečnou sekvenci ze sousedního intronu nebo ztratit částečný exon, což může vést k předčasnému stop kodonu. Výsledkem může být zkrácený protein, který by úplně ztratil svoji funkci.

Algoritmus Shapiro – Senapathy dokáže kromě autentických spojovacích míst identifikovat i kryptické spojovací weby. Kryptické weby mohou být často silnější než autentické weby s vyšším skóre S&S. Kvůli nedostatku doprovodného doplňkového donorového nebo akceptorového místa však toto kryptické místo nebude aktivní ani nebude použito při sestřihové reakci. Když je sousední skutečné místo mutováno, aby se stalo slabším než kryptické místo, může být místo skutečného místa použito kryptické místo, což má za následek kryptický exon a aberantní přepis.

Četné nemoci byly způsobeny mutacemi kryptických spojovacích míst nebo použitím kryptických spojovacích míst kvůli mutacím v autentických spojovacích místech.[84][85][86][87][88]

S&S ve výzkumu genomiky zvířat a rostlin

S&S se také používá při výzkumu sestřihu RNA u mnoha zvířat[89][90][91][92][93] a rostliny.[94][95][96][97][98]

Sestřih mRNA hraje zásadní roli ve funkční regulaci genu. Velmi nedávno se ukázalo, že konverze A na G v místech sestřihu mohou vést k nesprávnému sestřihu mRNA u Arabidopsis.[94] Predikce sestřihu a spojení exon – intron se shodovala s pravidlem GT / AG (S&S) v molekulární charakterizaci a vývoji masožravé rosičky (Drosera rotundifolia L.) třídy V b-1,3-glukanázy.[95] U fytohormonálních způsobů léčby byly zkoumány nestřihané (LSDH) a sestřižené (SSDH) transkripty NAD + závislé sorbitoldehydrogeázy (NADSDH) na jahody (Fragaria ananassa Duch., Cv. Nyoho).[96]

Ambra1 je pozitivní regulátor autofagie, což je lysozomem zprostředkovaný degradační proces, který se účastní fyziologických i patologických stavů. V dnešní době byla tato funkce Ambra1 charakterizována pouze u savců a zebrafish.[90] Snížení o rbm24a nebo rbm24b genové produkty od morfolino knockdown vedlo k významnému narušení tvorby somitů u myší a zebrafish.[91] Algoritmus Dr. Senapathy používaný ve velké míře ke studiu organizace intron-exon fut8 geny. Hranice intron-exon Sv9 fut8 byly v souladu s konsensuální sekvencí pro sestřihovací donorová a akceptorová místa uzavřená pomocí S&S.[92]

Teorie split genu, introny a spojovací spoje

Motivace pro Dr. Senapathyho k vývoji metody pro detekci spojovacích spojů vycházela z jeho teorie split-genů.[99] Pokud by primordiální sekvence DNA měly náhodnou nukleotidovou organizaci, náhodné rozdělení stop kodonů by umožnilo pouze velmi krátké otevřené rámce pro čtení (ORF), protože tři stop kodony ze 64 kodonů by vedly k průměrnému ORF ~ 60 bází. Když to Senapathy testoval v náhodných sekvencích DNA, ukázalo se, že to není jen pravda, ale bylo zjištěno, že nejdelší ORF i ve velmi dlouhých sekvencích DNA jsou ~ 600 bází, nad nimiž neexistovaly žádné ORF. Pokud je tomu tak, dlouhá kódující sekvence dokonce 1200 bází (průměrná délka kódující sekvence genů ze živých organismů) a delší kódující sekvence 6000 bází (z nichž mnohé se vyskytují v živých organismech) se v prvotní náhodné sekvenci nevyskytnou. Geny se tedy musely vyskytovat po částech ve rozdělené formě, s krátkými kódujícími sekvencemi (ORF), které se staly exony, přerušenými velmi dlouhými náhodnými sekvencemi, které se staly introny. Když byla eukaryotická DNA testována na distribuci délky ORF, přesně odpovídala DNA z náhodné DNA, s velmi krátkými ORF, které odpovídaly délkám exonů, a velmi dlouhými introny, jak bylo předpovězeno, podporující teorie rozděleného genu.[99]

Pokud by byla tato teorie rozděleného genu pravdivá, pak by se konce těchto ORF, které měly přirozeně stop kodon, staly konci exonů, které by se vyskytly v intronech, a které by definovaly spojovací spoje. Když byla tato hypotéza testována, bylo zjištěno, že téměř všechny spojovací spoje v eukaryotických genech obsahují stop kodony přesně na koncích intronů, které hraničí s exony.[100] Ve skutečnosti bylo zjištěno, že tyto stop kodony tvoří „kanonickou“ sestřihovou sekvenci AG: GT, přičemž tři stop kodony se vyskytují jako součást silných konsensuálních signálů. Laureát Nobelovy ceny Dr. Marshall Nirenberg, který dešifroval kodony, uvedl, že tato zjištění silně ukázaly, že teorie split genů pro původ intronů a split strukturu genů musí být platná, a dokument předal PNAS.[99] New Scientist pokryl tuto publikaci v části „Dlouhé vysvětlení pro introny“.[101]

Tato základní teorie split genu vedla k hypotéze, že spojovací spoje pocházejí ze stop kodonů.[100] Kromě kodonu CAG byl na koncích intronů nalezen pouze TAG, což je stop kodon. Překvapivě byly všechny tři stop kodony (TGA, TAA a TAG) nalezeny po jedné bázi (G) na začátku intronů. Tyto stop kodony jsou zobrazeny v konsensuálním kanonickém spojení sestřihu dárce jako AG: GT (A / G) GGT, kde TAA a TGA jsou stop kodony a v této poloze je také přítomen další TAG. Spojení kanonického akceptorového sestřihu je zobrazeno jako (C / T) AG: GT, ve kterém TAG je stop kodon. Tyto konsensuální sekvence jasně ukazují přítomnost stop kodonů na koncích intronů hraničících s exony ve všech eukaryotických genech.Dr. Marshall Nirenberg opět uvedl, že tato pozorování plně podporovala teorii split genu pro původ spojovacích sekvencí spojení od stop kodonů, který byl rozhodčím pro tento článek.[100] Nový vědec popsal tuto publikaci v části „Exony, introny a evoluce“.[102]

Dr. Senapathy chtěl detekovat spojovací spoje v náhodném DNA na základě konsensuálních signálních sekvencí sestřihu, protože zjistil, že existuje mnoho sekvencí připomínajících sestřihová místa, která nejsou skutečnými spojovacími místy v genech.[100][79][2] Tato metoda Position Weight Matrix se ukázala jako vysoce přesný algoritmus pro detekci skutečných spojovacích míst a kryptických míst v genech. Také formuloval první metodu detekce exonů na základě požadavku na spojovací spoje na koncích exonů a požadavku na otevřený čtecí rámec, který by obsahoval exon.[79][2] Tato metoda detekce exonů se také stala vysoce přesnou a detekovala většinu exonů pomocí několika falešných pozitiv a falešných negativů. Rozšířil tento přístup k definici úplného rozštěpeného genu v eukaryotické genomové sekvenci.[79][2] Algoritmus založený na PWM se tedy ukázal jako velmi citlivý nejen k detekci skutečných spojovacích míst a kryptických míst, ale také k detekci mutovaných spojovacích míst, která jsou škodlivá na rozdíl od nepoškozujících mutací sestřihu.

