Rsa RNA - Rsa RNA

Rsa RNA jsou nekódující RNA nalezený v bakterii Zlatý stafylokok. Sdílený název pochází z jejich objevu a neznamená homologie. Bioinformatika skeny identifikovaly 16 rodin Rsa RNA pojmenovaných RsaA-K a RsaOA-OG.[1][2] Jiné, RsaOH-OX, byly nalezeny díky přístupu RNomic.[3] Ačkoli RNA vykazovaly různé vzorce exprese, ukázalo se, že mnoho z nově objevených RNA je Hfq -nezávislý a nejvíce nesený a C - bohatý motiv (UCCC).[1]

RsaA

Potlačuje translaci transkripčního regulátoru MgrA vazbou na jeho mRNA, zvyšuje tvorbu biofilmu a snižuje bakteriální virulenci.[4] Další mRNA: včetně enzymů podobných SsaA zapojených do metabolismu peptidoglykanů a vylučovaného protizánětlivého proteinu FLIPr byly ověřeny jako přímé cíle RsaA.[5]

RsaE

Konsensuální sekundární struktura RsaI (později přejmenovaná na RsaOG) zobrazující její pseudoknot. Hranice byly určeny Mapování RACE v Staphylococcus aureus N315. Převzato z Marchais et al., 2010[6] vytvořeno ve Varně.[7]

RsaE se vyskytuje u ostatních členů rodu Staphylococcus jako Staphylococcus epidermidis a Staphylococcus saprophyticus a je jedinou Rsa RNA, která se nachází mimo tento rod, v Macrococcus caseolyticus a Bacil. v Bacillus subtilis, RsaE byl dříve identifikován jako ncr22.[8][9] RsaE se také důsledně nalézá po proudu od PepF pro které kódy oligoendopeptidáza F. Funkce RsaE byla objevena pomocí genový knockout analýza a nadměrná exprese genů - bylo zjištěno, že regulují výraz několika enzymů zapojených do metabolismus přes antisense vazba jejich mRNA.[1][3]

Ukázalo se, že RsaE je regulován přítomností oxidu dusnatého (NO). v Bacillus subtilis řídí expresi genů s funkcemi souvisejícími s oxidačním stresem a oxidačně-redukčními reakcemi a byl přejmenován na RoxS (pro související s oxidačním stresem).[10]

RsaF

v S.aureus druh RsaF se nachází ve stejné intergenní oblasti jako RsaE a překrývá se s 3 'koncem RsaE přibližně o 20 bp. Na rozdíl od RsaE byl RsaF a jeho upstream gen identifikován pouze v Druh S.aureus.[1]

RsaK

RsaK se nachází v vedoucí sekvence z glcA mRNA, která kóduje enzym podílí se na specifické pro glukózu fosfotransferázový systém. RsaK také obsahuje konzervované ribonukleové antiterminátor systém, jak je rozpoznán proteinem GclT.[11]

RsaI

RsaOG[2] také přejmenován na RsaI[1] Předpokládá se, že vyladí regulaci toxinů nebo invazních mechanismů S. aureus přes trans-působící mechanismy. Své sekundární struktura obsahuje a pseudoknot vytvořené mezi dvěma vysoce konzervovanými nepárovými sekvencemi.[6]

Vzory výrazů

Bylo zjištěno, že RsaD, EH a I jsou vysoce exprimovány v S. aureus. Hladiny exprese dalších Rsa RNA se měnily za různých podmínek prostředí, například RsaC byl indukován chladný šok a RsaA je indukován v reakci na osmotický stres.[1][2][3]

