PDLIM1 - PDLIM1

PDLIM1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1X62, 2PKT
Identifikátory
Aliasy	PDLIM1, CLIM1, CLP-36, CLP36, HEL-S-112, hCLIM1, PDZ a LIM doména 1
Externí ID	OMIM: 605900 MGI: 1860611 HomoloGene: 9643 Genové karty: PDLIM1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 10 (lidský)
Konec	95,291,012 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • vazba kovových iontů; • vazba kadherinu zapojená do adheze mezi buňkami; • aktinová vazba; • svalová vazba alfa-aktininu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytoskelet; • ohnisková adheze; • komplex regulátoru transkripce; • Z disk; • stresové vlákno; • vláknitý aktin;
Biologický proces	• reakce na hypoxii; • regulace transkripce, DNA-šablony; • reakce na oxidační stres; • buněčná adheze; • pozitivní regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou; • vývoj srdce; • organizace aktinového cytoskeletu; • vývoj svalové struktury;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9124
	54132
	ENSG00000107438
	ENSMUSG00000055044
	O00151
	O70400
	NM_020992
	NM_016861
	NP_066272
	NP_058557
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

PDZ a LIM doménový protein 1 je protein že u lidí je kódován PDLIM1 gen.^[4]^[5]

Interakce

Bylo prokázáno, že PDLIM1 komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000107438 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Kotaka M, Kostin S, Ngai S, Chan K, Lau Y, Lee SM, Li Hy, Ng EK, Schaper J, Tsui SK, Fung Kp, Lee Cy, Waye MM (říjen 2000). „Interakce hCLIM1, proteinu rodiny záhad, s alfa-aktininem 2“. J Cell Biochem. 78 (4): 558–65. doi:10.1002 / 1097-4644 (20000915) 78: 4 <558 :: AID-JCB5> 3.0.CO; 2-I. PMID 10861853.
^ „Entrez Gene: PDLIM1 PDZ a LIM doména 1 (elfin)“.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ ^A ^b Vallenius T, Luukko K, Mäkelä TP (duben 2000). „CLP-36 PDZ-LIM protein se asociuje s nesvalovým alfa-aktininem-1 a alfa-aktininem-4“. J. Biol. Chem. 275 (15): 11100–5. doi:10.1074 / jbc.275.15.11100. PMID 10753915.
^ Bauer K, Kratzer M, Otte M, de Quintana KL, Hagmann J, Arnold GJ, Eckerskorn C, Lottspeich F, Siess W (prosinec 2000). „Lidský CLP36, protein PDZ-domény a LIM-domény, se váže na alfa-aktinin-1 a asociuje se s aktinovými vlákny a stresovými vlákny v aktivovaných destičkách a endoteliálních buňkách“. Krev. 96 (13): 4236–45. doi:10,1182 / krev. V96.13.4236. PMID 11110697.
^ ^A ^b Johnsen SA, Güngör C, Prenzel T, Riethdorf S, Riethdorf L, Taniguchi-Ishigaki N, Rau T, Tursun B, Furlow JD, Sauter G, Scheffner M, Pantel K, Gannon F, Bach I (leden 2009). "Regulace transkripce závislé na estrogenu pomocí LIM kofaktorů CLIM a RLIM u rakoviny prsu". Cancer Res. 69 (1): 128–36. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-08-1630. PMC 2713826. PMID 19117995.