Stop kodony uvnitř spojovacích spojů se ukázaly jako nejsilnější báze spojovacích spojů eukaryotických genů, když byly testovány pomocí PWM konsensuálních sekvencí.[79][2] Ve skutečnosti se ukázalo, že mutace v těchto bázích byly příčinou onemocnění ve srovnání s jinými bázemi, protože tyto tři ze čtyř bází (báze 1, 3 a 4) kanonického AG: GT byly součástí stop kodonů. Senapathy ukázala, že když byly tyto kanonické báze mutovány, skóre místa sestřihu zesláblo, což způsobilo spojovací aberace v procesu sestřihu a translaci mRNA (jak je popsáno výše v části o nemocech). Ačkoli hodnota metody detekce místa sestřihu při objevování genů se sestřihovými mutacemi, které způsobovaly onemocnění, byla v průběhu let realizována, její význam v klinické medicíně se v posledních pěti letech stále více uvědomuje v éře sekvenování nové generace, s jejím začleněním do několika nástroje založené na algoritmu S&S.[103]

Dr. Senapathy je v současné době prezidentem a CSO společnosti Genome International Corporation (GIC), společnosti zabývající se výzkumem a vývojem genomiky se sídlem v Madisonu ve státě Wisconsin. Jeho tým vyvinul několik databází a nástrojů pro analýzu spojovacích spojů, včetně EuSplice,[104] AspAlt,[105] ExDom[106] a RoBust.[107] AspAlt ocenila společnost Biotechniques, která uvedla, že vyřešila obtížný problém pro vědce ve srovnávací analýze a vizualizaci alternativního sestřihu napříč různými genomy.[108] Společnost GIC naposledy vyvinula platformu Genome Explorer pro klinickou analýzu genomiky®.

