Ribonukleáza V1 - Ribonuclease V1

Nesmí být zaměňována s ribonukleáza V.
A Kaspická kobra

Ribonukleáza V1 (RNase V1) je a ribonukleáza enzym nalezen v jed z Kaspická kobra (Naja oxiana).[1] Štěpí to dvouvláknová RNA v non-sekvence - specifický způsob, obvykle vyžadující a Podklad nejméně šest skládaný nukleotidy.[2] Jako mnoho ribonukleáz vyžaduje enzym přítomnost hořčík ionty pro aktivitu.[3]

Laboratorní použití

Purifikovaná RNáza V1 se běžně používá činidlo v molekulární biologie experimenty. Ve spojení s jinými ribonukleázami, které štěpí jednovláknovou RNA po specifických nukleotidech nebo sekvencích - jako je např RNáza T1 a RNáza I - lze jej použít k mapování vnitřních interakcí ve velkých molekulách RNA se složitými sekundární struktura nebo hrát stopa experimenty na makromolekulární komplexy obsahující RNA.[3]

RNáza V1 je jediná běžně používaná laboratorní RNáza, která poskytuje pozitivní důkaz o přítomnosti dvouvláknových spirálových konformací v cílové RNA.[4] Protože RNáza V1 má určitou aktivitu proti RNA, která je spárováno se základnou ale jednopramenný,[5] duální citlivost jak na RNázu V1, tak na RNázu I na jednom místě v molekule cílové RNA poskytuje důkaz této relativně neobvyklé konformace nalezené v RNA smyčkách.[6]

Výrazná sekundární struktura přenos RNA, obsahující řadu dvojité šroubovice oddělené pružnými smyčkami

Strukturální objevy

RNase V1 hrála zvláště důležitou roli při objasňování rozlišovací způsobilosti kmenová smyčka struktura přenos RNA.[1][7] Rovněž se značně používá ke studiu vysoce strukturované RNA genomy z retroviry, jako hepatitida C.,[8] virus dengue,[9] a HIV.[10] Dohromady s S1 nukleáza, který specificky štěpí jednovláknovou RNA, může být použit k profilování sklonů sekundární struktury messenger RNA molekuly, postup, který lze aplikovat na celek přepisy při spárování s hluboké řazení.[11][12]

Reference

  1. ^ A b Favorova OO, Fasiolo F, Keith G, Vassilenko SK, Ebel JP (únor 1981). "Částečné štěpení komplexů tRNA - aminoacyl-tRNA syntetáza s ribonukleázou kobřího jedu". Biochemie. 20 (4): 1006–11. doi:10.1021 / bi00507a055. PMID  7011369.
  2. ^ Ying, Shao Yao, ed. (01.01.2006). MicroRNA protokoly. Humana Press. p.23. ISBN  9781597451239.
  3. ^ A b Nilsen TW (duben 2013). "Stanovení struktury RNA pomocí štěpení nukleázou". Cold Spring Harbor Protocols. 2013 (4): 379–82. doi:10.1101 / pdb.prot072330. PMID  23547152.
  4. ^ Duval, Melodie; Romilly, Cedric; Helfer, Anne-Catherine; Fuchsbauer, Olivier; Romby, Pascale; Marzi, Stefano (2013). Klostermeier, Dagmar; Hammann, Christian (eds.). Struktura a skládání RNA: Biofyzikální techniky a metody predikce. Walter de Gruyter. p. 32. ISBN  9783110284959.
  5. ^ Lowman HB, Draper DE (duben 1986). "O rozpoznávání šroubovicové RNA nukleázou kobryho jedu V1". The Journal of Biological Chemistry. 261 (12): 5396–403. PMID  2420800.
  6. ^ Chaulk SG, Xu Z, Glover MJ, Fahlman RP (duben 2014). „MicroRNA miR-92a-1 biogeneze a cílení mRNA je modulováno terciárním kontaktem v mikroRNA klastru miR-17 ~ 92“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (8): 5234–44. doi:10.1093 / nar / gku133. PMC  4005684. PMID  24520115.
  7. ^ Lockard RE, Kumar A (říjen 1981). "Mapování struktury tRNA v roztoku pomocí dvouřetězcově specifické ribonukleázy V1 z jedu kobry". Výzkum nukleových kyselin. 9 (19): 5125–40. doi:10.1093 / nar / 9.19.5125. PMC  327503. PMID  7031604.
  8. ^ Blight KJ, Rice CM (říjen 1997). „Stanovení sekundární struktury konzervované sekvence 98 bází na 3 'konci genomu RNA viru hepatitidy C“. Journal of Virology. 71 (10): 7345–52. PMC  192079. PMID  9311812.
  9. ^ Polacek C, Foley JE, Harris E (leden 2009). „Konformační změny ve struktuře řešení viru dengue 5 'končí přítomností a nepřítomností 3' nepřekládané oblasti“. Journal of Virology. 83 (2): 1161–6. doi:10.1128 / JVI.01362-08. PMC  2612390. PMID  19004957.
  10. ^ Harrison GP, ​​Lever AM (červenec 1992). „Signální obalový signál viru lidské imunodeficience typu 1 a hlavní donorová oblast sestřihu mají konzervovanou stabilní sekundární strukturu“. Journal of Virology. 66 (7): 4144–53. PMC  241217. PMID  1602537..
  11. ^ Kertesz M, Wan Y, Mazor E, Rinn JL, Nutter RC, Chang HY, Segal E (září 2010). „Měření sekundární struktury RNA v kvasinkách v celém genomu“. Příroda. 467 (7311): 103–7. doi:10.1038 / nature09322. PMC  3847670. PMID  20811459.
  12. ^ Silverman, Ian M .; Berkowitz, Nathan D .; Gosai, Sager J .; Gregory, Brian D. (2016). „Přístupy k zjišťování struktury RNA v rámci celého genomu“. V Yeo, Gene W. (ed.). Zpracování RNA. Springer. str. 29–59. ISBN  978-3-319-29071-3.