RNA spojená s NoRC - NoRC associated RNA
| RNA spojená s NoRC (pRNA) | |
|---|---|
 Konzervované sekundární struktura pRNA | |
| Identifikátory | |
| Symbol | NoRC RNA |
| Alt. Symboly | pRNA |
| Rfam | RF01518 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen |
| Domény | Mammalia |
| PDB struktur | PDBe |
RNA spojená s NoRC (také známý jako pRNA) je nekódující RNA prvek, který reguluje ribozomální RNA transkripce interakcí s TIP5, částí NoRC remodelace chromatinu komplex.
Funkce a genomický kontext
Geny pro ribozomální RNA (rDNA) kódují ribozomální RNA (rRNA), která tvoří většinu ribozom. Tyto geny nejsou konstitutivně exprimovány a jsou mechanismem umlčení genů je zavedeno k potlačení rDNA genová exprese když ribozom není vyžadován. Umlčení genu rDNA vyžaduje navázání chromatin komplex předělávání, NoRC na a nekódující RNA (ncRNA) molekula, která je komplementární k promotoru rDNA.[1]
NcRNA, která se účastní umlčování rDNA, je známá jako pRNA a bylo prokázáno, že pochází z spaceru promotér umístěné před pre-ribozomální RNA transkripce spustit web. Jakmile tato ncRNA bude přepsal zpracovává se do formy 150–250 nukleotid dlouhá molekula RNA a překrývá oblast promotoru rDNA. Výpočtová analýza pRNA předpověděla, že pRNA tvoří konzervovaný kmenová smyčka struktura a je prokázáno, že je zachována napříč číslem eukaryoty.
Výzkum
Několik studií ukázalo, že pRNA je zásadní pro nábor a lokalizaci komplexu remodelace chromatinu, který je nezbytný pro umlčení genu. EMSA podporuje myšlenku, do níž je zapojena pRNA heterochromatin formace, protože ukázala, že pRNA z řady různých druhů interagovala s TIP5, velkou podjednotkou komplexu NoRC remodelačního chromatinu.[Citace je zapotřebí ] Mutageneze pRNA ukázalo, že sekundární struktura RNA je životně důležitá pro vazbu TIP5, protože mutace, které změnily sekundární strukturu, zabránily vazbě TIP5.[2] TIP5 se váže na pRNA pomocí indukované přizpůsobení mechanismus, protože TIP5 vykazoval vyšší citlivost na trávení proteázou v přítomnosti pRNA. Tato konformační změna může umožnit interakci TIP5 s jinými proteiny, které jsou vyžadovány pro funkci NoRC, ale toto je třeba potvrdit dalšími studiemi.
Nejen, že pRNA stimuluje tvorbu NoRC, ale studie a mutageneze pRNA ukázaly, že pRNA hraje roli v lokalizaci NoRC. Srazení pRNA ukázalo, že se NoRC translokuje z nukleoly do nukleoplazma a při obnově hladin pRNA se NoRC translokovalo zpět do nukleol. Mutující pRNA také ukázala, že její sekvence a sekundární struktura jsou rozhodující pro lokalizaci NoRC, protože změna struktury sekvence zabránila translokaci NoRC do nukleol.[2] Tyto studie potvrdily, že pRNA má roli umlčení genu zaměřením komplexu remodelace chromatinu na promotory genu rDNA, kde jak sekvence, tak struktura pRNA jsou rozhodující pro její funkci.
Reference
- ^ Mayer C, Schmitz KM, Li J, Grummt I, Santoro R (květen 2006). „Intergenní transkripty regulují epigenetický stav genů rRNA“. Molekulární buňka. 22 (3): 351–361. doi:10.1016 / j.molcel.2006.03.028. PMID 16678107.
- ^ A b Mayer C, Neubert M, Grummt I (srpen 2008). „Struktura RNA spojené s NoRC je zásadní pro zacílení NoRC komplexu remodelujícího chromatin na jádro“. Zprávy EMBO (Volný plný text). 9 (8): 774–780. doi:10.1038 / embor.2008.109. PMC 2515205. PMID 18600236.