Vybrané publikace

Reference

  1. ^ A b C Shapiro, Marvin B .; Senapathy, Periannan (1987). „Spojení RNA různých tříd eukaryot: statistika sekvencí a funkční implikace v genové expresi“. Výzkum nukleových kyselin. 15 (17): 7155–7174. doi:10.1093 / nar / 15.17.7155. ISSN  0305-1048. PMC  306199. PMID  3658675.
  2. ^ A b C d E F G h Senapathy, Periannan; Shapiro, Marvin B .; Harris, Nomi L. (1990), „[16] Spojovací spoje, místa odboček a exony: Statistika sekvence, identifikace a aplikace pro projekt genomu“, Metody v enzymologii, Elsevier, 183: 252–278, doi:10.1016/0076-6879(90)83018-5, ISBN  9780121820848, PMID  2314278
  3. ^ A b Desmet, François-Olivier; Hamroun, Dalil; Lalande, Marine; Collod-Béroud, Gwenaëlle; Claustres, Mireille; Béroud, Christophe (01.04.2009). „Human Splicing Finder: online bioinformatický nástroj pro předpovídání spojovacích signálů“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (9): e67. doi:10.1093 / nar / gkp215. ISSN  1362-4962. PMC  2685110. PMID  19339519.
  4. ^ A b „Nástroj pro analýzu spojovaných webů“. ibis.tau.ac.il. Citováno 2018-11-26.
  5. ^ Buratti, E .; Chivers, M .; Hwang, G .; Vorechovsky, I. (06.10.2010). „DBASS3 a DBASS5: databáze aberantních 3'- a 5'-splice webů“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Databáze): D86 – D91. doi:10.1093 / nar / gkq887. ISSN  0305-1048. PMC  3013770. PMID  20929868.
  6. ^ A b Houdayer, Claude (2011), „In Silico Predikce variant spojujících nukleotidy“, In Silico Tools for Gene DiscoveryMetody v molekulární biologii, 760, Humana Press, s. 269–281, doi:10.1007/978-1-61779-176-5_17, ISBN  9781617791758, PMID  21780003
  7. ^ Schwartz, S .; Hall, E .; Ast, G. (08.05.2009). „SROOGLE: webový server pro integrační a uživatelsky přívětivou vizualizaci spojovacích signálů“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Webový server): W189 – W192. doi:10.1093 / nar / gkp320. ISSN  0305-1048. PMC  2703896. PMID  19429896.
  8. ^ López-Bigas, Núria; Audit, Benjamin; Ouzounis, Christos; Parra, Genís; Guigó, Roderic (02.03.2005). „Jsou sestřihové mutace nejčastější příčinou dědičného onemocnění?“. FEBS Dopisy. 579 (9): 1900–1903. doi:10.1016 / j.febslet.2005.02.047. ISSN  0014-5793. PMID  15792793.
  9. ^ A b Ars, E. (2000-01-22). „Mutace ovlivňující sestřih mRNA jsou nejčastějšími molekulárními defekty u pacientů s neurofibromatózou typu 1“. Lidská molekulární genetika. 9 (2): 237–247. doi:10,1093 / hmg / 9,2 237. ISSN  1460-2083. PMID  10607834.
  10. ^ Teraoka, Sharon N .; Telatar, Milhan; Becker-Catania, Sara; Liang, Teresa; Önengüt, Suna; Tolun, Asli; Chessa, Luciana; Sanal, Özden; Bernatowska, Eva (červen 1999). „Splicing Defects in the Ataxia-Telangiectasia Gene, ATM: Underlying Mutations and Consequences“. American Journal of Human Genetics. 64 (6): 1617–1631. doi:10.1086/302418. ISSN  0002-9297. PMC  1377904. PMID  10330348.
  11. ^ A b Ars, E .; Kruyer, H .; Morell, M .; Pros, E .; Serra, E .; Ravella, A .; Estivill, X .; Lázaro, C. (06.06.2003). „Recidivující mutace v genu NF1 jsou běžné u pacientů s neurofibromatózou typu 1“. Journal of Medical Genetics. 40 (6): e82. doi:10,1136 / jmg.40.6.e82. ISSN  0022-2593. PMC  1735494. PMID  12807981.
  12. ^ Crehalet, Hervé; Millat, Gilles; Albuisson, Juliette; Bonnet, Véronique; Rouvet, Isabelle; Rousson, Robert; Bozon, Dominique (06.06.2012). "Kombinované použití in silico a in vitro sestřihových testů pro interpretaci genomových variant neznámého významu u kardiomyopatií a chanalopatií". Kardiogenetika. 2 (1): e6. doi:10.4081 / cardiogenetics.2012.e6. ISSN  2035-8148.
  13. ^ Wappenschmidt, Barbara; Becker, Alexandra A .; Hauke, Jan; Weber, Ute; Engert, Stefanie; Köhler, Juliane; Kast, Karin; Arnold, Norbert; Rhiem, Kerstin (11. 12. 2012). „Analýza 30 domnělých mutací BRCA1 pro sestřih v dědičných rodinách prsu a rakoviny vaječníků identifikuje mutace místa exonové sestřihu, které unikají předpovědí Silico“. PLOS ONE. 7 (12): e50800. Bibcode:2012PLoSO ... 750800W. doi:10,1371 / journal.pone.0050800. ISSN  1932-6203. PMC  3519833. PMID  23239986.
  14. ^ Barta, Andrea; Schumperli, Daniel (listopad 2010). „Redakční článek o alternativním sestřihu a nemoci“. RNA Biology. 7 (4): 388–389. doi:10,4161 / rna.7.4.12818. ISSN  1547-6286. PMID  21140604.
  15. ^ Damiola, Francesca; Schultz, Inès; Barjhoux, Laure; Sornin, Valérie; Dondon, Marie-Gabrielle; Eon-Marchais, Séverine; Marcou, Morgane; Caron, Olivier; Gauthier-Villars, Marion (12. 11. 2015). "Mutační analýza genu PALB2 ve francouzských rodinách s rakovinou prsu". Výzkum a léčba rakoviny prsu. 154 (3): 463–471. doi:10.1007 / s10549-015-3625-7. ISSN  0167-6806. PMID  26564480. S2CID  12852074.
  16. ^ Lara, Karlena; Consigliere, Nigmet; Pérez, Jorge; Porco, Antonietta (leden 2012). „Mutace BRCA1 a BRCA2 u pacientek s rakovinou prsu z Venezuely“. Biologický výzkum. 45 (2): 117–130. doi:10.4067 / S0716-97602012000200003. ISSN  0716-9760. PMID  23096355.
  17. ^ Mucaki, Eliseos J .; Caminsky, Natasha G .; Perri, Ami M .; Lu, Ruipeng; Laederach, Alain; Halvorsen, Matthew; Knoll, Joan H. M .; Rogan, Peter K. (2016-04-11). „Jednotný analytický rámec pro stanovení priorit nekódujících variant nejistého významu u dědičného karcinomu prsu a vaječníků“. BMC Medical Genomics. 9 (1): 19. doi:10.1186 / s12920-016-0178-5. ISSN  1755-8794. PMC  4828881. PMID  27067391.
  18. ^ A b C d Kato, Chise; Fujii, Kentaro; Arai, Yuto; Hatšuse, Hiromi; Nagao, Kazuaki; Takayama, Yoshinaga; Kameyama, Kouzou; Fujii, Katsunori; Miyashita, Toshiyuki (2016-08-25). „Nevoidní syndrom bazocelulárního karcinomu způsobený sestřihovými mutacemi v genu PTCH1“. Rodinná rakovina. 16 (1): 131–138. doi:10.1007 / s10689-016-9924-2. ISSN  1389-9600. PMID  27561271. S2CID  39665862.
  19. ^ A b KREIMANN, ERICA LORENA; RATAJSKA, MAGDALENA; KUZNIACKA, ALINA; DEMACOPULO, BRENDA; STUKAN, MACIEJ; LIMON, JANUSZ (12.10.2015). „Nová sestřihová mutace v genu SLC9A3R1 v nádorech pacientek s rakovinou vaječníků“. Onkologické dopisy. 10 (6): 3722–3726. doi:10.3892 / ol.2015.3796. ISSN  1792-1074. PMC  4665402. PMID  26788197.
  20. ^ A b Welander, Jenny; Larsson, Catharina; Bäckdahl, Martin; Hareni, Niyaz; Sivlér, Tobias; Brauckhoff, Michael; Söderkvist, Peter; Gimm, Oliver (2012-09-24). „Integrativní genomika odhaluje časté somatické mutace NF1 u sporadických feochromocytomů“. Lidská molekulární genetika. 21 (26): 5406–5416. doi:10,1093 / hmg / dds402. ISSN  1460-2083. PMID  23010473.
