RsaOG - RsaOG - Wikipedia
| rsaOG RNA | |
|---|---|
 Konsensuální sekundární struktura RsaOG zobrazující jeho pseudoknot, vytvořený ve Varně.[1] Hranice byly určeny Mapování RACE v Staphylococcus aureus N315.[2] | |
| Identifikátory | |
| Symbol | RsaOG |
| Rfam | RF01775 |
| Další údaje | |
| RNA typ | sRNA |
| Domény | Staphylococcus |
| PDB struktur | PDBe |
RsaOG (zkratka pro RNA S. aureus Orsay G)[2] je nekódující RNA který byl objeven v patogenní bakterie Zlatý stafylokok N315 ve velkém měřítku výpočetní screening na základě fylogenetické profilování.[3] Poprvé byl identifikován, ale nebyl pojmenován, v roce 2005.[4] RsaOG byl od té doby identifikován u jiných kmenů Zlatý stafylokok pod jménem RsaI,[5] bylo také objeveno u ostatních členů Staphylococcus rod (jako Staphylococcus carnosus ), ale bez dalších bakterií.[2]
Gen RsaOG je konzervovaný ve všech sekvenovaných Staphylococcaceae genomy, své sekundární struktura obsahuje dva vysoce konzervované nepárové sekvence které mají schopnost tvořit a pseudoknot.[2] Northern blot experimenty ukazují, že RsaOG je vyjádřen v několika S. aureus kmeny.[3][5] Mapování konců RsaOG označuje velikost 146 nukleotidy v S. aureus.[5] Předpokládá se, že RsaOG ncRNA má trans-působící regulační funkce, případně jemné doladění toxin výroba nebo pomoc s invaze.[2]
Viz také
Reference
- ^ Darty K, Denise A, Ponty Y (srpen 2009). "VARNA: Interaktivní kresba a úpravy sekundární struktury RNA". Bioinformatika. 25 (15): 1974–1975. doi:10.1093 / bioinformatika / btp250. PMC 2712331. PMID 19398448. Citováno 2010-07-12.
- ^ A b C d E Marchais A, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (březen 2010). „RsaOG, nová stafylokoková rodina vysoce transkribované nekódující RNA“. RNA Biol. 7 (2): 116–119. doi:10,4161 / rna.7.2.10925. PMID 20200491. Citováno 2010-07-12.
- ^ A b Marchais A, Naville M, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (červen 2009). „Jednoprůchodová klasifikace všech nekódujících sekvencí v bakteriálním genomu pomocí fylogenetických profilů“. Genome Res. 19 (6): 1084–1092. doi:10.1101 / gr.089714.108. PMC 2694484. PMID 19237465.
- ^ Pichon C, Felden B (říjen 2005). „Malé RNA geny exprimované z genomových a patogenních ostrovů Staphylococcus aureus se specifickou expresí mezi patogenními kmeny“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (40): 14249–14254. doi:10.1073 / pnas.0503838102. PMC 1242290. PMID 16183745.
- ^ A b C Geissmann T, Chevalier C, Cros MJ a kol. (Listopad 2009). „Hledání malých nekódujících RNA ve Staphylococcus aureus odhaluje konzervovaný sekvenční motiv pro regulaci“. Nucleic Acids Res. 37 (21): 7239–7257. doi:10.1093 / nar / gkp668. PMC 2790875. PMID 19786493. Citováno 2010-07-12.