PADI4 - PADI4

PADI4
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1WD8, 1WD9, 1 pracovní den, 2DEW, 2DEX, 2DEY, 2DW5, 3 APM, 3 APN, 3B1T, 3B1U, 4DKT, 4X8C, 4X8G
Identifikátory
Aliasy	PADI4, PAD, PAD4, PADI5, PDI4, PDI5, peptidyl argininiminimináza 4
Externí ID	OMIM: 605347 MGI: 1338898 HomoloGene: 7883 Genové karty: PADI4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	17,364,004 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	140,774,236 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba kovových iontů; • aktivita arginin deiminázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita hydrolázy; • aktivita protein-arginin deiminázy; • vazba iontů vápníku; • vazba argininu; • aktivita homodimerizace proteinu;
Buněčná složka	• nukleoplazma; • buněčné jádro; • cytosol; • cytoplazma; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• remodelace chromatinu; • shromáždění nukleosomů; • regulace transkripce, DNA-šablony; • proces imunitního systému; • histon H3-R26 citrulinace; • transkripce, chráněná DNA; • udržování populace kmenových buněk; • histonová citrulinace; • proces modifikace buněčného proteinu; • vrozený imunitní systém; • organizace chromatinu; • citrulinace bílkovin; • dráha arginin deiminázy;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	23569
	18602
	ENSG00000280908; ENSG00000159339
	ENSMUSG00000025330
	Q9UM07
	Q9Z183
	NM_012387
	NM_011061
	NP_036519
	NP_035191
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Peptidyl arginin deimináza, typ IV, také známý jako PADI4, je člověk protein který je u lidí kódován PADI4 gen.^[5]^[6]

Molekulární biologie

Lidský gen se nachází na krátkém rameni chromozomu 1 poblíž telomer (1p36,13). Nachází se na Watson (plus) vlákno a je 55 806 bází dlouhý. Protein je dlouhý 663 aminokyselin s molekulovou hmotností 74 095 Da.^[5]

Funkce

Tento gen je členem rodiny genů, která kóduje enzymy odpovědné za přeměnu arginin na citrulin zbytky. Tento gen může hrát roli v granulocyty a makrofág vývoj vedoucí k zánětu a imunitní odpovědi.^[6] PADI4 hraje roli v epigenetice, odbourávání argininů na histonech 3 a 4 může působit antagonisticky na methylaci argininu (Chromatinové modifikace a jejich funkce, Kouzarides 2007, Cell, recenze)

Protein lze nalézt v oligomerech a váže se na 5 vápník ionty na podjednotku. Katalyzuje reakci:

Protein L-arginin + H₂O = protein L-citrulin + NH₃

Subcelulární a tkáňová distribuce

Obvykle se nachází v cytoplazma, jádro a v cytoplazmatických granulích z eosinofily a neutrofily. Není vyjádřen periferně monocyty nebo lymfocyty. Je také exprimován v synoviální tkáni revmatoidní artritidy.

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000159339 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000025330 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b Nakashima K, Hagiwara T, Ishigami A, Nagata S, Asaga H, Kuramoto M, Senshu T, Yamada M (září 1999). "Molekulární charakterizace peptidylargininiminiminázy v buňkách HL-60 indukovaná kyselinou retinovou a 1alfa, 25-dihydroxyvitaminem D (3)". J. Biol. Chem. 274 (39): 27786–92. doi:10.1074 / jbc.274.39.27786. PMID 10488123.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PADI4 peptidyl arginin deimináza, typ IV“.