  21. ^ A b C d E Lee, Jasmine; Xiao, Yin-Yi; Sun, Yan Yu; Balderacchi, Jasminka; Clark, Bradley; Desani, Jatin; Kumar, Vivek; Saverimuthu, Angela; Win, Khin Than (prosinec 2017). "Prevalence and characteristics of hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC) syndrome in immigrant Asian colorectal cancer patients". Rakovina BMC. 17 (1): 843. doi:10.1186/s12885-017-3799-y. ISSN  1471-2407. PMC  5729240. PMID  29237405.
  22. ^ A b Dudley, Beth; Brand, Randall E.; Thull, Darcy; Bahary, Nathan; Nikiforova, Marina N.; Pai, Reetesh K. (August 2015). "Germline MLH1 Mutations Are Frequently Identified in Lynch Syndrome Patients With Colorectal and Endometrial Carcinoma Demonstrating Isolated Loss of PMS2 Immunohistochemical Expression". American Journal of Surgical Pathology. 39 (8): 1114–1120. doi:10.1097/pas.0000000000000425. ISSN  0147-5185. PMID  25871621. S2CID  26069072.
  23. ^ Mensenkamp, Arjen R.; Vogelaar, Ingrid P.; van Zelst–Stams, Wendy A.G.; Goossens, Monique; Ouchene, Hicham; Hendriks–Cornelissen, Sandra J.B.; Kwint, Michael P.; Hoogerbrugge, Nicoline; Nagtegaal, Iris D. (March 2014). "Somatic Mutations in MLH1 and MSH2 Are a Frequent Cause of Mismatch-Repair Deficiency in Lynch Syndrome-Like Tumors". Gastroenterologie. 146 (3): 643–646.e8. doi:10.1053/j.gastro.2013.12.002. ISSN  0016-5085. PMID  24333619.
  24. ^ Eggington, J.M.; Bowles, K.R.; Moyes, K.; Manley, S.; Esterling, L.; Sizemore, S.; Rosenthal, E.; Theisen, A.; Saam, J. (2013-12-20). "A comprehensive laboratory-based program for classification of variants of uncertain significance in hereditary cancer genes". Klinická genetika. 86 (3): 229–237. doi:10.1111/cge.12315. ISSN  0009-9163. PMID  24304220.
  25. ^ Toki, Tsutomu; Kanezaki, Rika; Kobayashi, Eri; Kaneko, Hiroshi; Suzuki, Mikiko; Wang, RuNan; Terui, Kiminori; Kanegane, Hirokazu; Maeda, Miho (2013-04-18). "Naturally occurring oncogenic GATA1 mutants with internal deletions in transient abnormal myelopoiesis in Down syndrome". Krev. 121 (16): 3181–3184. doi:10.1182/blood-2012-01-405746. ISSN  0006-4971. PMID  23440243.
  26. ^ Hildebrand, Michael S.; Tankard, Rick; Gazina, Elena V.; Damiano, John A.; Lawrence, Kate M.; Dahl, Hans-Henrik M.; Regan, Brigid M.; Shearer, Aiden Eliot; Smith, Richard J. H. (2015-07-03). "PRIMA1mutation: a new cause of nocturnal frontal lobe epilepsy". Annals of Clinical and Translational Neurology. 2 (8): 821–830. doi:10.1002/acn3.224. ISSN  2328-9503. PMC  4554443. PMID  26339676.
  27. ^ van Kuilenburg, André B. P.; Meijer, Judith; Mul, Adri N. P. M.; Meinsma, Rutger; Schmid, Veronika; Dobritzsch, Doreen; Hennekam, Raoul C. M.; Mannens, Marcel M. A. M.; Kiechle, Marion (2010-08-29). "Intragenic deletions and a deep intronic mutation affecting pre-mRNA splicing in the dihydropyrimidine dehydrogenase gene as novel mechanisms causing 5-fluorouracil toxicity". Genetika člověka. 128 (5): 529–538. doi:10.1007/s00439-010-0879-3. ISSN  0340-6717. PMC  2955237. PMID  20803296.
  28. ^ Wittler, Lars; Hilger, Alina; Proske, Judith; Pennimpede, Tracie; Draaken, Markus; Ebert, Anne-Karoline; Rösch, Wolfgang; Stein, Raimund; Nöthen, Markus M. (September 2012). "Murine expression and mutation analyses of the prostate androgen-regulated mucin-like protein 1 (Parm1) gene, a candidate for human epispadias". Gen. 506 (2): 392–395. doi:10.1016/j.gene.2012.06.082. hdl:11858/00-001M-0000-000E-EAEC-E. ISSN  0378-1119. PMID  22766399.
  29. ^ Nishida, Atsushi; Minegishi, Maki; Takeuchi, Atsuko; Niba, Emma Tabe Eko; Awano, Hiroyuki; Lee, Tomoko; Iijima, Kazumoto; Takeshima, Yasuhiro; Matsuo, Masafumi (2015-04-02). "Tissue- and case-specific retention of intron 40 in mature dystrophin mRNA". Journal of Human Genetics. 60 (6): 327–333. doi:10.1038/jhg.2015.24. ISSN  1434-5161. PMID  25833469. S2CID  39542446.
  30. ^ A b Zhang, Katherine; Nowak, Inga; Rushlow, Diane; Gallie, Brenda L.; Lohmann, Dietmar R. (2008-01-07). "Patterns of missplicing caused byRB1gene mutations in patients with retinoblastoma and association with phenotypic expression". Lidská mutace. 29 (4): 475–484. doi:10.1002/humu.20664. ISSN  1059-7794. PMID  18181215.
  31. ^ Hung, Chia-Cheng; Lin, Shin-Yu; Lee, Chien-Nan; Chen, Chih-Ping; Lin, Shuan-Pei; Chao, Mei-Chyn; Chiou, Shyh-Shin; Su, Yi-Ning (2011-05-26). "Low penetrance of retinoblastoma for p.V654L mutation of the RB1 gene". Lékařská genetika BMC. 12 (1): 76. doi:10.1186/1471-2350-12-76. ISSN  1471-2350. PMC  3119181. PMID  21615945.
  32. ^ A b C Fujiwara, Takayuki; Takeda, Norifumi; Hara, Hironori; Morita, Hiroyuki; Kishihara, Jun; Inuzuka, Ryo; Yagi, Hiroki; Maemura, Sonoko; Toko, Haruhiro (2018-04-30). "Distinct variants affecting differential splicing of TGFBR1 exon 5 cause either Loeys–Dietz syndrome or multiple self-healing squamous epithelioma". European Journal of Human Genetics. 26 (8): 1151–1158. doi:10.1038/s41431-018-0127-1. ISSN  1018-4813. PMC  6057981. PMID  29706644.
  33. ^ Morrison, Arianne; Chekaluk, Yvonne; Bacares, Ruben; Ladanyi, Marc; Zhang, Liying (2015-04-01). "BAP1 Missense Mutation c.2054 A>T (p.E685V) Completely Disrupts Normal Splicing through Creation of a Novel 5' Splice Site in a Human Mesothelioma Cell Line". PLOS ONE. 10 (4): e0119224. Bibcode:2015PLoSO..1019224M. doi:10.1371/journal.pone.0119224. ISSN  1932-6203. PMC  4382119. PMID  25830670.
  34. ^ Richter, Toni M; Tong, Benton D; Scholnick, Steven B (2005). "Epigenetic inactivation and aberrant transcription of CSMD1 in squamous cell carcinoma cell lines". Cancer Cell International. 5 (1): 29. doi:10.1186/1475-2867-5-29. ISSN  1475-2867. PMC  1239921. PMID  16153303.
  35. ^ A b van der Post, Rachel S.; Vogelaar, Ingrid P.; Manders, Peggy; van der Kolk, Lizet E.; Cats, Annemieke; van Hest, Liselotte P.; Sijmons, Rolf; Aalfs, Cora M.; Ausems, Margreet G.E.M. (Říjen 2015). "Accuracy of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Testing Criteria and Outcomes in Patients With a Germline Mutation in CDH1". Gastroenterologie. 149 (4): 897–906.e19. doi:10.1053/j.gastro.2015.06.003. ISSN  0016-5085. PMID  26072394.
  36. ^ ZHU, MING; CHEN, HUI-MEI; WANG, YA-PING (2013-03-11). "Missense mutations of MLH1 and MSH2 genes detected in patients with gastrointestinal cancer are associated with exonic splicing enhancers and silencers". Onkologické dopisy. 5 (5): 1710–1718. doi:10.3892/ol.2013.1243. ISSN  1792-1074. PMC  3678577. PMID  23760103.
