PATZ1 - PATZ1

PATZ1
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2 EPP, 2EPQ, 2EPR, 2EPS, 2YT9
Identifikátory
Aliasy	PATZ1Hák MAZR, PATZ, RIAZ, ZBTB19, ZNF278, ZSG, dJ400N23, POZ / BTB a AT obsahující zinkový prst 1
Externí ID	OMIM: 605165 MGI: 1891832 HomoloGene: 8636 Genové karty: PATZ1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 22 (lidský)
Konec	31,346,346 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	3,309,083 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • Vazba DNA; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Aktivita aktivátoru transkripce vázající DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • vazba nukleové kyseliny; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• regulace genové exprese; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • Diferenciace T buněk; • vývoj mužských pohlavních žláz; • negativní regulace transkripce, DNA-šablony; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • spermatogeneze; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	23598
	56218
	ENSG00000100105
	ENSMUSG00000020453
	Q9HBE1
	n / a
	NM_032052; NM_014323; NM_032050; NM_032051
	NM_001253690; NM_001253691; NM_019574
	NP_055138; NP_114439; NP_114440; NP_114441
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Proteiny obsahující POZ-, AT háčky a zinkové prsty 1 je protein že u lidí je kódován PATZ1 gen.^[5]^[6]^[7]^[8]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem obsahuje AT-hák Motiv vázající DNA, který se obvykle váže na jiné struktury vázající DNA, aby hrál důležitou roli v modelování chromatinu a regulaci transkripce. Předpokládá se, že jeho Poz doména funguje jako místo pro interakci protein-protein a je vyžadována pro transkripční represi a zinkové prsty tvoří doménu vázající DNA. Protože kódovaný protein má typické rysy transkripčního faktoru, předpokládá se, že je represorem genové exprese. U malého kulatého buněčného sarkomu je tento gen fúzován s EWS malou inverzí 22q, pak se předpokládá, že hybrid je translokovaný (t (1; 22) (p36.1; q12). Přeskupení chromozomu 22 zahrnuje intron 8 EWS a exon 1 tohoto genu vytvářející chimérickou sekvenci obsahující transaktivační doménu EWS fúzovanou s doménou tohoto proteinu se zinkovým prstem. Toto je zřetelný příklad intrachromozomálního přesmyku chromozomu 22. Jsou popsány čtyři alternativně sestříhané varianty transkriptu pro tento gen.^[8]

Interakce

PATZ1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100105 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020453 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE, Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN , Beasley O, Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD, O'Brien KP (prosinec 1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–95. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.
^ Fedele M, Franco R, Salvatore G, Paronetto MP, Barbagallo F, Pero R, Chiariotti L, Sette C, Tramontano D, Chieffi G, Fusco A, Chieffi P (duben 2008). „Gen PATZ1 hraje zásadní roli ve spermatogenezi a testikulárních nádorech“. J Pathol. 215 (1): 39–47. doi:10,1002 / cesta.2323. PMID 18241078.
^ Tian X, Sun D, Zhang Y, Zhao S, Xiong H, Fang J (duben 2008). „Protein se zinkovým prstem 278, potenciální onkogen v lidské kolorektální rakovině“. Acta Biochim Biophys Sin (Šanghaj). 40 (4): 289–96. CiteSeerX 10.1.1.624.619. doi:10.1111 / j.1745-7270.2008.00405.x. PMID 18401526.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PATZ1 POZ (BTB) a AT hák obsahující zinkový prst 1“.
^ ^A ^b Pero R, Lembo F, Palmieri EA, Vitiello C, Fedele M, Fusco A, Bruni CB, Chiariotti L (únor 2002). „PATZ tlumí RNF4 zprostředkované zvýšení transkripce závislé na androgenním receptoru“. J. Biol. Chem. 277 (5): 3280–5. doi:10,1074 / jbc.M109491200. PMID 11719514.
^ Morii E, Oboki K, Kataoka TR, Igarashi K, Kitamura Y (březen 2002). "Interakce a spolupráce mi transkripčního faktoru (MITF) a myc-asociovaného faktoru souvisejícího se zinkovým prstem (MAZR) pro transkripci genu pro proteázu 6 myší žírné buňky". J. Biol. Chem. 277 (10): 8566–71. doi:10,1074 / jbc.M110392200. PMID 11751862.
^ Fedele M, Benvenuto G, Pero R, Majello B, Battista S, Lembo F, Vollono E, Day PM, Santoro M, Lania L, Bruni CB, Fusco A, Chiariotti L (březen 2000). „Nový člen rodiny BTB / POZ, PATZ, se sdružuje s prstovým proteinem RNF4 RING a působí jako transkripční represor“. J. Biol. Chem. 275 (11): 7894–901. doi:10.1074 / jbc.275.11.7894. PMID 10713105.

