Seznam vizualizačního softwaru biologie systémů - List of systems biology visualization software - Wikipedia
 | tento článek potřebuje další citace pro ověření. (Listopad 2020) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Online software
| název | Popis | Stránky |
|---|---|---|
| Pracovní stůl GESTALT | grafický pracovní stůl pro analýzu dat genomické sekvence ve velkém měřítku | [1] |
| N-Procházet | interaktivní grafický prohlížeč pro biologické sítě | [2] |
| NetPath | upravený zdroj lidských signálních transdukčních drah | [3] |
| MEGA | zdarma, online, open-source, fylogenetická analýza, kreslení dendrogramů atd. | [4] |
| REAKTIVNÍ | bezplatná, online, open-source, kurátorovaná databáze cest zahrnující mnoho oblastí biologie člověka | [5] |
| WikiPathways | kurátor biologických cest | [6] |
| MetaboMAPS | vizualizovat data omics na sdílených metabolických cestách [1] | [7] |
Aplikace
| název | Popis | OS | Licence | Stránky |
|---|---|---|---|---|
| Biotechnologie | interaktivní nástroj pro vytváření, vizualizaci a simulaci genetických regulačních sítí | multiplatformní (založené na Javě) | LGPL | [8] |
| Cytoscape | integrace dat, vizualizace sítě a analýza | multiplatformní (založené na Javě) | LGPL | [9] |
| GenMAPP | vizualizovat a analyzovat genomová data v kontextu cest | Okna | Licence Apache | [10] |
| MATLAB | nástroj pro modelování, simulaci a analýzu dynamických biologických systémů | Windows, Linux, macOS | Proprietární | [11] |
| MEGA | zdarma, online, open-source, fylogenetická analýza, kreslení dendrogramů atd. | Windows / DOS-Win / Mac / Linux | Shareware | [12] |
| PathVisio | nástroj pro zobrazování a úpravy biologických cest | multiplatformní (založené na Javě) | Licence Apache | [13] |
| InCroMAP | nástroj pro integraci omických dat a společnou vizualizaci experimentálních dat v drahách | multiplatformní (založené na Javě) | LGPL | [14] |
| Pathview | integrace a vizualizace dat na základě cest, snadné použití a integrace do analýzy cest | multiplatformní (R / Bioconductor) | GPL | [15] [16] |
| Systrip | analýza dat časových řad v kontextu biologických sítí | Okna, Linux | LGPL, GPL | [17] |
Reference
- ^ Koblitz J, Schomburg D a Neumann-Schaal M.,„MetaboMAPS: Sdílení cest a vizualizace multimikálních dat v metabolickém kontextu“, F1000Výzkum, 17. července 2020.