  37. ^ Castiglia, Daniele; Pagani, Elena; Alvino, Ester; Vernole, Patrizia; Marra, Giancarlo; Cannavò, Elda; Jiricny, Josef; Zambruno, Giovanna; D'Atri, Stefania (June 2003). "Biallelic somatic inactivation of the mismatch repair gene MLH1 in a primary skin melanoma". Geny, chromozomy a rakovina. 37 (2): 165–175. doi:10.1002/gcc.10193. ISSN  1045-2257. PMID  12696065.
  38. ^ A b Sidwell, R.U.; Sandison, A.; Wing, J .; Fawcett, H.D.; Seet, J-E.; Fisher, C .; Nardo, T.; Stefanini, M.; Lehmann, A.R. (Červenec 2006). "A novel mutation in the XPA gene associated with unusually mild clinical features in a patient who developed a spindle cell melanoma". British Journal of Dermatology. 155 (1): 81–88. doi:10.1111/j.1365-2133.2006.07272.x. ISSN  0007-0963. PMID  16792756.
  39. ^ A b Nozu, Kandai; Iijima, Kazumoto; Kawai, Kazuo; Nozu, Yoshimi; Nishida, Atsushi; Takeshima, Yasuhiro; Fu, Xue Jun; Hashimura, Yuya; Kaito, Hiroshi (10 July 2009). "In vivo and in vitro splicing assay of SLC12A1 in an antenatal salt-losing tubulopathy patient with an intronic mutation". Genetika člověka. 126 (4): 533–538. doi:10.1007/s00439-009-0697-7. ISSN  0340-6717. PMID  19513753. S2CID  20181541.
  40. ^ A b Yamaguchi, Satoru; Shinmura, Kazuya; Saitoh, Takayuki; Takenoshita, Seiichi; Kuwano, Hiroyuki; Yokota, Jun (May 2002). "A single nucleotide polymorphism at the splice donor site of the human MYH base excision repair genes results in reduced translation efficiency of its transcripts". Genes to Cells: Devoted to Molecular & Cellular Mechanisms. 7 (5): 461–474. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00532.x. ISSN  1356-9597. PMID  12056405.
  41. ^ Lee, Jasmine; Xiao, Yin-Yi; Sun, Yan Yu; Balderacchi, Jasminka; Clark, Bradley; Desani, Jatin; Kumar, Vivek; Saverimuthu, Angela; Win, Khin Than (December 2017). "Prevalence and characteristics of hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC) syndrome in immigrant Asian colorectal cancer patients". Rakovina BMC. 17 (1): 843. doi:10.1186/s12885-017-3799-y. ISSN  1471-2407. PMC  5729240. PMID  29237405.
  42. ^ Moles-Fernández, Alejandro; Duran-Lozano, Laura; Montalban, Gemma; Bonache, Sandra; López-Perolio, Irene; Menéndez, Mireia; Santamariña, Marta; Behar, Raquel; Blanco, Ana (2018). "Computational Tools for Splicing Defect Prediction in Breast/Ovarian Cancer Genes: How Efficient Are They at Predicting RNA Alterations?". Frontiers in Genetics. 9: 366. doi:10.3389/fgene.2018.00366. ISSN  1664-8021. PMC  6134256. PMID  30233647.
  43. ^ Zhang, Sidi; Samocha, Kaitlin E .; Rivas, Manuel A.; Karczewski, Konrad J.; Daly, Emma; Schmandt, Ben; Neale, Benjamin M .; MacArthur, Daniel G .; Daly, Mark J. (2018-07-01). "Base-specific mutational intolerance near splice sites clarifies the role of nonessential splice nucleotides". Výzkum genomu. 28 (7): 968–974. doi:10.1101/gr.231902.117. ISSN  1088-9051. PMC  6028136. PMID  29858273.
  44. ^ Bayés, M.; Hartung, A. J.; Ezer, S.; Pispa, J.; Thesleff, I.; Srivastava, A. K.; Kere, J. (October 1998). "The anhidrotic ectodermal dysplasia gene (EDA) undergoes alternative splicing and encodes ectodysplasin-A with deletion mutations in collagenous repeats". Lidská molekulární genetika. 7 (11): 1661–1669. doi:10.1093/hmg/7.11.1661. ISSN  0964-6906. PMID  9736768.
  45. ^ Kiyozumi, Yoshimi; Matsubayashi, Hiroyuki; Horiuchi, Yasue; Oishi, Takuma; Abe, Masato; Ohnami, Sumiko; Naruoka, Akane; Kusuhara, Masatoshi; Yamaguchi, Ken (2018-04-23). "A novel MLH1 intronic variant in a young Japanese patient with Lynch syndrome". Human Genome Variation. 5 (1): 3. doi:10.1038/s41439-018-0002-1. ISSN  2054-345X. PMC  5938003. PMID  29760937.
  46. ^ Humar, Bostjan; Toro, Tumi; Graziano, Francesco; Müller, Hansjakob; Dobbie, Zuzana; Kwang-Yang, Han; Eng, Charis; Hampel, Heather; Gilbert, Dale (May 2002). "Novel germline CDH1 mutations in hereditary diffuse gastric cancer families". Lidská mutace. 19 (5): 518–525. doi:10.1002/humu.10067. ISSN  1098-1004. PMID  11968084.
  47. ^ Becker, A. J.; Löbach, M.; Klein, H .; Normann, S.; Nöthen, M. M.; von Deimling, A.; Mizuguchi, M.; Elger, C. E.; Schramm, J. (March 2001). "Mutational analysis of TSC1 and TSC2 genes in gangliogliomas". Neuropatologie a aplikovaná neurobiologie. 27 (2): 105–114. doi:10.1046/j.0305-1846.2001.00302.x. ISSN  0305-1846. PMID  11437991.
  48. ^ Schick, Volker; Majores, Michael; Engels, Gudrun; Spitoni, Sylvia; Koch, Arend; Elger, Christian E .; Simon, Matthias; Knobbe, Christiane; Blümcke, Ingmar (2006-09-30). "Activation of Akt independent of PTEN and CTMP tumor-suppressor gene mutations in epilepsy-associated Taylor-type focal cortical dysplasias". Acta Neuropathologica. 112 (6): 715–725. doi:10.1007/s00401-006-0128-y. ISSN  0001-6322. PMID  17013611. S2CID  35008161.
  49. ^ Ashton-Prolla, Patricia; Weitzel, Jeffrey N.; Herzog, Josef; Nogueira, Sonia Tereza dos Santos; Miguel, Diego; Bernardi, Pricila; Schwartz, Ida V. D.; Cintra, Terezinha Sarquis; Guindalini, Rodrigo S. C. (2018-06-15). "The germline mutational landscape of BRCA1 and BRCA 2 in Brazil". Vědecké zprávy. 8 (1): 9188. Bibcode:2018NatSR...8.9188P. doi:10.1038/s41598-018-27315-2. ISSN  2045-2322. PMC  6003960. PMID  29907814.
  50. ^ Muller, Danièle; Mazoyer, Sylvie; Stoppa-Lyonnet, Dominique; Sinilnikova, Olga M.; Andrieu, Nadine; Fricker, Jean-Pierre; Bignon, Yves-Jean; Longy, Michel; Lasset, Christine (2015-12-01). "Mutation analysis of PALB2 gene in French breast cancer families". Výzkum a léčba rakoviny prsu. 154 (3): 463–471. doi:10.1007/s10549-015-3625-7. ISSN  1573-7217. PMID  26564480. S2CID  12852074.
  51. ^ Masunaga, Takuji; Ogawa, Junki; Akiyama, Masashi; Nishikawa, Takeji; Shimizu, Hiroshi; Ishiko, Akira (2017). "Compound heterozygosity for novel splice site mutations of ITGA6 in lethal junctional epidermolysis bullosa with pyloric atresia". The Journal of Dermatology. 44 (2): 160–166. doi:10.1111/1346-8138.13575. ISSN  1346-8138. PMID  27607025. S2CID  3934121.
  52. ^ Hansen, Thomas vO; Nielsen, Finn C .; Gerdes, Anne-Marie; Ousager, Lilian B.; Jensen, Uffe B.; Skytte, Anne-Bine; Albrechtsen, Anders; Rossing, Maria (February 2017). "Genetic screening of the FLCN gene identify six novel variants and a Danish founder mutation". Journal of Human Genetics. 62 (2): 151–157. doi:10.1038/jhg.2016.118. ISSN  1435-232X. PMID  27734835. S2CID  24558301.
