SUB1 - SUB1

SUB1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1PCF, 2C62, 2PHE, 4USG
Identifikátory
Aliasy	SUB1, P15, PC4, p14, homolog SUB1, transkripční regulátor, SUB1 regulátor transkripce
Externí ID	OMIM: 600503 MGI: 104811 HomoloGene: 38218 Genové karty: SUB1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	32,604,079 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	11,996,983 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• jednořetězcová vazba DNA; • Vazba DNA; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA; • identická vazba na protein; • sekvenčně specifické dvouvláknové vázání DNA;
Buněčná složka	• jádro; • extracelulární exosom; • komplex regulátoru transkripce; • buněčné jádro;
Biologický proces	• regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Transdukce signálu proteinu SMAD; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10923
	20024
	ENSG00000113387
	ENSMUSG00000022205
	P53999
	P11031
	NM_006713
	NM_011294
	NP_006704
	NP_035424
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Aktivovaný RNA polymeráza II transkripční koaktivátor p15 také známý jako pozitivní kofaktor 4 (PC4) nebo Homolog SUB1 je protein že u lidí je kódován SUB1 gen.^[5]^[6]^[7] Člověk SUB1 gen^[7] je pojmenována po ortologický gen v kvasinkách.^[8]

SUB1 je indukován oxidační stres, a podílí se na koordinaci buněčných odpovědí na Přerušení řetězce DNA které vznikají po oxidačním stresu^[9]. Kvasinky SUB1 mají strukturální a funkční podobnosti s člověkem alfa-synuklein, protein, který hraje důležitou roli v Parkinsonova choroba.^[10] Stejně jako SUB1 funguje alfa-synuklein při regulaci Oprava DNA včetně opravy dvouřetězcových zlomů DNA.

Interakce

SUB1 bylo prokázáno komunikovat s CSTF2.^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000113387 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022205 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Kretzschmar M, Kaiser K, Lottspeich F, Meisterernst M (srpen 1994). "Nový mediátor transkripce genu třídy II s homologií s virovými regulátory transkripce okamžitých časných časů". Buňka. 78 (3): 525–34. doi:10.1016/0092-8674(94)90429-4. PMID 8062392. S2CID 29077941.
^ Ge H, Roeder RG (srpen 1994). „Čištění, klonování a charakterizace lidského koaktivátoru, PC4, který zprostředkovává transkripční aktivaci genů třídy II“. Buňka. 78 (3): 513–23. doi:10.1016/0092-8674(94)90428-6. PMID 8062391. S2CID 1140379.
^ ^A ^b „Entrez Gene SUB1: SUB1 homolog (S. cerevisiae)“.
^ Knaus R, Pollock R, Guarente L (duben 1996). „Kvasinky SUB1 potlačují mutace TFIIB a mají homologii s lidským koaktivátorem PC4.“. Časopis EMBO. 15 (8): 1933–40. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00544.x. PMC 450112. PMID 8617240.
^ Yu L, Ma H, Ji X, Volkert MR. Jaderný protein Sub1 chrání DNA před oxidačním poškozením. Mol Cell Biochem. 2016 Jan; 412 (1-2): 165-71. doi: 10,1007 / s11010-015-2621-x. EPUB 2015 26. prosince. PMID: 26708217
^ Schaser AJ, Osterberg VR, Dent SE, Stackhouse TL, Wakeham CM, Boutros SW, Weston LJ, Owen N, Weissman TA, Luna E, Raber J, Luk KC, McCullough AK, Woltjer RL, Unni VK. Alfa-synuklein je protein vázající DNA, který moduluje opravu DNA s důsledky pro poruchy Lewyho těla. Sci Rep.2019 29. července; 9 (1): 10919. PMID: 31358782 PMCID: PMC6662836 DOI: 10,1038 / s41598-019-47227-z
^ Calvo O, Manley JL (květen 2001). "Evolučně konzervovaná interakce mezi CstF-64 a PC4 spojuje transkripci, polyadenylaci a ukončení". Molekulární buňka. 7 (5): 1013–23. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00236-2. PMID 11389848.

