Fylogenetické analýzy krokodýlů zjistily, že uvnitř hnízdí Paralligatoridae Neosuchia, velký clade (evoluční seskupení), které zahrnuje také moderní krokodýli. V crocodyliform fylogeneze, paralligatorids se obvykle nacházejí v blízkosti základny Neosuchia, mimo kladu Eusuchia, který zahrnuje krokodýly a jejich nejbližší příbuzné. Níže je a kladogram od Montefeltro et al. (2013) ukazující fylogenetické vztahy Paralligatoridae:[1]
^Thomas L. Adams (2014). „Malý krokodýl z dolní křídy (pozdní aptián) středního Texasu a jeho systematický vztah k vývoji Eusuchie“. Journal of Paleontology. 88 (5): 1031–1049. doi:10.1666/12-089.