  53. ^ Zhang, Liying; Ladanyi, Marc; Bacares, Ruben; Chekaluk, Yvonne; Morrison, Arianne (2015-04-01). "BAP1 Missense Mutation c.2054 A>T (p.E685V) Completely Disrupts Normal Splicing through Creation of a Novel 5' Splice Site in a Human Mesothelioma Cell Line". PLOS ONE. 10 (4): e0119224. Bibcode:2015PLoSO..1019224M. doi:10.1371/journal.pone.0119224. ISSN  1932-6203. PMC  4382119. PMID  25830670.
  54. ^ Onengut-Gumuscu, Suna; Buckner, Jane H.; Concannon, Patrick (2006-10-01). "A Haplotype-Based Analysis of the PTPN22 Locus in Type 1 Diabetes". Cukrovka. 55 (10): 2883–2889. doi:10.2337/db06-0225. ISSN  0012-1797. PMID  17003357.
  55. ^ Kralovicova, J.; Christensen, M. B.; Vorechovsky, I. (2005-09-01). "Biased exon/intron distribution of cryptic and de novo 3' splice sites". Výzkum nukleových kyselin. 33 (15): 4882–4898. doi:10.1093/nar/gki811. ISSN  0305-1048. PMC  1197134. PMID  16141195.
  56. ^ Jensen, Hk; Jensen, Lg; Holst, Hu; Andreasen, Ph; Hansen, Ps; Larsen, Ml; Kolvraa, S; Bolund, L; Gregersen, N (November 1999). "Normolipidemia and hypercholesterolemia in persons heterozygous for the same 1592+5GA splice site mutation in the low-density lipoprotein receptor gene". Klinická genetika. 56 (5): 379–389. doi:10.1034/j.1399-0004.1999.560506.x. ISSN  0009-9163. PMID  10668928.
  57. ^ Al-Khateeb, Alyaa; Zahri, Mohd K; Mohamed, Mohd S; Sasongko, Teguh H; Ibrahim, Suhairi; Yusof, Zurkurnai; Zilfalil, Bin A (2011-03-19). "Analysis of sequence variations in low-density lipoprotein receptor gene among Malaysian patients with familial hypercholesterolemia". Lékařská genetika BMC. 12 (1): 40. doi:10.1186/1471-2350-12-40. ISSN  1471-2350. PMC  3071311. PMID  21418584.
  58. ^ A b Roca, X. (2003-11-01). "Intrinsic differences between authentic and cryptic 5' splice sites". Výzkum nukleových kyselin. 31 (21): 6321–6333. doi:10.1093/nar/gkg830. ISSN  1362-4962. PMC  275472. PMID  14576320.
  59. ^ Nijbroek, G.; Sood, S.; McIntosh, I.; Francomano, C. A.; Bull, E.; Pereira, L .; Ramirez, F .; Pyeritz, R. E.; Dietz, H. C. (July 1995). "Fifteen novel FBN1 mutations causing Marfan syndrome detected by heteroduplex analysis of genomic amplicons". American Journal of Human Genetics. 57 (1): 8–21. ISSN  0002-9297. PMC  1801235. PMID  7611299.
  60. ^ A b Frederic, Melissa Yana; Hamroun, Dalil; Faivre, Laurence; Boileau, Catherine; Jondeau, Guillaume; Claustres, Mireille; Béroud, Christophe; Collod-Béroud, Gwenaëlle (January 2008). "A new locus-specific database (LSDB) for mutations in theTGFBR2gene: UMD-TGFBR2" (PDF). Lidská mutace. 29 (1): 33–38. doi:10.1002/humu.20602. ISSN  1059-7794. PMID  17935258.
  61. ^ Schwarze, Ulrike; Hata, Ryu-Ichiro; McKusick, Victor A .; Shinkai, Hiroshi; Hoyme, H. Eugene; Pyeritz, Reed E.; Byers, Peter H. (May 2004). "Rare Autosomal Recessive Cardiac Valvular Form of Ehlers-Danlos Syndrome Results from Mutations in the COL1A2 Gene That Activate the Nonsense-Mediated RNA Decay Pathway". American Journal of Human Genetics. 74 (5): 917–930. doi:10.1086/420794. ISSN  0002-9297. PMC  1181985. PMID  15077201.
  62. ^ Jääskeläinen, Pertti; Kuusisto, Johanna; Miettinen, Raija; Kärkkäinen, Päivi; Kärkkäinen, Satu; Heikkinen, Sami; Peltola, Paula; Pihlajamäki, Jussi; Vauhkonen, Ilkka (4 November 2002). "Mutations in the cardiac myosin-binding protein C gene are the predominant cause of familial hypertrophic cardiomyopathy in eastern Finland". Journal of Molecular Medicine. 80 (7): 412–422. doi:10.1007/s00109-002-0323-9. ISSN  0946-2716. PMID  12110947. S2CID  7089974.
  63. ^ Attanasio, M; Lapini, I; Evangelisti, L; Lucarini, L; Giusti, B; Porciani, MC; Fattori, R; Anichini, C; Abbate, R (2008-04-23). "FBN1 mutation screening of patients with Marfan syndrome and related disorders: detection of 46 novel FBN1 mutations". Klinická genetika. 74 (1): 39–46. doi:10.1111/j.1399-0004.2008.01007.x. ISSN  0009-9163. PMID  18435798.
  64. ^ Cremers, F. (1998-03-01). "Autosomal recessive retinitis pigmentosa and cone-rod dystrophy caused by splice site mutations in the Stargardt's disease gene ABCR". Lidská molekulární genetika. 7 (3): 355–362. doi:10.1093/hmg/7.3.355. ISSN  1460-2083. PMID  9466990.
  65. ^ Dash, D P; George, S; O'Prey, D; Burns, D; Nabili, S; Donnelly, U; Hughes, A E; Silvestri, G; Jackson, J (2009-09-18). "Mutational screening of VSX1 in keratoconus patients from the European population". Oko. 24 (6): 1085–1092. doi:10.1038/eye.2009.217. ISSN  0950-222X. PMID  19763142.
  66. ^ Coffey, Alison J.; Brooksbank, Robert A.; Brandau, Oliver; Oohashi, Toshitaka; Howell, Gareth R.; Bye, Jacqueline M.; Cahn, Anthony P.; Durham, Jillian; Heath, Paul (October 1998). "Host response to EBV infection in X-linked lymphoproliferative disease results from mutations in an SH2-domain encoding gene". Genetika přírody. 20 (2): 129–135. doi:10.1038/2424. ISSN  1061-4036. PMID  9771704. S2CID  9347438.
  67. ^ Benet-Pagès, Anna; Orlik, Peter; Strom, Tim M .; Lorenz-Depiereux, Bettina (2004-12-08). "An FGF23 missense mutation causes familial tumoral calcinosis with hyperphosphatemia". Lidská molekulární genetika. 14 (3): 385–390. doi:10.1093/hmg/ddi034. ISSN  1460-2083. PMID  15590700.
  68. ^ Palmero, Edenir Inêz; Carraro, Dirce Maria; Alemar, Barbara; Moreira, Miguel Angelo Martins; Ribeiro-dos-Santos, Ândrea; Abe-Sandes, Kiyoko; Galvão, Henrique Campos Reis; Reis, Rui Manuel; de Pádua Souza, Cristiano (2018-06-15). "The germline mutational landscape of BRCA1 and BRCA2 in Brazil". Vědecké zprávy. 8 (1): 9188. Bibcode:2018NatSR...8.9188P. doi:10.1038/s41598-018-27315-2. ISSN  2045-2322. PMC  6003960. PMID  29907814.
  69. ^ Maia, Sofia; Cardoso, Marta; Pinto, Pedro; Pinheiro, Manuela; Santos, Catarina; Peixoto, Ana; Bento, Maria José; Oliveira, Jorge; Henrique, Rui (2015-07-15). "Identification of Two Novel HOXB13 Germline Mutations in Portuguese Prostate Cancer Patients". PLOS ONE. 10 (7): e0132728. Bibcode:2015PLoSO..1032728M. doi:10.1371/journal.pone.0132728. ISSN  1932-6203. PMC  4503425. PMID  26176944.
  70. ^ Rossing, Maria; Albrechtsen, Anders; Skytte, Anne-Bine; Jensen, Uffe B; Ousager, Lilian B; Gerdes, Anne-Marie; Nielsen, Finn C; Hansen, Thomas vO (2016-10-13). "Genetic screening of the FLCN gene identify six novel variants and a Danish founder mutation". Journal of Human Genetics. 62 (2): 151–157. doi:10.1038/jhg.2016.118. ISSN  1434-5161. PMID  27734835. S2CID  24558301.