Další čtení

Kaiser K, Stelzer G, Meisterernst M (červenec 1995). „Koaktivátor p15 (PC4) iniciuje transkripční aktivaci během tvorby komplexu TFIIA-TFIID-promotor“. Časopis EMBO. 14 (14): 3520–7. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07358.x. PMC 394420. PMID 7628453.
Ge H, Zhao Y, Chait BT, Roeder RG (prosinec 1994). „Fosforylace negativně reguluje funkci koaktivátoru PC4“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 91 (26): 12691–5. doi:10.1073 / pnas.91.26.12691. PMC 45505. PMID 7809103.
Brandsen J, Werten S, van der Vliet PC, Meisterernst M, Kroon J, Gros P (listopad 1997). "C-koncová doména transkripčního kofaktoru PC4 odhaluje dimerní ssDNA vazebné místo". Přírodní strukturní biologie. 4 (11): 900–3. doi:10.1038 / nsb1197-900. PMID 9360603. S2CID 30710386.
Malik S, Guermah M, Roeder RG (březen 1998). „Dynamický model pro funkci koaktivátoru PC4 v transkripci RNA polymerázy II“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (5): 2192–7. doi:10.1073 / pnas.95.5.2192. PMC 19292. PMID 9482861.
Luo Y, Ge H, Stevens S, Xiao H, Roeder RG (červenec 1998). „Koaktivace pomocí OCA-B: definice kritických oblastí a synergie s obecnými kofaktory“. Molekulární a buněčná biologie. 18 (7): 3803–10. doi:10,1128 / mcb.18.7.3803. PMC 108964. PMID 9632764.
Currie RA (červenec 1998). „Biochemická charakterizace komplexu transkripčního faktoru NF-Y během vývoje B lymfocytů“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (29): 18220–9. doi:10.1074 / jbc.273.29.18220. PMID 9660784.
Wang Z, Roeder RG (duben 1998). „DNA topoizomeráza I a PC4 mohou interagovat s lidským TFIIIC, aby podporovaly jak přesnou terminaci, tak transkripci znovu zahájenou RNA polymerázou III“. Molekulární buňka. 1 (5): 749–57. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80074-X. PMID 9660958.
Holloway AF, Occhiodoro F, Mittler G, Meisterernst M, Shannon MF (červenec 2000). „Funkční interakce mezi HIV transaktivátorem Tat a transkripčním koaktivátorem PC4 v T buňkách“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (28): 21668–77. doi:10,1074 / jbc.M909058199. PMID 10887206.
Yuan CX, Gurley WB (červenec 2000). „Potenciální cíle pro HSF1 v rámci preiniciačního komplexu“. Stres buněk a chaperony. 5 (3): 229–42. doi:10.1379 / 1466-1268 (2000) 005 <0229: PTFHWT> 2.0.CO; 2. PMC 312889. PMID 11005381.
Kumar BR, Swaminathan V, Banerjee S, Kundu TK (květen 2001). „p300 zprostředkovaná acetylace lidského transkripčního koaktivátoru PC4 je inhibována fosforylací“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (20): 16804–9. doi:10,1074 / jbc.M100934200. PMID 11279157.
Yu P, Huang B, Shen M, Lau C, Chan E, Michel J, Xiong Y, Payan DG, Luo Y (leden 2001). „p15 (PAF), nový faktor spojený s PCNA se zvýšenou expresí v nádorových tkáních“. Onkogen. 20 (4): 484–9. doi:10.1038 / sj.onc.1204113. PMID 11313979.
Calvo O, Manley JL (květen 2001). "Evolučně konzervovaná interakce mezi CstF-64 a PC4 spojuje transkripci, polyadenylaci a ukončení". Molekulární buňka. 7 (5): 1013–23. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00236-2. PMID 11389848.
Guo H, Cai CQ, Kuo PC (únor 2002). „Hepatocytový jaderný faktor-4alfa zprostředkovává redoxní citlivost indukovatelné transkripce genu pro oxid dusnatý-syntetázy“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (7): 5054–60. doi:10,1074 / jbc.M109017200. PMID 11741883.
Dubois T, Zemličková E, Howell S, Aitken A (únor 2003). „Centaurin-alfa 1 se asociuje in vitro a in vivo s nukleolinem“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 301 (2): 502–8. doi:10.1016 / S0006-291X (02) 03010-3. PMID 12565890.
Fukuda A, Tokonabe S, Hamada M, Matsumoto M, Tsukui T, Nogi Y, Hisatake K (duben 2003). „Zmírnění transkripční represe zprostředkované PC4 aktivitou helikázy ERCC3 obecného transkripčního faktoru TFIIH“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (17): 14827–31. doi:10,1074 / jbc.M213172200. PMID 12590132.
Swietlicki E, Iordanov H, Fritsch C, Yi L, Levin MS, Rubin DC (2003). "Regulace růstového faktoru PC4 / TIS7, okamžitý časný gen exprimovaný během adaptace střev po resekci". JPEN. Journal of Parenteral and Enteral Nutrition. 27 (2): 123–31. doi:10.1177/0148607103027002123. PMID 12665168.
Banerjee S, Kumar BR, Kundu TK (březen 2004). "Obecný transkripční koaktivátor PC4 aktivuje funkci p53". Molekulární a buněčná biologie. 24 (5): 2052–62. doi:10.1128 / MCB.24.5.2052-2062.2004. PMC 350566. PMID 14966284.
Caldwell RB, Braselmann H, Schoetz U, Heuer S, Scherthan H, Zitzelsberger H (červenec 2016). „Pozitivní kofaktor 4 (PC4) je zásadní pro přesměrování cesty opravy DNA v buňkách DT40“. Sci. Rep. 6: 28890. doi:10.1038 / srep28890. PMC 4931448. PMID 27374870.

