PDE6D - PDE6D

PDE6D
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1 KSG, 1 KSH, 1 KSJ, 3T5G, 3T5I, 4JHP, 4JV6, 4JV8, 4JVB, 4JVF, 5E8F, 5E80, 5F2U
Identifikátory
Aliasy	PDE6D, JBTS22, PDED, fosfodiesteráza 6D
Externí ID	OMIM: 602676 MGI: 1270843 HomoloGene: 1954 Genové karty: PDE6D
EC číslo	3.1.4.35
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 2 (lidský)
Konec	231,786,272 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 1 (myš)
Konec	86,582,629 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba Rab GTPázy; • Aktivita inhibitoru GTPázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Aktivita 3 ', 5'-cyklického nukleotidu fosfodiesterázy;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • buněčná projekce; • cytoskelet; • cytoplazmatická vezikulární membrána; • membrána; • cytoplazmatický váček; • cilium;
Biologický proces	• GO: 0034259 negativní regulace aktivity GTPázy; • reakce na podnět; • Vizuální vnímání; • smyslové vnímání světelného stimulu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5147
	18582
	ENSG00000156973
	ENSMUSG00000026239
	O43924; Q6IB24
	O55057
	NM_001291018; NM_002601
	NM_008801; NM_001360816; NM_001360817
	NP_001277947; NP_002592; NP_002592.1
	NP_032827; NP_001347745; NP_001347746
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Retinální tyč na rhodopsin citlivý cGMP 3 ', 5'-cyklická podjednotka fosfodiesterázy delta je enzym že u lidí je kódován PDE6D gen.^[5]^[6]^[7] PDE6D byl původně identifikován jako čtvrtá podjednotka tyčová buňka -charakteristický cGMP fosfodiesteráza (PDE) (ES 3.1.4.35 ). Přesná funkce podjednotky delta PDE v komplexu GMP-PDE specifickém pro tyče je nejasná. Kromě toho PDE delta podjednotka není omezena na fotoreceptorové buňky, ale je široce distribuována v různých tkáních. PDE delta podjednotka je považována za specifický rozpustný transportní faktor pro určité prenylované proteiny a Arl2-GTP je regulátor transportu zprostředkovaného PDE.^[8]

Interakce

Bylo prokázáno, že PDE6D komunikovat s:

ARL2,^[9]^[10]
HRAS,^[10]^[11]
RAP1A,^[10]^[11]
Regulátor GTPázy retinitis pigmentosa^[12] a
Rnd1.^[10]^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000156973 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026239 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Ershova G, Derré J, Chételin S, Nancy V, Berger R, Kaplan J, Munnich A, de Gunzburg J (duben 1998). „cDNA sekvence, genomová organizace a mapování PDE6D, lidského genu kódujícího delta podjednotku cGMP fosfodiesterázy retinálních tyčinkových buněk na chromozom 2q36“. Cytogenetika a genetika buněk. 79 (1–2): 139–41. doi:10.1159/000134701. PMID 9533031.
^ Li N, Florio SK, Pettenati MJ, Rao PN, Beavo JA, Baehr W (duben 1998). "Charakterizace lidské a myší tyčinkové cGMP fosfodiesterázové delta podjednotky (PDE6D) a chromozomální lokalizace lidského genu". Genomika. 49 (1): 76–82. doi:10.1006 / geno.1998.5210. PMID 9570951.
^ „Entrez Gene: PDE6D fosfodiesteráza 6D, specifická pro cGMP, tyč, delta“.
^ Wittinghofer A, Renault L, Hanzal-bayer M, Roversi P, Hillig RC (2002). "Komplex delta Arl2-GTP a PDE: od struktury k funkci". EMBO J.. 21 (9): 2095–2106. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2095. PMC 125981. PMID 11980706.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ ^A ^b ^C ^d Hanzal-Bayer M, Renault L, Roversi P, Wittinghofer A, Hillig RC (květen 2002). "Komplex delta Arl2-GTP a PDE: od struktury k funkci". Časopis EMBO. 21 (9): 2095–106. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2095. PMC 125981. PMID 11980706.
^ ^A ^b ^C Nancy V, Callebaut I, El Marjou A, de Gunzburg J (duben 2002). „Delta podjednotka cGMP fosfodiesterázy retinální tyčinky reguluje membránovou asociaci Ras a Rap GTPáz“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (17): 15076–84. doi:10,1074 / jbc.M109983200. PMID 11786539.
^ Linari M, Ueffing M, Manson F, Wright A, Meitinger T, Becker J (únor 1999). „Regulátor GTPázy retinitis pigmentosa, RPGR, interaguje s delta podjednotkou tyčinkové cyklické GMP fosfodiesterázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (4): 1315–20. doi:10.1073 / pnas.96.4.1315. PMC 15460. PMID 9990021.