  71. ^ Al-Khateeb, Alyaa; Hamzan, Nur Suhana; Razali, Rafezah; Froemming, Gabriele Anisah; Rahman, Thuhairah; Peng, Hoh Boon; Nawawi, Hapizah (2016-09-10). "Genetic Study of Low-Density Lipoprotein Receptor Gene and Apolipoprotein B-100 Gene among Malaysian Patients with Familial Hypercholesterolaemia". Mezinárodní archiv medicíny. 9. doi:10.3823/2053. ISSN  1755-7682.
  72. ^ Hirano, Makito; Satake, Wataru; Ihara, Kenji; Tsuge, Ikuya; Kondo, Shuji; Saida, Ken; Betsui, Hiroyuki; Okubo, Kazuhiro; Sakamoto, Hikaru (2015-09-01). "The First Nationwide Survey and Genetic Analyses of Bardet-Biedl Syndrome in Japan". PLOS ONE. 10 (9): e0136317. Bibcode:2015PLoSO..1036317H. doi:10.1371/journal.pone.0136317. ISSN  1932-6203. PMC  4556711. PMID  26325687.
  73. ^ Laugel-Haushalter, Virginie; Morkmued, Supawich; Stoetzel, Corinne; Geoffroy, Véronique; Muller, Jean; Boland, Anne; Deleuze, Jean-François; Chennen, Kirsley; Pitiphat, Waranuch (2018). "Genetic Evidence Supporting the Role of the Calcium Channel, CACNA1S, in Tooth Cusp and Root Patterning". Hranice ve fyziologii. 9: 1329. doi:10.3389/fphys.2018.01329. ISSN  1664-042X. PMC  6170876. PMID  30319441.
  74. ^ Abdelkreem, Elsayed; Akella, Radha Rama Devi; Dave, Usha; Sane, Sudhir; Otsuka, Hiroki; Sasai, Hideo; Aoyama, Yuka; Nakama, Mina; Ohnishi, Hidenori (2016-12-08), "Clinical and Mutational Characterizations of Ten Indian Patients with Beta-Ketothiolase Deficiency", JIMD ReportsSpringer Berlin Heidelberg, 35: 59–65, doi:10.1007/8904_2016_26, ISBN  9783662558324, PMC  5585108, PMID  27928777
  75. ^ Yıldız Bölükbaşı, Esra; Afzal, Muhammad; Mumtaz, Sara; Ahmad, Nafees; Malik, Sajid; Tolun, Aslıhan (2017-06-21). "Progressive SCAR14 with unclear speech, developmental delay, tremor, and behavioral problems caused by a homozygous deletion of the SPTBN2 pleckstrin homology domain". American Journal of Medical Genetics Part A. 173 (9): 2494–2499. doi:10.1002/ajmg.a.38332. ISSN  1552-4825. PMID  28636205. S2CID  5586800.
  76. ^ Szczepanska, Maria; Zaniew, Marcin; Recker, Florian; Mizerska-Wasiak, Malgorzata; Zaluska-Lesniewska, Iga; Kilis-Pstrusinska, Katarzyna; Adamczyk, Piotr; Zawadzki, Jan; Pawlaczyk, Krzysztof (October 2015). "Dent disease in children: diagnostic and therapeutic considerations". Klinická nefrologie. 84 (4): 222–230. doi:10.5414/CN108522. ISSN  0301-0430. PMID  26308078.
  77. ^ Noris, Marina; Remuzzi, Giuseppe (2009-10-22). "Atypical Hemolytic–Uremic Syndrome". New England Journal of Medicine. 361 (17): 1676–1687. doi:10.1056/nejmra0902814. ISSN  0028-4793. PMID  19846853.
  78. ^ "Genetics of age-related macular degeneration and Stargardt disease in South African populations". Ramesar, Rajkumar, Roberts, Lisa. 2016. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)CS1 maint: ostatní (odkaz)
  79. ^ A b C d E F G Shapiro, M B; Senapathy, P (1987-09-11). "RNA splice junctions of different classes of eukaryotes: sequence statistics and functional implications in gene expression". Výzkum nukleových kyselin. 15 (17): 7155–7174. doi:10.1093/nar/15.17.7155. ISSN  0305-1048. PMC  306199. PMID  3658675.
  80. ^ Spirio, L.; Olschwang, S.; Groden, J.; Robertson, M .; Samowitz, W.; Joslyn, G.; Gelbert, L.; Thliveris, A.; Carlson, M. (1993-12-03). "Alleles of the APC gene: an attenuated form of familial polyposis". Buňka. 75 (5): 951–957. doi:10.1016/0092-8674(93)90538-2. ISSN  0092-8674. PMID  8252630.
  81. ^ Davoodi‐Semiromi, Abdoreza; Lanyon, George W.; Davidson, Rosemary; Connor, Michael J. (2000-11-06). "Aberrant RNA splicing in the hMSH2 gene: Molecular identification of three aberrant RNA in Scottish patients with colorectal cancer in the West of Scotland". American Journal of Medical Genetics. 95 (1): 49–52. doi:10.1002/1096-8628(20001106)95:1<49::aid-ajmg10>3.0.co;2-p. ISSN  1096-8628. PMID  11074494.
  82. ^ Whittock, Neil Vincent; Sher, Carron; Gold, Isaac; Libman, Vitalia; Reish, Orit (November 2011). "A founder COL17A1 splice site mutation leading to generalized atrophic benign epidermolysis bullosa in an extended inbred Palestinian family from Israel". Genetika v medicíně. 5 (6): 435–439. doi:10.1097/01.gim.0000096494.61125.d8. ISSN  1098-3600. PMID  14614394.
  83. ^ van den Hurk, José A. J. M.; van de Pol, Dorien J. R.; Wissinger, Bernd; van Driel, Marc A.; Hoefsloot, Lies H .; de Wijs, Ilse J.; van den Born, L. Ingeborgh; Heckenlively, John R.; Brunner, Han G. (2003-06-25). "Novel types of mutation in the choroideremia (CHM) gene: a full-length L1 insertion and an intronic mutation activating a cryptic exon". Genetika člověka. 113 (3): 268–275. doi:10.1007/s00439-003-0970-0. ISSN  0340-6717. PMID  12827496. S2CID  23750723.
  84. ^ Kesarwani, A K; Ramirez, O; Gupta, A K; Yang, X; Murthy, T; Minella, A C; Pillai, M M (2016-08-15). "Cancer-associated SF3B1 mutants recognize otherwise inaccessible cryptic 3′ splice sites within RNA secondary structures". Onkogen. 36 (8): 1123–1133. doi:10.1038/onc.2016.279. ISSN  0950-9232. PMC  5311031. PMID  27524419.
  85. ^ Infante, Joana B.; Alvelos, Maria I.; Bastos, Margarida; Carrilho, Francisco; Lemos, Manuel C. (January 2016). "Complete androgen insensitivity syndrome caused by a novel splice donor site mutation and activation of a cryptic splice donor site in the androgen receptor gene". The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. 155 (Pt A): 63–66. doi:10.1016/j.jsbmb.2015.09.042. ISSN  0960-0760. PMID  26435450. S2CID  33393364.
  86. ^ Niba, E.; Nishuda, A.; Tran, V.; Vu, D.; Matsumoto, M .; Awano, H.; Lee, T .; Takeshima, Y .; Nishio, H. (June 2016). "Cryptic splice site activation by a splice donor site mutation of dystrophin intron 64 is determined by intronic splicing regulatory elements". Neuromuskulární poruchy. 26: S96. doi:10.1016/j.nmd.2016.06.042. ISSN  0960-8966. S2CID  54267534.
  87. ^ Salas, Pilar Carrasco; Rosales, José Miguel Lezana; Milla, Carmen Palma; Montiel, Javier López; Siles, Juan López (2015-08-27). "A novel mutation in the β-spectrin gene causes the activation of a cryptic 5′-splice site and the creation of a de novo 3′-splice site". Human Genome Variation. 2 (1): 15029. doi:10.1038/hgv.2015.29. ISSN  2054-345X. PMC  4785562. PMID  27081538.