Další čtení

Nakashima K, Hagiwara T, Ishigami A a kol. (1999). „Molekulární charakterizace peptidylargininiminiminázy v buňkách HL-60 indukovaná kyselinou retinovou a 1alfa, 25-dihydroxyvitaminem D (3)“. J. Biol. Chem. 274 (39): 27786–92. doi:10.1074 / jbc.274.39.27786. PMID 10488123.
Zhang QH, Ye M, Wu XY a kol. (2001). „Klonování a funkční analýza cDNA s otevřenými čtecími rámci pro 300 dříve nedefinovaných genů exprimovaných v CD34 + hematopoetických kmenových / progenitorových buňkách“. Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10,1101 / gr. 140200. PMC 310934. PMID 11042152.
Asaga H, Nakashima K, Senshu T a kol. (2001). „Imunocytochemická lokalizace peptidylarginin deiminázy v lidských eosinofilech a neutrofilech“. J. Leukoc. Biol. 70 (1): 46–51. PMID 11435484.
Nakashima K, Hagiwara T, Yamada M (2003). "Jaderná lokalizace peptidylargininiminiminázy V a histonové deiminace v granulocytech". J. Biol. Chem. 277 (51): 49562–8. doi:10,1074 / jbc.M208795200. PMID 12393868.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Suzuki A, Yamada R, Chang X a kol. (2003). „Funkční haplotypy PADI4 kódující citrulinující enzym peptidylargininiminiminázu 4 jsou spojeny s revmatoidní artritidou.“ Nat. Genet. 34 (4): 395–402. doi:10.1038 / ng1206. PMID 12833157.
Barton A, Bowes J, Eyre S a kol. (2004). „Funkční haplotyp genu PADI4 spojený s revmatoidní artritidou v japonské populaci není spojen s populací Spojeného království.“ Artritida Rheum. 50 (4): 1117–21. doi:10.1002 / čl. 20169. PMID 15077293.
Chavanas S, Méchin MC, Takahara H a kol. (2004). „Srovnávací analýza klastrů genů myší a lidské peptidylargininiminiminázy odhaluje vysoce konzervované nekódující segmenty a nový lidský gen, PADI6.“ Gen. 330: 19–27. doi:10.1016 / j.gene.2003.12.038. PMID 15087120.
Arita K, Hashimoto H, Shimizu T a kol. (2004). "Strukturální základ pro Ca (2 +) indukovanou aktivaci lidského PAD4". Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (8): 777–83. doi:10.1038 / nsmb799. PMID 15247907.
Hoppe B, Heymann GA, Tolou F a kol. (2005). „Vysoká variabilita peptidylargininiminiminázy 4 (PADI4) ve zdravé bílé populaci: charakterizace šesti nových variant PADI4 exonů 2-4 novým přístupem založeným na haplotypově specifickém sekvenování“. J. Mol. Med. 82 (11): 762–7. doi:10.1007 / s00109-004-0584-6. PMID 15338034.
Cuthbert GL, Daujat S, Snowden AW a kol. (2004). "Omezení histonů antagonizuje methylaci argininu". Buňka. 118 (5): 545–53. doi:10.1016 / j.cell.2004.08.020. PMID 15339660.
Wang Y, Wysocka J, Sayegh J a kol. (2004). "Lidský PAD4 reguluje hladiny methylace histon argininu prostřednictvím demethyliminace". Věda. 306 (5694): 279–83. doi:10.1126 / science.1101400. PMID 15345777.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Nakayama-Hamada M, Suzuki A, Kubota K a kol. (2005). "Porovnání enzymatických vlastností mezi hPADI2 a hPADI4". Biochem. Biophys. Res. Commun. 327 (1): 192–200. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.11.152. PMID 15629448.
Lee YH, Coonrod SA, Kraus WL a kol. (2005). „Regulace sestavení a funkce komplexu koaktivátoru methylací a demethyliminací proteinu argininem“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (10): 3611–6. doi:10.1073 / pnas.0407159102. PMC 553305. PMID 15731352.
Kearney PL, Bhatia M, Jones NG a kol. (2005). „Kinetická charakterizace proteinové argininiminiminázy 4: transkripční corepresor podílející se na vzniku a progresi revmatoidní artritidy“. Biochemie. 44 (31): 10570–82. doi:10,1021 / bi050292m. PMID 16060666.
Ikari K, Kuwahara M, Nakamura T a kol. (2005). „Sdružení mezi PADI4 a revmatoidní artritidou: studie replikace“. Artritida Rheum. 52 (10): 3054–7. doi:10,1002 / článek 21309. PMID 16200584.
Chang X, Han J (2006). "Exprese peptidylargininiminiminázy typu 4 (PAD4) v různých nádorech". Mol. Karcinogen. 45 (3): 183–96. doi:10.1002 / mc.20169. PMID 16355400.
Plenge RM, Padyukov L, Remmers EF, et al. (2006). „Replikace domnělých asociací kandidátských genů s revmatoidní artritidou u> 4 000 vzorků ze Severní Ameriky a Švédska: asociace citlivosti s PTPN22, CTLA4 a PADI4“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 77 (6): 1044–60. doi:10.1086/498651. PMC 1285162. PMID 16380915.
Hoppe B, Häupl T, Gruber R a kol. (2006). „Podrobná analýza variability peptidylargininiminiminázy typu 4 u německých pacientů s revmatoidní artritidou: případová kontrolní studie“. Výzkum a terapie artritidy. 8 (2): R34. doi:10.1186 / ar1889. PMC 1526594. PMID 16469113.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000159339 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000025330 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10488123-5] A ^b Nakashima K, Hagiwara T, Ishigami A, Nagata S, Asaga H, Kuramoto M, Senshu T, Yamada M (září 1999). "Molekulární charakterizace peptidylargininiminiminázy v buňkách HL-60 indukovaná kyselinou retinovou a 1alfa, 25-dihydroxyvitaminem D (3)". J. Biol. Chem. 274 (39): 27786–92. doi:10.1074 / jbc.274.39.27786. PMID 10488123.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: PADI4 peptidyl arginin deimináza, typ IV“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]