Další čtení

Sanger Center, The; Washington University Genome Sequencing Cente, The (1999). „Směrem k úplné sekvenci lidského genomu“. Genome Res. 8 (11): 1097–108. doi:10.1101 / gr.8.11.1097. PMID 9847074.
Kobayashi A, Yamagiwa H, Hoshino H, Muto A, Sato K, Morita M, Hayashi N, Yamamoto M, Igarashi K (2000). „Kombinatorický kód pro genovou expresi generovaný transkripčním faktorem Bach2 a MAZR (faktor související s MAZ) prostřednictvím domény BTB / POZ“. Mol. Buňka. Biol. 20 (5): 1733–46. doi:10.1128 / MCB.20.5.1733-1746.2000. PMC 85356. PMID 10669750.
Fedele M, Benvenuto G, Pero R, Majello B, Battista S, Lembo F, Vollono E, Day PM, Santoro M, Lania L, Bruni CB, Fusco A, Chiariotti L (2000). „Nový člen rodiny BTB / POZ, PATZ, se sdružuje s prstovým proteinem RNF4 RING a působí jako transkripční represor“. J. Biol. Chem. 275 (11): 7894–901. doi:10.1074 / jbc.275.11.7894. PMID 10713105.
Mastrangelo T, Modena P, Tornielli S, Bullrich F, Testi MA, Mezzelani A, Radice P, Azzarelli A, Pilotti S, Croce CM, Pierotti MA, Sozzi G (2000). „Nový gen zinkových prstů je fúzován s EWS v malém nádoru s kulatými buňkami“. Onkogen. 19 (33): 3799–804. doi:10.1038 / sj.onc.1203762. PMID 10949935.
Pero R, Lembo F, Palmieri EA, Vitiello C, Fedele M, Fusco A, Bruni CB, Chiariotti L (2002). „PATZ tlumí RNF4 zprostředkované zvýšení transkripce závislé na androgenním receptoru“. J. Biol. Chem. 277 (5): 3280–5. doi:10,1074 / jbc.M109491200. PMID 11719514.
Mitchelmore C, Kjaerulff KM, Pedersen HC, Nielsen JV, Rasmussen TE, Fisker MF, Finsen B, Pedersen KM, Jensen NA (2002). „Charakterizace dvou nových izoforem zinkových prstů nukleární BTB / POZ domény. Sdružení s diferenciací hipokampálních neuronů, cerebelárních granulárních buněk a makroglií“. J. Biol. Chem. 277 (9): 7598–609. doi:10,1074 / jbc.M110023200. PMID 11744704.
Morii E, Oboki K, Kataoka TR, Igarashi K, Kitamura Y (2002). "Interakce a spolupráce mi transkripčního faktoru (MITF) a myc-asociovaného faktoru souvisejícího se zinkovým prstem (MAZR) pro transkripci genu pro proteázu 6 myší žírné buňky". J. Biol. Chem. 277 (10): 8566–71. doi:10,1074 / jbc.M110392200. PMID 11751862.
Collins JE, Wright CL, Edwards CA, Davis MP, Grinham JA, Cole CG, Goward ME, Aguado B, Mallya M, Mokrab Y, Huckle EJ, Beare DM, Dunham I (2005). „Přístup ke klonování lidského ORFeome založený na anotaci genomu“. Genome Biol. 5 (10): R84. doi:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. PMC 545604. PMID 15461802.

Tento článek o gen na lidský chromozom 22 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100105 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020453 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10591208-5] Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE, Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN , Beasley O, Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD, O'Brien KP (prosinec 1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–95. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.

[pmid18241078-6] Fedele M, Franco R, Salvatore G, Paronetto MP, Barbagallo F, Pero R, Chiariotti L, Sette C, Tramontano D, Chieffi G, Fusco A, Chieffi P (duben 2008). „Gen PATZ1 hraje zásadní roli ve spermatogenezi a testikulárních nádorech“. J Pathol. 215 (1): 39–47. doi:10,1002 / cesta.2323. PMID 18241078.

[pmid18401526-7] Tian X, Sun D, Zhang Y, Zhao S, Xiong H, Fang J (duben 2008). „Protein se zinkovým prstem 278, potenciální onkogen v lidské kolorektální rakovině“. Acta Biochim Biophys Sin (Šanghaj). 40 (4): 289–96. CiteSeerX 10.1.1.624.619. doi:10.1111 / j.1745-7270.2008.00405.x. PMID 18401526.

[entrez-8] A ^b „Entrez Gene: PATZ1 POZ (BTB) a AT hák obsahující zinkový prst 1“.

[pmid11719514-9] A ^b Pero R, Lembo F, Palmieri EA, Vitiello C, Fedele M, Fusco A, Bruni CB, Chiariotti L (únor 2002). „PATZ tlumí RNF4 zprostředkované zvýšení transkripce závislé na androgenním receptoru“. J. Biol. Chem. 277 (5): 3280–5. doi:10,1074 / jbc.M109491200. PMID 11719514.

[pmid11751862-10] Morii E, Oboki K, Kataoka TR, Igarashi K, Kitamura Y (březen 2002). "Interakce a spolupráce mi transkripčního faktoru (MITF) a myc-asociovaného faktoru souvisejícího se zinkovým prstem (MAZR) pro transkripci genu pro proteázu 6 myší žírné buňky". J. Biol. Chem. 277 (10): 8566–71. doi:10,1074 / jbc.M110392200. PMID 11751862.

[pmid10713105-11] Fedele M, Benvenuto G, Pero R, Majello B, Battista S, Lembo F, Vollono E, Day PM, Santoro M, Lania L, Bruni CB, Fusco A, Chiariotti L (březen 2000). „Nový člen rodiny BTB / POZ, PATZ, se sdružuje s prstovým proteinem RNF4 RING a působí jako transkripční represor“. J. Biol. Chem. 275 (11): 7894–901. doi:10.1074 / jbc.275.11.7894. PMID 10713105.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]