  88. ^ Qadah, Talal; Finlayson, Jill; Joly, Philippe; Ghassemifar, Reza (2013-11-25). "Molecular and Cellular Analysis of a NovelHBA2Mutation (HBA2: c.94A>G) Shows Activation of a Cryptic Splice Site and Generation of a Premature Termination Codon". Hemoglobin. 38 (1): 13–18. doi:10.3109/03630269.2013.858639. ISSN  0363-0269. PMID  24274170. S2CID  28120011.
  89. ^ Shi, Xiao-Xiao; Huang, Yuan-Jie; Begum, Mahfuj-Ara; Zhu, Mu-Fei; Li, Fei-Qiang; Zhang, Min-Jing; Zhou, Wen-Wu; Mao, Cungui; Zhu, Zeng-Rong (2018-01-18). "A neutral ceramidase, NlnCDase, is involved in the stress responses of brown planthopper, Nilaparvata lugens (Stål)". Vědecké zprávy. 8 (1): 1130. Bibcode:2018NatSR...8.1130S. doi:10.1038/s41598-018-19219-y. ISSN  2045-2322. PMC  5773612. PMID  29348442.
  90. ^ A b Gasparini, Fabio; Skobo, Tatjana; Benato, Francesca; Gioacchini, Giorgia; Voskoboynik, Ayelet; Carnevali, Oliana; Manni, Lucia; Valle, Luisa Dalla (2016-02-01). "Characterization of Ambra1 in asexual cycle of a non-vertebrate chordate, the colonial tunicate Botryllus schlosseri, and phylogenetic analysis of the protein group in Bilateria". Molekulární fylogenetika a evoluce. 95: 46–57. doi:10.1016/j.ympev.2015.11.001. ISSN  1055-7903. PMID  26611831.
  91. ^ A b Maragh, Samantha; Miller, Ronald A.; Bessling, Seneca L.; Wang, Guangliang; Hook, Paul W.; McCallion, Andrew S. (2014-08-29). "Rbm24a and Rbm24b Are Required for Normal Somitogenesis". PLOS ONE. 9 (8): e105460. Bibcode:2014PLoSO...9j5460M. doi:10.1371/journal.pone.0105460. ISSN  1932-6203. PMC  4149414. PMID  25170925.
  92. ^ A b Juliant, Sylvie; Harduin-Lepers, Anne; Monjaret, François; Catieau, Béatrice; Violet, Marie-Luce; Cérutti, Pierre; Ozil, Annick; Duonor-Cérutti, Martine (2014-10-21). "The α1,6-Fucosyltransferase Gene (fut8) from the Sf9 Lepidopteran Insect Cell Line: Insights into fut8 Evolution". PLOS ONE. 9 (10): e110422. Bibcode:2014PLoSO...9k0422J. doi:10.1371/journal.pone.0110422. ISSN  1932-6203. PMC  4204859. PMID  25333276.
  93. ^ Hooper, John D.; Campagnolo, Luisa; Goodarzi, Goodarz; Truong, Tony N.; Stuhlmann, Heidi; Quigley, James P. (2003-08-01). "Mouse matriptase-2: identification, characterization and comparative mRNA expression analysis with mouse hepsin in adult and embryonic tissues". Biochemical Journal. 373 (3): 689–702. doi:10.1042/bj20030390. ISSN  0264-6021. PMC  1223555. PMID  12744720.
  94. ^ A b Xue, Chenxiao; Zhang, Huawei; Lin, Qiupeng; Ventilátor, Rong; Gao, Caixia (2018-09-27). "Manipulating mRNA splicing by base editing in plants". Science China Life Sciences. 61 (11): 1293–1300. doi:10.1007/s11427-018-9392-7. ISSN  1674-7305. PMID  30267262. S2CID  52883232.
  95. ^ A b Michalko, Jaroslav; Renner, Tanya; Mészáros, Patrik; Socha, Peter; Moravčíková, Jana; Blehová, Alžbeta; Libantová, Jana; Polóniová, Zuzana; Matušíková, Ildikó (2016-08-31). "Molecular characterization and evolution of carnivorous sundew (Drosera rotundifolia L.) class V β-1,3-glucanase". Planta. 245 (1): 77–91. doi:10.1007/s00425-016-2592-5. ISSN  0032-0935. PMID  27580619. S2CID  23450167.
  96. ^ A b Wongkantrakorn, N.; Duangsrisai, S. (2015-02-15). "The level of mRNA NAD-SDH is regulated through RNA splicing by sugars and phytohormones". Russian Journal of Plant Physiology. 62 (2): 279–282. doi:10.1134/s1021443715010161. ISSN  1021-4437. S2CID  5619745.
  97. ^ Feng, Jiayue; Li, Jing; Liu, Hong; Gao, Qinghua; Duan, Ke; Zou, Zhirong (2012-10-03). "Isolation and Characterization of a Calcium-Dependent Protein Kinase Gene, FvCDPK1, Responsive to Abiotic Stress in Woodland Strawberry (Fragaria vesca)". Reporter rostlinné molekulární biologie. 31 (2): 443–456. doi:10.1007/s11105-012-0513-8. ISSN  0735-9640. S2CID  14378361.
  98. ^ Philip, Anna; Syamaladevi, Divya P.; Chakravarthi, M.; Gopinath, K.; Subramonian, N. (2013-03-19). "5′ Regulatory region of ubiquitin 2 gene from Porteresia coarctata makes efficient promoters for transgene expression in monocots and dicots". Zprávy rostlinných buněk. 32 (8): 1199–1210. doi:10.1007/s00299-013-1416-3. ISSN  0721-7714. PMID  23508257. S2CID  12170634.
  99. ^ A b C Senapathy, P (April 1986). "Origin of eukaryotic introns: a hypothesis, based on codon distribution statistics in genes, and its implications". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 83 (7): 2133–2137. Bibcode:1986PNAS...83.2133S. doi:10.1073/pnas.83.7.2133. ISSN  0027-8424. PMC  323245. PMID  3457379.
  100. ^ A b C d Senapathy, P (February 1988). "Possible evolution of splice-junction signals in eukaryotic genes from stop codons". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 85 (4): 1129–1133. Bibcode:1988PNAS...85.1129S. doi:10.1073/pnas.85.4.1129. ISSN  0027-8424. PMC  279719. PMID  3422483.
  101. ^ Information, Reed Business (1986-06-26). Nový vědec. Reed obchodní informace.
  102. ^ Information, Reed Business (1988-03-31). Nový vědec. Reed obchodní informace.
  103. ^ "Revisiting the Five Splice Site Algorithms used in Clinical Genetics". Our 2 SNPs...®. 2018-04-26. Citováno 2018-11-27.
  104. ^ Bhasi, Ashwini; Pandey, Ram Vinay; Utharasamy, Suriya Prabha; Senapathy, Periannan (2007-03-07). "EuSplice: a unified resource for the analysis of splice signals and alternative splicing in eukaryotic genes". Bioinformatika. 23 (14): 1815–1823. doi:10.1093/bioinformatics/btm084. ISSN  1460-2059. PMID  17344236.
  105. ^ Bhasi, Ashwini; Philip, Philge; Sreedharan, Vipin T.; Senapathy, Periannan (July 2009). "AspAlt: A tool for inter-database, inter-genomic and user-specific comparative analysis of alternative transcription and alternative splicing in 46 eukaryotes". Genomika. 94 (1): 48–54. doi:10.1016/j.ygeno.2009.02.006. ISSN  0888-7543. PMID  19285128.
  106. ^ Bhasi, Ashwini; Philip, Philge; Manikandan, Vinu; Senapathy, Periannan (2008-11-04). "ExDom: an integrated database for comparative analysis of the exon–intron structures of protein domains in eukaryotes". Výzkum nukleových kyselin. 37 (suppl_1): D703–D711. doi:10.1093/nar/gkn746. ISSN  1362-4962. PMC  2686582. PMID  18984624.
  107. ^ Bhasi, Ashwini; Senalik, Doug; Simon, Philipp W; Kumar, Brajendra; Manikandan, Vinu; Philip, Philge; Senapathy, Periannan (2010). "RoBuST: an integrated genomics resource for the root and bulb crop families Apiaceae and Alliaceae". Biologie rostlin BMC. 10 (1): 161. doi:10.1186/1471-2229-10-161. ISSN  1471-2229. PMC  3017783. PMID  20691054.
  108. ^ Dorman, Nijsje (June 2009). „Citace“. Biotechniky. 46 (7): 495. doi:10.2144/000113175. ISSN  0736-6205.