Geny RsaE a RsaF se překrývají S.aureus ale zdá se, že mají opačné vzorce exprese.[1] Transkripční interference kvůli překrytí mezi a σA rozpoznávací motiv a potenciál σB vazebné místo je navrženo jako mechanismus způsobující diferenciální expresi dvou transkriptů[1][12]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G h Geissmann T, Chevalier C, Cros MJ, Boisset S, Fechter P, Noirot C, Schrenzel J, François P, Vandenesch F, Gaspin C, Romby P (listopad 2009). „Hledání malých nekódujících RNA ve Staphylococcus aureus odhaluje konzervovaný sekvenční motiv pro regulaci“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (21): 7239–7257. doi:10.1093 / nar / gkp668. PMC  2790875. PMID  19786493.
  2. ^ A b C Marchais A, Naville M, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (červen 2009). „Jednoprůchodová klasifikace všech nekódujících sekvencí v bakteriálním genomu pomocí fylogenetických profilů“. Výzkum genomu. 19 (6): 1084–1092. doi:10.1101 / gr.089714.108. PMC  2694484. PMID  19237465.
  3. ^ A b C Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, Sharma CM, Marchais A, Skorski P, Borezée-Durant E, Barbet R, Jacquet E, Jacq A, Gautheret D, Felden B, Vogel J, Bouloc P (říjen 2010). „Experimentální objev malých RNA ve Staphylococcus aureus odhaluje riboregulátor centrálního metabolismu“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (19): 6620–6636. doi:10.1093 / nar / gkq462. PMC  2965222. PMID  20511587.
  4. ^ Romilly C, Lays C, Tomasini A, Caldelari I, Benito Y, Hammann P, Geissmann T, Boisset S, Romby P, Vandenesch F (březen 2014). „Nekódující RNA podporuje bakteriální perzistenci a snižuje virulenci regulací regulátoru u Staphylococcus aureus“. PLoS patogeny. 10 (3): e1003979. doi:10.1371 / journal.ppat.1003979. PMC  3961350. PMID  24651379.
  5. ^ Tomasini A, Moreau K, Chicher J, Geissmann T, Vandenesch F, Romby P, Marzi S, Caldelari I (červen 2017). „Cílový RNA staphylococcus aureus nekódující RNA RsaA: dopad na vlastnosti buněčného povrchu a obranné mechanismy“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (11): 6746–6760. doi:10.1093 / nar / gkx219. PMC  5499838. PMID  28379505.
  6. ^ A b Marchais A, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (březen 2010). „RsaOG, nová stafylokoková rodina vysoce transkribované nekódující RNA“. RNA Biology. 7 (2): 116–119. doi:10,4161 / rna.7.2.10925. PMID  20200491.
  7. ^ Darty K, Denise A, Ponty Y (srpen 2009). "VARNA: Interaktivní kresba a úpravy sekundární struktury RNA". Bioinformatika. 25 (15): 1974–1975. doi:10.1093 / bioinformatika / btp250. PMC  2712331. PMID  19398448.
  8. ^ Rasmussen S, Nielsen HB, Jarmer H (září 2009). „Transkripčně aktivní oblasti v genomu Bacillus subtilis“. Molekulární mikrobiologie. 73 (6): 1043–1057. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06830.x. PMC  2784878. PMID  19682248.
  9. ^ Irnov I, Sharma CM, Vogel J, Winkler WC (říjen 2010). "Identifikace regulačních RNA v Bacillus subtilis". Výzkum nukleových kyselin. 38 (19): 6637–6651. doi:10.1093 / nar / gkq454. PMC  2965217. PMID  20525796.
  10. ^ Durand S, Braun F, Lioliou E, Romilly C, Helfer AC, Kuhn L, Quittot N, Nicolas P, Romby P, Condon C (únor 2015). „Malá RNA regulovaná oxidem dusnatým řídí expresi genů zapojených do redoxní homeostázy u Bacillus subtilis“. Genetika PLoS. 11 (2): e1004957. doi:10.1371 / journal.pgen.1004957. PMC  4409812. PMID  25643072.
  11. ^ Langbein I, Bachem S, Stülke J (listopad 1999). „Specifická interakce domény vázající RNA transkripčního antiterminátoru GlcT bacillus subtilis s jeho RNA cílem, RAT“. Journal of Molecular Biology. 293 (4): 795–805. doi:10.1006 / jmbi.1999.3176. PMID  10543968.
  12. ^ Shearwin KE, Callen BP, Egan JB (červen 2005). „Transkripční interference - rychlokurz“. Trendy v genetice. 21 (6): 339–345. doi:10.1016 / j.tig.2005.04.009. PMC  2941638. PMID  15922833.

Další čtení