Oligotypování (sekvenování) - Oligotyping (sequencing)

Oligotypizace je proces opravy DNA sekvence měřená během procesu Sekvenování DNA na základě údajů o frekvenci souvisejících sekvencí napříč souvisejícími vzorky.

Dějiny

Sekvence DNA byly původně čteny ze sekvenčních gelů okem. S příchodem počítačově volajících na základny již lidé „nevolali“ základny a místo toho „opravovali“ volané základny. Základny byly vyvolány softwarem pomocí relativní intenzity každého domnělého signálu základního páru a lokálního rozestupu signálů.

S příchodem vysoce výkonné sekvenování, objem sekvence, která má být opravena, překročil lidskou kapacitu pro korekci sekvence.

Použití

Více aplikací vyžaduje přesnost párů bází napříč populacemi úzce souvisejících sekvencí. Příkladem je amplikon sekvenování k posouzení relativního příspěvku DNA z různých organismů ke vzorku.

Požadavek na přesnost jednoho základního páru vedl k vývoji metod, které vycházely z údajů o frekvenci distribuovaných do několika vzorků k identifikaci variantních sekvencí, které sdílely stejný frekvenční profil, a byly tedy pravděpodobnými chybami ze stejné původní sekvence.^[1]^[2] Schopnost používat statistiku vyššího řádu k opravě sekvencí je důležitým prvkem při snižování zátěže chyb v souborech dat sekvencí DNA.

Viz také

Reference

^ Eren, A. Murat; Maignien, Loïs; Sul, Woo Jun; Murphy, Leslie G .; Grim, Sharon L .; Morrison, Hilary G .; Sogin, Mitchell L. (1. prosince 2013). „Oligotypizace: rozlišení mezi blízce příbuznými mikrobiálními taxony s využitím údajů o genech 16S rRNA“. Metody v ekologii a evoluci. 4 (12): 1111–1119. doi:10.1111 / 2041-210X.12114. ISSN 2041-210X. PMC 3864673. PMID 24358444.
^ Preheim, Sarah P .; Perrotta, Allison R .; Martin-Platero, Antonio M .; Gupta, Anika; Alm, Eric J. (1. listopadu 2013). „Distribuční klastrování: Využití ekologie k upřesnění provozní taxonomické jednotky“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 79 (21): 6593–6603. doi:10.1128 / AEM.00342-13. ISSN 0099-2240. PMC 3811501. PMID 23974136.

externí odkazy

Sekvenování nové generace (NGS) — wikibook o sekvenování nové generace.
Omictools.com: Didaktický adresář pro analýzu sekvenování DNA (zdarma)

[auto-1] Eren, A. Murat; Maignien, Loïs; Sul, Woo Jun; Murphy, Leslie G .; Grim, Sharon L .; Morrison, Hilary G .; Sogin, Mitchell L. (1. prosince 2013). „Oligotypizace: rozlišení mezi blízce příbuznými mikrobiálními taxony s využitím údajů o genech 16S rRNA“. Metody v ekologii a evoluci. 4 (12): 1111–1119. doi:10.1111 / 2041-210X.12114. ISSN 2041-210X. PMC 3864673. PMID 24358444.

[2] Preheim, Sarah P .; Perrotta, Allison R .; Martin-Platero, Antonio M .; Gupta, Anika; Alm, Eric J. (1. listopadu 2013). „Distribuční klastrování: Využití ekologie k upřesnění provozní taxonomické jednotky“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 79 (21): 6593–6603. doi:10.1128 / AEM.00342-13. ISSN 0099-2240. PMC 3811501. PMID 23974136.

[1]

[2]