Další čtení

Wang H, Harrison-Shostak DC, Lemasters JJ, Herman B (1996). "Klonování krysí cDNA kódující nový protein domény LIM s vysokou homologií s krysí RIL". Gen. 165 (2): 267–71. doi:10.1016 / 0378-1119 (95) 00542-E. PMID 8522188.
Kotaka M, Ngai SM, Garcia-Barcelo M, Tsui SK, Fung KP, Lee CY, Waye MM (1999). "Charakterizace lidského 36-kDa karboxylového terminálního proteinu LIM domény (hCLIM1)". J. Cell. Biochem. 72 (2): 279–85. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19990201) 72: 2 <279 :: AID-JCB12> 3.0.CO; 2-7. PMID 10022510.
Vallenius T, Luukko K, Mäkelä TP (2000). „CLP-36 PDZ-LIM protein se asociuje s nesvalovým alfa-aktininem-1 a alfa-aktininem-4“. J. Biol. Chem. 275 (15): 11100–5. doi:10.1074 / jbc.275.15.11100. PMID 10753915.
Bauer K, Kratzer M, Otte M, de Quintana KL, Hagmann J, Arnold GJ, Eckerskorn C, Lottspeich F, Siess W (2001). „Lidský CLP36, protein PDZ-domény a LIM-domény, se váže na alfa-aktinin-1 a asociuje se s aktinovými vlákny a stresovými vlákny v aktivovaných krevních destičkách a endoteliálních buňkách“. Krev. 96 (13): 4236–45. doi:10,1182 / krev. V96.13.4236. PMID 11110697.
Ostendorff HP, Peirano RI, Peters MA, Schlüter A, Bossenz M, Scheffner M, Bach I (2002). "Výměna kofaktorů závislých na ubikvitinaci na transkripčních faktorech homeodomény LIM". Příroda. 416 (6876): 99–103. doi:10.1038 / 416099a. PMID 11882901. S2CID 4426785.
Vallenius T, Mäkelä TP (2003). "Clik1: nová kináza zaměřená na aktinová stresová vlákna proteinem CLP-36 PDZ-LIM". J. Cell Sci. 115 (Pt 10): 2067–73. PMID 11973348.
Kioussi C, Briata P, Baek SH, Rose DW, Hamblet NS, Herman T, Ohgi KA, Lin C, Gleiberman A, Wang J, Brault V, Ruiz-Lozano P, Nguyen HD, Kemler R, Glass CK, Wynshaw-Boris A, Rosenfeld MG (2003). „Identifikace cesty Wnt / Dvl / beta-Catenin -> Pitx2 zprostředkující proliferaci specifickou pro buněčný typ během vývoje“. Buňka. 111 (5): 673–85. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 01084-X. PMID 12464179. S2CID 16108479.
Gevaert K, Goethals M, Martens L, Van Damme J, Staes A, Thomas GR, Vandekerckhove J (2004). „Zkoumání proteomů a analýza zpracování proteinů hmotnostní spektrometrickou identifikací tříděných N-koncových peptidů“. Nat. Biotechnol. 21 (5): 566–9. doi:10.1038 / nbt810. PMID 12665801. S2CID 23783563.
Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB, Mukherji M, Stettler-Gill M, Peters EC (2004). „Robustní fosfoproteomické profilování míst fosforylace tyrosinu z lidských T buněk pomocí imobilizované kovové afinitní chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Anální. Chem. 76 (10): 2763–72. doi:10.1021 / ac035352d. PMID 15144186.
Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, Zhang H, Zha XM, Polakiewicz RD, Comb MJ (2005). "Imunoafinitní profil fosforylace tyrosinu v rakovinných buňkách". Nat. Biotechnol. 23 (1): 94–101. doi:10.1038 / nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Miehe U, Kadyrov M, Neumaier-Wagner P, Bartz C, Rath W, Huppertz B (2007). „Exprese proteinu CLP36 souvisejícího s aktinovými stresovými vlákny v lidské placentě“. Histochem. Cell Biol. 126 (4): 465–71. doi:10.1007 / s00418-006-0182-5. PMID 16609848. S2CID 22394948.

Tento článek o gen na lidský chromozom 10 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000107438 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10861853-4] Kotaka M, Kostin S, Ngai S, Chan K, Lau Y, Lee SM, Li Hy, Ng EK, Schaper J, Tsui SK, Fung Kp, Lee Cy, Waye MM (říjen 2000). „Interakce hCLIM1, proteinu rodiny záhad, s alfa-aktininem 2“. J Cell Biochem. 78 (4): 558–65. doi:10.1002 / 1097-4644 (20000915) 78: 4 <558 :: AID-JCB5> 3.0.CO; 2-I. PMID 10861853.

[entrez-5] „Entrez Gene: PDLIM1 PDZ a LIM doména 1 (elfin)“.

[pmid16189514-6] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid10753915-7] A ^b Vallenius T, Luukko K, Mäkelä TP (duben 2000). „CLP-36 PDZ-LIM protein se asociuje s nesvalovým alfa-aktininem-1 a alfa-aktininem-4“. J. Biol. Chem. 275 (15): 11100–5. doi:10.1074 / jbc.275.15.11100. PMID 10753915.

[pmid11110697-8] Bauer K, Kratzer M, Otte M, de Quintana KL, Hagmann J, Arnold GJ, Eckerskorn C, Lottspeich F, Siess W (prosinec 2000). „Lidský CLP36, protein PDZ-domény a LIM-domény, se váže na alfa-aktinin-1 a asociuje se s aktinovými vlákny a stresovými vlákny v aktivovaných destičkách a endoteliálních buňkách“. Krev. 96 (13): 4236–45. doi:10,1182 / krev. V96.13.4236. PMID 11110697.

[pmid19117995-9] A ^b Johnsen SA, Güngör C, Prenzel T, Riethdorf S, Riethdorf L, Taniguchi-Ishigaki N, Rau T, Tursun B, Furlow JD, Sauter G, Scheffner M, Pantel K, Gannon F, Bach I (leden 2009). "Regulace transkripce závislé na estrogenu pomocí LIM kofaktorů CLIM a RLIM u rakoviny prsu". Cancer Res. 69 (1): 128–36. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-08-1630. PMC 2713826. PMID 19117995.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]