Rodina bodu zlomu neuroblastomu, člen 3, také známý jako NBPF3, je člověk gen rodiny zlomových bodů neuroblastomu, která spočívá dál chromozom 1 lidského genomu. NBPF3 je lokalizován na 1p36.12, bezprostředně před geny ALPL a RAP1GAP.[3]
Gen NBPF3 je dlouhý 633 aminokyselin a obsahuje pět DUF1220 domény, které jsou zvýrazněny na obrázku níže. Domény DUF1220 se nacházejí ve všech ostatních členech rodiny zlomových bodů neuroblastomu. Protein má velmi opakující se strukturu, protože spolu se zbývajícími členy jeho proteinové rodiny pravděpodobně vznikl z segmentových duplikací na chromozomu 1.
Domény se nacházejí ve zbytcích 236–298, 322–385, 394–460, 469–535 a 544–610.
Proteinová sekvence je bohatá na tři aminokyseliny, které jsou polární a záporně nabité fyziologicky pH: kyselina glutamová, kyselina asparagová a glutamin. Izoelektrický bod proteinu je 4,21, jehož kyselost lze přičíst hojnosti těchto aminokyselin.
Izoformy a charakteristiky sekvence
Jsou známy čtyři izoformy genu NPBF3. Zatímco izoforma 1 je dominantní formou genu, každá další izoforma má jedinečné změny v proteinové sekvenci, které mohou ovlivnit strukturu, expresi nebo funkci genového produktu:[4]
Isoform
Vynechání sekvence
Přidání sekvence
Délka
1
-
-
633
2
1-56
-
577
3
350-386
331 R → RSSGRFCCLISVGYIFCHPCPAWLIR
621
4
1-358
-
275
Tyto izoformy jsou představeny v následujícím schématu spolu s dalšími sekvenčními charakteristikami, které zahrnují předpětí kompozice Poly-Glu a potenciální svinutou cívku.
Funkce
Funkce proteinů rodiny zlomových neuroblastomů, včetně NPBF3, dosud není vědeckou komunitou známa. Vzhledem k opakovanému složení této rodiny genů a jejich amplifikaci u primátů bylo navrženo, aby se tato rodina podílela na kognitivním vývoji a vývoji primátů.
Rovněž bylo navrženo, že existuje souvislost mezi rodinou zlomových bodů neuroblastomu a onkogeneze. Kvůli zvýšené regulaci genů NBPF v některých nádorových tkáních se předpokládalo, že proteiny této rodiny jsou onkogeny. Rovněž bylo navrženo, že členy rodiny zlomových bodů neuroblastomu jsou geny potlačující nádory, kvůli ztráta heterozygotnosti v nádorové tkáni v oblasti chromozomu 1, kde jsou umístěny NBPF3 a další NBPF proteiny.[5]
Homologie
Ortology NBPF3 se nacházejí primárně u druhů primátů, i když ortologické sekvence lze nalézt u krav, koní a psů. Neexistuje žádný myší ortolog NPBF3.
Ortology i paralogy NBPF3 byly nalezeny pomocí databází BLAT.[6] a BLAST [7]
Interakce proteinů
NPBF3 interaguje se třemi dalšími proteiny: C1orf19, ankyrin-1 (ANK1 ) a oblast zlomu Ewingova sarkomu 1 (EWSR1 ).[8] Není známo, jak tyto proteiny interagují nebo jaký může být produkt těchto interakcí.
Jöns T, Drenckhahn D (1998). „Aniontoměnič 2 (AE2) se váže na ankyrin erytrocytů a je kolokalizován ankyrinem podél bazolaterální plazmatické membrány lidských parietálních buněk žaludku“. Eur. J. Cell Biol. 75 (3): 232–6. doi:10.1016 / s0171-9335 (98) 80117-9. PMID9587054.
Vandepoele K, van Roy F (2007). "Vložení HERV (K) LTR do intronu NBPF3 není vyžadováno pro jeho transkripční aktivitu". Virologie. 362 (1): 1–5. doi:10.1016 / j.virol.2007.01.044. PMID17391723.