Další čtení

Marzesco AM, Galli T, Louvard D, Zahraoui A (srpen 1998). „Tyčová cGMP fosfodiesterázová delta podjednotka disociuje malou GTPázu Rab13 z membrán“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (35): 22340–5. doi:10.1074 / jbc.273.35.22340. PMID 9712853.
Lorenz B, Migliaccio C, Lichtner P, Meyer C, Strom TM, D'Urso M, Becker J, Ciccodicola A, Meitinger T (1998). "Klonování a genová struktura genu pro podjednotku cGMP fosfodiesterázy delta (PDED) u člověka a myši". European Journal of Human Genetics. 6 (3): 283–90. doi:10.1038 / sj.ejhg.5200215. PMID 9781033.
Linari M, Ueffing M, Manson F, Wright A, Meitinger T, Becker J (únor 1999). „Regulátor GTPázy retinitis pigmentosa, RPGR, interaguje s delta podjednotkou prutové cyklické GMP fosfodiesterázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (4): 1315–20. doi:10.1073 / pnas.96.4.1315. PMC 15460. PMID 9990021.
Mou H, Grazio HJ, Cook TA, Beavo JA, Cote RH (červen 1999). „Vazba cGMP na nekatalytická místa na fotoreceptorové fosfodiesteráze savčích tyčí je regulována vazbou jejích podjednotek gama a delta“. The Journal of Biological Chemistry. 274 (26): 18813–20. doi:10.1074 / jbc.274.26.18813. PMID 10373499.
Linari M, Hanzal-Bayer M, Becker J (září 1999). „Delta podjednotka tyčinkově specifické cyklické GMP fosfodiesterázy, PDE delta, interaguje s Arf-like proteinem Arl3 specifickým způsobem GTP“. FEBS Dopisy. 458 (1): 55–9. doi:10.1016 / S0014-5793 (99) 01117-5. PMID 10518933. S2CID 23460401.
Nancy V, Callebaut I, El Marjou A, de Gunzburg J (duben 2002). „Delta podjednotka cGMP fosfodiesterázy retinální tyčinky reguluje membránovou asociaci Ras a Rap GTPáz“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (17): 15076–84. doi:10,1074 / jbc.M109983200. PMID 11786539.
Hanzal-Bayer M, Renault L, Roversi P, Wittinghofer A, Hillig RC (květen 2002). "Komplex delta Arl2-GTP a PDE: od struktury k funkci". Časopis EMBO. 21 (9): 2095–106. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2095. PMC 125981. PMID 11980706.
Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E „Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
Wilson SJ, Smyth EM (duben 2006). „Internalizace a recyklace lidského receptoru prostacyklinu je modulována prostřednictvím jeho interakce závislé na isoprenylaci s delta podjednotkou cGMP fosfodiesterázy 6“. The Journal of Biological Chemistry. 281 (17): 11780–6. doi:10,1074 / jbc.M513110200. PMID 16527812.

Tento článek o gen na lidský chromozom 2 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000156973 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026239 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9533031-5] Ershova G, Derré J, Chételin S, Nancy V, Berger R, Kaplan J, Munnich A, de Gunzburg J (duben 1998). „cDNA sekvence, genomová organizace a mapování PDE6D, lidského genu kódujícího delta podjednotku cGMP fosfodiesterázy retinálních tyčinkových buněk na chromozom 2q36“. Cytogenetika a genetika buněk. 79 (1–2): 139–41. doi:10.1159/000134701. PMID 9533031.

[pmid9570951-6] Li N, Florio SK, Pettenati MJ, Rao PN, Beavo JA, Baehr W (duben 1998). "Charakterizace lidské a myší tyčinkové cGMP fosfodiesterázové delta podjednotky (PDE6D) a chromozomální lokalizace lidského genu". Genomika. 49 (1): 76–82. doi:10.1006 / geno.1998.5210. PMID 9570951.

[entrez-7] „Entrez Gene: PDE6D fosfodiesteráza 6D, specifická pro cGMP, tyč, delta“.

[PUB00010494-8] Wittinghofer A, Renault L, Hanzal-bayer M, Roversi P, Hillig RC (2002). "Komplex delta Arl2-GTP a PDE: od struktury k funkci". EMBO J.. 21 (9): 2095–2106. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2095. PMC 125981. PMID 11980706.

[pmid16189514-9] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid11980706-10] A ^b ^C ^d Hanzal-Bayer M, Renault L, Roversi P, Wittinghofer A, Hillig RC (květen 2002). "Komplex delta Arl2-GTP a PDE: od struktury k funkci". Časopis EMBO. 21 (9): 2095–106. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2095. PMC 125981. PMID 11980706.

[pmid11786539-11] A ^b ^C Nancy V, Callebaut I, El Marjou A, de Gunzburg J (duben 2002). „Delta podjednotka cGMP fosfodiesterázy retinální tyčinky reguluje membránovou asociaci Ras a Rap GTPáz“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (17): 15076–84. doi:10,1074 / jbc.M109983200. PMID 11786539.

[pmid9990021-12] Linari M, Ueffing M, Manson F, Wright A, Meitinger T, Becker J (únor 1999). „Regulátor GTPázy retinitis pigmentosa, RPGR, interaguje s delta podjednotkou tyčinkové cyklické GMP fosfodiesterázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (4): 1315–20. doi:10.1073 / pnas.96.4.1315. PMC 15460. PMID 9990021.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]