PtaRNA1 - PtaRNA1
| PtaRNA1 | |
|---|---|
 Konsensuální sekundární struktura PtaRNA1 | |
| Identifikátory | |
| Symbol | PtaRNA1 |
| Rfam | RF01811 |
| Další údaje | |
| RNA typ | antisense |
| Domény | Gammaproteobakterie |
| PDB struktur | PDBe |
| ptaRNA1_toxin | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Toxin pro PtaRNA1 antitoxin, systém toxin-antitoxin typu 1 | ||||||||
| Pfam | PF12703 | ||||||||
| |||||||||
PtaRNA1 (plazmid přestoupil antisense RNA ) je rodina nekódující RNA.[1]Homology PtaRNA1 lze nalézt v proteobakterie rodiny, Betaproteobakterie a Gammaproteobakterie. Ve všech případech je PtaRNA1 lokalizována anti-sense ke krátkému kódování proteinu gen. v Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, tento gen je označen jako XCV2162 a je zahrnut do rodiny proteinů plazmidového toxinu.
Distribuce a funkce
Jak PtaRNA1, tak sousední kódující gen, které se objevují pouze v kombinaci, mají nevypočitatelné hodnoty fylogenetické distribuce ptaRNA1 není v souladu s fylogenezí hostitelského druhu, jako je tomu u jiných sRNA rodiny jako např Yrr1 a Yrr2.[2] To naznačuje, že ptaRNA1 prošla častým výskytem horizontální přenos genů.[1] Tato pozorování jsou v souladu s pozorováními typu I. toxin-antitoxinové systémy.[3]
V systémech toxin-antitoxin typu I je genová exprese toxického proteinu je regulován a malá nekódující RNA. Toxin-antitoxin typu I loci se často nacházejí v obou prokaryotický chromozomy a plazmidy.[4][5]The sekundární struktura ptaRNA1 je velmi podobný E-coli FinP antisense RNA.[1][6] FinP je antisense regulátorem cis působící RNA element Traj,[6] strukturální podobnosti naznačují, že ptaRNA1 bude pravděpodobně součástí složité regulační sítě.[1]
A fylogenetický strom na základě zarovnání semen PtaRNA1. Třídu „hostitelských“ druhů označují symboly na pravé straně. Čísla označují bootstrap hodnoty vnitřních uzlů.[1]
Viz také
Reference
- ^ A b C d E Findeiss S, Schmidtke C, Stadler PF, Bonas U (březen 2010). „Nová rodina anti-sense ncRNA přenesených plazmidem“. RNA Biol. 7 (2): 120–124. doi:10,4161 / rna.7.2.11184. PMID 20220307. Citováno 2010-07-13.
- ^ Voss B, Gierga G, Axmann IM, Hess WR (2007). „Hledání na základě motivů v bakteriálních genomech identifikuje ortolog malé RNA Yfr1 ve všech liniích sinic“. BMC Genomics. 8: 375. doi:10.1186/1471-2164-8-375. PMC 2190773. PMID 17941988.
- ^ Fozo EM, Hemm MR, Storz G (prosinec 2008). „Malé toxické proteiny a antisense RNA, které je potlačují“. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 72 (4): 579–589, obsah. doi:10.1128 / MMBR.00025-08. PMC 2593563. PMID 19052321.
- ^ Gerdes K, Wagner EG (duben 2007). "RNA antitoxiny". Curr. Opin. Microbiol. 10 (2): 117–124. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.003. PMID 17376733.
- ^ Weaver KE (duben 2007). "Vznikající plazmidem kódované antisense RNA regulované systémy". Curr. Opin. Microbiol. 10 (2): 110–116. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.002. PMID 17376732.
- ^ A b Arthur DC, Ghetu AF, Gubbins MJ, Edwards RA, Frost LS, Glover JN (prosinec 2003). „FinO je chaperon RNA, který usnadňuje interakce sense-antisense RNA“. EMBO J.. 22 (23): 6346–6355. doi:10.1093 / emboj / cdg607. PMC 291848. PMID 14633993.