externí odkazy

Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P53999 (Transkripční koaktivátor p15 aktivované RNA polymerázy II) na PDBe-KB.

Tento článek o gen na lidský chromozom 5 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000113387 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022205 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8062392-5] Kretzschmar M, Kaiser K, Lottspeich F, Meisterernst M (srpen 1994). "Nový mediátor transkripce genu třídy II s homologií s virovými regulátory transkripce okamžitých časných časů". Buňka. 78 (3): 525–34. doi:10.1016/0092-8674(94)90429-4. PMID 8062392. S2CID 29077941.

[pmid8062391-6] Ge H, Roeder RG (srpen 1994). „Čištění, klonování a charakterizace lidského koaktivátoru, PC4, který zprostředkovává transkripční aktivaci genů třídy II“. Buňka. 78 (3): 513–23. doi:10.1016/0092-8674(94)90428-6. PMID 8062391. S2CID 1140379.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene SUB1: SUB1 homolog (S. cerevisiae)“.

[pmid8617240-8] Knaus R, Pollock R, Guarente L (duben 1996). „Kvasinky SUB1 potlačují mutace TFIIB a mají homologii s lidským koaktivátorem PC4.“. Časopis EMBO. 15 (8): 1933–40. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00544.x. PMC 450112. PMID 8617240.

[9] Yu L, Ma H, Ji X, Volkert MR. Jaderný protein Sub1 chrání DNA před oxidačním poškozením. Mol Cell Biochem. 2016 Jan; 412 (1-2): 165-71. doi: 10,1007 / s11010-015-2621-x. EPUB 2015 26. prosince. PMID: 26708217

[10] Schaser AJ, Osterberg VR, Dent SE, Stackhouse TL, Wakeham CM, Boutros SW, Weston LJ, Owen N, Weissman TA, Luna E, Raber J, Luk KC, McCullough AK, Woltjer RL, Unni VK. Alfa-synuklein je protein vázající DNA, který moduluje opravu DNA s důsledky pro poruchy Lewyho těla. Sci Rep.2019 29. července; 9 (1): 10919. PMID: 31358782 PMCID: PMC6662836 DOI: 10,1038 / s41598-019-47227-z

[pmid11389848-11] Calvo O, Manley JL (květen 2001). "Evolučně konzervovaná interakce mezi CstF-64 a PC4 spojuje transkripci, polyadenylaci a ukončení". Molekulární buňka. 7 (5): 1013–23. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00236-2. PMID 11389848.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]